# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.032 0.064 0.005 0.023 0.044 0.057 0.111 0.005 0.001 0.053 0.606 2 T 0.052 0.138 0.005 0.027 0.054 0.107 0.105 0.007 0.001 0.067 0.438 3 A 0.039 0.109 0.006 0.035 0.088 0.094 0.100 0.004 0.001 0.108 0.416 4 R 0.017 0.065 0.006 0.086 0.143 0.201 0.092 0.003 0.001 0.122 0.264 5 E 0.008 0.041 0.006 0.087 0.133 0.244 0.086 0.002 0.001 0.090 0.302 6 L 0.014 0.045 0.004 0.103 0.289 0.348 0.040 0.003 0.001 0.041 0.111 7 Y 0.013 0.019 0.001 0.095 0.197 0.446 0.036 0.002 0.001 0.055 0.137 8 A 0.004 0.020 0.002 0.170 0.327 0.286 0.034 0.001 0.001 0.033 0.124 9 N 0.004 0.005 0.002 0.145 0.217 0.446 0.039 0.002 0.001 0.041 0.099 10 V 0.013 0.007 0.003 0.123 0.239 0.285 0.065 0.003 0.001 0.048 0.215 11 V 0.029 0.003 0.001 0.198 0.175 0.235 0.067 0.004 0.001 0.043 0.245 12 L 0.027 0.004 0.002 0.175 0.108 0.128 0.084 0.003 0.001 0.045 0.423 13 G 0.051 0.008 0.001 0.086 0.046 0.076 0.100 0.006 0.001 0.024 0.601 14 D 0.133 0.025 0.002 0.046 0.023 0.033 0.141 0.006 0.001 0.051 0.540 15 D 0.085 0.009 0.005 0.035 0.035 0.040 0.135 0.005 0.002 0.083 0.566 16 S 0.250 0.016 0.004 0.011 0.018 0.027 0.144 0.009 0.001 0.045 0.476 17 L 0.377 0.008 0.002 0.009 0.013 0.022 0.053 0.006 0.001 0.022 0.487 18 N 0.062 0.005 0.001 0.018 0.047 0.055 0.162 0.001 0.001 0.020 0.630 19 D 0.005 0.004 0.001 0.023 0.055 0.269 0.077 0.001 0.001 0.018 0.548 20 C 0.002 0.004 0.001 0.030 0.326 0.153 0.116 0.001 0.001 0.024 0.344 21 R 0.005 0.005 0.001 0.073 0.279 0.464 0.042 0.001 0.001 0.023 0.107 22 I 0.007 0.007 0.001 0.073 0.198 0.266 0.074 0.001 0.001 0.043 0.331 23 I 0.007 0.021 0.001 0.211 0.289 0.258 0.038 0.001 0.001 0.025 0.148 24 F 0.050 0.118 0.002 0.108 0.126 0.234 0.050 0.004 0.001 0.046 0.261 25 V 0.128 0.186 0.003 0.045 0.058 0.077 0.055 0.009 0.001 0.071 0.368 26 D 0.094 0.222 0.003 0.033 0.046 0.060 0.075 0.005 0.001 0.064 0.395 27 E 0.073 0.191 0.002 0.026 0.040 0.097 0.056 0.006 0.001 0.071 0.437 28 V 0.056 0.073 0.003 0.020 0.071 0.080 0.082 0.008 0.001 0.107 0.500 29 F 0.060 0.039 0.003 0.032 0.111 0.159 0.060 0.007 0.001 0.087 0.441 30 K 0.038 0.011 0.001 0.032 0.080 0.088 0.069 0.002 0.001 0.078 0.599 31 I 0.013 0.008 0.002 0.029 0.080 0.100 0.139 0.001 0.001 0.040 0.587 32 E 0.027 0.009 0.001 0.014 0.024 0.030 0.112 0.002 0.001 0.041 0.738 33 R 0.349 0.036 0.002 0.014 0.019 0.026 0.073 0.009 0.001 0.053 0.418 34 P 0.076 0.027 0.001 0.007 0.007 0.010 0.110 0.002 0.001 0.023 0.737 35 G 0.061 0.064 0.001 0.017 0.009 0.021 0.116 0.004 0.001 0.060 0.646 36 E 0.118 0.071 0.003 0.020 0.016 0.026 0.115 0.009 0.001 0.077 0.544 37 R 0.130 0.120 0.004 0.021 0.026 0.031 0.114 0.009 0.001 0.064 0.480 38 E 0.091 0.117 0.002 0.025 0.032 0.040 0.099 0.007 0.001 0.041 0.546 39 N 0.086 0.097 0.004 0.040 0.056 0.076 0.105 0.008 0.002 0.089 0.437 40 L 0.104 0.054 0.008 0.029 0.052 0.069 0.117 0.010 0.003 0.084 0.469 41 Y 0.227 0.066 0.006 0.018 0.032 0.038 0.091 0.013 0.003 0.045 0.461 42 F 0.260 0.047 0.002 0.012 0.020 0.023 0.077 0.012 0.001 0.029 0.516 43 Q 0.103 0.067 0.001 0.013 0.024 0.031 0.100 0.007 0.001 0.033 0.620 44 G 0.082 0.061 0.001 0.019 0.040 0.069 0.092 0.006 0.001 0.055 0.574 45 M 0.051 0.041 0.003 0.039 0.079 0.098 0.120 0.006 0.001 0.104 0.457 46 W 0.039 0.018 0.006 0.035 0.080 0.106 0.115 0.005 0.002 0.080 0.515 47 D 0.138 0.025 0.003 0.021 0.052 0.051 0.083 0.006 0.001 0.056 0.564 48 E 0.161 0.012 0.002 0.023 0.037 0.047 0.076 0.005 0.001 0.052 0.586 49 T 0.030 0.018 0.001 0.010 0.021 0.027 0.152 0.001 0.001 0.019 0.722 50 E 0.045 0.046 0.001 0.021 0.032 0.097 0.090 0.004 0.001 0.035 0.630 51 L 0.030 0.101 0.001 0.023 0.078 0.065 0.123 0.003 0.001 0.033 0.543 52 G 0.035 0.288 0.001 0.030 0.062 0.163 0.057 0.006 0.001 0.040 0.317 53 L 0.040 0.230 0.001 0.026 0.094 0.084 0.067 0.004 0.001 0.088 0.366 54 Y 0.030 0.338 0.005 0.058 0.102 0.126 0.047 0.003 0.002 0.095 0.194 55 K 0.041 0.364 0.005 0.018 0.050 0.065 0.039 0.006 0.002 0.078 0.334 56 V 0.155 0.335 0.007 0.021 0.042 0.049 0.037 0.017 0.004 0.108 0.226 57 N 0.117 0.412 0.005 0.017 0.019 0.027 0.055 0.006 0.003 0.059 0.279 58 E 0.024 0.363 0.003 0.009 0.010 0.011 0.041 0.005 0.002 0.041 0.491 59 Y 0.122 0.409 0.008 0.007 0.008 0.012 0.050 0.018 0.007 0.114 0.245 60 V 0.095 0.390 0.012 0.007 0.007 0.006 0.048 0.010 0.005 0.067 0.354 61 D 0.147 0.112 0.006 0.011 0.007 0.011 0.067 0.012 0.004 0.258 0.363 62 A 0.064 0.082 0.015 0.014 0.010 0.012 0.100 0.007 0.008 0.194 0.494 63 R 0.050 0.083 0.016 0.029 0.015 0.013 0.108 0.006 0.006 0.093 0.582 64 D 0.075 0.053 0.016 0.030 0.015 0.034 0.111 0.014 0.006 0.106 0.541 65 T 0.064 0.064 0.007 0.032 0.036 0.039 0.138 0.008 0.002 0.057 0.552 66 N 0.049 0.099 0.006 0.063 0.042 0.084 0.134 0.010 0.002 0.074 0.439 67 M 0.036 0.139 0.008 0.119 0.099 0.097 0.121 0.007 0.002 0.061 0.311 68 G 0.020 0.080 0.007 0.113 0.112 0.199 0.092 0.006 0.002 0.088 0.282 69 A 0.020 0.075 0.014 0.096 0.186 0.199 0.088 0.005 0.002 0.099 0.215 70 W 0.031 0.031 0.008 0.111 0.217 0.266 0.056 0.005 0.002 0.095 0.178 71 F 0.043 0.022 0.003 0.095 0.248 0.305 0.051 0.004 0.001 0.052 0.176 72 E 0.009 0.007 0.001 0.070 0.193 0.380 0.050 0.001 0.001 0.033 0.256 73 A 0.004 0.003 0.001 0.063 0.299 0.435 0.026 0.001 0.001 0.020 0.148 74 Q 0.005 0.001 0.001 0.036 0.248 0.573 0.018 0.001 0.001 0.015 0.104 75 V 0.005 0.001 0.001 0.023 0.305 0.345 0.036 0.001 0.001 0.034 0.250 76 V 0.004 0.001 0.001 0.037 0.337 0.329 0.042 0.001 0.001 0.026 0.224 77 R 0.006 0.001 0.001 0.024 0.159 0.308 0.051 0.001 0.001 0.030 0.420 78 V 0.011 0.001 0.001 0.013 0.128 0.179 0.075 0.001 0.001 0.029 0.562 79 T 0.020 0.004 0.001 0.019 0.096 0.169 0.107 0.001 0.001 0.038 0.547 80 R 0.022 0.007 0.001 0.019 0.055 0.126 0.091 0.001 0.001 0.038 0.642