# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.045 0.125 0.025 0.089 0.076 0.092 0.069 0.478 2 T 0.081 0.221 0.028 0.054 0.098 0.072 0.063 0.383 3 A 0.068 0.125 0.040 0.079 0.107 0.079 0.152 0.351 4 R 0.020 0.102 0.074 0.166 0.195 0.057 0.146 0.241 5 E 0.016 0.037 0.136 0.122 0.354 0.046 0.101 0.188 6 L 0.012 0.032 0.215 0.222 0.304 0.037 0.055 0.123 7 Y 0.024 0.022 0.149 0.150 0.311 0.060 0.056 0.229 8 A 0.011 0.021 0.215 0.212 0.262 0.048 0.058 0.173 9 N 0.010 0.013 0.216 0.163 0.257 0.050 0.077 0.215 10 V 0.012 0.007 0.195 0.220 0.233 0.057 0.058 0.217 11 V 0.027 0.009 0.172 0.131 0.260 0.074 0.045 0.284 12 L 0.043 0.008 0.132 0.075 0.133 0.105 0.052 0.453 13 G 0.075 0.023 0.046 0.044 0.064 0.126 0.053 0.569 14 D 0.118 0.017 0.017 0.019 0.032 0.130 0.061 0.605 15 D 0.051 0.010 0.024 0.041 0.047 0.127 0.107 0.593 16 S 0.204 0.012 0.016 0.016 0.031 0.101 0.063 0.557 17 L 0.250 0.009 0.011 0.021 0.032 0.094 0.048 0.535 18 N 0.040 0.010 0.023 0.024 0.075 0.126 0.028 0.674 19 D 0.021 0.008 0.022 0.052 0.111 0.147 0.045 0.592 20 C 0.004 0.005 0.033 0.113 0.152 0.120 0.040 0.534 21 R 0.011 0.019 0.153 0.242 0.321 0.051 0.047 0.157 22 I 0.009 0.007 0.043 0.136 0.134 0.085 0.032 0.555 23 I 0.009 0.017 0.217 0.208 0.211 0.060 0.044 0.234 24 F 0.258 0.077 0.072 0.070 0.144 0.052 0.129 0.199 25 V 0.154 0.085 0.046 0.100 0.065 0.093 0.100 0.358 26 D 0.103 0.094 0.030 0.049 0.108 0.081 0.062 0.473 27 E 0.073 0.077 0.044 0.100 0.230 0.072 0.072 0.333 28 V 0.051 0.042 0.054 0.116 0.193 0.099 0.065 0.380 29 F 0.027 0.022 0.060 0.146 0.238 0.078 0.065 0.364 30 K 0.041 0.008 0.043 0.114 0.195 0.094 0.052 0.453 31 I 0.008 0.004 0.051 0.099 0.158 0.127 0.047 0.507 32 E 0.025 0.007 0.056 0.040 0.062 0.108 0.032 0.669 33 R 0.400 0.035 0.016 0.019 0.021 0.074 0.118 0.318 34 P 0.047 0.015 0.014 0.009 0.009 0.121 0.031 0.754 35 G 0.055 0.031 0.018 0.009 0.027 0.112 0.064 0.685 36 E 0.068 0.067 0.019 0.030 0.029 0.135 0.064 0.590 37 R 0.167 0.104 0.012 0.018 0.030 0.086 0.055 0.527 38 E 0.088 0.114 0.011 0.036 0.044 0.099 0.081 0.528 39 N 0.111 0.100 0.030 0.044 0.113 0.092 0.103 0.408 40 L 0.101 0.048 0.031 0.079 0.119 0.095 0.104 0.424 41 Y 0.198 0.048 0.019 0.045 0.084 0.080 0.073 0.453 42 F 0.200 0.062 0.012 0.033 0.057 0.089 0.041 0.506 43 Q 0.076 0.059 0.009 0.024 0.050 0.097 0.026 0.658 44 G 0.086 0.080 0.016 0.039 0.091 0.107 0.043 0.537 45 M 0.061 0.033 0.027 0.065 0.116 0.133 0.151 0.414 46 W 0.028 0.019 0.055 0.096 0.097 0.147 0.127 0.431 47 D 0.242 0.026 0.019 0.022 0.036 0.087 0.072 0.497 48 E 0.097 0.017 0.013 0.019 0.015 0.128 0.056 0.656 49 T 0.038 0.026 0.020 0.012 0.023 0.132 0.025 0.724 50 E 0.151 0.046 0.016 0.018 0.026 0.114 0.063 0.566 51 L 0.029 0.024 0.021 0.029 0.033 0.132 0.030 0.701 52 G 0.050 0.090 0.056 0.050 0.110 0.104 0.055 0.486 53 L 0.043 0.034 0.022 0.050 0.055 0.097 0.059 0.640 54 Y 0.041 0.068 0.084 0.136 0.107 0.082 0.055 0.427 55 K 0.214 0.072 0.072 0.037 0.113 0.047 0.105 0.340 56 V 0.104 0.033 0.040 0.056 0.050 0.081 0.048 0.588 57 N 0.075 0.076 0.059 0.035 0.111 0.104 0.064 0.475 58 E 0.042 0.056 0.023 0.018 0.032 0.078 0.022 0.728 59 Y 0.202 0.182 0.014 0.015 0.022 0.074 0.169 0.322 60 V 0.073 0.165 0.028 0.016 0.018 0.120 0.086 0.495 61 D 0.230 0.096 0.014 0.004 0.011 0.058 0.221 0.366 62 A 0.020 0.085 0.033 0.016 0.013 0.139 0.266 0.428 63 R 0.033 0.248 0.046 0.013 0.020 0.105 0.101 0.434 64 D 0.103 0.231 0.027 0.019 0.013 0.082 0.248 0.277 65 T 0.062 0.322 0.020 0.018 0.016 0.074 0.057 0.431 66 N 0.109 0.388 0.028 0.009 0.034 0.064 0.086 0.282 67 M 0.023 0.427 0.040 0.038 0.046 0.066 0.100 0.259 68 G 0.051 0.308 0.041 0.061 0.147 0.047 0.197 0.147 69 A 0.030 0.263 0.059 0.151 0.195 0.045 0.110 0.147 70 W 0.050 0.094 0.094 0.107 0.367 0.040 0.125 0.123 71 F 0.023 0.065 0.090 0.220 0.359 0.041 0.096 0.106 72 E 0.011 0.021 0.063 0.171 0.451 0.054 0.048 0.181 73 A 0.004 0.009 0.066 0.292 0.417 0.039 0.044 0.129 74 Q 0.007 0.009 0.087 0.280 0.457 0.028 0.052 0.079 75 V 0.010 0.004 0.065 0.327 0.259 0.055 0.058 0.221 76 V 0.006 0.003 0.117 0.258 0.353 0.042 0.043 0.180 77 R 0.017 0.003 0.075 0.169 0.237 0.068 0.037 0.394 78 V 0.018 0.002 0.057 0.131 0.138 0.082 0.036 0.536 79 T 0.047 0.006 0.055 0.088 0.132 0.091 0.048 0.533 80 R 0.063 0.006 0.029 0.059 0.084 0.088 0.042 0.629