# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.098 0.035 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.009 0.136 0.601 2 T 0.041 0.022 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.007 0.356 0.488 3 A 0.021 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.008 0.077 0.627 4 R 0.024 0.033 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.018 0.331 0.354 5 E 0.157 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.016 0.552 0.157 6 L 0.084 0.086 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.697 0.006 0.032 0.087 7 Y 0.012 0.040 0.003 0.001 0.010 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.785 0.003 0.033 0.104 8 A 0.010 0.023 0.003 0.001 0.004 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.729 0.007 0.027 0.177 9 N 0.008 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.005 0.752 0.005 0.032 0.163 10 V 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.010 0.006 0.712 0.002 0.032 0.196 11 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.007 0.003 0.824 0.001 0.044 0.095 12 L 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 0.011 0.008 0.010 0.019 0.014 0.007 0.571 0.006 0.055 0.237 13 G 0.014 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.013 0.005 0.007 0.017 0.016 0.005 0.277 0.009 0.086 0.515 14 D 0.029 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.020 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.048 0.019 0.183 0.672 15 D 0.040 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.065 0.860 16 S 0.038 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.480 0.431 17 L 0.110 0.022 0.007 0.009 0.012 0.006 0.001 0.002 0.011 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.044 0.389 0.326 18 N 0.237 0.050 0.006 0.005 0.004 0.007 0.004 0.003 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.065 0.185 0.383 19 D 0.140 0.036 0.007 0.003 0.003 0.004 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.020 0.262 0.474 20 C 0.245 0.058 0.022 0.004 0.013 0.030 0.046 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 0.027 0.088 0.375 21 R 0.055 0.052 0.008 0.005 0.022 0.065 0.113 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.339 0.009 0.109 0.178 22 I 0.025 0.034 0.008 0.003 0.020 0.023 0.102 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.007 0.130 0.006 0.051 0.549 23 I 0.014 0.025 0.002 0.001 0.003 0.007 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.005 0.005 0.724 0.004 0.038 0.120 24 F 0.028 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.251 0.007 0.090 0.559 25 V 0.022 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.633 0.005 0.063 0.233 26 D 0.017 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.358 0.009 0.164 0.410 27 E 0.090 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.023 0.146 0.445 28 V 0.088 0.089 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.018 0.208 0.354 29 F 0.070 0.095 0.012 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.412 0.014 0.173 0.210 30 K 0.062 0.119 0.009 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.004 0.003 0.240 0.019 0.076 0.436 31 I 0.059 0.070 0.018 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.025 0.010 0.007 0.005 0.341 0.014 0.053 0.378 32 E 0.028 0.053 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.293 0.013 0.145 0.439 33 R 0.042 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.117 0.013 0.203 0.540 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 G 0.052 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.023 0.190 0.623 36 E 0.604 0.008 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.011 0.069 0.267 37 R 0.036 0.055 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.004 0.092 0.748 38 E 0.054 0.018 0.002 0.001 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.079 0.777 39 N 0.110 0.042 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.038 0.010 0.112 0.668 40 L 0.191 0.059 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.002 0.001 0.066 0.012 0.071 0.567 41 Y 0.138 0.201 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.089 0.011 0.097 0.433 42 F 0.162 0.246 0.006 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.018 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.024 0.055 0.355 43 Q 0.114 0.272 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.021 0.041 0.468 44 G 0.136 0.097 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.039 0.079 0.582 45 M 0.253 0.057 0.053 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.003 0.001 0.043 0.026 0.100 0.443 46 W 0.063 0.047 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.092 0.008 0.106 0.651 47 D 0.058 0.067 0.006 0.005 0.012 0.006 0.002 0.002 0.012 0.029 0.010 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.099 0.018 0.108 0.552 48 E 0.088 0.074 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.087 0.020 0.134 0.549 49 T 0.069 0.072 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.023 0.242 0.519 50 E 0.186 0.051 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.042 0.137 0.453 51 L 0.083 0.059 0.032 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.015 0.129 0.514 52 G 0.039 0.036 0.010 0.004 0.016 0.006 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.278 0.011 0.184 0.399 53 L 0.066 0.033 0.008 0.002 0.022 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.003 0.132 0.006 0.078 0.620 54 Y 0.025 0.063 0.003 0.001 0.005 0.007 0.010 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.017 0.006 0.005 0.492 0.005 0.103 0.228 55 K 0.050 0.071 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.003 0.003 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.162 0.006 0.085 0.591 56 V 0.046 0.145 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.012 0.004 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.440 0.013 0.063 0.237 57 N 0.033 0.155 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.016 0.075 0.573 58 E 0.079 0.080 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.032 0.159 0.569 59 Y 0.323 0.093 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.040 0.081 0.104 0.310 60 V 0.147 0.094 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.014 0.085 0.537 61 D 0.057 0.119 0.017 0.007 0.011 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.025 0.221 0.462 62 A 0.143 0.080 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.030 0.088 0.568 63 R 0.055 0.149 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.018 0.389 0.342 64 D 0.337 0.066 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.085 0.193 0.268 65 T 0.126 0.347 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.023 0.082 0.326 66 N 0.037 0.158 0.015 0.003 0.004 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.016 0.369 0.336 67 M 0.164 0.183 0.014 0.002 0.003 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.060 0.151 0.296 68 G 0.140 0.230 0.017 0.002 0.002 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.027 0.111 0.317 69 A 0.088 0.159 0.014 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.012 0.101 0.385 70 W 0.042 0.178 0.007 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.419 0.009 0.077 0.251 71 F 0.039 0.207 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.421 0.015 0.046 0.256 72 E 0.050 0.123 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.014 0.065 0.232 73 A 0.043 0.138 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.572 0.013 0.054 0.166 74 Q 0.034 0.076 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.703 0.011 0.037 0.130 75 V 0.034 0.095 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.575 0.012 0.037 0.223 76 V 0.012 0.053 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.730 0.007 0.039 0.141 77 R 0.020 0.038 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.003 0.380 0.013 0.063 0.460 78 V 0.043 0.023 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.006 0.005 0.003 0.385 0.010 0.092 0.406 79 T 0.015 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.005 0.004 0.002 0.002 0.376 0.007 0.152 0.395 80 R 0.024 0.016 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.159 0.009 0.104 0.666