# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.086 0.048 0.032 0.049 0.066 0.080 0.010 0.629 2 T 0.031 0.026 0.013 0.017 0.034 0.071 0.003 0.805 3 A 0.029 0.073 0.023 0.044 0.095 0.064 0.004 0.670 4 R 0.032 0.135 0.023 0.050 0.081 0.155 0.004 0.520 5 E 0.050 0.161 0.009 0.015 0.023 0.400 0.005 0.338 6 L 0.074 0.696 0.028 0.039 0.066 0.016 0.007 0.074 7 Y 0.019 0.753 0.060 0.029 0.057 0.009 0.005 0.068 8 A 0.033 0.503 0.073 0.122 0.146 0.010 0.007 0.107 9 N 0.045 0.433 0.105 0.076 0.177 0.012 0.020 0.132 10 V 0.082 0.193 0.144 0.160 0.187 0.019 0.020 0.196 11 V 0.023 0.130 0.300 0.150 0.193 0.040 0.014 0.150 12 L 0.038 0.059 0.305 0.150 0.195 0.052 0.016 0.185 13 G 0.054 0.030 0.213 0.129 0.183 0.093 0.018 0.279 14 D 0.029 0.009 0.084 0.065 0.063 0.106 0.009 0.634 15 D 0.025 0.006 0.048 0.061 0.081 0.143 0.010 0.626 16 S 0.081 0.008 0.016 0.027 0.038 0.423 0.017 0.390 17 L 0.106 0.034 0.029 0.052 0.063 0.344 0.023 0.349 18 N 0.091 0.021 0.013 0.016 0.023 0.417 0.019 0.401 19 D 0.140 0.024 0.023 0.019 0.022 0.369 0.037 0.368 20 C 0.334 0.029 0.073 0.065 0.075 0.097 0.041 0.285 21 R 0.030 0.019 0.087 0.195 0.168 0.265 0.006 0.229 22 I 0.013 0.009 0.066 0.159 0.296 0.036 0.002 0.419 23 I 0.016 0.015 0.156 0.247 0.402 0.043 0.002 0.119 24 F 0.009 0.009 0.071 0.128 0.230 0.034 0.002 0.517 25 V 0.014 0.017 0.125 0.166 0.345 0.060 0.003 0.271 26 D 0.015 0.014 0.040 0.102 0.174 0.086 0.004 0.565 27 E 0.065 0.024 0.039 0.060 0.119 0.151 0.014 0.527 28 V 0.106 0.062 0.050 0.053 0.108 0.177 0.016 0.428 29 F 0.073 0.083 0.043 0.141 0.195 0.124 0.013 0.329 30 K 0.084 0.098 0.041 0.083 0.143 0.053 0.011 0.488 31 I 0.077 0.094 0.067 0.110 0.193 0.029 0.009 0.421 32 E 0.051 0.112 0.049 0.081 0.169 0.073 0.018 0.447 33 R 0.123 0.039 0.024 0.044 0.081 0.075 0.014 0.599 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 35 G 0.066 0.015 0.035 0.048 0.092 0.195 0.015 0.533 36 E 0.393 0.010 0.016 0.014 0.015 0.107 0.009 0.437 37 R 0.074 0.054 0.033 0.030 0.051 0.090 0.007 0.660 38 E 0.072 0.028 0.021 0.014 0.034 0.102 0.008 0.722 39 N 0.122 0.059 0.035 0.027 0.042 0.121 0.011 0.582 40 L 0.139 0.075 0.032 0.028 0.052 0.112 0.016 0.545 41 Y 0.127 0.128 0.047 0.040 0.062 0.163 0.015 0.419 42 F 0.104 0.123 0.041 0.032 0.059 0.134 0.018 0.488 43 Q 0.095 0.097 0.037 0.025 0.042 0.094 0.018 0.592 44 G 0.116 0.062 0.032 0.019 0.030 0.095 0.029 0.617 45 M 0.220 0.054 0.033 0.035 0.042 0.130 0.027 0.459 46 W 0.084 0.048 0.037 0.041 0.055 0.106 0.010 0.620 47 D 0.051 0.048 0.030 0.051 0.082 0.085 0.009 0.644 48 E 0.115 0.053 0.038 0.038 0.061 0.146 0.012 0.537 49 T 0.101 0.055 0.023 0.020 0.027 0.223 0.021 0.529 50 E 0.246 0.043 0.027 0.021 0.033 0.107 0.050 0.473 51 L 0.103 0.029 0.055 0.028 0.028 0.114 0.014 0.628 52 G 0.045 0.032 0.062 0.051 0.080 0.271 0.010 0.447 53 L 0.076 0.038 0.055 0.081 0.156 0.055 0.006 0.532 54 Y 0.034 0.071 0.101 0.212 0.220 0.113 0.004 0.246 55 K 0.036 0.038 0.026 0.052 0.097 0.099 0.004 0.648 56 V 0.054 0.176 0.061 0.135 0.355 0.049 0.006 0.163 57 N 0.044 0.201 0.031 0.092 0.171 0.092 0.011 0.358 58 E 0.080 0.141 0.017 0.024 0.048 0.077 0.021 0.593 59 Y 0.216 0.156 0.029 0.025 0.054 0.087 0.041 0.391 60 V 0.129 0.158 0.035 0.046 0.056 0.105 0.018 0.453 61 D 0.046 0.232 0.039 0.052 0.067 0.116 0.016 0.432 62 A 0.158 0.185 0.043 0.022 0.038 0.069 0.017 0.467 63 R 0.071 0.206 0.029 0.016 0.019 0.337 0.019 0.303 64 D 0.245 0.216 0.033 0.027 0.036 0.108 0.052 0.282 65 T 0.152 0.314 0.129 0.036 0.036 0.073 0.016 0.243 66 N 0.032 0.276 0.076 0.039 0.043 0.280 0.013 0.241 67 M 0.131 0.259 0.063 0.054 0.110 0.079 0.021 0.282 68 G 0.055 0.329 0.066 0.041 0.074 0.119 0.017 0.300 69 A 0.070 0.207 0.083 0.159 0.132 0.081 0.012 0.256 70 W 0.032 0.343 0.063 0.069 0.112 0.055 0.009 0.318 71 F 0.026 0.310 0.038 0.196 0.280 0.027 0.006 0.118 72 E 0.033 0.451 0.042 0.093 0.193 0.021 0.009 0.158 73 A 0.049 0.426 0.042 0.138 0.168 0.017 0.015 0.145 74 Q 0.073 0.265 0.072 0.143 0.238 0.020 0.023 0.166 75 V 0.041 0.174 0.111 0.165 0.239 0.012 0.011 0.247 76 V 0.009 0.044 0.154 0.338 0.371 0.010 0.003 0.071 77 R 0.015 0.022 0.076 0.098 0.168 0.019 0.004 0.599 78 V 0.014 0.021 0.125 0.179 0.313 0.023 0.003 0.322 79 T 0.029 0.024 0.104 0.175 0.285 0.101 0.006 0.277 80 R 0.028 0.015 0.058 0.113 0.160 0.044 0.004 0.579