# TARGET T0429 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0429.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.0679 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 R 0.111 0.233 0.095 0.028 0.224 0.030 0.046 0.062 0.043 0.070 0.058 2 T 0.100 0.341 0.163 0.016 0.282 0.007 0.008 0.027 0.014 0.012 0.030 3 A 0.142 0.066 0.016 0.010 0.156 0.017 0.024 0.223 0.247 0.062 0.038 4 R 0.058 0.122 0.044 0.019 0.169 0.039 0.097 0.255 0.137 0.039 0.020 5 E 0.312 0.046 0.013 0.008 0.269 0.010 0.037 0.109 0.039 0.091 0.066 6 L 0.211 0.177 0.017 0.008 0.475 0.008 0.021 0.040 0.012 0.011 0.021 7 Y 0.408 0.049 0.020 0.015 0.278 0.024 0.023 0.039 0.018 0.033 0.093 8 A 0.125 0.239 0.050 0.020 0.396 0.026 0.031 0.047 0.023 0.012 0.030 9 N 0.308 0.070 0.017 0.009 0.394 0.010 0.020 0.040 0.023 0.041 0.068 10 V 0.159 0.203 0.017 0.002 0.556 0.002 0.009 0.013 0.007 0.006 0.027 11 V 0.350 0.085 0.020 0.003 0.409 0.005 0.012 0.011 0.005 0.010 0.090 12 L 0.105 0.123 0.059 0.111 0.142 0.116 0.063 0.044 0.039 0.116 0.080 13 G 0.023 0.055 0.110 0.499 0.037 0.084 0.028 0.026 0.029 0.081 0.027 14 D 0.053 0.122 0.079 0.078 0.112 0.057 0.077 0.144 0.114 0.133 0.031 15 D 0.077 0.096 0.055 0.035 0.142 0.026 0.033 0.121 0.136 0.214 0.064 16 S 0.115 0.084 0.048 0.019 0.172 0.017 0.032 0.190 0.171 0.099 0.052 17 L 0.089 0.059 0.048 0.032 0.088 0.054 0.067 0.265 0.146 0.113 0.039 18 N 0.036 0.146 0.120 0.121 0.059 0.093 0.114 0.148 0.062 0.074 0.027 19 D 0.125 0.039 0.033 0.039 0.078 0.025 0.026 0.062 0.049 0.366 0.159 20 C 0.156 0.271 0.034 0.015 0.358 0.016 0.014 0.035 0.026 0.038 0.037 21 R 0.141 0.192 0.043 0.011 0.482 0.019 0.025 0.030 0.015 0.012 0.029 22 I 0.444 0.051 0.006 0.003 0.399 0.003 0.005 0.012 0.009 0.021 0.046 23 I 0.130 0.256 0.027 0.005 0.501 0.011 0.018 0.015 0.005 0.007 0.025 24 F 0.215 0.211 0.068 0.003 0.351 0.003 0.003 0.009 0.004 0.014 0.119 25 V 0.153 0.278 0.026 0.016 0.313 0.017 0.014 0.063 0.045 0.031 0.045 26 D 0.089 0.111 0.088 0.049 0.160 0.070 0.079 0.164 0.114 0.045 0.032 27 E 0.136 0.088 0.028 0.010 0.193 0.017 0.082 0.186 0.116 0.107 0.038 28 V 0.209 0.129 0.024 0.013 0.305 0.015 0.038 0.093 0.056 0.070 0.049 29 F 0.166 0.208 0.037 0.017 0.342 0.022 0.025 0.057 0.040 0.031 0.054 30 K 0.164 0.157 0.060 0.015 0.294 0.021 0.035 0.075 0.051 0.054 0.075 31 I 0.163 0.184 0.045 0.010 0.342 0.011 0.032 0.067 0.047 0.057 0.042 32 E 0.117 0.178 0.098 0.038 0.168 0.029 0.069 0.074 0.061 0.105 0.062 33 R 0.035 0.265 0.471 0.053 0.098 0.008 0.009 0.017 0.012 0.011 0.021 34 P 0.033 0.134 0.054 0.050 0.060 0.064 0.194 0.182 0.134 0.070 0.024 35 G 0.039 0.088 0.172 0.119 0.052 0.038 0.036 0.065 0.076 0.255 0.061 36 E 0.076 0.140 0.078 0.033 0.124 0.033 0.067 0.136 0.114 0.150 0.049 37 R 0.085 0.185 0.143 0.043 0.153 0.026 0.027 0.106 0.074 0.110 0.048 38 E 0.081 0.128 0.049 0.029 0.132 0.033 0.052 0.213 0.140 0.104 0.039 39 N 0.090 0.184 0.084 0.016 0.194 0.017 0.027 0.164 0.087 0.088 0.048 40 L 0.108 0.112 0.031 0.010 0.182 0.013 0.029 0.257 0.122 0.092 0.043 41 Y 0.100 0.108 0.064 0.019 0.149 0.025 0.050 0.248 0.096 0.094 0.046 42 F 0.079 0.096 0.061 0.043 0.101 0.060 0.076 0.227 0.088 0.123 0.046 43 Q 0.046 0.235 0.122 0.090 0.102 0.057 0.070 0.114 0.059 0.077 0.028 44 G 0.069 0.085 0.093 0.088 0.077 0.032 0.027 0.116 0.075 0.248 0.090 45 M 0.085 0.218 0.086 0.016 0.184 0.016 0.033 0.138 0.085 0.089 0.049 46 W 0.107 0.244 0.079 0.014 0.252 0.014 0.022 0.122 0.058 0.043 0.045 47 D 0.100 0.116 0.071 0.020 0.144 0.033 0.061 0.209 0.118 0.075 0.052 48 E 0.091 0.102 0.069 0.022 0.130 0.032 0.077 0.207 0.110 0.112 0.047 49 T 0.046 0.242 0.130 0.073 0.085 0.045 0.067 0.098 0.068 0.114 0.032 50 E 0.086 0.088 0.122 0.120 0.085 0.033 0.022 0.074 0.059 0.206 0.106 51 L 0.080 0.181 0.069 0.036 0.147 0.042 0.060 0.150 0.119 0.082 0.033 52 G 0.090 0.154 0.102 0.049 0.160 0.040 0.049 0.118 0.077 0.107 0.052 53 L 0.195 0.126 0.031 0.011 0.283 0.012 0.018 0.116 0.079 0.070 0.060 54 Y 0.087 0.301 0.054 0.006 0.347 0.011 0.024 0.098 0.031 0.016 0.025 55 K 0.278 0.109 0.041 0.009 0.232 0.010 0.032 0.100 0.028 0.066 0.096 56 V 0.080 0.307 0.070 0.032 0.210 0.031 0.033 0.101 0.050 0.050 0.037 57 N 0.051 0.070 0.066 0.088 0.076 0.063 0.072 0.268 0.134 0.077 0.036 58 E 0.043 0.075 0.040 0.016 0.076 0.030 0.109 0.238 0.160 0.174 0.040 59 Y 0.129 0.151 0.037 0.010 0.222 0.009 0.021 0.090 0.065 0.184 0.082 60 V 0.048 0.202 0.054 0.025 0.132 0.039 0.053 0.175 0.142 0.093 0.036 61 D 0.207 0.115 0.043 0.007 0.320 0.008 0.014 0.102 0.045 0.065 0.074 62 A 0.035 0.051 0.010 0.003 0.067 0.006 0.014 0.395 0.337 0.069 0.014 63 R 0.029 0.049 0.021 0.011 0.050 0.026 0.068 0.429 0.171 0.127 0.018 64 D 0.143 0.083 0.025 0.009 0.223 0.008 0.014 0.266 0.093 0.088 0.049 65 T 0.031 0.040 0.019 0.011 0.060 0.020 0.051 0.505 0.197 0.050 0.017 66 N 0.067 0.040 0.020 0.015 0.054 0.020 0.085 0.362 0.130 0.171 0.038 67 M 0.093 0.153 0.045 0.032 0.174 0.021 0.029 0.230 0.088 0.091 0.045 68 G 0.083 0.070 0.048 0.062 0.098 0.040 0.040 0.316 0.110 0.089 0.044 69 A 0.094 0.121 0.039 0.017 0.211 0.012 0.035 0.316 0.093 0.037 0.025 70 W 0.208 0.053 0.014 0.011 0.183 0.012 0.046 0.316 0.069 0.049 0.039 71 F 0.088 0.180 0.068 0.023 0.230 0.027 0.045 0.231 0.058 0.021 0.030 72 E 0.225 0.041 0.014 0.016 0.178 0.017 0.037 0.223 0.079 0.094 0.076 73 A 0.143 0.161 0.015 0.007 0.494 0.008 0.017 0.086 0.033 0.014 0.021 74 Q 0.238 0.125 0.019 0.006 0.450 0.006 0.047 0.066 0.013 0.008 0.021 75 V 0.481 0.042 0.010 0.007 0.272 0.005 0.014 0.035 0.015 0.034 0.085 76 V 0.087 0.282 0.038 0.022 0.379 0.038 0.038 0.046 0.026 0.015 0.029 77 R 0.241 0.117 0.048 0.013 0.338 0.012 0.020 0.050 0.027 0.044 0.089 78 V 0.184 0.199 0.033 0.010 0.318 0.011 0.028 0.064 0.042 0.048 0.062 79 T 0.113 0.267 0.092 0.017 0.300 0.020 0.028 0.057 0.028 0.025 0.053 80 R 0.159 0.169 0.057 0.021 0.226 0.021 0.033 0.132 0.070 0.053 0.058