This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA S A 3 3 NATAA V A 4 4 NATAA Q A 5 5 NATAA L A 6 6 NATAA V A 7 7 NATAA K A 8 8 NATAA G A 9 9 NATAA V A 10 10 NATAA N A 11 11 NATAA L A 12 12 NATAA H A 13 13 NATAA V A 14 14 NATAA I A 15 15 NATRO P A 16 16 NATAA T A 17 17 NATAA E A 18 18 NATAA K A 19 19 NATAA Y A 20 20 NATAA K A 21 21 NATAA T A 22 22 NATAA V A 23 23 NATAA R A 24 24 NATAA L A 25 25 NATAA L A 26 26 NATAA V A 27 27 NATAA R A 28 28 NATAA F A 29 29 NATAA N A 30 30 NATAA T A 31 31 NATAA R A 32 32 NATAA L A 33 33 NATAA N A 34 34 NATAA H A 35 35 NATAA E A 36 36 NATAA T A 37 37 NATAA I A 38 38 NATAA T A 39 39 NATAA K A 40 40 NATAA R A 41 41 NATAA T A 42 42 NATAA L A 43 43 NATAA L A 44 44 NATAA S A 45 45 NATAA S A 46 46 NATAA L A 47 47 NATAA M A 48 48 NATAA E A 49 49 NATAA T A 50 50 NATAA N A 51 51 NATAA S A 52 52 NATAA L A 53 53 NATAA N A 54 54 NATAA Y A 55 55 NATRO P A 56 56 NATAA N A 57 57 NATAA Q A 58 58 NATAA V A 59 59 NATAA K A 60 60 NATAA L A 61 61 NATAA S A 62 62 NATAA E A 63 63 NATAA R A 64 64 NATAA L A 65 65 NATAA A A 66 66 NATAA E A 67 67 NATAA L A 68 68 NATAA Y A 69 69 NATAA G A 70 70 NATAA A A 71 71 NATAA S A 72 72 NATAA F A 73 73 NATAA G A 74 74 NATAA I A 75 75 NATAA G A 76 76 NATAA V A 77 77 NATAA S A 78 78 NATAA K A 79 79 NATAA K A 80 80 NATAA G A 81 81 NATAA N A 82 82 NATAA Q A 83 83 NATAA H A 84 84 NATAA W A 85 85 NATAA F A 86 86 NATAA N A 87 87 NATAA I A 88 88 NATAA S A 89 89 NATAA M A 90 90 NATAA N A 91 91 NATAA I A 92 92 NATAA V A 93 93 NATAA N A 94 94 NATAA D A 95 95 NATAA H A 96 96 NATAA Y A 97 97 NATAA L A 98 98 NATAA Q A 99 99 NATAA D A 100 100 NATAA S A 101 101 NATAA Q A 102 102 NATAA V A 103 103 NATAA L A 104 104 NATAA A A 105 105 NATAA E A 106 106 NATAA A A 107 107 NATAA V A 108 108 NATAA D A 109 109 NATAA F A 110 110 NATAA L A 111 111 NATAA K A 112 112 NATAA E A 113 113 NATAA I A 114 114 NATAA I A 115 115 NATAA F A 116 116 NATAA A A 117 117 NATRO P A 118 118 NATAA N A 119 119 NATAA I A 120 120 NATAA Q A 121 121 NATAA A A 122 122 NATAA G A 123 123 NATAA Q A 124 124 NATAA F A 125 125 NATAA E A 126 126 NATAA A A 127 127 NATAA E A 128 128 NATAA T A 129 129 NATAA F A 130 130 NATAA Q A 131 131 NATAA R A 132 132 NATAA E A 133 133 NATAA K A 134 134 NATAA E A 135 135 NATAA N A 136 136 NATAA L A 137 137 NATAA K A 138 138 NATAA A A 139 139 NATAA Y A 140 140 NATAA L A 141 141 NATAA E A 142 142 NATAA S A 143 143 NATAA I A 144 144 NATAA V A 145 145 NATAA E A 146 146 NATAA D A 147 147 NATAA K A 148 148 NATAA Q A 149 149 NATAA T A 150 150 NATAA Y A 151 151 NATAA A A 152 152 NATAA S A 153 153 NATAA L A 154 154 NATAA A A 155 155 NATAA L A 156 156 NATAA Q A 157 157 NATAA S A 158 158 NATAA V A 159 159 NATAA Y A 160 160 NATAA F A 161 161 NATAA N A 162 162 NATAA Q A 163 163 NATAA S A 164 164 NATAA E A 165 165 NATAA D A 166 166 NATAA Q A 167 167 NATAA K A 168 168 NATAA I A 169 169 NATRO P A 170 170 NATAA S A 171 171 NATAA F A 172 172 NATAA G A 173 173 NATAA T A 174 174 NATAA V A 175 175 NATAA A A 176 176 NATAA A A 177 177 NATAA L A 178 178 NATAA A A 179 179 NATAA E A 180 180 NATAA E A 181 181 NATAA T A 182 182 NATAA A A 183 183 NATAA A A 184 184 NATAA S A 185 185 NATAA L A 186 186 NATAA A A 187 187 NATAA A A 188 188 NATAA Y A 189 189 NATAA Y A 190 190 NATAA Q A 191 191 NATAA K A 192 192 NATAA M A 193 193 NATAA L A 194 194 NATAA A A 195 195 NATAA E A 196 196 NATAA D A 197 197 NATAA Q A 198 198 NATAA V A 199 199 NATAA D A 200 200 NATAA I A 201 201 NATAA F A 202 202 NATAA V A 203 203 NATAA L A 204 204 NATAA G A 205 205 NATAA D A 206 206 NATAA V A 207 207 NATAA N A 208 208 NATAA E A 209 209 NATAA A A 210 210 NATAA E A 211 211 NATAA L A 212 212 NATAA V A 213 213 NATRO P A 214 214 NATAA L A 215 215 NATAA F A 216 216 NATAA K A 217 217 NATAA Q A 218 218 NATAA L A 219 219 NATRO P A 220 220 NATAA F A 221 221 NATAA T A 222 222 NATRO P A 223 223 NATAA R A 224 224 NATAA E A 225 225 NATAA E A 226 226 NATAA G A 227 227 NATAA K A 228 228 NATAA A A 229 229 NATAA A A 230 230 NATAA I A 231 231 NATAA F A 232 232 NATAA Y A 233 233 NATAA N A 234 234 NATAA Q A 235 235 NATRO P A 236 236 NATAA I A 237 237 NATAA R A 238 238 NATAA N A 239 239 NATAA V A 240 240 NATAA I A 241 241 NATAA E A 242 242 NATAA E A 243 243 NATAA R A 244 244 NATAA T A 245 245 NATAA E A 246 246 NATAA R A 247 247 NATAA E A 248 248 NATAA V A 249 249 NATAA L A 250 250 NATAA A A 251 251 NATAA Q A 252 252 NATAA S A 253 253 NATAA K A 254 254 NATAA L A 255 255 NATAA N A 256 256 NATAA L A 257 257 NATAA A A 258 258 NATAA Y A 259 259 NATAA N A 260 260 NATAA T A 261 261 NATAA D A 262 262 NATAA I A 263 263 NATAA Y A 264 264 NATAA Y A 265 265 NATAA G A 266 266 NATAA D A 267 267 NATAA S A 268 268 NATAA Y A 269 269 NATAA Y A 270 270 NATAA F A 271 271 NATAA A A 272 272 NATAA L A 273 273 NATAA Q A 274 274 NATAA V A 275 275 NATAA F A 276 276 NATAA N A 277 277 NATAA G A 278 278 NATAA I A 279 279 NATAA F A 280 280 NATAA G A 281 281 NATAA G A 282 282 NATAA F A 283 283 NATRO P A 284 284 NATAA H A 285 285 NATAA S A 286 286 NATAA K A 287 287 NATAA L A 288 288 NATAA F A 289 289 NATAA M A 290 290 NATAA N A 291 291 NATAA V A 292 292 NATAA R A 293 293 NATAA E A 294 294 NATAA K A 295 295 NATAA E A 296 296 NATAA H A 297 297 NATAA L A 298 298 NATAA A A 299 299 NATAA Y A 300 300 NATAA Y A 301 301 NATAA A A 302 302 NATAA S A 303 303 NATAA S A 304 304 NATAA S A 305 305 NATAA I A 306 306 NATAA D A 307 307 NATAA T A 308 308 NATAA F A 309 309 NATAA R A 310 310 NATAA G A 311 311 NATAA F A 312 312 NATAA M A 313 313 NATAA T A 314 314 NATAA V A 315 315 NATAA Q A 316 316 NATAA T A 317 317 NATAA G A 318 318 NATAA I A 319 319 NATAA D A 320 320 NATAA G A 321 321 NATAA K A 322 322 NATAA N A 323 323 NATAA R A 324 324 NATAA N A 325 325 NATAA Q A 326 326 NATAA V A 327 327 NATAA L A 328 328 NATAA R A 329 329 NATAA L A 330 330 NATAA I A 331 331 NATAA S A 332 332 NATAA T A 333 333 NATAA E A 334 334 NATAA L A 335 335 NATAA E A 336 336 NATAA N A 337 337 NATAA I A 338 338 NATAA R A 339 339 NATAA L A 340 340 NATAA G A 341 341 NATAA K A 342 342 NATAA I A 343 343 NATAA R A 344 344 NATAA E A 345 345 NATAA L A 346 346 NATAA E A 347 347 NATAA I A 348 348 NATAA E A 349 349 NATAA Q A 350 350 NATAA T A 351 351 NATAA K A 352 352 NATAA A A 353 353 NATAA M A 354 354 NATAA L A 355 355 NATAA K A 356 356 NATAA N A 357 357 NATAA Q A 358 358 NATAA Y A 359 359 NATAA I A 360 360 NATAA L A 361 361 NATAA A A 362 362 NATAA L A 363 363 NATAA D A 364 364 NATAA N A 365 365 NATAA A A 366 366 NATAA G A 367 367 NATAA A A 368 368 NATAA W A 369 369 NATAA L A 370 370 NATAA E A 371 371 NATAA K A 372 372 NATAA E A 373 373 NATAA Y A 374 374 NATAA L A 375 375 NATAA N A 376 376 NATAA E A 377 377 NATAA L A 378 378 NATAA M A 379 379 NATRO P A 380 380 NATAA Q A 381 381 NATAA T A 382 382 NATAA M A 383 383 NATAA L A 384 384 NATAA T A 385 385 NATAA A A 386 386 NATAA E A 387 387 NATAA E A 388 388 NATAA W A 389 389 NATAA I A 390 390 NATAA A A 391 391 NATAA R A 392 392 NATAA I A 393 393 NATAA N A 394 394 NATAA A A 395 395 NATAA V A 396 396 NATAA T A 397 397 NATAA I A 398 398 NATRO P A 399 399 NATAA E A 400 400 NATAA I A 401 401 NATAA Q A 402 402 NATAA E A 403 403 NATAA V A 404 404 NATAA A A 405 405 NATAA K A 406 406 NATAA R A 407 407 NATAA L A 408 408 NATAA E A 409 409 NATAA L A 410 410 NATAA Q A 411 411 NATAA A A 412 412 NATAA I A 413 413 NATAA F A 414 414 NATAA F A 415 415 NATAA L A 416 416 NATAA E A 417 417 NATAA G A 418 418 NATAA E A 419 419 NATAA T A 420 420 NATAA E A 421 421 NATAA N A 422 422 NATAA D