# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 252.63 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.001 0.001 0.135 0.005 0.015 0.146 0.001 0.001 0.059 0.629 2 S 0.001 0.001 0.001 0.335 0.009 0.020 0.099 0.001 0.001 0.108 0.428 3 K 0.001 0.001 0.001 0.653 0.038 0.033 0.027 0.001 0.001 0.133 0.114 4 I 0.001 0.001 0.001 0.880 0.024 0.023 0.004 0.001 0.001 0.039 0.030 5 I 0.001 0.001 0.001 0.943 0.018 0.010 0.002 0.001 0.001 0.016 0.012 6 C 0.001 0.001 0.001 0.952 0.011 0.011 0.003 0.001 0.001 0.011 0.012 7 L 0.001 0.001 0.001 0.918 0.006 0.008 0.013 0.001 0.001 0.010 0.044 8 T 0.161 0.005 0.001 0.382 0.012 0.027 0.112 0.009 0.001 0.088 0.201 9 A 0.031 0.003 0.001 0.070 0.005 0.014 0.271 0.004 0.001 0.051 0.550 10 G 0.037 0.007 0.002 0.039 0.006 0.019 0.258 0.004 0.001 0.055 0.574 11 H 0.064 0.007 0.003 0.042 0.029 0.045 0.241 0.011 0.001 0.103 0.453 12 S 0.129 0.004 0.001 0.035 0.015 0.036 0.187 0.003 0.001 0.077 0.512 13 N 0.021 0.003 0.001 0.027 0.029 0.075 0.195 0.001 0.001 0.065 0.583 14 T 0.005 0.006 0.001 0.021 0.010 0.022 0.148 0.001 0.001 0.013 0.774 15 D 0.655 0.043 0.001 0.007 0.011 0.014 0.056 0.021 0.001 0.057 0.136 16 P 0.065 0.029 0.001 0.013 0.018 0.029 0.176 0.006 0.001 0.051 0.612 17 G 0.026 0.018 0.002 0.020 0.015 0.055 0.132 0.002 0.001 0.046 0.684 18 A 0.074 0.013 0.002 0.037 0.099 0.122 0.148 0.005 0.001 0.086 0.412 19 V 0.129 0.014 0.002 0.034 0.028 0.049 0.152 0.004 0.001 0.064 0.523 20 N 0.083 0.018 0.001 0.021 0.023 0.045 0.115 0.003 0.001 0.044 0.648 21 G 0.016 0.025 0.001 0.015 0.010 0.023 0.126 0.001 0.001 0.019 0.765 22 S 0.046 0.150 0.001 0.016 0.030 0.049 0.128 0.005 0.001 0.034 0.541 23 D 0.045 0.316 0.003 0.016 0.040 0.032 0.101 0.005 0.001 0.070 0.373 24 R 0.022 0.802 0.001 0.004 0.011 0.012 0.019 0.004 0.001 0.026 0.099 25 E 0.020 0.886 0.001 0.002 0.004 0.007 0.007 0.003 0.001 0.023 0.047 26 A 0.008 0.877 0.002 0.003 0.006 0.007 0.008 0.001 0.001 0.044 0.044 27 D 0.006 0.829 0.004 0.005 0.006 0.005 0.014 0.002 0.001 0.077 0.051 28 L 0.003 0.938 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.031 0.016 29 A 0.002 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.005 30 Q 0.001 0.125 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.868 0.004 31 D 0.002 0.848 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.132 0.007 32 M 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.004 33 R 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.009 34 N 0.001 0.171 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.814 0.009 35 I 0.002 0.760 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.209 0.012 36 V 0.011 0.946 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.008 0.005 37 A 0.014 0.893 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.039 0.035 38 S 0.015 0.491 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.002 0.343 0.113 39 I 0.060 0.310 0.059 0.003 0.002 0.002 0.064 0.019 0.012 0.294 0.174 40 L 0.225 0.233 0.052 0.005 0.002 0.004 0.061 0.047 0.039 0.124 0.208 41 R 0.138 0.014 0.043 0.003 0.003 0.003 0.080 0.005 0.046 0.062 0.603 42 N 0.133 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.074 0.001 0.001 0.008 0.770 43 D 0.040 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 0.092 0.001 0.001 0.013 0.841 44 Y 0.013 0.001 0.002 0.011 0.006 0.010 0.178 0.001 0.001 0.010 0.769 45 G 0.003 0.001 0.001 0.042 0.006 0.027 0.111 0.001 0.001 0.032 0.777 46 L 0.003 0.001 0.001 0.151 0.117 0.123 0.086 0.001 0.001 0.070 0.448 47 T 0.001 0.001 0.001 0.637 0.043 0.095 0.020 0.001 0.001 0.058 0.143 48 V 0.001 0.001 0.001 0.376 0.170 0.159 0.021 0.001 0.001 0.070 0.201 49 K 0.001 0.001 0.001 0.527 0.144 0.173 0.015 0.001 0.001 0.048 0.092 50 T 0.002 0.001 0.001 0.184 0.189 0.240 0.045 0.001 0.001 0.070 0.267 51 D 0.028 0.002 0.001 0.112 0.113 0.137 0.080 0.003 0.001 0.085 0.438 52 G 0.200 0.003 0.001 0.023 0.028 0.034 0.108 0.005 0.001 0.082 0.516 53 T 0.036 0.002 0.001 0.011 0.006 0.013 0.137 0.002 0.001 0.043 0.750 54 G 0.035 0.005 0.001 0.011 0.009 0.017 0.121 0.002 0.001 0.025 0.774 55 K 0.076 0.009 0.001 0.009 0.023 0.025 0.138 0.003 0.001 0.065 0.650 56 G 0.011 0.009 0.001 0.022 0.035 0.039 0.120 0.001 0.001 0.030 0.732 57 N 0.020 0.025 0.001 0.018 0.024 0.051 0.111 0.001 0.001 0.025 0.725 58 M 0.013 0.062 0.002 0.034 0.088 0.050 0.142 0.002 0.001 0.020 0.586 59 P 0.060 0.780 0.001 0.004 0.006 0.005 0.016 0.007 0.001 0.025 0.096 60 L 0.056 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.009 0.017 61 R 0.015 0.895 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.034 0.039 62 D 0.014 0.910 0.002 0.001 0.004 0.004 0.006 0.002 0.001 0.012 0.044 63 A 0.037 0.883 0.002 0.003 0.003 0.005 0.009 0.011 0.001 0.008 0.038 64 V 0.060 0.454 0.020 0.026 0.014 0.042 0.032 0.007 0.019 0.171 0.155 65 K 0.156 0.058 0.020 0.011 0.022 0.021 0.080 0.005 0.016 0.140 0.472 66 L 0.130 0.017 0.003 0.010 0.006 0.009 0.093 0.007 0.002 0.037 0.686 67 I 0.261 0.003 0.012 0.009 0.006 0.005 0.102 0.002 0.002 0.037 0.561 68 R 0.028 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.097 0.001 0.001 0.010 0.851 69 G 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.090 0.001 0.001 0.009 0.885 70 S 0.014 0.001 0.001 0.097 0.049 0.030 0.219 0.001 0.001 0.040 0.548 71 D 0.002 0.001 0.001 0.386 0.011 0.038 0.083 0.001 0.001 0.082 0.395 72 V 0.001 0.001 0.001 0.764 0.032 0.048 0.022 0.001 0.001 0.044 0.090 73 A 0.001 0.001 0.001 0.900 0.018 0.023 0.005 0.001 0.001 0.030 0.023 74 I 0.001 0.001 0.001 0.842 0.040 0.038 0.007 0.001 0.001 0.035 0.036 75 E 0.001 0.001 0.001 0.896 0.023 0.029 0.006 0.001 0.001 0.023 0.022 76 F 0.008 0.007 0.001 0.535 0.093 0.113 0.037 0.002 0.001 0.065 0.139 77 H 0.037 0.026 0.003 0.359 0.086 0.118 0.087 0.008 0.001 0.071 0.202 78 T 0.079 0.036 0.003 0.177 0.030 0.067 0.138 0.008 0.003 0.066 0.393 79 N 0.082 0.028 0.023 0.095 0.033 0.075 0.145 0.020 0.013 0.118 0.368 80 A 0.174 0.015 0.002 0.050 0.016 0.034 0.143 0.008 0.002 0.064 0.493 81 A 0.162 0.010 0.004 0.029 0.016 0.027 0.135 0.007 0.001 0.119 0.491 82 A 0.019 0.010 0.001 0.029 0.011 0.022 0.129 0.003 0.001 0.033 0.742 83 N 0.176 0.012 0.002 0.013 0.008 0.016 0.112 0.005 0.001 0.142 0.513 84 K 0.040 0.010 0.002 0.021 0.052 0.042 0.154 0.003 0.001 0.091 0.583 85 T 0.083 0.012 0.001 0.025 0.012 0.028 0.122 0.003 0.001 0.043 0.669 86 A 0.049 0.010 0.002 0.027 0.059 0.077 0.181 0.003 0.001 0.052 0.540 87 T 0.012 0.011 0.001 0.062 0.056 0.142 0.174 0.002 0.001 0.044 0.495 88 G 0.008 0.008 0.001 0.058 0.123 0.447 0.071 0.003 0.001 0.051 0.229 89 I 0.008 0.005 0.002 0.067 0.214 0.273 0.066 0.002 0.001 0.076 0.287 90 E 0.005 0.002 0.001 0.103 0.227 0.468 0.031 0.001 0.001 0.047 0.115 91 A 0.006 0.001 0.001 0.119 0.217 0.358 0.034 0.001 0.001 0.072 0.190 92 L 0.002 0.001 0.001 0.114 0.306 0.415 0.028 0.001 0.001 0.027 0.107 93 S 0.002 0.002 0.001 0.106 0.203 0.327 0.051 0.001 0.001 0.039 0.267 94 T 0.072 0.014 0.002 0.076 0.127 0.138 0.086 0.006 0.001 0.083 0.394 95 P 0.272 0.030 0.001 0.019 0.019 0.022 0.097 0.009 0.001 0.052 0.479 96 K 0.037 0.048 0.001 0.007 0.005 0.009 0.100 0.002 0.001 0.018 0.774 97 N 0.050 0.243 0.001 0.008 0.007 0.011 0.067 0.005 0.001 0.039 0.569 98 K 0.091 0.556 0.001 0.008 0.012 0.011 0.049 0.006 0.001 0.047 0.219 99 R 0.033 0.670 0.002 0.006 0.013 0.010 0.035 0.003 0.001 0.033 0.194 100 W 0.011 0.862 0.001 0.003 0.004 0.005 0.013 0.002 0.001 0.017 0.082 101 C 0.011 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.017 0.021 102 Q 0.007 0.944 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.015 0.022 103 V 0.005 0.880 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.048 0.050 104 L 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.012 0.007 105 G 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.003 106 K 0.005 0.954 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.019 107 A 0.015 0.877 0.009 0.002 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.048 0.033 108 V 0.012 0.085 0.014 0.002 0.001 0.001 0.023 0.005 0.002 0.831 0.024 109 A 0.026 0.340 0.026 0.006 0.003 0.004 0.079 0.013 0.014 0.342 0.146 110 K 0.089 0.445 0.007 0.004 0.003 0.004 0.043 0.014 0.002 0.026 0.361 111 K 0.079 0.322 0.035 0.011 0.008 0.012 0.075 0.022 0.005 0.040 0.392 112 T 0.107 0.257 0.015 0.014 0.006 0.016 0.083 0.032 0.005 0.039 0.425 113 G 0.163 0.119 0.009 0.012 0.008 0.016 0.077 0.020 0.004 0.047 0.524 114 W 0.088 0.051 0.004 0.023 0.017 0.022 0.084 0.006 0.001 0.047 0.658 115 K 0.046 0.026 0.004 0.032 0.019 0.033 0.109 0.004 0.001 0.055 0.672 116 L 0.048 0.021 0.003 0.039 0.022 0.032 0.122 0.004 0.002 0.042 0.665 117 R 0.158 0.013 0.011 0.023 0.018 0.023 0.096 0.008 0.008 0.076 0.565 118 G 0.222 0.006 0.001 0.014 0.008 0.013 0.088 0.005 0.001 0.028 0.614 119 E 0.112 0.004 0.001 0.015 0.005 0.011 0.088 0.003 0.001 0.033 0.728 120 D 0.016 0.002 0.001 0.023 0.012 0.020 0.115 0.001 0.001 0.027 0.784 121 G 0.010 0.002 0.001 0.024 0.018 0.037 0.102 0.001 0.001 0.042 0.763 122 F 0.009 0.002 0.001 0.028 0.089 0.056 0.110 0.001 0.001 0.040 0.662 123 K 0.027 0.005 0.001 0.072 0.051 0.069 0.102 0.003 0.001 0.060 0.610 124 P 0.094 0.007 0.001 0.027 0.025 0.039 0.106 0.004 0.001 0.093 0.602 125 D 0.063 0.005 0.002 0.034 0.014 0.024 0.125 0.003 0.001 0.058 0.670 126 N 0.237 0.011 0.001 0.015 0.009 0.015 0.099 0.003 0.001 0.056 0.554 127 A 0.050 0.009 0.001 0.012 0.011 0.017 0.139 0.003 0.001 0.041 0.717 128 G 0.013 0.011 0.001 0.019 0.020 0.034 0.168 0.001 0.001 0.046 0.686 129 Q 0.008 0.020 0.001 0.070 0.148 0.299 0.096 0.002 0.001 0.066 0.291 130 H 0.007 0.017 0.001 0.076 0.150 0.293 0.066 0.002 0.001 0.068 0.322 131 S 0.003 0.013 0.001 0.126 0.291 0.375 0.023 0.001 0.001 0.037 0.130 132 R 0.014 0.019 0.001 0.105 0.270 0.311 0.028 0.002 0.001 0.049 0.200 133 L 0.018 0.008 0.013 0.095 0.301 0.211 0.033 0.004 0.006 0.070 0.243 134 A 0.089 0.010 0.003 0.080 0.147 0.223 0.058 0.005 0.002 0.056 0.327 135 Y 0.197 0.005 0.002 0.035 0.051 0.077 0.075 0.003 0.002 0.064 0.489 136 A 0.018 0.002 0.001 0.082 0.056 0.082 0.134 0.001 0.001 0.028 0.595 137 Q 0.022 0.005 0.001 0.060 0.027 0.069 0.117 0.002 0.001 0.049 0.648 138 A 0.041 0.003 0.002 0.045 0.074 0.049 0.169 0.003 0.001 0.082 0.531 139 G 0.008 0.003 0.001 0.292 0.067 0.126 0.096 0.002 0.001 0.077 0.328 140 G 0.006 0.002 0.001 0.299 0.063 0.193 0.055 0.001 0.001 0.113 0.267 141 I 0.001 0.001 0.001 0.492 0.164 0.181 0.022 0.001 0.001 0.049 0.089 142 V 0.001 0.001 0.001 0.518 0.141 0.167 0.020 0.001 0.001 0.050 0.100 143 F 0.005 0.002 0.001 0.470 0.138 0.132 0.031 0.002 0.001 0.055 0.164 144 E 0.025 0.009 0.002 0.254 0.127 0.174 0.069 0.006 0.001 0.092 0.244 145 P 0.042 0.011 0.002 0.156 0.042 0.104 0.165 0.005 0.001 0.087 0.385 146 F 0.023 0.009 0.004 0.222 0.070 0.243 0.108 0.004 0.002 0.085 0.231 147 F 0.105 0.008 0.001 0.106 0.059 0.096 0.120 0.003 0.001 0.055 0.446 148 I 0.011 0.005 0.001 0.153 0.070 0.182 0.168 0.001 0.001 0.043 0.365 149 S 0.003 0.032 0.001 0.064 0.036 0.059 0.104 0.001 0.001 0.037 0.662 150 N 0.132 0.704 0.001 0.003 0.004 0.005 0.018 0.021 0.001 0.029 0.082 151 D 0.072 0.825 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.012 0.001 0.011 0.059 152 T 0.038 0.828 0.005 0.002 0.002 0.002 0.009 0.003 0.001 0.014 0.097 153 D 0.158 0.684 0.013 0.004 0.004 0.011 0.012 0.023 0.002 0.023 0.066 154 L 0.347 0.353 0.013 0.006 0.008 0.012 0.030 0.024 0.003 0.063 0.141 155 A 0.110 0.122 0.016 0.015 0.020 0.035 0.050 0.009 0.003 0.167 0.454 156 L 0.027 0.035 0.002 0.019 0.007 0.018 0.113 0.002 0.001 0.136 0.640 157 F 0.041 0.035 0.007 0.019 0.029 0.033 0.144 0.006 0.001 0.116 0.568 158 K 0.038 0.055 0.003 0.013 0.019 0.018 0.101 0.005 0.001 0.026 0.720 159 T 0.213 0.146 0.006 0.011 0.005 0.007 0.083 0.011 0.003 0.063 0.451 160 T 0.149 0.364 0.003 0.006 0.007 0.008 0.066 0.011 0.001 0.055 0.331 161 K 0.036 0.610 0.001 0.004 0.002 0.004 0.033 0.003 0.001 0.026 0.280 162 W 0.016 0.711 0.001 0.008 0.004 0.006 0.037 0.002 0.001 0.050 0.164 163 G 0.004 0.901 0.001 0.006 0.005 0.005 0.011 0.001 0.001 0.024 0.043 164 I 0.004 0.943 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.018 0.020 165 C 0.003 0.951 0.001 0.005 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.018 0.012 166 R 0.004 0.920 0.001 0.005 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.045 0.013 167 A 0.006 0.904 0.007 0.004 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.047 0.018 168 I 0.027 0.899 0.004 0.003 0.002 0.002 0.008 0.008 0.001 0.031 0.016 169 A 0.033 0.829 0.005 0.005 0.003 0.005 0.016 0.005 0.001 0.038 0.061 170 D 0.018 0.815 0.004 0.008 0.004 0.007 0.019 0.002 0.001 0.025 0.097 171 A 0.060 0.565 0.012 0.022 0.007 0.016 0.059 0.009 0.002 0.089 0.160 172 I 0.089 0.441 0.019 0.053 0.018 0.035 0.080 0.016 0.009 0.060 0.181 173 A 0.119 0.187 0.041 0.038 0.017 0.026 0.066 0.014 0.025 0.063 0.405 174 M 0.300 0.055 0.007 0.021 0.012 0.017 0.070 0.011 0.003 0.034 0.471 175 E 0.189 0.035 0.003 0.020 0.007 0.015 0.085 0.011 0.002 0.037 0.596 176 L 0.041 0.011 0.004 0.022 0.006 0.010 0.096 0.003 0.002 0.021 0.784 177 G 0.107 0.010 0.001 0.018 0.007 0.014 0.084 0.004 0.001 0.034 0.720 178 A 0.112 0.004 0.001 0.012 0.012 0.010 0.084 0.002 0.001 0.030 0.732 179 A 0.049 0.004 0.001 0.041 0.009 0.013 0.109 0.001 0.001 0.024 0.749 180 K 0.028 0.006 0.001 0.022 0.007 0.014 0.103 0.002 0.001 0.027 0.790 181 V 0.039 0.009 0.001 0.027 0.019 0.019 0.137 0.002 0.001 0.036 0.710