# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 252.63 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.002 0.001 0.027 0.030 0.054 0.059 0.001 0.001 0.003 0.780 2 S 0.017 0.001 0.001 0.028 0.014 0.019 0.071 0.001 0.001 0.003 0.847 3 K 0.037 0.001 0.001 0.107 0.021 0.027 0.130 0.001 0.001 0.002 0.674 4 I 0.013 0.001 0.001 0.606 0.044 0.048 0.066 0.001 0.001 0.001 0.221 5 I 0.002 0.001 0.001 0.867 0.042 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 0.036 6 C 0.001 0.001 0.001 0.955 0.011 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 7 L 0.001 0.001 0.001 0.971 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 8 T 0.001 0.001 0.001 0.837 0.021 0.029 0.034 0.001 0.001 0.002 0.076 9 A 0.001 0.001 0.001 0.406 0.013 0.024 0.101 0.001 0.001 0.004 0.449 10 G 0.004 0.001 0.001 0.173 0.005 0.011 0.403 0.001 0.001 0.023 0.379 11 H 0.220 0.001 0.001 0.048 0.007 0.016 0.226 0.001 0.001 0.032 0.449 12 S 0.036 0.004 0.001 0.020 0.006 0.006 0.132 0.002 0.001 0.012 0.782 13 N 0.055 0.003 0.004 0.016 0.015 0.023 0.125 0.002 0.001 0.012 0.745 14 T 0.309 0.004 0.007 0.020 0.018 0.050 0.123 0.001 0.001 0.008 0.459 15 D 0.140 0.006 0.003 0.026 0.029 0.040 0.437 0.001 0.001 0.011 0.306 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.989 17 G 0.016 0.004 0.003 0.056 0.051 0.101 0.276 0.001 0.001 0.021 0.470 18 A 0.613 0.005 0.003 0.027 0.022 0.037 0.097 0.001 0.001 0.008 0.187 19 V 0.063 0.039 0.002 0.068 0.157 0.164 0.135 0.001 0.001 0.008 0.364 20 N 0.046 0.034 0.003 0.062 0.088 0.128 0.148 0.001 0.001 0.007 0.483 21 G 0.073 0.016 0.002 0.042 0.026 0.051 0.110 0.003 0.001 0.010 0.667 22 S 0.135 0.009 0.009 0.019 0.021 0.034 0.238 0.003 0.001 0.009 0.524 23 D 0.080 0.009 0.006 0.019 0.021 0.038 0.133 0.001 0.001 0.006 0.687 24 R 0.015 0.011 0.003 0.017 0.022 0.041 0.280 0.001 0.001 0.005 0.606 25 E 0.069 0.035 0.002 0.020 0.025 0.066 0.262 0.001 0.001 0.004 0.514 26 A 0.049 0.168 0.002 0.015 0.029 0.062 0.113 0.001 0.001 0.003 0.558 27 D 0.035 0.260 0.002 0.009 0.021 0.031 0.157 0.002 0.001 0.007 0.476 28 L 0.064 0.547 0.008 0.010 0.016 0.020 0.078 0.002 0.001 0.003 0.251 29 A 0.014 0.804 0.002 0.004 0.006 0.011 0.047 0.001 0.001 0.001 0.110 30 Q 0.012 0.830 0.001 0.001 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.129 31 D 0.011 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.067 32 M 0.007 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 33 R 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 34 N 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 35 I 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.017 36 V 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 37 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 S 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 39 I 0.016 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 40 L 0.014 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 41 R 0.020 0.941 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.012 42 N 0.021 0.897 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.022 43 D 0.213 0.620 0.014 0.003 0.001 0.001 0.004 0.100 0.001 0.001 0.043 44 Y 0.221 0.377 0.055 0.007 0.005 0.004 0.028 0.140 0.001 0.004 0.159 45 G 0.301 0.037 0.147 0.060 0.021 0.020 0.032 0.063 0.001 0.096 0.223 46 L 0.053 0.003 0.604 0.032 0.013 0.011 0.111 0.005 0.001 0.002 0.166 47 T 0.032 0.001 0.002 0.469 0.169 0.154 0.056 0.001 0.001 0.007 0.109 48 V 0.001 0.001 0.001 0.062 0.019 0.029 0.084 0.001 0.001 0.001 0.804 49 K 0.004 0.001 0.001 0.582 0.130 0.254 0.006 0.001 0.001 0.002 0.022 50 T 0.010 0.001 0.001 0.199 0.109 0.122 0.073 0.001 0.001 0.002 0.482 51 D 0.017 0.001 0.001 0.163 0.193 0.448 0.022 0.001 0.001 0.002 0.153 52 G 0.010 0.001 0.001 0.091 0.050 0.076 0.299 0.001 0.001 0.010 0.462 53 T 0.019 0.001 0.001 0.017 0.012 0.020 0.335 0.001 0.001 0.006 0.591 54 G 0.025 0.001 0.001 0.017 0.017 0.023 0.198 0.001 0.001 0.042 0.676 55 K 0.196 0.003 0.004 0.014 0.015 0.024 0.312 0.001 0.001 0.013 0.417 56 G 0.114 0.005 0.002 0.020 0.034 0.045 0.150 0.001 0.001 0.008 0.622 57 N 0.054 0.004 0.004 0.011 0.024 0.074 0.109 0.001 0.001 0.003 0.715 58 M 0.203 0.006 0.004 0.042 0.074 0.144 0.076 0.001 0.001 0.003 0.446 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.973 60 L 0.014 0.005 0.001 0.015 0.034 0.195 0.085 0.001 0.001 0.001 0.651 61 R 0.025 0.055 0.001 0.013 0.012 0.027 0.143 0.001 0.001 0.006 0.717 62 D 0.080 0.079 0.001 0.004 0.008 0.013 0.262 0.001 0.001 0.008 0.545 63 A 0.133 0.544 0.002 0.005 0.008 0.014 0.057 0.002 0.001 0.003 0.234 64 V 0.036 0.800 0.002 0.004 0.007 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.121 65 K 0.031 0.814 0.003 0.005 0.016 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.106 66 L 0.046 0.815 0.002 0.004 0.010 0.008 0.004 0.017 0.001 0.001 0.092 67 I 0.153 0.713 0.004 0.008 0.011 0.013 0.004 0.032 0.001 0.001 0.062 68 R 0.111 0.398 0.012 0.014 0.012 0.013 0.037 0.061 0.001 0.002 0.341 69 G 0.256 0.046 0.021 0.023 0.013 0.017 0.034 0.054 0.001 0.011 0.524 70 S 0.186 0.015 0.086 0.048 0.013 0.017 0.185 0.008 0.001 0.002 0.440 71 D 0.058 0.006 0.010 0.261 0.078 0.060 0.139 0.002 0.001 0.019 0.368 72 V 0.023 0.005 0.012 0.424 0.124 0.109 0.099 0.001 0.001 0.004 0.199 73 A 0.004 0.001 0.001 0.824 0.055 0.058 0.018 0.001 0.001 0.002 0.036 74 I 0.002 0.001 0.001 0.776 0.084 0.120 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 75 E 0.001 0.001 0.001 0.818 0.042 0.099 0.006 0.001 0.001 0.001 0.031 76 F 0.001 0.003 0.001 0.776 0.074 0.092 0.011 0.001 0.001 0.002 0.040 77 H 0.003 0.009 0.001 0.518 0.104 0.168 0.044 0.001 0.001 0.003 0.150 78 T 0.009 0.018 0.003 0.264 0.110 0.208 0.070 0.001 0.001 0.006 0.313 79 N 0.017 0.018 0.002 0.075 0.058 0.140 0.206 0.001 0.001 0.012 0.470 80 A 0.167 0.043 0.004 0.070 0.026 0.062 0.136 0.003 0.001 0.019 0.471 81 A 0.110 0.153 0.005 0.030 0.041 0.050 0.243 0.006 0.001 0.018 0.344 82 A 0.200 0.072 0.005 0.009 0.008 0.014 0.281 0.013 0.001 0.011 0.388 83 N 0.396 0.161 0.013 0.008 0.010 0.023 0.104 0.028 0.001 0.010 0.247 84 K 0.287 0.073 0.028 0.016 0.019 0.030 0.039 0.022 0.001 0.046 0.441 85 T 0.071 0.018 0.169 0.017 0.016 0.013 0.259 0.010 0.001 0.010 0.416 86 A 0.214 0.020 0.015 0.068 0.051 0.075 0.150 0.004 0.001 0.014 0.390 87 T 0.059 0.033 0.005 0.070 0.094 0.139 0.191 0.004 0.001 0.008 0.396 88 G 0.095 0.008 0.002 0.154 0.142 0.230 0.083 0.004 0.001 0.021 0.261 89 I 0.073 0.006 0.018 0.155 0.116 0.153 0.118 0.002 0.001 0.004 0.354 90 E 0.012 0.001 0.001 0.194 0.385 0.350 0.022 0.001 0.001 0.002 0.033 91 A 0.002 0.001 0.001 0.121 0.156 0.183 0.048 0.001 0.001 0.001 0.488 92 L 0.002 0.001 0.001 0.377 0.176 0.418 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 93 S 0.009 0.003 0.001 0.286 0.165 0.330 0.028 0.001 0.001 0.005 0.173 94 T 0.008 0.003 0.001 0.178 0.173 0.339 0.059 0.001 0.001 0.003 0.237 95 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.961 96 K 0.004 0.001 0.001 0.010 0.005 0.010 0.307 0.001 0.001 0.003 0.661 97 N 0.238 0.006 0.001 0.010 0.006 0.014 0.195 0.001 0.001 0.047 0.481 98 K 0.255 0.030 0.006 0.015 0.007 0.013 0.099 0.001 0.001 0.019 0.555 99 R 0.026 0.024 0.003 0.006 0.005 0.007 0.262 0.001 0.001 0.004 0.662 100 W 0.066 0.078 0.003 0.008 0.006 0.017 0.238 0.001 0.001 0.005 0.579 101 C 0.085 0.380 0.003 0.008 0.003 0.018 0.071 0.002 0.001 0.002 0.428 102 Q 0.041 0.580 0.004 0.005 0.003 0.006 0.045 0.002 0.001 0.002 0.312 103 V 0.023 0.714 0.004 0.002 0.002 0.002 0.034 0.002 0.001 0.001 0.218 104 L 0.013 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.060 105 G 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 106 K 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 107 A 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.031 108 V 0.012 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 109 A 0.005 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 110 K 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 111 K 0.043 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.033 112 T 0.064 0.881 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.030 113 G 0.072 0.776 0.025 0.004 0.002 0.003 0.005 0.022 0.001 0.001 0.089 114 W 0.058 0.682 0.032 0.009 0.005 0.004 0.011 0.025 0.001 0.001 0.172 115 K 0.134 0.565 0.019 0.016 0.007 0.007 0.018 0.030 0.001 0.001 0.202 116 L 0.135 0.431 0.021 0.017 0.015 0.021 0.028 0.034 0.001 0.002 0.296 117 R 0.119 0.161 0.037 0.035 0.030 0.045 0.079 0.031 0.001 0.003 0.461 118 G 0.055 0.029 0.008 0.020 0.014 0.024 0.059 0.013 0.001 0.003 0.774 119 E 0.056 0.023 0.005 0.024 0.015 0.026 0.193 0.005 0.001 0.004 0.649 120 D 0.087 0.019 0.004 0.022 0.014 0.018 0.225 0.004 0.001 0.022 0.585 121 G 0.258 0.016 0.014 0.063 0.026 0.031 0.098 0.006 0.001 0.063 0.425 122 F 0.104 0.006 0.065 0.042 0.016 0.029 0.226 0.002 0.001 0.006 0.504 123 K 0.062 0.003 0.004 0.133 0.115 0.125 0.127 0.001 0.001 0.004 0.426 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.986 125 D 0.026 0.002 0.001 0.093 0.123 0.369 0.043 0.001 0.001 0.001 0.343 126 N 0.043 0.003 0.001 0.035 0.027 0.029 0.188 0.001 0.001 0.008 0.667 127 A 0.142 0.006 0.001 0.035 0.038 0.066 0.143 0.001 0.001 0.019 0.551 128 G 0.068 0.005 0.001 0.019 0.020 0.021 0.474 0.001 0.001 0.022 0.369 129 Q 0.124 0.003 0.002 0.019 0.022 0.028 0.368 0.001 0.001 0.010 0.422 130 H 0.096 0.015 0.011 0.059 0.081 0.133 0.119 0.001 0.001 0.011 0.474 131 S 0.038 0.008 0.003 0.143 0.327 0.321 0.081 0.001 0.001 0.005 0.075 132 R 0.014 0.015 0.002 0.106 0.145 0.205 0.073 0.001 0.001 0.002 0.437 133 L 0.009 0.022 0.001 0.326 0.175 0.404 0.014 0.001 0.001 0.005 0.044 134 A 0.013 0.040 0.001 0.149 0.229 0.297 0.082 0.001 0.001 0.004 0.184 135 Y 0.023 0.047 0.002 0.165 0.124 0.228 0.049 0.004 0.001 0.004 0.355 136 A 0.047 0.034 0.005 0.120 0.094 0.187 0.124 0.003 0.001 0.008 0.377 137 Q 0.102 0.015 0.010 0.059 0.043 0.059 0.141 0.005 0.001 0.019 0.548 138 A 0.180 0.011 0.010 0.064 0.076 0.116 0.086 0.002 0.001 0.009 0.447 139 G 0.010 0.001 0.001 0.021 0.013 0.020 0.075 0.001 0.001 0.001 0.857 140 G 0.054 0.004 0.003 0.229 0.148 0.184 0.110 0.001 0.001 0.007 0.261 141 I 0.036 0.006 0.002 0.419 0.156 0.132 0.050 0.001 0.001 0.004 0.196 142 V 0.004 0.003 0.001 0.664 0.114 0.162 0.012 0.001 0.001 0.002 0.038 143 F 0.002 0.004 0.001 0.712 0.076 0.141 0.010 0.001 0.001 0.003 0.053 144 E 0.001 0.003 0.001 0.649 0.127 0.186 0.006 0.001 0.001 0.001 0.026 145 P 0.001 0.004 0.001 0.170 0.039 0.084 0.036 0.001 0.001 0.001 0.665 146 F 0.005 0.004 0.001 0.442 0.137 0.284 0.030 0.001 0.001 0.004 0.092 147 F 0.041 0.014 0.003 0.173 0.144 0.159 0.053 0.002 0.001 0.004 0.409 148 I 0.086 0.018 0.004 0.161 0.198 0.259 0.025 0.002 0.001 0.004 0.243 149 S 0.067 0.022 0.005 0.069 0.130 0.173 0.103 0.001 0.001 0.003 0.426 150 N 0.041 0.012 0.004 0.049 0.035 0.064 0.183 0.002 0.001 0.013 0.599 151 D 0.027 0.006 0.006 0.025 0.005 0.015 0.340 0.001 0.001 0.013 0.562 152 T 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.002 0.693 0.001 0.001 0.013 0.272 153 D 0.131 0.050 0.003 0.009 0.002 0.009 0.521 0.001 0.001 0.021 0.253 154 L 0.167 0.603 0.009 0.009 0.004 0.011 0.061 0.002 0.001 0.004 0.130 155 A 0.043 0.791 0.007 0.004 0.020 0.015 0.043 0.002 0.001 0.002 0.073 156 L 0.148 0.694 0.004 0.003 0.008 0.013 0.012 0.023 0.001 0.001 0.095 157 F 0.259 0.591 0.005 0.003 0.008 0.020 0.004 0.066 0.001 0.001 0.044 158 K 0.150 0.549 0.045 0.007 0.012 0.017 0.029 0.079 0.001 0.001 0.111 159 T 0.066 0.355 0.057 0.014 0.016 0.030 0.045 0.052 0.001 0.004 0.363 160 T 0.023 0.028 0.009 0.008 0.003 0.007 0.020 0.007 0.001 0.007 0.889 161 K 0.016 0.013 0.019 0.004 0.001 0.002 0.634 0.001 0.001 0.004 0.306 162 W 0.202 0.065 0.006 0.008 0.001 0.004 0.422 0.002 0.001 0.015 0.275 163 G 0.123 0.492 0.007 0.009 0.003 0.004 0.068 0.003 0.001 0.006 0.284 164 I 0.028 0.517 0.018 0.013 0.003 0.004 0.073 0.002 0.001 0.002 0.340 165 C 0.022 0.748 0.005 0.010 0.003 0.009 0.013 0.003 0.001 0.001 0.186 166 R 0.014 0.871 0.001 0.002 0.004 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.092 167 A 0.011 0.918 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.059 168 I 0.021 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.033 169 A 0.010 0.962 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 170 D 0.020 0.918 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.041 171 A 0.141 0.763 0.008 0.005 0.002 0.002 0.002 0.023 0.001 0.001 0.054 172 I 0.055 0.832 0.014 0.008 0.010 0.007 0.007 0.014 0.001 0.001 0.051 173 A 0.067 0.562 0.036 0.030 0.022 0.029 0.021 0.022 0.001 0.001 0.210 174 M 0.059 0.459 0.024 0.063 0.048 0.059 0.024 0.014 0.001 0.001 0.248 175 E 0.065 0.359 0.010 0.046 0.059 0.060 0.092 0.014 0.001 0.002 0.292 176 L 0.083 0.271 0.013 0.030 0.047 0.059 0.080 0.014 0.001 0.003 0.399 177 G 0.111 0.111 0.014 0.038 0.038 0.070 0.085 0.017 0.001 0.010 0.507 178 A 0.166 0.040 0.034 0.027 0.019 0.029 0.071 0.006 0.001 0.004 0.604 179 A 0.039 0.029 0.007 0.027 0.026 0.042 0.116 0.003 0.001 0.006 0.706 180 K 0.079 0.022 0.006 0.028 0.022 0.036 0.098 0.003 0.001 0.005 0.700 181 V 0.048 0.020 0.003 0.024 0.018 0.028 0.063 0.002 0.001 0.002 0.792