# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 252.63 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.004 0.035 0.044 0.063 0.074 0.009 0.732 2 S 0.030 0.003 0.085 0.133 0.114 0.095 0.013 0.527 3 K 0.047 0.001 0.182 0.086 0.108 0.087 0.008 0.481 4 I 0.007 0.001 0.561 0.100 0.103 0.030 0.001 0.197 5 I 0.001 0.001 0.841 0.083 0.061 0.003 0.001 0.011 6 C 0.001 0.001 0.933 0.027 0.031 0.001 0.001 0.009 7 L 0.001 0.001 0.966 0.011 0.017 0.001 0.001 0.005 8 T 0.001 0.001 0.869 0.029 0.051 0.015 0.001 0.036 9 A 0.001 0.001 0.464 0.022 0.069 0.034 0.001 0.410 10 G 0.002 0.001 0.056 0.006 0.029 0.681 0.002 0.225 11 H 0.185 0.001 0.026 0.008 0.012 0.349 0.012 0.407 12 S 0.029 0.008 0.053 0.020 0.013 0.154 0.008 0.715 13 N 0.060 0.006 0.039 0.032 0.056 0.165 0.021 0.620 14 T 0.099 0.007 0.029 0.020 0.044 0.180 0.013 0.609 15 D 0.071 0.012 0.027 0.052 0.117 0.216 0.007 0.499 16 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.001 0.985 17 G 0.027 0.012 0.017 0.044 0.089 0.351 0.010 0.450 18 A 0.548 0.012 0.027 0.041 0.054 0.083 0.017 0.218 19 V 0.090 0.060 0.064 0.124 0.139 0.096 0.009 0.416 20 N 0.039 0.021 0.050 0.055 0.122 0.096 0.012 0.605 21 G 0.081 0.020 0.044 0.041 0.054 0.087 0.026 0.647 22 S 0.118 0.008 0.014 0.017 0.020 0.114 0.014 0.694 23 D 0.023 0.003 0.015 0.011 0.021 0.084 0.002 0.841 24 R 0.022 0.013 0.012 0.035 0.067 0.231 0.003 0.616 25 E 0.079 0.026 0.019 0.020 0.083 0.340 0.003 0.430 26 A 0.048 0.135 0.010 0.023 0.041 0.162 0.004 0.577 27 D 0.055 0.325 0.007 0.016 0.022 0.108 0.006 0.461 28 L 0.080 0.657 0.007 0.011 0.019 0.054 0.006 0.166 29 A 0.026 0.852 0.008 0.006 0.016 0.028 0.004 0.060 30 Q 0.023 0.867 0.004 0.004 0.010 0.018 0.004 0.071 31 D 0.017 0.870 0.001 0.001 0.002 0.015 0.003 0.090 32 M 0.015 0.925 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.044 33 R 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 34 N 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 35 I 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 36 V 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 37 A 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 38 S 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 39 I 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 40 L 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 41 R 0.031 0.916 0.005 0.002 0.003 0.003 0.009 0.030 42 N 0.121 0.699 0.006 0.004 0.004 0.006 0.052 0.108 43 D 0.279 0.395 0.028 0.005 0.004 0.010 0.122 0.157 44 Y 0.136 0.214 0.073 0.027 0.010 0.029 0.121 0.391 45 G 0.113 0.019 0.188 0.049 0.034 0.079 0.110 0.408 46 L 0.128 0.005 0.337 0.073 0.093 0.098 0.009 0.257 47 T 0.008 0.001 0.310 0.246 0.203 0.041 0.002 0.188 48 V 0.002 0.001 0.079 0.106 0.152 0.031 0.001 0.629 49 K 0.002 0.001 0.374 0.298 0.278 0.010 0.001 0.036 50 T 0.004 0.001 0.094 0.330 0.266 0.046 0.001 0.257 51 D 0.004 0.001 0.119 0.239 0.439 0.025 0.002 0.172 52 G 0.009 0.001 0.062 0.079 0.171 0.172 0.003 0.502 53 T 0.019 0.001 0.017 0.023 0.040 0.466 0.008 0.425 54 G 0.052 0.005 0.018 0.021 0.022 0.188 0.027 0.667 55 K 0.208 0.006 0.015 0.015 0.025 0.356 0.014 0.361 56 G 0.053 0.006 0.051 0.061 0.053 0.154 0.013 0.608 57 N 0.091 0.007 0.017 0.054 0.160 0.160 0.011 0.500 58 M 0.092 0.006 0.048 0.131 0.206 0.078 0.003 0.436 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.993 60 L 0.010 0.007 0.007 0.026 0.206 0.101 0.001 0.641 61 R 0.035 0.023 0.004 0.008 0.030 0.134 0.003 0.763 62 D 0.050 0.076 0.002 0.005 0.011 0.214 0.004 0.638 63 A 0.105 0.649 0.004 0.005 0.007 0.045 0.004 0.181 64 V 0.031 0.882 0.005 0.005 0.009 0.008 0.004 0.056 65 K 0.015 0.900 0.009 0.012 0.013 0.005 0.005 0.041 66 L 0.085 0.733 0.013 0.012 0.020 0.011 0.031 0.095 67 I 0.089 0.798 0.028 0.020 0.018 0.005 0.018 0.025 68 R 0.059 0.444 0.080 0.066 0.055 0.046 0.074 0.175 69 G 0.156 0.050 0.054 0.030 0.029 0.044 0.085 0.552 70 S 0.186 0.010 0.178 0.033 0.025 0.096 0.026 0.446 71 D 0.039 0.007 0.312 0.150 0.082 0.173 0.019 0.219 72 V 0.016 0.003 0.549 0.081 0.150 0.054 0.004 0.144 73 A 0.001 0.001 0.689 0.135 0.131 0.015 0.001 0.027 74 I 0.001 0.002 0.617 0.204 0.147 0.008 0.001 0.021 75 E 0.001 0.001 0.748 0.072 0.140 0.006 0.001 0.031 76 F 0.001 0.002 0.568 0.137 0.216 0.018 0.001 0.058 77 H 0.006 0.007 0.319 0.131 0.323 0.063 0.003 0.148 78 T 0.016 0.017 0.236 0.120 0.298 0.097 0.007 0.210 79 N 0.050 0.044 0.076 0.126 0.185 0.107 0.019 0.393 80 A 0.153 0.037 0.082 0.064 0.133 0.106 0.025 0.400 81 A 0.090 0.076 0.031 0.061 0.103 0.212 0.020 0.407 82 A 0.148 0.075 0.023 0.028 0.048 0.157 0.036 0.485 83 N 0.150 0.189 0.028 0.031 0.033 0.106 0.032 0.430 84 K 0.245 0.076 0.030 0.021 0.024 0.065 0.061 0.477 85 T 0.150 0.032 0.040 0.025 0.031 0.284 0.041 0.397 86 A 0.135 0.031 0.065 0.042 0.069 0.148 0.028 0.482 87 T 0.071 0.028 0.071 0.131 0.134 0.179 0.015 0.371 88 G 0.067 0.009 0.118 0.137 0.170 0.124 0.030 0.345 89 I 0.092 0.004 0.169 0.130 0.248 0.105 0.005 0.247 90 E 0.005 0.001 0.170 0.447 0.316 0.017 0.001 0.043 91 A 0.003 0.001 0.042 0.122 0.267 0.019 0.001 0.546 92 L 0.001 0.001 0.363 0.270 0.331 0.005 0.001 0.028 93 S 0.006 0.002 0.127 0.261 0.305 0.029 0.002 0.269 94 T 0.006 0.001 0.167 0.160 0.444 0.031 0.002 0.189 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 96 K 0.006 0.001 0.010 0.012 0.035 0.223 0.002 0.712 97 N 0.191 0.003 0.005 0.004 0.006 0.154 0.009 0.627 98 K 0.171 0.030 0.013 0.007 0.012 0.116 0.007 0.645 99 R 0.040 0.042 0.008 0.006 0.010 0.333 0.004 0.557 100 W 0.081 0.158 0.009 0.005 0.011 0.253 0.006 0.476 101 C 0.069 0.586 0.006 0.005 0.009 0.076 0.006 0.244 102 Q 0.034 0.726 0.008 0.004 0.007 0.042 0.005 0.173 103 V 0.021 0.826 0.003 0.003 0.004 0.033 0.003 0.106 104 L 0.013 0.934 0.001 0.002 0.004 0.010 0.002 0.033 105 G 0.009 0.951 0.002 0.001 0.004 0.005 0.002 0.026 106 K 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 107 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 108 V 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 109 A 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 110 K 0.010 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 111 K 0.041 0.918 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.020 112 T 0.039 0.899 0.007 0.002 0.002 0.002 0.017 0.032 113 G 0.071 0.672 0.036 0.010 0.016 0.017 0.030 0.147 114 W 0.062 0.536 0.051 0.018 0.016 0.035 0.027 0.254 115 K 0.133 0.383 0.051 0.017 0.017 0.040 0.043 0.316 116 L 0.135 0.302 0.108 0.033 0.027 0.042 0.030 0.323 117 R 0.062 0.131 0.122 0.070 0.069 0.074 0.022 0.450 118 G 0.023 0.032 0.043 0.026 0.041 0.042 0.011 0.781 119 E 0.053 0.028 0.030 0.018 0.027 0.118 0.016 0.710 120 D 0.159 0.026 0.028 0.025 0.016 0.092 0.034 0.622 121 G 0.267 0.011 0.044 0.029 0.029 0.101 0.046 0.473 122 F 0.164 0.006 0.123 0.040 0.083 0.108 0.012 0.465 123 K 0.018 0.004 0.052 0.161 0.163 0.082 0.002 0.517 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 125 D 0.006 0.002 0.025 0.057 0.178 0.123 0.002 0.607 126 N 0.159 0.003 0.008 0.014 0.019 0.148 0.010 0.639 127 A 0.250 0.014 0.016 0.019 0.037 0.163 0.010 0.490 128 G 0.073 0.017 0.019 0.021 0.020 0.261 0.013 0.574 129 Q 0.225 0.016 0.033 0.021 0.024 0.254 0.028 0.398 130 H 0.260 0.025 0.078 0.050 0.091 0.186 0.011 0.298 131 S 0.046 0.013 0.146 0.311 0.361 0.058 0.005 0.060 132 R 0.009 0.013 0.078 0.156 0.328 0.026 0.002 0.388 133 L 0.008 0.011 0.202 0.204 0.482 0.020 0.002 0.071 134 A 0.012 0.027 0.094 0.345 0.313 0.062 0.005 0.142 135 Y 0.033 0.030 0.112 0.115 0.299 0.045 0.014 0.353 136 A 0.048 0.021 0.135 0.080 0.151 0.102 0.016 0.448 137 Q 0.076 0.013 0.041 0.043 0.057 0.139 0.032 0.598 138 A 0.106 0.013 0.070 0.042 0.074 0.123 0.020 0.552 139 G 0.013 0.004 0.031 0.023 0.027 0.053 0.006 0.842 140 G 0.071 0.007 0.100 0.061 0.070 0.098 0.015 0.578 141 I 0.071 0.007 0.316 0.139 0.105 0.061 0.010 0.291 142 V 0.023 0.003 0.357 0.140 0.232 0.059 0.005 0.180 143 F 0.006 0.005 0.362 0.176 0.247 0.026 0.003 0.175 144 E 0.003 0.002 0.500 0.175 0.189 0.021 0.002 0.109 145 P 0.001 0.001 0.015 0.008 0.014 0.007 0.001 0.954 146 F 0.008 0.002 0.430 0.118 0.279 0.055 0.003 0.105 147 F 0.050 0.009 0.192 0.131 0.172 0.106 0.004 0.336 148 I 0.032 0.018 0.302 0.179 0.230 0.044 0.009 0.188 149 S 0.065 0.015 0.148 0.076 0.123 0.164 0.007 0.402 150 N 0.082 0.011 0.049 0.026 0.055 0.167 0.012 0.598 151 D 0.021 0.004 0.008 0.003 0.014 0.267 0.004 0.680 152 T 0.018 0.008 0.002 0.001 0.003 0.513 0.003 0.452 153 D 0.017 0.041 0.001 0.001 0.001 0.770 0.003 0.167 154 L 0.044 0.781 0.003 0.002 0.006 0.047 0.002 0.115 155 A 0.007 0.901 0.001 0.002 0.005 0.018 0.002 0.064 156 L 0.023 0.917 0.002 0.003 0.005 0.005 0.004 0.042 157 F 0.098 0.863 0.003 0.004 0.006 0.002 0.010 0.015 158 K 0.195 0.678 0.012 0.014 0.013 0.008 0.037 0.043 159 T 0.152 0.494 0.059 0.021 0.024 0.014 0.045 0.191 160 T 0.078 0.130 0.027 0.008 0.014 0.050 0.019 0.675 161 K 0.053 0.060 0.014 0.004 0.006 0.358 0.016 0.491 162 W 0.095 0.148 0.018 0.004 0.005 0.372 0.015 0.343 163 G 0.072 0.350 0.011 0.004 0.005 0.190 0.006 0.362 164 I 0.022 0.462 0.010 0.004 0.006 0.087 0.003 0.405 165 C 0.019 0.765 0.006 0.006 0.014 0.051 0.003 0.136 166 R 0.004 0.967 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.016 167 A 0.002 0.983 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 168 I 0.008 0.971 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.011 169 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 170 D 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 171 A 0.023 0.931 0.010 0.003 0.003 0.002 0.015 0.012 172 I 0.012 0.950 0.011 0.009 0.006 0.001 0.004 0.008 173 A 0.012 0.832 0.051 0.018 0.025 0.007 0.009 0.047 174 M 0.034 0.715 0.048 0.034 0.039 0.019 0.019 0.091 175 E 0.064 0.703 0.042 0.022 0.022 0.027 0.027 0.093 176 L 0.166 0.505 0.060 0.028 0.034 0.030 0.045 0.131 177 G 0.244 0.174 0.039 0.025 0.021 0.040 0.078 0.379 178 A 0.120 0.057 0.080 0.020 0.027 0.053 0.024 0.618 179 A 0.059 0.050 0.029 0.026 0.039 0.083 0.016 0.698 180 K 0.079 0.032 0.031 0.018 0.030 0.079 0.016 0.714 181 V 0.064 0.045 0.059 0.027 0.038 0.087 0.009 0.670