# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 252.63 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.135 0.189 0.093 0.079 0.203 0.055 0.066 0.040 0.043 0.063 0.035 2 S 0.148 0.092 0.039 0.062 0.139 0.066 0.083 0.036 0.040 0.175 0.120 3 K 0.154 0.125 0.012 0.004 0.641 0.006 0.024 0.006 0.005 0.010 0.011 4 I 0.231 0.033 0.001 0.001 0.723 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 5 I 0.190 0.049 0.002 0.001 0.738 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 6 C 0.337 0.037 0.002 0.001 0.599 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 7 L 0.214 0.163 0.019 0.010 0.482 0.007 0.003 0.002 0.001 0.015 0.084 8 T 0.180 0.174 0.183 0.026 0.386 0.008 0.004 0.002 0.001 0.007 0.029 9 A 0.045 0.056 0.041 0.035 0.061 0.042 0.139 0.208 0.289 0.056 0.027 10 G 0.042 0.117 0.113 0.133 0.056 0.057 0.065 0.063 0.053 0.264 0.038 11 H 0.077 0.140 0.098 0.084 0.145 0.032 0.038 0.061 0.070 0.181 0.074 12 S 0.055 0.125 0.122 0.092 0.104 0.050 0.045 0.094 0.112 0.134 0.066 13 N 0.105 0.118 0.067 0.062 0.143 0.029 0.042 0.116 0.104 0.158 0.057 14 T 0.076 0.139 0.092 0.045 0.153 0.040 0.055 0.082 0.073 0.202 0.044 15 D 0.128 0.220 0.247 0.011 0.335 0.006 0.005 0.015 0.008 0.011 0.015 16 P 0.030 0.080 0.027 0.016 0.044 0.036 0.107 0.292 0.292 0.057 0.021 17 G 0.042 0.106 0.133 0.069 0.072 0.036 0.062 0.123 0.078 0.238 0.041 18 A 0.143 0.144 0.057 0.015 0.219 0.012 0.028 0.128 0.066 0.111 0.077 19 V 0.103 0.104 0.078 0.053 0.116 0.055 0.072 0.140 0.078 0.126 0.074 20 N 0.033 0.092 0.100 0.267 0.050 0.108 0.089 0.099 0.054 0.079 0.028 21 G 0.022 0.050 0.082 0.288 0.032 0.046 0.039 0.067 0.067 0.267 0.040 22 S 0.049 0.169 0.184 0.096 0.101 0.023 0.020 0.099 0.069 0.144 0.046 23 D 0.062 0.244 0.103 0.016 0.153 0.013 0.025 0.193 0.090 0.068 0.033 24 R 0.036 0.177 0.080 0.008 0.068 0.011 0.026 0.402 0.119 0.048 0.024 25 E 0.056 0.043 0.015 0.004 0.063 0.006 0.012 0.602 0.140 0.036 0.023 26 A 0.015 0.044 0.012 0.004 0.028 0.014 0.018 0.734 0.104 0.017 0.009 27 D 0.020 0.019 0.008 0.003 0.027 0.005 0.018 0.818 0.040 0.030 0.012 28 L 0.010 0.020 0.006 0.001 0.013 0.001 0.004 0.866 0.058 0.017 0.004 29 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.933 0.053 0.002 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.037 0.001 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.012 0.001 0.001 32 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.002 0.001 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 34 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 35 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 36 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.040 0.001 0.001 38 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.023 0.001 0.001 39 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.961 0.030 0.002 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.856 0.118 0.014 0.001 41 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.829 0.127 0.010 0.001 42 N 0.008 0.058 0.023 0.003 0.014 0.008 0.167 0.479 0.134 0.096 0.009 43 D 0.090 0.039 0.063 0.009 0.066 0.019 0.056 0.100 0.044 0.315 0.198 44 Y 0.025 0.594 0.124 0.016 0.093 0.024 0.065 0.018 0.014 0.017 0.010 45 G 0.079 0.018 0.011 0.075 0.027 0.043 0.031 0.011 0.019 0.309 0.377 46 L 0.112 0.264 0.041 0.013 0.518 0.006 0.011 0.003 0.004 0.010 0.018 47 T 0.215 0.045 0.002 0.001 0.724 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 48 V 0.281 0.075 0.005 0.001 0.621 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 49 K 0.258 0.093 0.012 0.002 0.561 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.063 50 T 0.301 0.130 0.028 0.015 0.385 0.008 0.005 0.004 0.002 0.014 0.108 51 D 0.073 0.249 0.181 0.146 0.148 0.061 0.047 0.021 0.014 0.029 0.033 52 G 0.048 0.038 0.148 0.227 0.047 0.089 0.070 0.093 0.075 0.103 0.062 53 T 0.021 0.267 0.202 0.114 0.054 0.064 0.072 0.092 0.066 0.037 0.011 54 G 0.022 0.040 0.061 0.142 0.022 0.053 0.031 0.045 0.057 0.412 0.115 55 K 0.043 0.206 0.222 0.109 0.090 0.027 0.024 0.051 0.077 0.107 0.044 56 G 0.046 0.157 0.090 0.068 0.126 0.065 0.066 0.095 0.129 0.104 0.053 57 N 0.141 0.105 0.070 0.042 0.130 0.015 0.027 0.036 0.056 0.258 0.119 58 M 0.024 0.512 0.267 0.009 0.129 0.007 0.008 0.016 0.009 0.012 0.008 59 P 0.094 0.503 0.149 0.004 0.179 0.002 0.004 0.024 0.007 0.008 0.026 60 L 0.022 0.037 0.007 0.003 0.024 0.005 0.010 0.568 0.272 0.031 0.020 61 R 0.003 0.008 0.004 0.004 0.005 0.010 0.014 0.834 0.100 0.014 0.002 62 D 0.006 0.008 0.004 0.001 0.010 0.001 0.003 0.868 0.066 0.029 0.004 63 A 0.008 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.914 0.048 0.010 0.003 64 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.884 0.098 0.003 0.001 65 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 0.885 0.079 0.004 0.001 66 L 0.007 0.007 0.003 0.001 0.008 0.002 0.046 0.810 0.093 0.020 0.003 67 I 0.049 0.018 0.011 0.016 0.044 0.025 0.095 0.499 0.114 0.097 0.032 68 R 0.035 0.195 0.089 0.097 0.050 0.086 0.125 0.179 0.070 0.056 0.018 69 G 0.065 0.012 0.021 0.043 0.037 0.025 0.026 0.052 0.048 0.525 0.145 70 S 0.096 0.251 0.090 0.013 0.262 0.021 0.046 0.078 0.060 0.058 0.026 71 D 0.221 0.129 0.021 0.009 0.225 0.030 0.067 0.052 0.032 0.105 0.111 72 V 0.176 0.124 0.014 0.005 0.584 0.010 0.024 0.023 0.011 0.012 0.017 73 A 0.216 0.052 0.003 0.001 0.691 0.003 0.009 0.011 0.004 0.002 0.009 74 I 0.275 0.057 0.004 0.001 0.634 0.002 0.002 0.005 0.002 0.002 0.016 75 E 0.241 0.090 0.008 0.003 0.588 0.004 0.006 0.010 0.003 0.006 0.042 76 F 0.307 0.117 0.018 0.006 0.380 0.004 0.005 0.024 0.008 0.020 0.110 77 H 0.211 0.116 0.035 0.026 0.300 0.025 0.049 0.083 0.030 0.056 0.070 78 T 0.090 0.231 0.078 0.036 0.198 0.039 0.039 0.117 0.083 0.051 0.037 79 N 0.130 0.124 0.083 0.035 0.232 0.028 0.047 0.136 0.077 0.068 0.042 80 A 0.051 0.060 0.025 0.010 0.073 0.018 0.062 0.311 0.253 0.110 0.028 81 A 0.076 0.118 0.059 0.020 0.134 0.021 0.065 0.273 0.122 0.081 0.031 82 A 0.042 0.093 0.044 0.034 0.060 0.044 0.094 0.237 0.142 0.175 0.035 83 N 0.079 0.205 0.179 0.029 0.215 0.017 0.018 0.079 0.060 0.079 0.040 84 K 0.034 0.083 0.035 0.015 0.047 0.054 0.094 0.259 0.258 0.103 0.019 85 T 0.089 0.171 0.094 0.019 0.118 0.017 0.063 0.126 0.060 0.193 0.051 86 A 0.177 0.084 0.038 0.026 0.168 0.028 0.033 0.075 0.064 0.167 0.140 87 T 0.046 0.207 0.146 0.148 0.088 0.125 0.101 0.041 0.033 0.044 0.021 88 G 0.127 0.068 0.047 0.104 0.114 0.046 0.041 0.028 0.036 0.251 0.137 89 I 0.204 0.158 0.021 0.008 0.527 0.007 0.015 0.013 0.013 0.014 0.021 90 E 0.185 0.078 0.005 0.001 0.703 0.003 0.006 0.005 0.004 0.002 0.010 91 A 0.289 0.066 0.004 0.001 0.601 0.003 0.005 0.003 0.003 0.003 0.023 92 L 0.291 0.072 0.009 0.003 0.534 0.003 0.005 0.004 0.002 0.009 0.068 93 S 0.193 0.209 0.047 0.013 0.384 0.009 0.012 0.005 0.006 0.046 0.076 94 T 0.091 0.369 0.203 0.015 0.269 0.004 0.004 0.004 0.003 0.010 0.028 95 P 0.056 0.236 0.157 0.039 0.128 0.035 0.058 0.119 0.123 0.026 0.024 96 K 0.016 0.069 0.035 0.023 0.030 0.041 0.198 0.274 0.208 0.088 0.018 97 N 0.056 0.111 0.066 0.023 0.078 0.014 0.018 0.131 0.077 0.343 0.084 98 K 0.034 0.130 0.059 0.011 0.078 0.014 0.021 0.354 0.139 0.124 0.035 99 R 0.017 0.070 0.041 0.007 0.034 0.012 0.029 0.638 0.107 0.033 0.012 100 W 0.011 0.035 0.013 0.005 0.013 0.005 0.014 0.726 0.105 0.061 0.011 101 C 0.004 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.890 0.076 0.011 0.002 102 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.053 0.001 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.016 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.002 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.008 0.001 0.001 108 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.026 0.002 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.074 0.001 0.001 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.934 0.052 0.001 0.001 111 K 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.056 0.862 0.049 0.021 0.002 112 T 0.029 0.031 0.009 0.006 0.031 0.006 0.033 0.593 0.135 0.100 0.028 113 G 0.015 0.012 0.006 0.009 0.014 0.014 0.027 0.614 0.193 0.074 0.022 114 W 0.020 0.032 0.014 0.005 0.044 0.009 0.067 0.538 0.171 0.086 0.014 115 K 0.074 0.068 0.035 0.008 0.109 0.014 0.080 0.358 0.120 0.103 0.033 116 L 0.090 0.101 0.055 0.024 0.138 0.026 0.056 0.232 0.106 0.118 0.054 117 R 0.055 0.157 0.105 0.077 0.091 0.061 0.084 0.166 0.092 0.082 0.031 118 G 0.038 0.075 0.108 0.082 0.040 0.050 0.098 0.171 0.099 0.185 0.055 119 E 0.062 0.095 0.104 0.077 0.092 0.040 0.060 0.111 0.099 0.184 0.076 120 D 0.028 0.207 0.131 0.140 0.063 0.078 0.084 0.059 0.082 0.101 0.026 121 G 0.053 0.061 0.074 0.134 0.059 0.027 0.028 0.042 0.056 0.301 0.166 122 F 0.099 0.326 0.124 0.018 0.274 0.007 0.011 0.015 0.023 0.066 0.037 123 K 0.083 0.387 0.184 0.009 0.266 0.006 0.006 0.011 0.008 0.010 0.029 124 P 0.153 0.239 0.133 0.024 0.216 0.020 0.024 0.062 0.054 0.024 0.051 125 D 0.035 0.123 0.077 0.049 0.059 0.084 0.210 0.191 0.107 0.046 0.019 126 N 0.097 0.070 0.123 0.079 0.064 0.035 0.032 0.068 0.038 0.293 0.100 127 A 0.050 0.108 0.085 0.065 0.120 0.042 0.055 0.192 0.150 0.101 0.032 128 G 0.032 0.067 0.078 0.125 0.037 0.109 0.072 0.167 0.118 0.160 0.036 129 Q 0.066 0.091 0.038 0.035 0.112 0.021 0.051 0.108 0.075 0.330 0.073 130 H 0.268 0.116 0.012 0.003 0.455 0.005 0.010 0.054 0.025 0.017 0.035 131 S 0.140 0.152 0.017 0.003 0.571 0.012 0.019 0.050 0.014 0.008 0.013 132 R 0.396 0.067 0.007 0.003 0.424 0.004 0.008 0.029 0.008 0.010 0.044 133 L 0.219 0.114 0.026 0.021 0.318 0.026 0.019 0.088 0.034 0.052 0.084 134 A 0.091 0.163 0.071 0.036 0.175 0.031 0.051 0.202 0.084 0.057 0.040 135 Y 0.083 0.067 0.034 0.021 0.127 0.024 0.045 0.237 0.165 0.156 0.040 136 A 0.070 0.311 0.097 0.019 0.146 0.027 0.066 0.131 0.074 0.041 0.017 137 Q 0.084 0.035 0.045 0.030 0.060 0.043 0.059 0.092 0.085 0.354 0.113 138 A 0.046 0.392 0.196 0.038 0.134 0.027 0.041 0.056 0.037 0.021 0.012 139 G 0.082 0.079 0.037 0.050 0.068 0.060 0.076 0.094 0.079 0.237 0.138 140 G 0.139 0.222 0.038 0.011 0.393 0.009 0.031 0.052 0.036 0.036 0.033 141 I 0.170 0.103 0.007 0.002 0.661 0.004 0.008 0.020 0.007 0.004 0.013 142 V 0.333 0.085 0.009 0.003 0.488 0.006 0.009 0.019 0.006 0.007 0.035 143 F 0.285 0.138 0.039 0.018 0.364 0.020 0.011 0.022 0.010 0.020 0.073 144 E 0.161 0.180 0.107 0.045 0.298 0.041 0.032 0.052 0.023 0.024 0.036 145 P 0.213 0.103 0.027 0.019 0.201 0.014 0.033 0.104 0.096 0.080 0.111 146 F 0.121 0.210 0.065 0.012 0.268 0.019 0.043 0.093 0.092 0.041 0.037 147 F 0.183 0.133 0.021 0.006 0.367 0.012 0.035 0.081 0.064 0.037 0.061 148 I 0.185 0.129 0.026 0.013 0.187 0.019 0.050 0.119 0.055 0.067 0.150 149 S 0.038 0.137 0.095 0.081 0.080 0.141 0.178 0.062 0.031 0.122 0.034 150 N 0.047 0.383 0.383 0.009 0.148 0.002 0.001 0.007 0.003 0.008 0.010 151 D 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 0.613 0.345 0.011 0.002 152 T 0.002 0.008 0.005 0.001 0.005 0.004 0.025 0.799 0.128 0.021 0.002 153 D 0.012 0.014 0.003 0.001 0.012 0.001 0.005 0.728 0.098 0.108 0.017 154 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.849 0.120 0.013 0.002 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.811 0.174 0.004 0.001 156 L 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.038 0.783 0.124 0.036 0.002 157 F 0.030 0.036 0.015 0.005 0.048 0.006 0.071 0.565 0.115 0.090 0.018 158 K 0.030 0.090 0.044 0.013 0.047 0.021 0.050 0.274 0.141 0.255 0.035 159 T 0.050 0.282 0.138 0.007 0.199 0.009 0.023 0.161 0.057 0.052 0.023 160 T 0.015 0.077 0.037 0.005 0.029 0.014 0.084 0.475 0.210 0.044 0.010 161 K 0.017 0.024 0.012 0.007 0.021 0.007 0.045 0.559 0.129 0.155 0.023 162 W 0.028 0.070 0.020 0.013 0.046 0.012 0.016 0.545 0.130 0.086 0.034 163 G 0.007 0.025 0.023 0.011 0.010 0.011 0.015 0.772 0.072 0.045 0.010 164 I 0.006 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.889 0.057 0.024 0.004 165 C 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.921 0.069 0.002 0.001 166 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.033 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.016 0.001 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.030 0.001 0.001 169 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.070 0.001 0.001 170 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.924 0.050 0.004 0.001 171 A 0.005 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.021 0.899 0.043 0.012 0.003 172 I 0.014 0.013 0.003 0.001 0.020 0.002 0.011 0.784 0.125 0.017 0.009 173 A 0.026 0.014 0.003 0.002 0.031 0.008 0.037 0.694 0.150 0.023 0.013 174 M 0.017 0.080 0.034 0.006 0.039 0.017 0.115 0.523 0.128 0.030 0.011 175 E 0.092 0.041 0.042 0.013 0.078 0.019 0.118 0.315 0.067 0.130 0.085 176 L 0.031 0.447 0.120 0.035 0.104 0.026 0.059 0.071 0.045 0.045 0.019 177 G 0.054 0.047 0.072 0.222 0.040 0.062 0.036 0.071 0.049 0.200 0.146 178 A 0.076 0.170 0.090 0.057 0.168 0.018 0.031 0.105 0.092 0.135 0.059 179 A 0.084 0.227 0.108 0.031 0.181 0.038 0.041 0.105 0.067 0.074 0.045 180 K 0.123 0.187 0.110 0.023 0.217 0.017 0.031 0.108 0.064 0.070 0.051 181 V 0.121 0.232 0.087 0.016 0.234 0.018 0.032 0.111 0.069 0.043 0.037