# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 252.63 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.502 0.292 0.106 0.066 0.029 0.005 0.001 2 S 0.456 0.383 0.114 0.032 0.013 0.002 0.001 3 K 0.028 0.099 0.296 0.429 0.114 0.032 0.002 4 I 0.004 0.022 0.120 0.267 0.363 0.211 0.012 5 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.062 0.545 0.382 6 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.204 0.769 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.072 0.922 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.063 0.930 9 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.108 0.884 10 G 0.001 0.004 0.007 0.023 0.068 0.280 0.617 11 H 0.003 0.012 0.020 0.056 0.171 0.447 0.291 12 S 0.011 0.036 0.049 0.106 0.243 0.386 0.169 13 N 0.047 0.092 0.126 0.166 0.205 0.232 0.132 14 T 0.113 0.163 0.175 0.179 0.149 0.128 0.094 15 D 0.125 0.114 0.116 0.136 0.180 0.184 0.145 16 P 0.145 0.100 0.079 0.124 0.148 0.216 0.187 17 G 0.152 0.127 0.088 0.118 0.141 0.228 0.147 18 A 0.105 0.111 0.110 0.146 0.178 0.238 0.113 19 V 0.121 0.151 0.162 0.207 0.183 0.136 0.041 20 N 0.203 0.201 0.181 0.180 0.144 0.075 0.017 21 G 0.495 0.271 0.113 0.065 0.035 0.017 0.005 22 S 0.546 0.263 0.097 0.050 0.026 0.013 0.005 23 D 0.227 0.196 0.224 0.201 0.096 0.045 0.010 24 R 0.121 0.211 0.260 0.226 0.114 0.056 0.012 25 E 0.046 0.055 0.072 0.131 0.244 0.348 0.104 26 A 0.042 0.088 0.159 0.259 0.249 0.174 0.027 27 D 0.129 0.215 0.225 0.203 0.140 0.075 0.014 28 L 0.021 0.051 0.106 0.180 0.283 0.272 0.086 29 A 0.012 0.030 0.048 0.098 0.256 0.407 0.149 30 Q 0.023 0.087 0.234 0.292 0.219 0.122 0.023 31 D 0.056 0.215 0.337 0.249 0.105 0.031 0.006 32 M 0.004 0.008 0.015 0.054 0.236 0.547 0.134 33 R 0.007 0.036 0.099 0.261 0.345 0.233 0.019 34 N 0.072 0.315 0.318 0.189 0.074 0.030 0.002 35 I 0.019 0.088 0.280 0.368 0.204 0.038 0.003 36 V 0.004 0.010 0.017 0.048 0.287 0.564 0.070 37 A 0.021 0.125 0.288 0.367 0.159 0.038 0.001 38 S 0.179 0.485 0.231 0.083 0.017 0.004 0.001 39 I 0.023 0.110 0.311 0.380 0.150 0.026 0.001 40 L 0.020 0.034 0.111 0.260 0.453 0.119 0.002 41 R 0.188 0.393 0.275 0.110 0.031 0.003 0.001 42 N 0.631 0.328 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 43 D 0.437 0.385 0.124 0.045 0.007 0.001 0.001 44 Y 0.155 0.229 0.310 0.232 0.066 0.009 0.001 45 G 0.178 0.455 0.254 0.080 0.027 0.005 0.001 46 L 0.014 0.035 0.087 0.251 0.429 0.168 0.015 47 T 0.011 0.112 0.251 0.362 0.186 0.073 0.004 48 V 0.003 0.010 0.019 0.058 0.208 0.582 0.119 49 K 0.006 0.049 0.172 0.326 0.276 0.152 0.019 50 T 0.004 0.016 0.038 0.094 0.298 0.458 0.093 51 D 0.010 0.056 0.133 0.203 0.299 0.251 0.049 52 G 0.024 0.077 0.194 0.315 0.276 0.105 0.008 53 T 0.236 0.365 0.227 0.116 0.042 0.012 0.001 54 G 0.440 0.291 0.145 0.084 0.032 0.008 0.001 55 K 0.581 0.275 0.090 0.038 0.013 0.003 0.001 56 G 0.361 0.319 0.169 0.103 0.037 0.010 0.001 57 N 0.185 0.297 0.248 0.165 0.079 0.025 0.002 58 M 0.079 0.124 0.251 0.297 0.187 0.058 0.004 59 P 0.168 0.319 0.262 0.147 0.079 0.024 0.002 60 L 0.030 0.064 0.120 0.227 0.310 0.225 0.024 61 R 0.093 0.256 0.295 0.227 0.099 0.028 0.002 62 D 0.153 0.341 0.218 0.179 0.082 0.025 0.002 63 A 0.013 0.039 0.083 0.201 0.334 0.291 0.039 64 V 0.018 0.050 0.117 0.271 0.335 0.193 0.015 65 K 0.170 0.427 0.242 0.105 0.042 0.014 0.001 66 L 0.029 0.087 0.201 0.339 0.248 0.087 0.008 67 I 0.043 0.062 0.113 0.212 0.325 0.221 0.025 68 R 0.175 0.284 0.277 0.165 0.074 0.023 0.003 69 G 0.258 0.344 0.204 0.121 0.049 0.020 0.005 70 S 0.046 0.078 0.127 0.222 0.313 0.181 0.032 71 D 0.037 0.098 0.178 0.239 0.250 0.164 0.033 72 V 0.006 0.013 0.031 0.068 0.217 0.428 0.237 73 A 0.002 0.004 0.011 0.034 0.086 0.290 0.574 74 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.182 0.795 75 E 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.143 0.827 76 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.134 0.843 77 H 0.001 0.002 0.003 0.009 0.035 0.237 0.715 78 T 0.002 0.008 0.013 0.038 0.172 0.401 0.365 79 N 0.007 0.035 0.060 0.127 0.262 0.363 0.144 80 A 0.023 0.069 0.100 0.176 0.263 0.299 0.071 81 A 0.059 0.091 0.160 0.231 0.247 0.176 0.038 82 A 0.151 0.222 0.289 0.225 0.075 0.034 0.005 83 N 0.373 0.244 0.203 0.120 0.043 0.015 0.002 84 K 0.496 0.272 0.121 0.071 0.030 0.008 0.001 85 T 0.353 0.375 0.132 0.078 0.043 0.016 0.003 86 A 0.031 0.066 0.126 0.256 0.326 0.174 0.021 87 T 0.044 0.153 0.241 0.247 0.186 0.114 0.016 88 G 0.007 0.022 0.059 0.118 0.231 0.390 0.173 89 I 0.001 0.003 0.008 0.026 0.107 0.373 0.482 90 E 0.001 0.004 0.011 0.023 0.105 0.376 0.480 91 A 0.001 0.003 0.006 0.016 0.075 0.300 0.598 92 L 0.001 0.004 0.009 0.031 0.101 0.405 0.448 93 S 0.004 0.021 0.050 0.124 0.245 0.408 0.148 94 T 0.010 0.046 0.142 0.244 0.334 0.200 0.024 95 P 0.086 0.213 0.297 0.269 0.097 0.036 0.002 96 K 0.455 0.283 0.139 0.074 0.037 0.011 0.001 97 N 0.515 0.257 0.126 0.071 0.024 0.007 0.001 98 K 0.384 0.297 0.176 0.096 0.037 0.009 0.001 99 R 0.273 0.384 0.191 0.103 0.039 0.009 0.001 100 W 0.053 0.140 0.211 0.277 0.228 0.082 0.007 101 C 0.021 0.075 0.139 0.245 0.302 0.203 0.014 102 Q 0.040 0.185 0.316 0.274 0.133 0.049 0.003 103 V 0.017 0.099 0.271 0.332 0.219 0.056 0.006 104 L 0.002 0.007 0.016 0.049 0.236 0.549 0.140 105 G 0.002 0.019 0.068 0.263 0.322 0.298 0.028 106 K 0.068 0.363 0.281 0.176 0.077 0.032 0.002 107 A 0.009 0.064 0.233 0.404 0.230 0.055 0.004 108 V 0.001 0.005 0.011 0.035 0.257 0.616 0.075 109 A 0.006 0.051 0.192 0.437 0.230 0.079 0.005 110 K 0.207 0.480 0.196 0.081 0.028 0.008 0.001 111 K 0.059 0.202 0.303 0.302 0.111 0.021 0.001 112 T 0.020 0.032 0.066 0.176 0.437 0.253 0.016 113 G 0.092 0.274 0.295 0.216 0.095 0.026 0.001 114 W 0.249 0.314 0.240 0.132 0.049 0.015 0.001 115 K 0.180 0.275 0.269 0.186 0.071 0.017 0.001 116 L 0.127 0.154 0.204 0.251 0.199 0.061 0.003 117 R 0.201 0.221 0.252 0.192 0.104 0.029 0.002 118 G 0.484 0.306 0.125 0.058 0.021 0.005 0.001 119 E 0.604 0.282 0.073 0.030 0.009 0.002 0.001 120 D 0.389 0.295 0.166 0.103 0.039 0.008 0.001 121 G 0.228 0.323 0.217 0.147 0.067 0.017 0.001 122 F 0.087 0.115 0.225 0.268 0.225 0.076 0.004 123 K 0.144 0.256 0.288 0.211 0.079 0.022 0.001 124 P 0.250 0.246 0.247 0.161 0.075 0.021 0.001 125 D 0.319 0.253 0.224 0.144 0.049 0.010 0.001 126 N 0.555 0.317 0.075 0.033 0.016 0.004 0.001 127 A 0.162 0.185 0.250 0.250 0.110 0.038 0.004 128 G 0.218 0.300 0.276 0.141 0.048 0.015 0.001 129 Q 0.155 0.295 0.232 0.181 0.097 0.036 0.005 130 H 0.018 0.048 0.089 0.208 0.341 0.258 0.038 131 S 0.010 0.036 0.070 0.169 0.278 0.373 0.063 132 R 0.009 0.037 0.091 0.181 0.227 0.337 0.118 133 L 0.006 0.015 0.030 0.068 0.186 0.425 0.270 134 A 0.017 0.062 0.128 0.227 0.272 0.221 0.073 135 Y 0.030 0.092 0.146 0.225 0.220 0.211 0.077 136 A 0.035 0.066 0.122 0.207 0.259 0.242 0.068 137 Q 0.105 0.222 0.211 0.178 0.138 0.108 0.037 138 A 0.022 0.040 0.072 0.156 0.271 0.289 0.151 139 G 0.021 0.050 0.079 0.142 0.248 0.304 0.156 140 G 0.011 0.016 0.026 0.060 0.156 0.382 0.349 141 I 0.005 0.009 0.016 0.035 0.095 0.298 0.541 142 V 0.003 0.004 0.007 0.023 0.051 0.224 0.690 143 F 0.001 0.002 0.004 0.010 0.038 0.176 0.770 144 E 0.001 0.002 0.004 0.009 0.038 0.203 0.742 145 P 0.003 0.006 0.009 0.024 0.060 0.225 0.673 146 F 0.008 0.018 0.025 0.063 0.139 0.329 0.417 147 F 0.011 0.026 0.036 0.071 0.195 0.421 0.240 148 I 0.020 0.044 0.073 0.157 0.258 0.324 0.124 149 S 0.057 0.138 0.195 0.255 0.198 0.131 0.026 150 N 0.079 0.134 0.233 0.259 0.206 0.081 0.008 151 D 0.514 0.310 0.110 0.046 0.016 0.004 0.001 152 T 0.481 0.333 0.113 0.052 0.018 0.004 0.001 153 D 0.255 0.270 0.203 0.172 0.079 0.020 0.001 154 L 0.081 0.168 0.273 0.298 0.142 0.036 0.001 155 A 0.298 0.419 0.182 0.072 0.023 0.005 0.001 156 L 0.051 0.152 0.334 0.325 0.115 0.023 0.001 157 F 0.051 0.066 0.152 0.228 0.335 0.161 0.007 158 K 0.199 0.330 0.279 0.152 0.035 0.005 0.001 159 T 0.598 0.325 0.052 0.018 0.005 0.001 0.001 160 T 0.373 0.376 0.149 0.076 0.023 0.003 0.001 161 K 0.296 0.430 0.155 0.073 0.038 0.008 0.001 162 W 0.024 0.091 0.234 0.351 0.233 0.064 0.004 163 G 0.024 0.109 0.303 0.302 0.200 0.058 0.005 164 I 0.002 0.008 0.022 0.049 0.145 0.512 0.263 165 C 0.001 0.006 0.022 0.066 0.215 0.439 0.251 166 R 0.004 0.029 0.096 0.219 0.263 0.272 0.118 167 A 0.001 0.006 0.021 0.056 0.221 0.402 0.293 168 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.043 0.341 0.603 169 A 0.001 0.009 0.043 0.131 0.261 0.361 0.192 170 D 0.006 0.055 0.252 0.353 0.158 0.126 0.050 171 A 0.005 0.011 0.024 0.080 0.226 0.501 0.154 172 I 0.007 0.016 0.027 0.111 0.251 0.441 0.147 173 A 0.034 0.099 0.150 0.211 0.235 0.224 0.047 174 M 0.061 0.146 0.207 0.268 0.208 0.097 0.013 175 E 0.225 0.296 0.205 0.165 0.076 0.030 0.003 176 L 0.177 0.164 0.209 0.226 0.165 0.055 0.003 177 G 0.510 0.294 0.116 0.052 0.021 0.007 0.001 178 A 0.389 0.200 0.171 0.147 0.068 0.023 0.002 179 A 0.657 0.210 0.077 0.036 0.015 0.004 0.001 180 K 0.692 0.200 0.068 0.028 0.009 0.003 0.001 181 V 0.609 0.195 0.100 0.060 0.025 0.009 0.001