# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205.135 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.022 0.012 0.023 0.238 0.001 0.001 0.025 0.678 2 S 0.001 0.001 0.001 0.102 0.046 0.092 0.209 0.001 0.001 0.110 0.439 3 K 0.001 0.001 0.001 0.310 0.063 0.171 0.036 0.001 0.001 0.353 0.066 4 I 0.001 0.001 0.001 0.417 0.057 0.048 0.009 0.001 0.001 0.447 0.023 5 I 0.001 0.001 0.001 0.874 0.016 0.013 0.002 0.001 0.001 0.092 0.004 6 C 0.001 0.001 0.001 0.892 0.020 0.028 0.004 0.001 0.001 0.050 0.007 7 L 0.005 0.002 0.001 0.621 0.076 0.079 0.028 0.001 0.001 0.085 0.103 8 T 0.188 0.013 0.001 0.262 0.032 0.045 0.109 0.003 0.001 0.182 0.166 9 A 0.020 0.005 0.001 0.055 0.007 0.010 0.277 0.001 0.001 0.090 0.536 10 G 0.031 0.010 0.001 0.036 0.006 0.009 0.211 0.002 0.001 0.207 0.486 11 H 0.123 0.015 0.002 0.027 0.017 0.021 0.097 0.008 0.001 0.223 0.467 12 S 0.077 0.006 0.001 0.037 0.019 0.018 0.071 0.003 0.001 0.222 0.546 13 N 0.029 0.005 0.001 0.073 0.036 0.048 0.146 0.002 0.001 0.143 0.516 14 T 0.009 0.008 0.001 0.025 0.020 0.014 0.157 0.001 0.001 0.039 0.724 15 D 0.217 0.037 0.002 0.025 0.033 0.051 0.176 0.011 0.001 0.162 0.285 16 P 0.089 0.021 0.001 0.030 0.040 0.056 0.168 0.002 0.001 0.076 0.517 17 G 0.050 0.009 0.002 0.079 0.052 0.089 0.105 0.002 0.001 0.164 0.447 18 A 0.060 0.003 0.004 0.037 0.043 0.070 0.120 0.003 0.001 0.089 0.571 19 V 0.096 0.002 0.001 0.021 0.017 0.020 0.157 0.002 0.001 0.065 0.619 20 N 0.072 0.002 0.001 0.030 0.020 0.024 0.148 0.002 0.001 0.035 0.665 21 G 0.016 0.008 0.001 0.014 0.029 0.026 0.134 0.001 0.001 0.013 0.759 22 S 0.032 0.072 0.001 0.026 0.037 0.064 0.121 0.003 0.001 0.031 0.614 23 D 0.045 0.164 0.002 0.030 0.070 0.090 0.111 0.006 0.001 0.069 0.412 24 R 0.054 0.545 0.002 0.016 0.040 0.050 0.033 0.006 0.001 0.038 0.217 25 E 0.043 0.624 0.001 0.014 0.038 0.034 0.026 0.004 0.001 0.057 0.159 26 A 0.008 0.778 0.001 0.009 0.022 0.026 0.025 0.001 0.001 0.053 0.076 27 D 0.004 0.880 0.001 0.004 0.008 0.015 0.004 0.002 0.001 0.050 0.033 28 L 0.001 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 29 A 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 30 Q 0.006 0.551 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.408 0.021 31 D 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 32 M 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 33 R 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 34 N 0.009 0.579 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.372 0.029 35 I 0.003 0.905 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.069 0.008 36 V 0.010 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.009 37 A 0.013 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.018 38 S 0.031 0.330 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.007 0.506 0.093 39 I 0.037 0.429 0.061 0.005 0.001 0.001 0.038 0.004 0.028 0.307 0.088 40 L 0.255 0.152 0.078 0.011 0.002 0.003 0.056 0.012 0.041 0.183 0.208 41 R 0.195 0.010 0.096 0.016 0.005 0.008 0.048 0.014 0.036 0.083 0.490 42 N 0.273 0.004 0.004 0.006 0.003 0.007 0.189 0.004 0.003 0.036 0.472 43 D 0.081 0.001 0.001 0.013 0.003 0.009 0.146 0.001 0.001 0.031 0.715 44 Y 0.006 0.001 0.001 0.040 0.005 0.004 0.245 0.001 0.001 0.008 0.691 45 G 0.003 0.001 0.001 0.054 0.013 0.101 0.094 0.001 0.001 0.024 0.710 46 L 0.001 0.001 0.001 0.065 0.047 0.032 0.186 0.001 0.001 0.051 0.618 47 T 0.001 0.001 0.001 0.654 0.059 0.119 0.030 0.001 0.001 0.053 0.084 48 V 0.001 0.001 0.001 0.478 0.086 0.121 0.030 0.001 0.001 0.068 0.216 49 K 0.001 0.001 0.001 0.693 0.089 0.093 0.014 0.001 0.001 0.034 0.075 50 T 0.003 0.001 0.001 0.513 0.085 0.184 0.025 0.001 0.001 0.033 0.157 51 D 0.017 0.004 0.001 0.232 0.072 0.139 0.101 0.001 0.001 0.068 0.366 52 G 0.065 0.008 0.001 0.080 0.042 0.084 0.095 0.001 0.001 0.049 0.574 53 T 0.079 0.008 0.001 0.024 0.030 0.048 0.128 0.001 0.001 0.054 0.625 54 G 0.087 0.010 0.001 0.011 0.021 0.044 0.099 0.002 0.001 0.025 0.700 55 K 0.068 0.006 0.001 0.013 0.030 0.049 0.089 0.002 0.001 0.037 0.706 56 G 0.015 0.010 0.001 0.018 0.044 0.062 0.139 0.001 0.001 0.018 0.692 57 N 0.010 0.072 0.001 0.012 0.042 0.051 0.105 0.001 0.001 0.019 0.688 58 M 0.042 0.374 0.002 0.010 0.064 0.049 0.085 0.005 0.001 0.046 0.324 59 P 0.033 0.885 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.002 0.001 0.009 0.050 60 L 0.038 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.022 61 R 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.014 62 D 0.004 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.012 63 A 0.014 0.884 0.011 0.002 0.005 0.006 0.005 0.005 0.003 0.031 0.033 64 V 0.127 0.358 0.070 0.009 0.018 0.020 0.025 0.021 0.030 0.174 0.147 65 K 0.138 0.072 0.123 0.017 0.028 0.030 0.049 0.014 0.049 0.092 0.389 66 L 0.204 0.008 0.012 0.009 0.010 0.019 0.087 0.010 0.012 0.055 0.574 67 I 0.111 0.002 0.007 0.008 0.006 0.009 0.098 0.004 0.005 0.030 0.720 68 R 0.019 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 0.099 0.001 0.001 0.011 0.850 69 G 0.010 0.001 0.001 0.018 0.004 0.011 0.171 0.001 0.001 0.026 0.758 70 S 0.001 0.002 0.001 0.064 0.017 0.020 0.329 0.001 0.001 0.056 0.511 71 D 0.001 0.001 0.001 0.395 0.026 0.064 0.137 0.001 0.001 0.181 0.195 72 V 0.001 0.001 0.001 0.802 0.038 0.059 0.014 0.001 0.001 0.048 0.037 73 A 0.001 0.001 0.001 0.769 0.046 0.081 0.008 0.001 0.001 0.060 0.036 74 I 0.001 0.001 0.001 0.877 0.040 0.045 0.004 0.001 0.001 0.019 0.013 75 E 0.001 0.004 0.001 0.762 0.056 0.093 0.014 0.001 0.001 0.032 0.037 76 F 0.008 0.048 0.002 0.384 0.130 0.094 0.050 0.003 0.001 0.069 0.211 77 H 0.083 0.080 0.004 0.217 0.075 0.114 0.087 0.011 0.002 0.103 0.225 78 T 0.061 0.107 0.010 0.118 0.059 0.066 0.091 0.007 0.003 0.090 0.389 79 N 0.144 0.055 0.007 0.055 0.035 0.066 0.090 0.017 0.003 0.101 0.427 80 A 0.133 0.035 0.007 0.033 0.020 0.020 0.078 0.010 0.003 0.086 0.575 81 A 0.104 0.012 0.005 0.032 0.017 0.021 0.151 0.009 0.003 0.083 0.562 82 A 0.039 0.016 0.002 0.009 0.008 0.009 0.089 0.005 0.001 0.023 0.801 83 N 0.244 0.019 0.002 0.014 0.016 0.020 0.100 0.009 0.002 0.102 0.471 84 K 0.039 0.009 0.005 0.018 0.025 0.023 0.123 0.003 0.001 0.067 0.685 85 T 0.087 0.015 0.003 0.025 0.030 0.049 0.159 0.005 0.001 0.086 0.540 86 A 0.065 0.007 0.002 0.027 0.045 0.066 0.153 0.003 0.001 0.060 0.572 87 T 0.013 0.011 0.001 0.060 0.096 0.099 0.177 0.001 0.001 0.035 0.508 88 G 0.007 0.005 0.001 0.055 0.100 0.457 0.064 0.001 0.001 0.045 0.265 89 I 0.004 0.004 0.001 0.080 0.347 0.216 0.067 0.001 0.001 0.061 0.220 90 E 0.003 0.001 0.001 0.144 0.220 0.408 0.035 0.001 0.001 0.078 0.110 91 A 0.003 0.001 0.001 0.167 0.199 0.237 0.053 0.001 0.001 0.109 0.231 92 L 0.002 0.001 0.001 0.319 0.218 0.242 0.042 0.001 0.001 0.041 0.134 93 S 0.009 0.003 0.001 0.157 0.165 0.241 0.072 0.001 0.001 0.046 0.304 94 T 0.126 0.023 0.001 0.055 0.063 0.077 0.093 0.005 0.001 0.054 0.501 95 P 0.265 0.031 0.001 0.023 0.020 0.026 0.091 0.005 0.001 0.044 0.494 96 K 0.042 0.053 0.001 0.009 0.006 0.009 0.103 0.002 0.001 0.024 0.751 97 N 0.069 0.210 0.002 0.007 0.011 0.017 0.093 0.006 0.001 0.044 0.540 98 K 0.085 0.384 0.002 0.006 0.018 0.019 0.073 0.008 0.001 0.069 0.337 99 R 0.041 0.694 0.002 0.005 0.013 0.013 0.027 0.005 0.001 0.043 0.157 100 W 0.018 0.840 0.002 0.002 0.007 0.007 0.011 0.003 0.001 0.016 0.093 101 C 0.012 0.908 0.002 0.001 0.004 0.005 0.005 0.003 0.001 0.016 0.044 102 Q 0.016 0.907 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.003 0.001 0.026 0.032 103 V 0.008 0.926 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.026 0.024 104 L 0.009 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.011 105 G 0.007 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 106 K 0.011 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.018 0.024 107 A 0.017 0.908 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.031 0.028 108 V 0.079 0.142 0.013 0.003 0.002 0.003 0.027 0.013 0.012 0.569 0.136 109 A 0.099 0.277 0.063 0.009 0.003 0.004 0.057 0.009 0.040 0.201 0.237 110 K 0.211 0.133 0.011 0.008 0.003 0.004 0.050 0.009 0.010 0.050 0.511 111 K 0.081 0.073 0.007 0.007 0.004 0.005 0.057 0.009 0.004 0.043 0.710 112 T 0.085 0.045 0.005 0.008 0.004 0.007 0.125 0.007 0.004 0.051 0.661 113 G 0.130 0.057 0.004 0.014 0.006 0.011 0.124 0.008 0.002 0.045 0.598 114 W 0.063 0.032 0.002 0.025 0.009 0.010 0.124 0.006 0.001 0.040 0.688 115 K 0.041 0.033 0.003 0.043 0.017 0.025 0.142 0.004 0.001 0.046 0.645 116 L 0.065 0.032 0.004 0.048 0.018 0.031 0.117 0.005 0.002 0.072 0.607 117 R 0.132 0.014 0.008 0.046 0.029 0.038 0.096 0.007 0.003 0.074 0.555 118 G 0.239 0.011 0.002 0.021 0.015 0.026 0.103 0.007 0.001 0.031 0.544 119 E 0.175 0.003 0.001 0.022 0.015 0.035 0.067 0.004 0.001 0.025 0.653 120 D 0.015 0.001 0.001 0.039 0.025 0.033 0.122 0.001 0.001 0.011 0.753 121 G 0.005 0.001 0.001 0.054 0.038 0.117 0.108 0.001 0.001 0.012 0.664 122 F 0.004 0.002 0.001 0.033 0.087 0.054 0.167 0.001 0.001 0.017 0.635 123 K 0.071 0.010 0.001 0.099 0.104 0.138 0.146 0.004 0.001 0.057 0.370 124 P 0.099 0.019 0.001 0.035 0.032 0.040 0.092 0.003 0.001 0.031 0.649 125 D 0.161 0.023 0.002 0.043 0.030 0.044 0.070 0.005 0.001 0.050 0.573 126 N 0.124 0.032 0.002 0.024 0.021 0.045 0.080 0.004 0.001 0.058 0.610 127 A 0.042 0.028 0.002 0.021 0.026 0.036 0.102 0.003 0.001 0.069 0.671 128 G 0.026 0.032 0.002 0.031 0.085 0.096 0.138 0.003 0.001 0.081 0.506 129 Q 0.012 0.063 0.001 0.047 0.128 0.261 0.088 0.002 0.001 0.051 0.346 130 H 0.004 0.062 0.002 0.080 0.316 0.263 0.054 0.001 0.001 0.030 0.187 131 S 0.006 0.030 0.001 0.069 0.237 0.537 0.026 0.002 0.001 0.027 0.066 132 R 0.015 0.027 0.003 0.091 0.246 0.327 0.046 0.003 0.001 0.069 0.172 133 L 0.022 0.014 0.008 0.108 0.316 0.265 0.043 0.003 0.002 0.046 0.174 134 A 0.108 0.017 0.005 0.048 0.122 0.223 0.071 0.007 0.003 0.046 0.349 135 Y 0.098 0.004 0.004 0.044 0.060 0.089 0.062 0.006 0.002 0.045 0.588 136 A 0.030 0.004 0.003 0.030 0.031 0.041 0.181 0.002 0.001 0.026 0.651 137 Q 0.026 0.008 0.002 0.028 0.022 0.050 0.113 0.002 0.001 0.036 0.712 138 A 0.014 0.007 0.002 0.045 0.040 0.026 0.202 0.002 0.001 0.057 0.606 139 G 0.012 0.014 0.003 0.202 0.078 0.188 0.141 0.002 0.001 0.074 0.285 140 G 0.007 0.004 0.001 0.214 0.082 0.196 0.102 0.001 0.001 0.070 0.323 141 I 0.001 0.003 0.001 0.649 0.119 0.107 0.027 0.001 0.001 0.020 0.070 142 V 0.002 0.004 0.001 0.443 0.094 0.242 0.045 0.001 0.001 0.039 0.130 143 F 0.012 0.030 0.003 0.349 0.157 0.084 0.066 0.004 0.001 0.053 0.242 144 E 0.099 0.027 0.001 0.265 0.085 0.141 0.071 0.006 0.001 0.121 0.184 145 P 0.013 0.015 0.001 0.123 0.045 0.052 0.115 0.001 0.001 0.162 0.472 146 F 0.012 0.007 0.002 0.306 0.087 0.151 0.058 0.004 0.001 0.152 0.221 147 F 0.028 0.005 0.001 0.132 0.062 0.094 0.045 0.003 0.001 0.149 0.481 148 I 0.008 0.005 0.001 0.201 0.082 0.045 0.089 0.001 0.001 0.087 0.481 149 S 0.005 0.017 0.001 0.053 0.024 0.027 0.159 0.002 0.001 0.074 0.639 150 N 0.101 0.609 0.001 0.009 0.011 0.007 0.026 0.010 0.001 0.041 0.184 151 D 0.269 0.523 0.001 0.005 0.003 0.003 0.030 0.008 0.001 0.054 0.103 152 T 0.014 0.733 0.003 0.002 0.001 0.002 0.027 0.002 0.001 0.048 0.166 153 D 0.089 0.695 0.009 0.003 0.002 0.005 0.020 0.012 0.004 0.060 0.101 154 L 0.180 0.564 0.014 0.003 0.005 0.005 0.022 0.012 0.006 0.069 0.122 155 A 0.120 0.128 0.008 0.009 0.016 0.021 0.053 0.016 0.004 0.240 0.386 156 L 0.064 0.092 0.008 0.015 0.020 0.019 0.084 0.008 0.004 0.194 0.492 157 F 0.063 0.096 0.011 0.028 0.023 0.021 0.096 0.006 0.006 0.096 0.555 158 K 0.050 0.067 0.007 0.010 0.012 0.014 0.131 0.009 0.003 0.064 0.633 159 T 0.207 0.176 0.006 0.007 0.008 0.012 0.065 0.015 0.004 0.058 0.443 160 T 0.228 0.233 0.002 0.005 0.005 0.004 0.065 0.006 0.002 0.049 0.402 161 K 0.018 0.554 0.002 0.005 0.002 0.002 0.039 0.003 0.001 0.026 0.347 162 W 0.009 0.794 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 0.002 0.001 0.026 0.144 163 G 0.010 0.909 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.040 0.026 164 I 0.006 0.906 0.004 0.002 0.003 0.002 0.005 0.002 0.001 0.036 0.032 165 C 0.008 0.939 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.020 0.015 166 R 0.015 0.832 0.010 0.004 0.005 0.005 0.007 0.003 0.005 0.061 0.053 167 A 0.009 0.821 0.019 0.004 0.006 0.006 0.011 0.004 0.008 0.061 0.051 168 I 0.049 0.724 0.021 0.005 0.006 0.011 0.016 0.011 0.012 0.080 0.066 169 A 0.048 0.673 0.019 0.010 0.010 0.010 0.019 0.011 0.007 0.071 0.122 170 D 0.034 0.540 0.015 0.027 0.015 0.025 0.050 0.010 0.008 0.088 0.187 171 A 0.030 0.339 0.020 0.041 0.026 0.042 0.070 0.010 0.008 0.127 0.284 172 I 0.064 0.198 0.035 0.063 0.047 0.043 0.082 0.021 0.014 0.146 0.287 173 A 0.155 0.105 0.033 0.066 0.040 0.051 0.074 0.025 0.016 0.090 0.345 174 M 0.140 0.034 0.006 0.059 0.028 0.040 0.078 0.011 0.005 0.043 0.555 175 E 0.058 0.017 0.004 0.055 0.019 0.035 0.118 0.007 0.003 0.041 0.644 176 L 0.044 0.015 0.005 0.028 0.019 0.021 0.109 0.006 0.002 0.027 0.724 177 G 0.383 0.012 0.002 0.013 0.012 0.025 0.071 0.013 0.002 0.035 0.432 178 A 0.163 0.004 0.001 0.008 0.008 0.010 0.062 0.003 0.001 0.017 0.724 179 A 0.027 0.002 0.001 0.012 0.010 0.014 0.097 0.001 0.001 0.015 0.821 180 K 0.014 0.003 0.001 0.015 0.016 0.032 0.106 0.001 0.001 0.021 0.791 181 V 0.013 0.005 0.001 0.017 0.037 0.041 0.139 0.001 0.001 0.029 0.718