# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205.135 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.013 0.004 0.006 0.123 0.007 0.842 2 S 0.001 0.002 0.088 0.030 0.054 0.167 0.041 0.617 3 K 0.001 0.001 0.688 0.071 0.079 0.034 0.019 0.107 4 I 0.001 0.001 0.928 0.024 0.029 0.002 0.004 0.012 5 I 0.001 0.001 0.977 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 6 C 0.001 0.001 0.977 0.004 0.011 0.001 0.001 0.006 7 L 0.001 0.001 0.979 0.003 0.007 0.002 0.002 0.006 8 T 0.296 0.005 0.525 0.005 0.014 0.037 0.043 0.074 9 A 0.080 0.005 0.275 0.005 0.010 0.156 0.037 0.433 10 G 0.058 0.015 0.144 0.007 0.022 0.175 0.061 0.518 11 H 0.090 0.014 0.132 0.015 0.032 0.179 0.097 0.441 12 S 0.047 0.004 0.066 0.018 0.032 0.223 0.066 0.543 13 N 0.007 0.002 0.041 0.026 0.045 0.238 0.086 0.556 14 T 0.038 0.003 0.024 0.018 0.044 0.171 0.048 0.653 15 D 0.358 0.018 0.008 0.021 0.027 0.106 0.120 0.342 16 P 0.011 0.005 0.011 0.019 0.031 0.160 0.029 0.734 17 G 0.016 0.009 0.044 0.057 0.195 0.135 0.082 0.462 18 A 0.015 0.004 0.057 0.130 0.173 0.134 0.055 0.432 19 V 0.069 0.006 0.068 0.073 0.105 0.128 0.040 0.511 20 N 0.039 0.005 0.007 0.018 0.027 0.134 0.038 0.731 21 G 0.022 0.025 0.013 0.022 0.041 0.134 0.035 0.709 22 S 0.045 0.112 0.009 0.045 0.052 0.125 0.059 0.553 23 D 0.044 0.229 0.017 0.082 0.054 0.092 0.107 0.375 24 R 0.067 0.523 0.013 0.032 0.040 0.037 0.086 0.203 25 E 0.064 0.729 0.005 0.009 0.013 0.012 0.110 0.058 26 A 0.016 0.785 0.004 0.014 0.011 0.013 0.077 0.081 27 D 0.010 0.916 0.002 0.004 0.008 0.005 0.029 0.026 28 L 0.003 0.968 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.007 29 A 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 30 Q 0.002 0.788 0.001 0.001 0.001 0.002 0.201 0.004 31 D 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 32 M 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 33 R 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 34 N 0.003 0.380 0.003 0.001 0.001 0.004 0.603 0.007 35 I 0.002 0.926 0.002 0.001 0.001 0.003 0.050 0.016 36 V 0.005 0.952 0.002 0.001 0.001 0.002 0.033 0.006 37 A 0.009 0.914 0.002 0.001 0.001 0.007 0.035 0.032 38 S 0.022 0.603 0.008 0.001 0.001 0.029 0.156 0.181 39 I 0.075 0.231 0.063 0.003 0.002 0.061 0.277 0.287 40 L 0.170 0.106 0.040 0.004 0.002 0.063 0.231 0.384 41 R 0.043 0.004 0.041 0.005 0.003 0.084 0.061 0.760 42 N 0.166 0.001 0.011 0.001 0.001 0.054 0.012 0.754 43 D 0.067 0.001 0.021 0.001 0.003 0.069 0.018 0.821 44 Y 0.003 0.001 0.117 0.002 0.010 0.145 0.009 0.715 45 G 0.004 0.001 0.069 0.034 0.057 0.159 0.035 0.641 46 L 0.001 0.001 0.088 0.038 0.042 0.112 0.008 0.710 47 T 0.001 0.001 0.740 0.083 0.106 0.011 0.035 0.024 48 V 0.002 0.001 0.242 0.097 0.091 0.045 0.027 0.495 49 K 0.001 0.001 0.661 0.113 0.123 0.018 0.018 0.065 50 T 0.006 0.001 0.139 0.232 0.316 0.048 0.035 0.224 51 D 0.024 0.001 0.186 0.153 0.236 0.054 0.046 0.301 52 G 0.208 0.002 0.030 0.075 0.096 0.090 0.041 0.459 53 T 0.035 0.001 0.019 0.044 0.056 0.103 0.024 0.720 54 G 0.071 0.001 0.018 0.023 0.033 0.111 0.021 0.721 55 K 0.114 0.002 0.015 0.018 0.028 0.099 0.062 0.663 56 G 0.008 0.005 0.032 0.031 0.041 0.149 0.019 0.715 57 N 0.009 0.006 0.004 0.019 0.021 0.104 0.012 0.827 58 M 0.008 0.025 0.025 0.104 0.071 0.132 0.086 0.549 59 P 0.065 0.649 0.017 0.021 0.028 0.025 0.093 0.101 60 L 0.075 0.842 0.002 0.002 0.003 0.005 0.047 0.024 61 R 0.009 0.907 0.003 0.005 0.003 0.006 0.035 0.033 62 D 0.010 0.899 0.003 0.003 0.008 0.005 0.033 0.038 63 A 0.020 0.826 0.009 0.008 0.006 0.009 0.077 0.043 64 V 0.107 0.600 0.017 0.019 0.010 0.021 0.132 0.094 65 K 0.276 0.181 0.026 0.013 0.011 0.032 0.157 0.303 66 L 0.136 0.016 0.009 0.005 0.004 0.045 0.027 0.757 67 I 0.206 0.014 0.030 0.003 0.005 0.080 0.035 0.628 68 R 0.025 0.005 0.011 0.002 0.002 0.062 0.006 0.888 69 G 0.026 0.006 0.012 0.002 0.003 0.126 0.027 0.799 70 S 0.009 0.015 0.078 0.022 0.017 0.153 0.073 0.634 71 D 0.009 0.013 0.371 0.018 0.066 0.077 0.089 0.357 72 V 0.001 0.009 0.791 0.045 0.053 0.020 0.032 0.050 73 A 0.001 0.004 0.761 0.033 0.067 0.022 0.020 0.091 74 I 0.002 0.007 0.652 0.121 0.101 0.015 0.065 0.039 75 E 0.004 0.015 0.563 0.097 0.173 0.017 0.063 0.068 76 F 0.013 0.037 0.425 0.207 0.126 0.031 0.075 0.088 77 H 0.048 0.057 0.181 0.133 0.185 0.073 0.097 0.226 78 T 0.097 0.055 0.096 0.095 0.124 0.110 0.080 0.342 79 N 0.148 0.061 0.039 0.031 0.061 0.106 0.167 0.387 80 A 0.102 0.028 0.023 0.016 0.028 0.142 0.070 0.590 81 A 0.122 0.024 0.015 0.013 0.025 0.123 0.133 0.544 82 A 0.043 0.016 0.009 0.007 0.011 0.129 0.036 0.748 83 N 0.125 0.029 0.011 0.008 0.016 0.130 0.105 0.577 84 K 0.034 0.013 0.013 0.024 0.026 0.161 0.111 0.618 85 T 0.083 0.014 0.017 0.018 0.043 0.122 0.075 0.627 86 A 0.055 0.009 0.028 0.043 0.083 0.142 0.070 0.570 87 T 0.016 0.010 0.085 0.059 0.172 0.132 0.035 0.492 88 G 0.011 0.007 0.060 0.114 0.302 0.113 0.047 0.346 89 I 0.006 0.003 0.087 0.209 0.286 0.084 0.054 0.270 90 E 0.005 0.004 0.123 0.247 0.400 0.040 0.055 0.127 91 A 0.005 0.002 0.126 0.226 0.319 0.054 0.027 0.240 92 L 0.002 0.001 0.172 0.252 0.339 0.056 0.028 0.150 93 S 0.009 0.003 0.144 0.141 0.214 0.094 0.040 0.356 94 T 0.218 0.023 0.047 0.055 0.059 0.106 0.109 0.383 95 P 0.271 0.024 0.011 0.008 0.008 0.106 0.081 0.490 96 K 0.036 0.047 0.007 0.005 0.006 0.105 0.035 0.758 97 N 0.088 0.235 0.004 0.003 0.005 0.076 0.049 0.539 98 K 0.100 0.414 0.003 0.010 0.006 0.061 0.063 0.343 99 R 0.044 0.649 0.002 0.005 0.006 0.032 0.041 0.221 100 W 0.025 0.776 0.003 0.002 0.006 0.016 0.083 0.088 101 C 0.010 0.891 0.001 0.003 0.003 0.006 0.063 0.022 102 Q 0.009 0.866 0.003 0.006 0.003 0.004 0.094 0.016 103 V 0.008 0.935 0.002 0.001 0.002 0.003 0.024 0.025 104 L 0.006 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 105 G 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 106 K 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.010 107 A 0.024 0.880 0.003 0.001 0.001 0.005 0.053 0.032 108 V 0.043 0.212 0.025 0.003 0.003 0.023 0.640 0.052 109 A 0.039 0.233 0.053 0.010 0.005 0.086 0.328 0.246 110 K 0.220 0.164 0.011 0.002 0.002 0.051 0.047 0.503 111 K 0.105 0.143 0.016 0.004 0.002 0.092 0.061 0.578 112 T 0.091 0.105 0.028 0.003 0.004 0.112 0.051 0.605 113 G 0.161 0.083 0.025 0.005 0.009 0.083 0.058 0.576 114 W 0.039 0.028 0.020 0.008 0.011 0.100 0.031 0.762 115 K 0.050 0.045 0.052 0.030 0.055 0.100 0.059 0.609 116 L 0.087 0.022 0.046 0.028 0.063 0.105 0.062 0.587 117 R 0.084 0.006 0.085 0.051 0.058 0.096 0.072 0.548 118 G 0.274 0.004 0.038 0.028 0.036 0.068 0.036 0.516 119 E 0.243 0.004 0.028 0.012 0.024 0.064 0.031 0.595 120 D 0.008 0.001 0.045 0.016 0.044 0.123 0.013 0.750 121 G 0.005 0.003 0.029 0.049 0.084 0.120 0.018 0.692 122 F 0.004 0.001 0.024 0.062 0.040 0.101 0.016 0.753 123 K 0.087 0.021 0.120 0.121 0.081 0.085 0.084 0.402 124 P 0.208 0.010 0.016 0.016 0.017 0.064 0.037 0.631 125 D 0.133 0.010 0.046 0.023 0.026 0.091 0.060 0.611 126 N 0.127 0.022 0.031 0.018 0.045 0.105 0.049 0.602 127 A 0.111 0.024 0.025 0.022 0.048 0.118 0.077 0.576 128 G 0.022 0.041 0.048 0.067 0.101 0.166 0.097 0.459 129 Q 0.015 0.065 0.050 0.119 0.212 0.105 0.073 0.362 130 H 0.008 0.054 0.070 0.182 0.247 0.072 0.053 0.314 131 S 0.013 0.091 0.209 0.231 0.265 0.028 0.084 0.077 132 R 0.032 0.052 0.095 0.203 0.201 0.062 0.086 0.269 133 L 0.051 0.043 0.147 0.166 0.216 0.057 0.114 0.206 134 A 0.124 0.034 0.076 0.102 0.171 0.070 0.088 0.335 135 Y 0.072 0.017 0.053 0.047 0.080 0.122 0.087 0.522 136 A 0.046 0.013 0.034 0.025 0.040 0.149 0.045 0.647 137 Q 0.122 0.040 0.021 0.020 0.037 0.123 0.068 0.570 138 A 0.025 0.021 0.030 0.020 0.033 0.172 0.057 0.640 139 G 0.009 0.047 0.073 0.066 0.095 0.146 0.099 0.464 140 G 0.007 0.030 0.164 0.077 0.263 0.073 0.083 0.303 141 I 0.003 0.016 0.420 0.182 0.184 0.030 0.099 0.065 142 V 0.003 0.008 0.258 0.227 0.245 0.043 0.069 0.147 143 F 0.016 0.012 0.333 0.146 0.259 0.037 0.064 0.133 144 E 0.048 0.025 0.170 0.157 0.260 0.062 0.110 0.166 145 P 0.024 0.013 0.149 0.081 0.122 0.132 0.063 0.416 146 F 0.018 0.036 0.201 0.095 0.209 0.088 0.104 0.250 147 F 0.019 0.013 0.160 0.093 0.119 0.121 0.040 0.436 148 I 0.005 0.003 0.179 0.065 0.099 0.157 0.124 0.369 149 S 0.005 0.018 0.114 0.017 0.033 0.134 0.077 0.603 150 N 0.112 0.714 0.003 0.001 0.002 0.017 0.077 0.073 151 D 0.031 0.878 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.052 152 T 0.005 0.917 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.045 153 D 0.030 0.881 0.004 0.001 0.001 0.006 0.050 0.028 154 L 0.250 0.507 0.007 0.003 0.003 0.014 0.171 0.045 155 A 0.127 0.248 0.008 0.006 0.008 0.058 0.229 0.316 156 L 0.051 0.027 0.012 0.005 0.011 0.121 0.151 0.622 157 F 0.042 0.055 0.035 0.013 0.014 0.187 0.088 0.566 158 K 0.032 0.046 0.010 0.002 0.002 0.097 0.013 0.798 159 T 0.368 0.143 0.003 0.002 0.001 0.067 0.037 0.380 160 T 0.123 0.285 0.005 0.001 0.001 0.063 0.071 0.450 161 K 0.013 0.272 0.016 0.001 0.002 0.072 0.075 0.549 162 W 0.012 0.761 0.004 0.002 0.001 0.023 0.087 0.109 163 G 0.004 0.936 0.003 0.004 0.002 0.006 0.023 0.022 164 I 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 165 C 0.004 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 166 R 0.005 0.780 0.019 0.006 0.005 0.004 0.172 0.010 167 A 0.021 0.774 0.015 0.011 0.014 0.007 0.127 0.030 168 I 0.048 0.811 0.016 0.008 0.011 0.008 0.067 0.032 169 A 0.031 0.467 0.063 0.023 0.030 0.054 0.174 0.158 170 D 0.014 0.417 0.056 0.033 0.046 0.067 0.130 0.237 171 A 0.029 0.355 0.125 0.048 0.068 0.058 0.116 0.200 172 I 0.056 0.228 0.155 0.095 0.080 0.058 0.143 0.186 173 A 0.071 0.127 0.132 0.048 0.080 0.078 0.135 0.330 174 M 0.143 0.052 0.083 0.043 0.056 0.083 0.075 0.465 175 E 0.084 0.027 0.032 0.023 0.039 0.099 0.037 0.659 176 L 0.035 0.014 0.032 0.016 0.028 0.079 0.017 0.778 177 G 0.319 0.027 0.011 0.016 0.018 0.059 0.056 0.495 178 A 0.265 0.009 0.008 0.009 0.009 0.062 0.035 0.605 179 A 0.053 0.005 0.014 0.008 0.017 0.068 0.024 0.811 180 K 0.030 0.005 0.013 0.012 0.023 0.099 0.022 0.797 181 V 0.032 0.005 0.015 0.030 0.033 0.118 0.025 0.743