# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205.135 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.245 0.171 0.071 0.152 0.114 0.072 0.078 0.042 0.028 0.016 0.011 2 S 0.337 0.141 0.075 0.128 0.083 0.055 0.069 0.041 0.035 0.022 0.013 3 K 0.023 0.046 0.054 0.121 0.125 0.143 0.185 0.099 0.101 0.068 0.034 4 I 0.006 0.027 0.046 0.094 0.102 0.144 0.173 0.128 0.127 0.104 0.048 5 I 0.001 0.004 0.010 0.018 0.028 0.077 0.157 0.164 0.224 0.205 0.110 6 C 0.001 0.002 0.006 0.010 0.016 0.023 0.066 0.145 0.203 0.262 0.267 7 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.014 0.042 0.110 0.224 0.326 0.270 8 T 0.002 0.005 0.018 0.039 0.060 0.063 0.136 0.182 0.202 0.183 0.110 9 A 0.002 0.003 0.009 0.016 0.026 0.045 0.107 0.164 0.235 0.217 0.176 10 G 0.011 0.014 0.024 0.048 0.061 0.081 0.143 0.140 0.181 0.163 0.135 11 H 0.008 0.012 0.019 0.039 0.054 0.092 0.180 0.164 0.182 0.150 0.100 12 S 0.035 0.053 0.038 0.099 0.104 0.109 0.151 0.125 0.118 0.096 0.072 13 N 0.117 0.079 0.044 0.106 0.104 0.097 0.138 0.100 0.092 0.068 0.056 14 T 0.143 0.098 0.046 0.142 0.130 0.109 0.124 0.078 0.058 0.042 0.030 15 D 0.020 0.032 0.018 0.054 0.062 0.100 0.139 0.129 0.165 0.167 0.116 16 P 0.075 0.079 0.028 0.108 0.116 0.122 0.152 0.107 0.094 0.069 0.049 17 G 0.133 0.065 0.037 0.094 0.084 0.082 0.117 0.097 0.112 0.102 0.077 18 A 0.022 0.020 0.015 0.044 0.052 0.092 0.138 0.120 0.187 0.176 0.134 19 V 0.044 0.049 0.024 0.092 0.105 0.111 0.164 0.129 0.128 0.088 0.067 20 N 0.067 0.068 0.036 0.089 0.098 0.098 0.136 0.121 0.113 0.090 0.085 21 G 0.147 0.143 0.054 0.137 0.125 0.096 0.112 0.070 0.055 0.036 0.025 22 S 0.361 0.160 0.040 0.131 0.088 0.060 0.067 0.039 0.027 0.016 0.010 23 D 0.308 0.099 0.048 0.120 0.101 0.083 0.091 0.057 0.042 0.029 0.022 24 R 0.107 0.152 0.070 0.182 0.151 0.108 0.105 0.058 0.036 0.021 0.011 25 E 0.006 0.016 0.022 0.047 0.070 0.085 0.166 0.171 0.177 0.148 0.091 26 A 0.027 0.040 0.085 0.136 0.155 0.171 0.179 0.092 0.060 0.038 0.017 27 D 0.077 0.113 0.296 0.279 0.119 0.055 0.033 0.015 0.007 0.004 0.002 28 L 0.003 0.004 0.008 0.016 0.038 0.074 0.188 0.218 0.191 0.162 0.098 29 A 0.004 0.010 0.020 0.028 0.042 0.049 0.112 0.146 0.218 0.222 0.149 30 Q 0.029 0.020 0.207 0.170 0.181 0.144 0.146 0.055 0.029 0.013 0.006 31 D 0.047 0.083 0.282 0.270 0.166 0.072 0.053 0.017 0.006 0.003 0.002 32 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.042 0.091 0.231 0.289 0.328 33 R 0.002 0.004 0.009 0.030 0.098 0.200 0.336 0.146 0.093 0.060 0.023 34 N 0.013 0.020 0.786 0.127 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 35 I 0.002 0.005 0.023 0.045 0.078 0.324 0.378 0.081 0.039 0.019 0.006 36 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.181 0.313 0.466 37 A 0.002 0.005 0.034 0.073 0.221 0.286 0.265 0.070 0.027 0.012 0.004 38 S 0.007 0.016 0.888 0.070 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 I 0.001 0.002 0.011 0.020 0.041 0.262 0.428 0.119 0.068 0.037 0.011 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.026 0.056 0.222 0.346 0.341 41 R 0.007 0.043 0.304 0.248 0.201 0.099 0.056 0.024 0.010 0.007 0.003 42 N 0.017 0.046 0.540 0.165 0.108 0.065 0.036 0.013 0.006 0.003 0.002 43 D 0.129 0.166 0.102 0.129 0.115 0.121 0.118 0.069 0.025 0.017 0.009 44 Y 0.069 0.052 0.018 0.053 0.072 0.132 0.223 0.170 0.111 0.068 0.033 45 G 0.574 0.148 0.055 0.106 0.052 0.022 0.020 0.012 0.006 0.004 0.002 46 L 0.012 0.008 0.016 0.018 0.026 0.056 0.151 0.132 0.229 0.208 0.144 47 T 0.049 0.224 0.095 0.290 0.185 0.080 0.041 0.017 0.010 0.005 0.003 48 V 0.002 0.002 0.005 0.006 0.013 0.021 0.053 0.116 0.204 0.230 0.349 49 K 0.031 0.056 0.044 0.183 0.217 0.162 0.138 0.083 0.044 0.025 0.018 50 T 0.008 0.005 0.010 0.018 0.025 0.032 0.086 0.135 0.219 0.226 0.236 51 D 0.040 0.048 0.048 0.127 0.135 0.136 0.147 0.098 0.096 0.075 0.051 52 G 0.043 0.062 0.032 0.087 0.084 0.106 0.201 0.118 0.130 0.089 0.048 53 T 0.306 0.245 0.068 0.170 0.090 0.046 0.033 0.019 0.012 0.007 0.005 54 G 0.425 0.188 0.039 0.114 0.070 0.051 0.052 0.028 0.018 0.011 0.006 55 K 0.298 0.206 0.039 0.133 0.091 0.065 0.058 0.044 0.029 0.023 0.014 56 G 0.141 0.129 0.031 0.112 0.119 0.128 0.138 0.088 0.059 0.035 0.019 57 N 0.197 0.175 0.065 0.150 0.104 0.092 0.090 0.053 0.036 0.025 0.013 58 M 0.055 0.029 0.027 0.060 0.073 0.125 0.188 0.131 0.147 0.101 0.063 59 P 0.166 0.286 0.078 0.202 0.113 0.058 0.047 0.025 0.014 0.007 0.004 60 L 0.006 0.011 0.012 0.027 0.046 0.072 0.154 0.159 0.213 0.165 0.134 61 R 0.247 0.096 0.094 0.188 0.159 0.088 0.071 0.032 0.015 0.007 0.004 62 D 0.097 0.122 0.235 0.251 0.133 0.071 0.052 0.022 0.010 0.005 0.002 63 A 0.006 0.010 0.023 0.043 0.068 0.115 0.211 0.177 0.164 0.126 0.059 64 V 0.010 0.009 0.018 0.039 0.053 0.100 0.245 0.180 0.161 0.139 0.045 65 K 0.012 0.075 0.580 0.221 0.070 0.026 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 66 L 0.023 0.018 0.088 0.094 0.146 0.152 0.213 0.144 0.063 0.036 0.023 67 I 0.025 0.038 0.047 0.045 0.050 0.073 0.141 0.144 0.156 0.156 0.123 68 R 0.052 0.098 0.125 0.163 0.168 0.125 0.136 0.066 0.039 0.018 0.011 69 G 0.525 0.140 0.121 0.109 0.049 0.019 0.018 0.009 0.005 0.003 0.002 70 S 0.055 0.040 0.039 0.059 0.066 0.076 0.176 0.131 0.154 0.109 0.093 71 D 0.046 0.105 0.064 0.169 0.157 0.154 0.130 0.070 0.053 0.032 0.020 72 V 0.006 0.010 0.025 0.039 0.066 0.090 0.185 0.207 0.167 0.116 0.091 73 A 0.005 0.012 0.037 0.057 0.077 0.063 0.137 0.179 0.168 0.145 0.120 74 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.014 0.051 0.095 0.246 0.309 0.270 75 E 0.005 0.019 0.045 0.129 0.160 0.137 0.157 0.117 0.109 0.072 0.051 76 F 0.001 0.001 0.007 0.006 0.013 0.015 0.056 0.148 0.210 0.256 0.287 77 H 0.001 0.003 0.010 0.023 0.038 0.048 0.105 0.165 0.210 0.224 0.173 78 T 0.002 0.003 0.009 0.014 0.022 0.041 0.103 0.128 0.248 0.243 0.188 79 N 0.020 0.025 0.051 0.113 0.146 0.146 0.187 0.123 0.094 0.055 0.039 80 A 0.017 0.022 0.041 0.060 0.071 0.086 0.180 0.155 0.154 0.123 0.091 81 A 0.027 0.028 0.026 0.055 0.068 0.088 0.151 0.128 0.159 0.137 0.133 82 A 0.196 0.184 0.067 0.146 0.116 0.081 0.095 0.048 0.033 0.020 0.014 83 N 0.206 0.178 0.062 0.157 0.114 0.086 0.076 0.044 0.034 0.026 0.018 84 K 0.373 0.191 0.040 0.115 0.084 0.056 0.058 0.036 0.022 0.015 0.010 85 T 0.306 0.215 0.041 0.162 0.098 0.061 0.052 0.029 0.017 0.010 0.007 86 A 0.032 0.028 0.019 0.036 0.048 0.072 0.105 0.107 0.164 0.174 0.215 87 T 0.056 0.101 0.051 0.186 0.194 0.132 0.129 0.073 0.042 0.023 0.013 88 G 0.043 0.045 0.039 0.103 0.101 0.105 0.149 0.113 0.134 0.099 0.069 89 I 0.003 0.004 0.005 0.013 0.021 0.038 0.085 0.120 0.229 0.239 0.244 90 E 0.009 0.031 0.026 0.123 0.146 0.137 0.175 0.126 0.112 0.074 0.042 91 A 0.001 0.002 0.007 0.010 0.017 0.024 0.055 0.117 0.192 0.260 0.315 92 L 0.003 0.003 0.006 0.016 0.029 0.064 0.121 0.146 0.222 0.230 0.160 93 S 0.007 0.009 0.013 0.035 0.046 0.062 0.143 0.157 0.219 0.186 0.122 94 T 0.013 0.021 0.027 0.063 0.081 0.115 0.178 0.144 0.156 0.116 0.086 95 P 0.149 0.134 0.063 0.144 0.114 0.099 0.130 0.065 0.052 0.032 0.019 96 K 0.415 0.198 0.043 0.126 0.078 0.044 0.043 0.025 0.014 0.008 0.006 97 N 0.230 0.261 0.040 0.108 0.084 0.071 0.080 0.050 0.035 0.025 0.017 98 K 0.217 0.119 0.043 0.140 0.141 0.107 0.110 0.058 0.033 0.020 0.013 99 R 0.502 0.168 0.086 0.113 0.057 0.030 0.022 0.011 0.005 0.003 0.002 100 W 0.026 0.064 0.036 0.123 0.124 0.168 0.188 0.107 0.084 0.058 0.022 101 C 0.006 0.013 0.011 0.029 0.049 0.089 0.188 0.170 0.192 0.170 0.084 102 Q 0.051 0.047 0.243 0.257 0.188 0.112 0.063 0.023 0.010 0.005 0.002 103 V 0.028 0.055 0.287 0.238 0.156 0.110 0.080 0.029 0.010 0.006 0.002 104 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.020 0.062 0.099 0.265 0.301 0.241 105 G 0.001 0.001 0.003 0.008 0.028 0.078 0.239 0.183 0.200 0.175 0.085 106 K 0.005 0.018 0.736 0.165 0.054 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.007 0.010 0.075 0.083 0.131 0.234 0.319 0.093 0.029 0.013 0.006 108 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.046 0.193 0.277 0.461 109 A 0.004 0.005 0.019 0.042 0.108 0.153 0.294 0.173 0.098 0.075 0.030 110 K 0.006 0.033 0.726 0.150 0.049 0.022 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 111 K 0.024 0.044 0.081 0.124 0.154 0.189 0.240 0.095 0.029 0.013 0.008 112 T 0.022 0.013 0.009 0.011 0.014 0.027 0.075 0.117 0.227 0.254 0.231 113 G 0.178 0.140 0.098 0.196 0.155 0.085 0.075 0.038 0.019 0.010 0.006 114 W 0.109 0.105 0.206 0.173 0.119 0.088 0.079 0.046 0.035 0.026 0.014 115 K 0.116 0.094 0.053 0.112 0.120 0.136 0.171 0.090 0.057 0.032 0.019 116 L 0.148 0.122 0.055 0.130 0.101 0.098 0.123 0.091 0.065 0.044 0.023 117 R 0.083 0.103 0.069 0.149 0.131 0.124 0.124 0.085 0.061 0.045 0.026 118 G 0.141 0.096 0.056 0.130 0.118 0.107 0.133 0.087 0.063 0.043 0.025 119 E 0.210 0.164 0.073 0.157 0.107 0.084 0.082 0.051 0.035 0.025 0.012 120 D 0.106 0.091 0.046 0.123 0.116 0.135 0.146 0.089 0.074 0.048 0.026 121 G 0.242 0.111 0.050 0.140 0.111 0.080 0.096 0.070 0.048 0.033 0.019 122 F 0.034 0.034 0.027 0.060 0.065 0.122 0.173 0.131 0.150 0.131 0.072 123 K 0.074 0.161 0.076 0.179 0.146 0.113 0.101 0.060 0.044 0.028 0.017 124 P 0.185 0.117 0.050 0.127 0.113 0.088 0.109 0.087 0.058 0.039 0.029 125 D 0.345 0.125 0.049 0.123 0.101 0.067 0.073 0.049 0.031 0.021 0.014 126 N 0.243 0.176 0.051 0.150 0.107 0.078 0.082 0.051 0.031 0.020 0.010 127 A 0.096 0.101 0.037 0.127 0.127 0.126 0.135 0.094 0.071 0.053 0.032 128 G 0.185 0.124 0.053 0.127 0.115 0.097 0.111 0.079 0.053 0.035 0.020 129 Q 0.127 0.165 0.090 0.227 0.144 0.086 0.073 0.041 0.025 0.014 0.007 130 H 0.010 0.009 0.012 0.027 0.045 0.075 0.125 0.136 0.201 0.189 0.174 131 S 0.036 0.049 0.054 0.129 0.138 0.123 0.146 0.121 0.096 0.067 0.040 132 R 0.015 0.029 0.042 0.116 0.130 0.157 0.202 0.116 0.098 0.059 0.037 133 L 0.002 0.002 0.005 0.007 0.012 0.017 0.045 0.081 0.181 0.247 0.401 134 A 0.021 0.035 0.046 0.131 0.157 0.143 0.171 0.116 0.091 0.058 0.031 135 Y 0.035 0.069 0.084 0.164 0.143 0.129 0.145 0.084 0.068 0.047 0.032 136 A 0.020 0.019 0.023 0.041 0.056 0.086 0.153 0.131 0.171 0.143 0.156 137 Q 0.165 0.197 0.077 0.191 0.117 0.081 0.083 0.037 0.028 0.015 0.009 138 A 0.030 0.027 0.036 0.059 0.066 0.068 0.131 0.121 0.174 0.139 0.150 139 G 0.032 0.060 0.046 0.120 0.126 0.126 0.166 0.108 0.093 0.067 0.057 140 G 0.003 0.009 0.015 0.027 0.038 0.058 0.129 0.142 0.232 0.192 0.156 141 I 0.002 0.005 0.014 0.026 0.046 0.049 0.133 0.195 0.182 0.158 0.191 142 V 0.001 0.002 0.011 0.016 0.024 0.026 0.075 0.146 0.218 0.241 0.241 143 F 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.017 0.055 0.091 0.246 0.285 0.286 144 E 0.001 0.001 0.007 0.013 0.027 0.023 0.083 0.209 0.223 0.223 0.190 145 P 0.001 0.002 0.008 0.011 0.015 0.030 0.063 0.110 0.242 0.325 0.193 146 F 0.004 0.007 0.019 0.036 0.062 0.061 0.180 0.249 0.164 0.126 0.092 147 F 0.004 0.006 0.022 0.035 0.047 0.052 0.117 0.213 0.187 0.197 0.117 148 I 0.006 0.005 0.017 0.021 0.033 0.049 0.133 0.166 0.211 0.194 0.165 149 S 0.033 0.113 0.100 0.144 0.135 0.125 0.154 0.075 0.063 0.038 0.020 150 N 0.027 0.067 0.057 0.096 0.110 0.127 0.219 0.109 0.094 0.056 0.038 151 D 0.681 0.160 0.050 0.060 0.024 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 152 T 0.524 0.181 0.056 0.118 0.057 0.025 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 153 D 0.050 0.112 0.045 0.124 0.126 0.133 0.148 0.103 0.075 0.058 0.026 154 L 0.009 0.014 0.019 0.061 0.113 0.226 0.282 0.132 0.079 0.048 0.018 155 A 0.038 0.062 0.494 0.199 0.093 0.056 0.034 0.014 0.005 0.003 0.001 156 L 0.005 0.012 0.058 0.100 0.097 0.257 0.277 0.088 0.061 0.035 0.009 157 F 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.011 0.048 0.077 0.238 0.340 0.275 158 K 0.022 0.085 0.219 0.235 0.188 0.112 0.082 0.032 0.016 0.008 0.003 159 T 0.056 0.172 0.420 0.183 0.087 0.041 0.022 0.010 0.005 0.003 0.002 160 T 0.331 0.159 0.056 0.114 0.109 0.075 0.076 0.050 0.017 0.009 0.005 161 K 0.521 0.203 0.037 0.077 0.043 0.036 0.038 0.024 0.012 0.007 0.003 162 W 0.088 0.043 0.072 0.134 0.138 0.166 0.161 0.091 0.053 0.034 0.022 163 G 0.071 0.137 0.134 0.176 0.153 0.123 0.120 0.049 0.022 0.010 0.005 164 I 0.003 0.008 0.018 0.026 0.049 0.048 0.126 0.155 0.212 0.170 0.187 165 C 0.001 0.002 0.006 0.015 0.038 0.072 0.172 0.197 0.194 0.185 0.117 166 R 0.019 0.057 0.261 0.330 0.165 0.088 0.046 0.015 0.011 0.005 0.003 167 A 0.001 0.002 0.012 0.019 0.053 0.056 0.188 0.271 0.142 0.107 0.149 168 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.030 0.156 0.294 0.502 169 A 0.001 0.001 0.003 0.007 0.025 0.055 0.178 0.173 0.231 0.201 0.127 170 D 0.003 0.026 0.283 0.269 0.167 0.113 0.064 0.028 0.025 0.014 0.007 171 A 0.001 0.001 0.008 0.008 0.018 0.040 0.136 0.161 0.196 0.197 0.234 172 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.016 0.038 0.063 0.224 0.285 0.362 173 A 0.008 0.016 0.028 0.063 0.099 0.110 0.195 0.146 0.144 0.105 0.087 174 M 0.020 0.025 0.064 0.092 0.118 0.142 0.179 0.127 0.106 0.072 0.055 175 E 0.147 0.138 0.076 0.160 0.121 0.101 0.130 0.060 0.036 0.019 0.013 176 L 0.095 0.061 0.031 0.078 0.084 0.109 0.174 0.132 0.104 0.073 0.059 177 G 0.261 0.310 0.061 0.154 0.094 0.046 0.035 0.019 0.010 0.006 0.004 178 A 0.222 0.112 0.041 0.083 0.078 0.065 0.104 0.088 0.083 0.066 0.058 179 A 0.361 0.230 0.064 0.129 0.079 0.048 0.041 0.021 0.014 0.008 0.005 180 K 0.282 0.291 0.094 0.172 0.076 0.038 0.024 0.011 0.007 0.003 0.002 181 V 0.252 0.125 0.052 0.125 0.113 0.088 0.095 0.070 0.039 0.023 0.016