# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205.135 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.002 0.013 0.011 0.018 0.027 0.003 0.893 2 S 0.016 0.001 0.020 0.009 0.015 0.028 0.002 0.910 3 K 0.058 0.001 0.226 0.072 0.087 0.093 0.004 0.459 4 I 0.022 0.001 0.615 0.060 0.081 0.052 0.001 0.169 5 I 0.003 0.001 0.873 0.030 0.040 0.012 0.001 0.042 6 C 0.001 0.001 0.970 0.009 0.012 0.002 0.001 0.007 7 L 0.001 0.001 0.976 0.005 0.006 0.005 0.001 0.008 8 T 0.001 0.001 0.931 0.013 0.016 0.017 0.001 0.022 9 A 0.001 0.001 0.566 0.012 0.032 0.086 0.001 0.302 10 G 0.007 0.001 0.146 0.011 0.027 0.461 0.005 0.343 11 H 0.185 0.001 0.048 0.013 0.023 0.204 0.022 0.505 12 S 0.064 0.006 0.034 0.013 0.017 0.119 0.016 0.731 13 N 0.143 0.007 0.026 0.027 0.050 0.093 0.024 0.630 14 T 0.147 0.011 0.022 0.018 0.031 0.217 0.019 0.536 15 D 0.096 0.022 0.043 0.095 0.112 0.258 0.018 0.355 16 P 0.007 0.001 0.003 0.002 0.005 0.017 0.001 0.963 17 G 0.029 0.009 0.023 0.033 0.051 0.592 0.009 0.254 18 A 0.508 0.013 0.033 0.036 0.039 0.125 0.016 0.230 19 V 0.037 0.064 0.090 0.123 0.161 0.096 0.006 0.422 20 N 0.028 0.023 0.050 0.111 0.224 0.118 0.008 0.439 21 G 0.062 0.022 0.043 0.060 0.116 0.121 0.010 0.566 22 S 0.058 0.015 0.022 0.034 0.055 0.204 0.015 0.597 23 D 0.058 0.014 0.015 0.019 0.025 0.119 0.009 0.740 24 R 0.031 0.039 0.019 0.026 0.041 0.303 0.006 0.535 25 E 0.041 0.091 0.016 0.021 0.057 0.345 0.005 0.425 26 A 0.069 0.289 0.022 0.025 0.063 0.111 0.006 0.414 27 D 0.037 0.464 0.023 0.008 0.018 0.051 0.005 0.394 28 L 0.042 0.624 0.019 0.008 0.017 0.050 0.004 0.237 29 A 0.018 0.810 0.007 0.003 0.009 0.044 0.003 0.105 30 Q 0.025 0.851 0.004 0.002 0.004 0.019 0.003 0.093 31 D 0.007 0.914 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.057 32 M 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.020 33 R 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 34 N 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 35 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 36 V 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 37 A 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 38 S 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 39 I 0.016 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 40 L 0.020 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 41 R 0.036 0.904 0.025 0.001 0.001 0.002 0.013 0.018 42 N 0.134 0.755 0.008 0.002 0.001 0.003 0.037 0.060 43 D 0.237 0.488 0.022 0.002 0.001 0.009 0.112 0.130 44 Y 0.371 0.142 0.069 0.008 0.003 0.024 0.172 0.211 45 G 0.165 0.019 0.420 0.021 0.017 0.070 0.057 0.230 46 L 0.047 0.004 0.656 0.104 0.029 0.036 0.003 0.122 47 T 0.007 0.002 0.377 0.140 0.102 0.052 0.001 0.319 48 V 0.005 0.001 0.387 0.084 0.169 0.018 0.001 0.336 49 K 0.002 0.001 0.575 0.108 0.230 0.030 0.001 0.054 50 T 0.006 0.001 0.387 0.175 0.195 0.029 0.001 0.206 51 D 0.003 0.001 0.327 0.218 0.256 0.046 0.001 0.148 52 G 0.004 0.001 0.139 0.097 0.218 0.127 0.002 0.413 53 T 0.008 0.001 0.061 0.059 0.117 0.286 0.006 0.462 54 G 0.033 0.001 0.011 0.011 0.019 0.164 0.013 0.748 55 K 0.075 0.002 0.009 0.007 0.008 0.280 0.020 0.599 56 G 0.213 0.006 0.015 0.013 0.019 0.188 0.027 0.519 57 N 0.114 0.018 0.036 0.020 0.053 0.233 0.012 0.513 58 M 0.077 0.019 0.048 0.065 0.105 0.193 0.004 0.489 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.987 60 L 0.023 0.021 0.009 0.017 0.057 0.192 0.002 0.679 61 R 0.063 0.129 0.012 0.007 0.018 0.145 0.004 0.623 62 D 0.036 0.166 0.003 0.002 0.004 0.250 0.003 0.535 63 A 0.060 0.648 0.005 0.001 0.003 0.081 0.005 0.196 64 V 0.019 0.914 0.005 0.002 0.004 0.006 0.002 0.049 65 K 0.013 0.949 0.005 0.002 0.003 0.004 0.002 0.022 66 L 0.031 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 67 I 0.063 0.904 0.007 0.001 0.002 0.001 0.012 0.012 68 R 0.064 0.714 0.024 0.012 0.008 0.011 0.057 0.111 69 G 0.170 0.079 0.070 0.010 0.010 0.030 0.090 0.540 70 S 0.193 0.024 0.402 0.021 0.012 0.035 0.028 0.284 71 D 0.031 0.010 0.615 0.052 0.029 0.064 0.010 0.188 72 V 0.012 0.003 0.850 0.031 0.026 0.019 0.001 0.058 73 A 0.002 0.002 0.927 0.017 0.021 0.013 0.001 0.018 74 I 0.002 0.001 0.873 0.045 0.053 0.011 0.001 0.014 75 E 0.001 0.001 0.907 0.025 0.038 0.012 0.001 0.017 76 F 0.002 0.002 0.778 0.043 0.072 0.036 0.001 0.067 77 H 0.009 0.004 0.511 0.085 0.173 0.073 0.004 0.139 78 T 0.022 0.012 0.437 0.069 0.142 0.102 0.006 0.210 79 N 0.047 0.015 0.108 0.077 0.167 0.098 0.018 0.472 80 A 0.161 0.035 0.066 0.042 0.074 0.133 0.024 0.465 81 A 0.062 0.053 0.034 0.041 0.071 0.253 0.022 0.465 82 A 0.116 0.054 0.016 0.015 0.028 0.283 0.028 0.460 83 N 0.165 0.121 0.048 0.031 0.033 0.119 0.049 0.434 84 K 0.173 0.033 0.030 0.014 0.017 0.061 0.032 0.640 85 T 0.079 0.048 0.042 0.039 0.036 0.329 0.018 0.409 86 A 0.159 0.062 0.054 0.050 0.076 0.132 0.023 0.445 87 T 0.098 0.071 0.103 0.090 0.122 0.151 0.019 0.345 88 G 0.128 0.027 0.120 0.065 0.104 0.161 0.026 0.370 89 I 0.095 0.019 0.290 0.237 0.177 0.059 0.006 0.117 90 E 0.005 0.007 0.125 0.366 0.345 0.035 0.002 0.115 91 A 0.006 0.004 0.115 0.239 0.419 0.015 0.001 0.201 92 L 0.007 0.006 0.209 0.257 0.401 0.024 0.001 0.094 93 S 0.013 0.006 0.143 0.217 0.368 0.038 0.003 0.212 94 T 0.013 0.005 0.135 0.168 0.299 0.090 0.003 0.287 95 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.006 0.001 0.977 96 K 0.013 0.001 0.011 0.008 0.024 0.192 0.004 0.747 97 N 0.130 0.004 0.007 0.004 0.008 0.212 0.011 0.624 98 K 0.180 0.027 0.009 0.005 0.011 0.107 0.011 0.649 99 R 0.043 0.049 0.009 0.005 0.009 0.369 0.005 0.511 100 W 0.061 0.123 0.008 0.005 0.010 0.339 0.006 0.449 101 C 0.067 0.605 0.018 0.004 0.013 0.055 0.005 0.233 102 Q 0.033 0.774 0.015 0.002 0.004 0.018 0.003 0.150 103 V 0.018 0.786 0.003 0.001 0.001 0.038 0.003 0.150 104 L 0.011 0.898 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.055 105 G 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.022 106 K 0.005 0.967 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 107 A 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 108 V 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 109 A 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 110 K 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 111 K 0.049 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.014 112 T 0.107 0.763 0.010 0.001 0.001 0.003 0.072 0.043 113 G 0.098 0.451 0.124 0.016 0.009 0.028 0.078 0.196 114 W 0.092 0.096 0.071 0.021 0.010 0.036 0.021 0.652 115 K 0.098 0.139 0.084 0.047 0.033 0.051 0.018 0.530 116 L 0.113 0.100 0.056 0.039 0.042 0.088 0.015 0.547 117 R 0.076 0.060 0.063 0.042 0.060 0.086 0.009 0.602 118 G 0.052 0.034 0.033 0.029 0.050 0.074 0.011 0.717 119 E 0.118 0.026 0.030 0.043 0.040 0.188 0.025 0.529 120 D 0.120 0.011 0.021 0.013 0.014 0.060 0.027 0.734 121 G 0.170 0.009 0.053 0.035 0.050 0.178 0.033 0.472 122 F 0.126 0.007 0.103 0.072 0.090 0.168 0.009 0.423 123 K 0.013 0.002 0.025 0.069 0.093 0.089 0.001 0.707 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 125 D 0.018 0.002 0.024 0.089 0.214 0.190 0.002 0.462 126 N 0.160 0.006 0.011 0.041 0.052 0.142 0.005 0.585 127 A 0.141 0.027 0.016 0.033 0.061 0.199 0.013 0.510 128 G 0.197 0.022 0.020 0.021 0.033 0.227 0.031 0.449 129 Q 0.155 0.028 0.032 0.030 0.037 0.288 0.027 0.402 130 H 0.082 0.059 0.088 0.092 0.130 0.081 0.015 0.453 131 S 0.031 0.049 0.112 0.242 0.273 0.103 0.005 0.186 132 R 0.030 0.051 0.069 0.200 0.295 0.079 0.004 0.271 133 L 0.021 0.087 0.097 0.246 0.448 0.028 0.003 0.071 134 A 0.020 0.115 0.069 0.235 0.360 0.039 0.005 0.158 135 Y 0.048 0.131 0.077 0.116 0.247 0.042 0.012 0.328 136 A 0.068 0.114 0.080 0.083 0.176 0.084 0.020 0.375 137 Q 0.113 0.057 0.045 0.064 0.096 0.099 0.031 0.493 138 A 0.120 0.045 0.110 0.041 0.061 0.076 0.022 0.526 139 G 0.052 0.031 0.133 0.041 0.062 0.071 0.014 0.597 140 G 0.083 0.025 0.281 0.068 0.094 0.078 0.012 0.358 141 I 0.056 0.017 0.540 0.085 0.083 0.038 0.004 0.178 142 V 0.015 0.011 0.626 0.094 0.092 0.029 0.002 0.130 143 F 0.007 0.007 0.605 0.093 0.129 0.032 0.001 0.126 144 E 0.006 0.005 0.458 0.091 0.165 0.076 0.002 0.197 145 P 0.001 0.001 0.015 0.002 0.011 0.004 0.001 0.967 146 F 0.039 0.005 0.174 0.082 0.216 0.147 0.008 0.329 147 F 0.166 0.012 0.193 0.080 0.104 0.065 0.009 0.371 148 I 0.070 0.026 0.204 0.123 0.203 0.044 0.007 0.324 149 S 0.057 0.027 0.102 0.073 0.138 0.142 0.009 0.451 150 N 0.049 0.023 0.037 0.030 0.047 0.266 0.012 0.538 151 D 0.017 0.011 0.010 0.004 0.008 0.125 0.006 0.818 152 T 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.660 0.002 0.324 153 D 0.047 0.031 0.001 0.001 0.001 0.754 0.007 0.159 154 L 0.057 0.780 0.010 0.001 0.003 0.040 0.005 0.104 155 A 0.013 0.794 0.007 0.001 0.003 0.081 0.003 0.099 156 L 0.071 0.860 0.003 0.001 0.002 0.013 0.008 0.042 157 F 0.103 0.860 0.005 0.001 0.003 0.001 0.010 0.016 158 K 0.096 0.788 0.009 0.005 0.004 0.010 0.035 0.053 159 T 0.189 0.469 0.019 0.010 0.008 0.024 0.073 0.207 160 T 0.053 0.103 0.015 0.003 0.003 0.037 0.023 0.763 161 K 0.051 0.082 0.021 0.007 0.005 0.318 0.020 0.496 162 W 0.168 0.135 0.029 0.006 0.005 0.272 0.027 0.359 163 G 0.164 0.376 0.041 0.016 0.010 0.131 0.013 0.250 164 I 0.038 0.387 0.043 0.006 0.010 0.080 0.005 0.430 165 C 0.029 0.527 0.048 0.031 0.053 0.052 0.003 0.256 166 R 0.015 0.752 0.020 0.018 0.035 0.029 0.003 0.130 167 A 0.017 0.861 0.020 0.009 0.016 0.012 0.002 0.063 168 I 0.004 0.938 0.013 0.002 0.006 0.004 0.002 0.030 169 A 0.005 0.946 0.011 0.005 0.009 0.005 0.002 0.017 170 D 0.010 0.915 0.014 0.006 0.011 0.003 0.005 0.036 171 A 0.018 0.925 0.027 0.002 0.003 0.002 0.009 0.014 172 I 0.055 0.787 0.039 0.008 0.011 0.008 0.023 0.069 173 A 0.029 0.782 0.075 0.017 0.022 0.009 0.012 0.054 174 M 0.079 0.405 0.164 0.032 0.044 0.013 0.028 0.234 175 E 0.114 0.322 0.100 0.033 0.032 0.049 0.040 0.311 176 L 0.094 0.168 0.134 0.030 0.036 0.087 0.044 0.407 177 G 0.145 0.050 0.071 0.017 0.026 0.089 0.036 0.567 178 A 0.029 0.010 0.025 0.007 0.009 0.025 0.005 0.889 179 A 0.036 0.018 0.029 0.018 0.028 0.117 0.009 0.745 180 K 0.141 0.015 0.025 0.013 0.023 0.081 0.010 0.691 181 V 0.083 0.024 0.046 0.022 0.039 0.060 0.006 0.720