# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205.135 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.268 0.294 0.114 0.098 0.024 0.075 0.011 0.031 0.008 0.002 2 S 0.057 0.207 0.375 0.068 0.083 0.043 0.115 0.022 0.019 0.009 0.003 3 K 0.017 0.495 0.317 0.030 0.084 0.025 0.017 0.002 0.012 0.001 0.001 4 I 0.006 0.699 0.216 0.004 0.030 0.030 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 5 I 0.004 0.676 0.232 0.003 0.018 0.056 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 6 C 0.005 0.703 0.162 0.006 0.031 0.079 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 7 L 0.013 0.707 0.157 0.010 0.048 0.041 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 8 T 0.007 0.210 0.349 0.004 0.031 0.121 0.010 0.001 0.261 0.004 0.002 9 A 0.349 0.022 0.431 0.072 0.025 0.018 0.010 0.002 0.008 0.028 0.036 10 G 0.123 0.025 0.070 0.091 0.152 0.009 0.049 0.254 0.009 0.216 0.002 11 H 0.161 0.080 0.183 0.351 0.115 0.020 0.029 0.018 0.020 0.019 0.005 12 S 0.140 0.072 0.126 0.345 0.072 0.028 0.093 0.061 0.023 0.033 0.007 13 N 0.140 0.085 0.159 0.181 0.092 0.043 0.162 0.075 0.019 0.039 0.005 14 T 0.228 0.179 0.312 0.176 0.039 0.019 0.015 0.005 0.017 0.006 0.005 15 D 0.031 0.160 0.445 0.011 0.028 0.032 0.015 0.001 0.269 0.006 0.002 16 P 0.544 0.006 0.350 0.040 0.004 0.005 0.003 0.001 0.002 0.005 0.041 17 G 0.185 0.026 0.105 0.075 0.121 0.010 0.047 0.317 0.009 0.102 0.002 18 A 0.372 0.122 0.297 0.107 0.046 0.019 0.008 0.005 0.015 0.004 0.004 19 V 0.216 0.263 0.164 0.259 0.023 0.025 0.013 0.001 0.031 0.001 0.004 20 N 0.083 0.094 0.201 0.125 0.109 0.028 0.205 0.060 0.030 0.061 0.004 21 G 0.051 0.013 0.066 0.057 0.101 0.008 0.086 0.354 0.005 0.256 0.004 22 S 0.130 0.169 0.284 0.171 0.094 0.028 0.055 0.028 0.019 0.018 0.004 23 D 0.217 0.179 0.387 0.079 0.052 0.040 0.015 0.004 0.020 0.005 0.003 24 R 0.402 0.177 0.284 0.057 0.026 0.030 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 25 E 0.668 0.124 0.117 0.042 0.004 0.031 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 26 A 0.776 0.062 0.057 0.057 0.033 0.005 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 27 D 0.693 0.054 0.108 0.053 0.020 0.046 0.013 0.004 0.008 0.002 0.001 28 L 0.903 0.033 0.022 0.024 0.004 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 29 A 0.974 0.006 0.012 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 I 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.972 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.963 0.003 0.007 0.020 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 42 N 0.743 0.006 0.007 0.222 0.005 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 43 D 0.567 0.027 0.050 0.311 0.003 0.010 0.015 0.003 0.013 0.001 0.001 44 Y 0.077 0.021 0.046 0.746 0.004 0.003 0.095 0.001 0.006 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 0.001 0.308 0.600 0.001 0.060 0.001 46 L 0.003 0.438 0.445 0.013 0.085 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 47 T 0.005 0.607 0.301 0.008 0.021 0.046 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 48 V 0.001 0.813 0.130 0.002 0.022 0.024 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 49 K 0.008 0.833 0.080 0.002 0.039 0.028 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 50 T 0.005 0.678 0.177 0.008 0.072 0.026 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 51 D 0.018 0.408 0.301 0.026 0.089 0.061 0.024 0.002 0.061 0.005 0.004 52 G 0.145 0.101 0.165 0.038 0.219 0.029 0.017 0.046 0.024 0.210 0.006 53 T 0.174 0.138 0.256 0.320 0.023 0.019 0.041 0.001 0.021 0.002 0.004 54 G 0.106 0.021 0.064 0.047 0.150 0.010 0.046 0.272 0.012 0.268 0.004 55 K 0.206 0.083 0.258 0.330 0.015 0.013 0.067 0.004 0.016 0.003 0.006 56 G 0.175 0.045 0.121 0.086 0.136 0.013 0.073 0.232 0.007 0.109 0.004 57 N 0.116 0.152 0.323 0.225 0.024 0.075 0.061 0.007 0.012 0.002 0.003 58 M 0.182 0.311 0.369 0.037 0.048 0.021 0.005 0.001 0.022 0.003 0.001 59 P 0.087 0.047 0.681 0.006 0.010 0.129 0.002 0.001 0.030 0.005 0.003 60 L 0.914 0.004 0.049 0.025 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.974 0.005 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 D 0.926 0.007 0.006 0.053 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.931 0.007 0.013 0.041 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 V 0.966 0.013 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.957 0.019 0.011 0.007 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.802 0.030 0.037 0.115 0.005 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 67 I 0.478 0.143 0.149 0.122 0.024 0.014 0.012 0.003 0.053 0.002 0.001 68 R 0.204 0.046 0.204 0.267 0.011 0.017 0.218 0.006 0.016 0.006 0.006 69 G 0.004 0.003 0.010 0.010 0.035 0.003 0.111 0.699 0.001 0.124 0.001 70 S 0.062 0.186 0.563 0.056 0.082 0.021 0.006 0.007 0.007 0.009 0.001 71 D 0.077 0.300 0.418 0.077 0.041 0.061 0.009 0.001 0.013 0.001 0.002 72 V 0.032 0.719 0.108 0.021 0.096 0.011 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 73 A 0.010 0.772 0.046 0.003 0.157 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 74 I 0.002 0.887 0.058 0.001 0.033 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 75 E 0.005 0.867 0.066 0.001 0.030 0.017 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 76 F 0.029 0.719 0.157 0.008 0.021 0.043 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 77 H 0.084 0.444 0.179 0.050 0.111 0.067 0.022 0.002 0.038 0.003 0.001 78 T 0.208 0.307 0.182 0.134 0.100 0.020 0.012 0.002 0.029 0.005 0.002 79 N 0.190 0.149 0.194 0.158 0.073 0.071 0.097 0.014 0.037 0.012 0.005 80 A 0.359 0.104 0.165 0.190 0.067 0.027 0.042 0.015 0.019 0.010 0.003 81 A 0.301 0.196 0.239 0.100 0.062 0.022 0.030 0.006 0.032 0.010 0.002 82 A 0.394 0.067 0.246 0.160 0.036 0.033 0.025 0.008 0.014 0.011 0.006 83 N 0.207 0.083 0.152 0.295 0.068 0.036 0.073 0.035 0.028 0.018 0.003 84 K 0.509 0.076 0.143 0.149 0.021 0.022 0.040 0.013 0.015 0.008 0.003 85 T 0.243 0.165 0.200 0.215 0.040 0.019 0.081 0.011 0.019 0.006 0.002 86 A 0.243 0.251 0.320 0.063 0.041 0.024 0.018 0.009 0.020 0.008 0.003 87 T 0.126 0.230 0.210 0.330 0.027 0.009 0.048 0.002 0.016 0.001 0.002 88 G 0.008 0.022 0.036 0.010 0.267 0.005 0.066 0.480 0.002 0.103 0.001 89 I 0.014 0.606 0.256 0.013 0.089 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 90 E 0.009 0.745 0.164 0.012 0.041 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 91 A 0.007 0.790 0.082 0.006 0.093 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 92 L 0.017 0.795 0.084 0.013 0.058 0.016 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 93 S 0.010 0.639 0.173 0.016 0.109 0.018 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 94 T 0.010 0.427 0.318 0.004 0.042 0.042 0.005 0.001 0.148 0.002 0.001 95 P 0.299 0.022 0.579 0.021 0.012 0.023 0.004 0.001 0.005 0.015 0.020 96 K 0.546 0.054 0.127 0.187 0.017 0.016 0.027 0.010 0.008 0.005 0.002 97 N 0.249 0.056 0.120 0.343 0.065 0.037 0.061 0.038 0.016 0.014 0.001 98 K 0.546 0.078 0.174 0.125 0.019 0.013 0.023 0.005 0.010 0.006 0.002 99 R 0.715 0.047 0.105 0.069 0.014 0.014 0.020 0.005 0.006 0.005 0.001 100 W 0.686 0.038 0.068 0.163 0.015 0.017 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 101 C 0.891 0.011 0.031 0.047 0.006 0.005 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 102 Q 0.980 0.005 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 V 0.990 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.958 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 K 0.889 0.002 0.004 0.099 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 T 0.359 0.014 0.030 0.564 0.002 0.004 0.020 0.001 0.007 0.001 0.001 113 G 0.197 0.010 0.049 0.056 0.036 0.009 0.333 0.217 0.005 0.085 0.001 114 W 0.255 0.129 0.271 0.242 0.025 0.040 0.017 0.005 0.013 0.002 0.002 115 K 0.233 0.259 0.294 0.148 0.019 0.019 0.008 0.001 0.016 0.001 0.002 116 L 0.193 0.217 0.256 0.079 0.057 0.080 0.048 0.011 0.046 0.010 0.004 117 R 0.120 0.331 0.322 0.081 0.049 0.026 0.026 0.002 0.037 0.003 0.003 118 G 0.101 0.035 0.204 0.031 0.132 0.022 0.022 0.122 0.010 0.312 0.009 119 E 0.256 0.148 0.232 0.209 0.039 0.031 0.020 0.008 0.041 0.009 0.008 120 D 0.114 0.078 0.150 0.449 0.041 0.010 0.112 0.012 0.017 0.009 0.007 121 G 0.011 0.004 0.016 0.009 0.066 0.003 0.074 0.617 0.002 0.197 0.001 122 F 0.054 0.316 0.458 0.085 0.028 0.021 0.013 0.002 0.017 0.001 0.005 123 K 0.010 0.284 0.511 0.003 0.059 0.029 0.002 0.001 0.096 0.005 0.001 124 P 0.116 0.007 0.769 0.008 0.004 0.046 0.001 0.001 0.003 0.005 0.041 125 D 0.548 0.072 0.183 0.116 0.016 0.024 0.012 0.010 0.011 0.004 0.003 126 N 0.260 0.080 0.139 0.326 0.056 0.043 0.034 0.020 0.024 0.015 0.002 127 A 0.298 0.147 0.221 0.176 0.041 0.016 0.051 0.008 0.031 0.007 0.003 128 G 0.347 0.079 0.193 0.087 0.095 0.014 0.061 0.054 0.011 0.056 0.004 129 Q 0.254 0.095 0.135 0.370 0.050 0.028 0.041 0.013 0.010 0.003 0.002 130 H 0.138 0.298 0.263 0.153 0.085 0.019 0.022 0.005 0.017 0.001 0.001 131 S 0.118 0.481 0.241 0.028 0.075 0.025 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 132 R 0.067 0.624 0.209 0.012 0.022 0.044 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 133 L 0.150 0.508 0.223 0.027 0.022 0.046 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 134 A 0.348 0.283 0.162 0.056 0.070 0.036 0.013 0.003 0.023 0.004 0.001 135 Y 0.263 0.284 0.174 0.098 0.041 0.050 0.037 0.003 0.047 0.002 0.001 136 A 0.380 0.134 0.247 0.142 0.038 0.019 0.015 0.004 0.012 0.006 0.002 137 Q 0.232 0.124 0.144 0.288 0.047 0.036 0.082 0.011 0.027 0.008 0.002 138 A 0.117 0.258 0.329 0.094 0.063 0.017 0.066 0.004 0.047 0.005 0.001 139 G 0.159 0.031 0.257 0.057 0.164 0.020 0.057 0.109 0.006 0.133 0.007 140 G 0.082 0.350 0.210 0.033 0.284 0.009 0.012 0.005 0.012 0.001 0.001 141 I 0.039 0.795 0.111 0.004 0.013 0.025 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 142 V 0.068 0.663 0.182 0.008 0.018 0.047 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 143 F 0.119 0.663 0.098 0.016 0.024 0.053 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 144 E 0.075 0.539 0.209 0.004 0.022 0.053 0.007 0.001 0.090 0.001 0.001 145 P 0.308 0.056 0.450 0.072 0.039 0.038 0.007 0.001 0.011 0.007 0.011 146 F 0.231 0.188 0.134 0.141 0.184 0.023 0.033 0.024 0.030 0.009 0.002 147 F 0.144 0.366 0.226 0.107 0.063 0.053 0.022 0.002 0.016 0.001 0.001 148 I 0.106 0.489 0.174 0.090 0.082 0.029 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 149 S 0.061 0.132 0.315 0.198 0.106 0.116 0.025 0.008 0.026 0.010 0.003 150 N 0.098 0.148 0.347 0.103 0.064 0.115 0.030 0.006 0.075 0.011 0.001 151 D 0.884 0.007 0.067 0.027 0.002 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 152 T 0.963 0.006 0.008 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 D 0.930 0.008 0.009 0.045 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 154 L 0.991 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.992 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 L 0.920 0.003 0.004 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 F 0.776 0.011 0.045 0.147 0.002 0.004 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 158 K 0.591 0.024 0.063 0.201 0.015 0.018 0.058 0.018 0.008 0.006 0.001 159 T 0.423 0.053 0.214 0.179 0.017 0.050 0.030 0.005 0.023 0.006 0.001 160 T 0.819 0.008 0.064 0.093 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 161 K 0.841 0.012 0.017 0.113 0.003 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 162 W 0.733 0.017 0.026 0.191 0.004 0.003 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 163 G 0.871 0.009 0.029 0.020 0.022 0.005 0.012 0.020 0.002 0.010 0.001 164 I 0.948 0.016 0.014 0.012 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 165 C 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 D 0.849 0.001 0.001 0.144 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 171 A 0.921 0.009 0.011 0.040 0.007 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 172 I 0.855 0.089 0.021 0.015 0.001 0.008 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 173 A 0.661 0.090 0.138 0.038 0.015 0.035 0.014 0.001 0.007 0.001 0.001 174 M 0.434 0.161 0.101 0.220 0.041 0.017 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 175 E 0.422 0.147 0.174 0.104 0.023 0.054 0.030 0.004 0.036 0.003 0.003 176 L 0.293 0.102 0.145 0.379 0.012 0.013 0.035 0.001 0.017 0.001 0.002 177 G 0.049 0.026 0.138 0.024 0.102 0.018 0.173 0.194 0.030 0.245 0.002 178 A 0.226 0.055 0.584 0.061 0.016 0.017 0.010 0.003 0.010 0.008 0.010 179 A 0.258 0.115 0.384 0.104 0.036 0.030 0.026 0.014 0.015 0.011 0.006 180 K 0.205 0.185 0.351 0.098 0.054 0.044 0.024 0.010 0.020 0.005 0.003 181 V 0.153 0.331 0.339 0.069 0.041 0.032 0.009 0.002 0.021 0.002 0.002