# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 205.135 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.531 0.266 0.158 0.037 0.006 0.001 0.001 2 S 0.248 0.390 0.269 0.072 0.017 0.004 0.001 3 K 0.006 0.048 0.204 0.347 0.310 0.083 0.002 4 I 0.001 0.009 0.043 0.182 0.498 0.247 0.019 5 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.502 0.463 6 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.166 0.825 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.133 0.856 8 T 0.001 0.002 0.006 0.035 0.092 0.165 0.700 9 A 0.001 0.001 0.003 0.007 0.035 0.286 0.668 10 G 0.002 0.007 0.017 0.048 0.117 0.402 0.408 11 H 0.009 0.025 0.043 0.113 0.213 0.362 0.236 12 S 0.042 0.086 0.124 0.190 0.233 0.220 0.105 13 N 0.112 0.132 0.142 0.161 0.172 0.182 0.100 14 T 0.167 0.175 0.162 0.184 0.141 0.108 0.062 15 D 0.144 0.142 0.148 0.182 0.186 0.142 0.055 16 P 0.171 0.147 0.149 0.180 0.155 0.147 0.052 17 G 0.171 0.151 0.163 0.180 0.173 0.126 0.036 18 A 0.166 0.146 0.168 0.177 0.165 0.139 0.039 19 V 0.193 0.173 0.184 0.216 0.140 0.079 0.015 20 N 0.311 0.240 0.176 0.128 0.086 0.047 0.011 21 G 0.399 0.282 0.140 0.101 0.048 0.024 0.007 22 S 0.414 0.285 0.154 0.085 0.038 0.019 0.005 23 D 0.108 0.183 0.184 0.240 0.183 0.090 0.013 24 R 0.048 0.105 0.202 0.248 0.235 0.139 0.025 25 E 0.016 0.028 0.063 0.131 0.265 0.370 0.127 26 A 0.019 0.064 0.153 0.228 0.261 0.208 0.067 27 D 0.023 0.103 0.185 0.230 0.217 0.178 0.065 28 L 0.006 0.016 0.039 0.099 0.233 0.404 0.203 29 A 0.004 0.010 0.023 0.061 0.183 0.442 0.276 30 Q 0.019 0.097 0.173 0.248 0.221 0.182 0.060 31 D 0.023 0.133 0.303 0.286 0.159 0.075 0.021 32 M 0.002 0.005 0.011 0.042 0.202 0.553 0.185 33 R 0.005 0.031 0.113 0.258 0.321 0.222 0.050 34 N 0.060 0.316 0.327 0.177 0.076 0.037 0.007 35 I 0.008 0.058 0.241 0.412 0.221 0.056 0.005 36 V 0.002 0.004 0.009 0.043 0.314 0.549 0.079 37 A 0.016 0.106 0.315 0.342 0.175 0.043 0.003 38 S 0.149 0.500 0.255 0.073 0.017 0.005 0.001 39 I 0.020 0.111 0.281 0.390 0.160 0.037 0.001 40 L 0.023 0.036 0.071 0.223 0.484 0.155 0.009 41 R 0.202 0.379 0.264 0.124 0.028 0.004 0.001 42 N 0.624 0.273 0.081 0.017 0.004 0.001 0.001 43 D 0.374 0.398 0.170 0.045 0.010 0.003 0.001 44 Y 0.092 0.206 0.243 0.275 0.154 0.028 0.002 45 G 0.154 0.447 0.216 0.133 0.037 0.012 0.001 46 L 0.009 0.027 0.070 0.211 0.437 0.233 0.014 47 T 0.017 0.089 0.254 0.339 0.205 0.081 0.014 48 V 0.003 0.008 0.020 0.056 0.243 0.538 0.132 49 K 0.016 0.074 0.165 0.251 0.228 0.201 0.065 50 T 0.009 0.027 0.051 0.122 0.243 0.425 0.123 51 D 0.024 0.064 0.147 0.251 0.304 0.177 0.032 52 G 0.053 0.101 0.177 0.286 0.237 0.128 0.018 53 T 0.330 0.304 0.222 0.094 0.036 0.013 0.002 54 G 0.499 0.275 0.140 0.059 0.020 0.007 0.001 55 K 0.550 0.267 0.120 0.044 0.014 0.005 0.001 56 G 0.218 0.239 0.188 0.189 0.123 0.040 0.003 57 N 0.166 0.233 0.222 0.204 0.115 0.054 0.005 58 M 0.091 0.137 0.198 0.246 0.217 0.102 0.009 59 P 0.088 0.244 0.254 0.238 0.118 0.049 0.008 60 L 0.014 0.024 0.054 0.141 0.347 0.370 0.050 61 R 0.062 0.209 0.307 0.260 0.113 0.039 0.009 62 D 0.043 0.210 0.294 0.283 0.116 0.045 0.009 63 A 0.010 0.024 0.057 0.157 0.400 0.320 0.032 64 V 0.006 0.023 0.084 0.267 0.361 0.237 0.023 65 K 0.097 0.371 0.393 0.092 0.032 0.013 0.002 66 L 0.028 0.104 0.211 0.364 0.211 0.075 0.007 67 I 0.023 0.043 0.085 0.233 0.370 0.223 0.024 68 R 0.217 0.307 0.285 0.133 0.043 0.014 0.002 69 G 0.314 0.374 0.230 0.053 0.018 0.008 0.002 70 S 0.011 0.055 0.114 0.225 0.317 0.244 0.036 71 D 0.013 0.090 0.128 0.293 0.284 0.156 0.036 72 V 0.002 0.006 0.015 0.046 0.182 0.507 0.241 73 A 0.001 0.002 0.006 0.016 0.053 0.319 0.603 74 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.258 0.711 75 E 0.001 0.001 0.005 0.023 0.068 0.185 0.717 76 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.164 0.825 77 H 0.001 0.001 0.002 0.010 0.044 0.267 0.676 78 T 0.001 0.002 0.005 0.018 0.071 0.337 0.566 79 N 0.004 0.016 0.038 0.100 0.199 0.387 0.256 80 A 0.013 0.037 0.084 0.169 0.265 0.329 0.103 81 A 0.026 0.049 0.110 0.220 0.311 0.240 0.044 82 A 0.170 0.266 0.252 0.176 0.095 0.036 0.005 83 N 0.385 0.326 0.155 0.089 0.032 0.012 0.001 84 K 0.372 0.288 0.180 0.096 0.048 0.014 0.002 85 T 0.187 0.364 0.217 0.155 0.051 0.023 0.005 86 A 0.013 0.043 0.126 0.244 0.377 0.181 0.015 87 T 0.011 0.065 0.138 0.293 0.306 0.163 0.024 88 G 0.002 0.010 0.035 0.088 0.231 0.390 0.244 89 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.034 0.441 0.517 90 E 0.001 0.005 0.015 0.075 0.156 0.335 0.414 91 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.039 0.287 0.662 92 L 0.001 0.002 0.004 0.015 0.057 0.391 0.530 93 S 0.005 0.020 0.044 0.137 0.265 0.359 0.170 94 T 0.020 0.068 0.141 0.250 0.280 0.202 0.040 95 P 0.166 0.205 0.243 0.205 0.116 0.058 0.008 96 K 0.394 0.328 0.150 0.086 0.029 0.012 0.001 97 N 0.360 0.265 0.187 0.106 0.062 0.018 0.001 98 K 0.396 0.269 0.179 0.115 0.033 0.007 0.001 99 R 0.488 0.339 0.107 0.047 0.014 0.004 0.001 100 W 0.093 0.151 0.205 0.264 0.203 0.077 0.006 101 C 0.049 0.095 0.173 0.262 0.246 0.155 0.019 102 Q 0.106 0.251 0.295 0.206 0.102 0.035 0.006 103 V 0.031 0.133 0.251 0.286 0.220 0.069 0.009 104 L 0.004 0.008 0.019 0.056 0.232 0.537 0.145 105 G 0.006 0.023 0.087 0.186 0.336 0.297 0.065 106 K 0.034 0.265 0.340 0.233 0.084 0.036 0.008 107 A 0.011 0.078 0.221 0.347 0.249 0.084 0.009 108 V 0.005 0.009 0.020 0.072 0.356 0.469 0.069 109 A 0.018 0.085 0.229 0.351 0.243 0.069 0.005 110 K 0.269 0.458 0.193 0.061 0.015 0.003 0.001 111 K 0.136 0.368 0.279 0.152 0.052 0.012 0.001 112 T 0.044 0.063 0.103 0.286 0.366 0.129 0.007 113 G 0.232 0.428 0.199 0.109 0.026 0.006 0.001 114 W 0.284 0.277 0.202 0.150 0.072 0.014 0.001 115 K 0.285 0.287 0.218 0.146 0.050 0.013 0.001 116 L 0.294 0.286 0.205 0.134 0.062 0.016 0.001 117 R 0.325 0.263 0.201 0.138 0.056 0.016 0.001 118 G 0.350 0.265 0.193 0.123 0.053 0.015 0.001 119 E 0.407 0.295 0.168 0.092 0.029 0.008 0.001 120 D 0.406 0.278 0.158 0.105 0.041 0.011 0.001 121 G 0.332 0.297 0.200 0.112 0.045 0.013 0.001 122 F 0.156 0.161 0.183 0.258 0.181 0.058 0.003 123 K 0.322 0.299 0.207 0.120 0.041 0.010 0.001 124 P 0.348 0.267 0.172 0.138 0.062 0.013 0.001 125 D 0.541 0.242 0.125 0.067 0.019 0.005 0.001 126 N 0.636 0.228 0.096 0.027 0.009 0.003 0.001 127 A 0.199 0.243 0.249 0.172 0.095 0.036 0.005 128 G 0.072 0.181 0.200 0.254 0.193 0.091 0.010 129 Q 0.037 0.104 0.153 0.241 0.252 0.169 0.046 130 H 0.007 0.011 0.033 0.061 0.178 0.472 0.238 131 S 0.009 0.024 0.051 0.113 0.207 0.353 0.243 132 R 0.009 0.020 0.049 0.108 0.202 0.331 0.282 133 L 0.003 0.004 0.009 0.024 0.111 0.402 0.447 134 A 0.017 0.061 0.112 0.198 0.228 0.240 0.144 135 Y 0.031 0.103 0.147 0.209 0.199 0.202 0.109 136 A 0.023 0.056 0.092 0.183 0.267 0.274 0.105 137 Q 0.080 0.193 0.173 0.206 0.140 0.134 0.074 138 A 0.026 0.057 0.084 0.160 0.277 0.272 0.123 139 G 0.022 0.044 0.071 0.133 0.211 0.312 0.208 140 G 0.008 0.017 0.033 0.071 0.147 0.351 0.374 141 I 0.004 0.006 0.012 0.027 0.073 0.291 0.588 142 V 0.001 0.002 0.004 0.011 0.036 0.208 0.738 143 F 0.001 0.002 0.003 0.010 0.038 0.204 0.741 144 E 0.001 0.002 0.005 0.017 0.050 0.219 0.706 145 P 0.001 0.002 0.005 0.015 0.055 0.249 0.672 146 F 0.003 0.008 0.015 0.040 0.108 0.368 0.457 147 F 0.012 0.028 0.054 0.112 0.224 0.351 0.220 148 I 0.017 0.025 0.052 0.130 0.242 0.396 0.138 149 S 0.058 0.124 0.208 0.227 0.218 0.137 0.028 150 N 0.102 0.178 0.214 0.245 0.159 0.093 0.009 151 D 0.443 0.282 0.175 0.068 0.024 0.007 0.001 152 T 0.401 0.384 0.125 0.066 0.017 0.006 0.001 153 D 0.124 0.151 0.188 0.209 0.241 0.083 0.004 154 L 0.065 0.125 0.255 0.370 0.145 0.038 0.002 155 A 0.287 0.419 0.225 0.053 0.013 0.003 0.001 156 L 0.035 0.161 0.323 0.324 0.136 0.021 0.001 157 F 0.016 0.019 0.049 0.193 0.513 0.203 0.007 158 K 0.150 0.318 0.335 0.151 0.039 0.005 0.001 159 T 0.514 0.338 0.110 0.031 0.007 0.001 0.001 160 T 0.443 0.341 0.160 0.042 0.012 0.002 0.001 161 K 0.228 0.379 0.217 0.129 0.033 0.013 0.001 162 W 0.021 0.085 0.174 0.317 0.327 0.075 0.002 163 G 0.024 0.121 0.251 0.316 0.222 0.062 0.005 164 I 0.002 0.007 0.018 0.041 0.135 0.543 0.252 165 C 0.001 0.007 0.025 0.083 0.214 0.484 0.186 166 R 0.005 0.048 0.160 0.314 0.246 0.153 0.074 167 A 0.001 0.008 0.031 0.089 0.231 0.378 0.261 168 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.042 0.372 0.575 169 A 0.001 0.009 0.027 0.101 0.241 0.397 0.224 170 D 0.010 0.081 0.166 0.279 0.237 0.148 0.079 171 A 0.006 0.021 0.056 0.117 0.229 0.415 0.155 172 I 0.007 0.016 0.030 0.078 0.214 0.478 0.178 173 A 0.037 0.103 0.163 0.270 0.264 0.139 0.024 174 M 0.111 0.195 0.218 0.242 0.160 0.066 0.008 175 E 0.265 0.321 0.250 0.105 0.040 0.017 0.001 176 L 0.240 0.224 0.202 0.213 0.096 0.023 0.001 177 G 0.542 0.345 0.081 0.025 0.006 0.001 0.001 178 A 0.322 0.229 0.217 0.163 0.062 0.007 0.001 179 A 0.711 0.226 0.048 0.013 0.002 0.001 0.001 180 K 0.727 0.224 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 181 V 0.555 0.290 0.092 0.049 0.013 0.001 0.001