# TARGET T0425 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 431 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.011 0.003 0.003 0.178 0.772 2 S 0.128 0.013 0.002 0.002 0.066 0.789 3 K 0.641 0.006 0.002 0.003 0.040 0.309 4 I 0.939 0.004 0.001 0.001 0.011 0.044 5 I 0.970 0.003 0.001 0.001 0.004 0.022 6 C 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 7 L 0.874 0.012 0.001 0.001 0.013 0.099 8 T 0.495 0.017 0.004 0.002 0.149 0.332 9 A 0.084 0.006 0.069 0.005 0.539 0.297 10 G 0.010 0.008 0.161 0.004 0.689 0.129 11 H 0.010 0.013 0.164 0.007 0.710 0.095 12 S 0.013 0.011 0.063 0.009 0.644 0.259 13 N 0.021 0.012 0.034 0.011 0.583 0.339 14 T 0.035 0.057 0.067 0.028 0.558 0.255 15 D 0.029 0.049 0.069 0.041 0.600 0.213 16 P 0.028 0.012 0.239 0.072 0.524 0.124 17 G 0.033 0.017 0.283 0.064 0.501 0.104 18 A 0.039 0.016 0.306 0.049 0.501 0.089 19 V 0.043 0.066 0.122 0.077 0.516 0.177 20 N 0.021 0.014 0.072 0.079 0.612 0.202 21 G 0.011 0.006 0.041 0.235 0.477 0.230 22 S 0.017 0.005 0.022 0.223 0.337 0.396 23 D 0.049 0.011 0.015 0.471 0.155 0.299 24 R 0.119 0.047 0.007 0.494 0.036 0.298 25 E 0.019 0.002 0.005 0.954 0.006 0.014 26 A 0.005 0.001 0.005 0.983 0.004 0.003 27 D 0.004 0.001 0.005 0.975 0.006 0.010 28 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 31 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 32 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 33 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 34 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 35 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 36 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 37 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 38 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 39 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 40 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 41 R 0.001 0.001 0.007 0.982 0.007 0.003 42 N 0.001 0.001 0.008 0.915 0.041 0.036 43 D 0.002 0.003 0.014 0.515 0.309 0.157 44 Y 0.005 0.004 0.002 0.010 0.414 0.565 45 G 0.020 0.002 0.003 0.002 0.554 0.418 46 L 0.535 0.009 0.003 0.002 0.267 0.184 47 T 0.936 0.010 0.001 0.001 0.020 0.033 48 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 49 K 0.966 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 50 T 0.925 0.008 0.001 0.001 0.013 0.052 51 D 0.700 0.005 0.004 0.003 0.131 0.157 52 G 0.312 0.011 0.010 0.003 0.373 0.291 53 T 0.080 0.012 0.012 0.004 0.684 0.209 54 G 0.052 0.018 0.026 0.007 0.750 0.148 55 K 0.060 0.009 0.019 0.008 0.653 0.251 56 G 0.257 0.031 0.025 0.015 0.425 0.247 57 N 0.302 0.044 0.011 0.010 0.223 0.411 58 M 0.188 0.096 0.005 0.015 0.183 0.513 59 P 0.073 0.007 0.004 0.035 0.164 0.717 60 L 0.005 0.001 0.074 0.825 0.068 0.027 61 R 0.004 0.001 0.057 0.870 0.053 0.016 62 D 0.004 0.001 0.036 0.911 0.039 0.009 63 A 0.013 0.002 0.011 0.908 0.036 0.030 64 V 0.018 0.004 0.010 0.909 0.029 0.030 65 K 0.018 0.001 0.022 0.871 0.042 0.046 66 L 0.027 0.001 0.022 0.860 0.041 0.048 67 I 0.027 0.006 0.034 0.795 0.081 0.056 68 R 0.024 0.004 0.021 0.439 0.240 0.272 69 G 0.016 0.003 0.035 0.017 0.488 0.442 70 S 0.044 0.011 0.021 0.003 0.587 0.333 71 D 0.154 0.003 0.015 0.001 0.408 0.418 72 V 0.906 0.005 0.001 0.001 0.024 0.064 73 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 74 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 75 E 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 76 F 0.908 0.001 0.001 0.001 0.011 0.079 77 H 0.826 0.004 0.002 0.001 0.067 0.102 78 T 0.543 0.016 0.006 0.001 0.194 0.240 79 N 0.159 0.032 0.014 0.003 0.554 0.238 80 A 0.045 0.025 0.032 0.005 0.752 0.142 81 A 0.049 0.023 0.033 0.009 0.672 0.214 82 A 0.030 0.045 0.039 0.016 0.662 0.207 83 N 0.031 0.031 0.027 0.010 0.759 0.142 84 K 0.056 0.032 0.062 0.009 0.735 0.106 85 T 0.054 0.016 0.043 0.005 0.738 0.144 86 A 0.137 0.032 0.026 0.003 0.698 0.103 87 T 0.276 0.018 0.012 0.004 0.411 0.279 88 G 0.508 0.020 0.011 0.004 0.286 0.171 89 I 0.799 0.009 0.004 0.003 0.104 0.082 90 E 0.930 0.003 0.001 0.002 0.020 0.043 91 A 0.956 0.003 0.001 0.002 0.011 0.028 92 L 0.937 0.003 0.001 0.003 0.019 0.036 93 S 0.903 0.008 0.002 0.003 0.029 0.056 94 T 0.625 0.013 0.006 0.005 0.142 0.208 95 P 0.184 0.015 0.012 0.010 0.459 0.319 96 K 0.028 0.008 0.026 0.029 0.637 0.272 97 N 0.013 0.008 0.053 0.098 0.654 0.173 98 K 0.011 0.008 0.056 0.232 0.534 0.159 99 R 0.010 0.006 0.035 0.378 0.357 0.214 100 W 0.011 0.006 0.019 0.538 0.217 0.209 101 C 0.011 0.005 0.015 0.753 0.115 0.102 102 Q 0.016 0.005 0.018 0.820 0.076 0.064 103 V 0.017 0.004 0.017 0.844 0.060 0.059 104 L 0.009 0.001 0.011 0.882 0.047 0.049 105 G 0.005 0.001 0.009 0.918 0.037 0.031 106 K 0.003 0.001 0.008 0.917 0.033 0.039 107 A 0.002 0.001 0.007 0.901 0.032 0.057 108 V 0.002 0.001 0.005 0.909 0.030 0.052 109 A 0.003 0.001 0.005 0.906 0.035 0.050 110 K 0.006 0.002 0.008 0.885 0.033 0.066 111 K 0.013 0.003 0.019 0.849 0.046 0.070 112 T 0.014 0.001 0.023 0.867 0.045 0.051 113 G 0.018 0.002 0.022 0.860 0.044 0.055 114 W 0.028 0.003 0.022 0.838 0.051 0.059 115 K 0.043 0.003 0.031 0.792 0.058 0.074 116 L 0.051 0.005 0.037 0.700 0.089 0.118 117 R 0.062 0.005 0.036 0.550 0.140 0.206 118 G 0.083 0.012 0.025 0.207 0.238 0.436 119 E 0.115 0.017 0.026 0.079 0.296 0.467 120 D 0.164 0.032 0.049 0.045 0.366 0.344 121 G 0.125 0.013 0.064 0.036 0.417 0.345 122 F 0.142 0.013 0.066 0.030 0.454 0.296 123 K 0.156 0.016 0.041 0.040 0.401 0.348 124 P 0.229 0.021 0.033 0.050 0.333 0.334 125 D 0.393 0.035 0.032 0.054 0.262 0.224 126 N 0.370 0.021 0.030 0.071 0.236 0.272 127 A 0.344 0.023 0.043 0.065 0.317 0.208 128 G 0.233 0.010 0.033 0.032 0.448 0.242 129 Q 0.220 0.003 0.022 0.014 0.382 0.359 130 H 0.710 0.007 0.013 0.011 0.130 0.130 131 S 0.917 0.008 0.003 0.006 0.025 0.042 132 R 0.925 0.006 0.005 0.009 0.029 0.026 133 L 0.868 0.005 0.008 0.010 0.060 0.051 134 A 0.630 0.012 0.019 0.024 0.186 0.130 135 Y 0.250 0.005 0.024 0.013 0.592 0.117 136 A 0.043 0.003 0.016 0.005 0.796 0.137 137 Q 0.031 0.006 0.010 0.001 0.708 0.244 138 A 0.103 0.006 0.001 0.001 0.511 0.378 139 G 0.205 0.004 0.001 0.001 0.123 0.667 140 G 0.924 0.004 0.001 0.001 0.017 0.055 141 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 142 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 143 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 144 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 145 P 0.944 0.001 0.002 0.001 0.016 0.036 146 F 0.872 0.005 0.006 0.002 0.047 0.067 147 F 0.796 0.011 0.012 0.002 0.080 0.099 148 I 0.569 0.036 0.013 0.005 0.145 0.232 149 S 0.183 0.038 0.004 0.007 0.204 0.563 150 N 0.015 0.003 0.001 0.016 0.086 0.879 151 D 0.001 0.001 0.009 0.961 0.019 0.011 152 T 0.001 0.001 0.009 0.970 0.018 0.003 153 D 0.001 0.001 0.015 0.968 0.015 0.001 154 L 0.001 0.001 0.022 0.958 0.016 0.003 155 A 0.001 0.001 0.046 0.919 0.028 0.006 156 L 0.001 0.001 0.079 0.851 0.056 0.014 157 F 0.001 0.001 0.031 0.777 0.102 0.086 158 K 0.001 0.004 0.018 0.581 0.153 0.243 159 T 0.001 0.001 0.001 0.117 0.044 0.836 160 T 0.001 0.001 0.002 0.910 0.017 0.072 161 K 0.001 0.001 0.002 0.967 0.016 0.013 162 W 0.001 0.001 0.004 0.981 0.009 0.004 163 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 164 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 165 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 166 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 170 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 171 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 172 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 173 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.006 174 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 175 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.004 176 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.007 0.007 177 G 0.001 0.001 0.003 0.973 0.010 0.012 178 A 0.002 0.001 0.010 0.941 0.021 0.025 179 A 0.002 0.001 0.016 0.872 0.047 0.062 180 K 0.002 0.001 0.019 0.693 0.081 0.203 181 V 0.002 0.003 0.009 0.157 0.118 0.711