# TARGET T0425 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 431 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.969 2 S 0.164 0.005 0.002 0.002 0.079 0.030 0.718 3 K 0.786 0.009 0.001 0.001 0.037 0.004 0.163 4 I 0.953 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.038 5 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 6 C 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 7 L 0.909 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.070 8 T 0.408 0.004 0.003 0.001 0.035 0.004 0.545 9 A 0.082 0.003 0.028 0.003 0.198 0.180 0.506 10 G 0.075 0.044 0.021 0.006 0.330 0.192 0.331 11 H 0.066 0.015 0.072 0.011 0.341 0.147 0.348 12 S 0.064 0.016 0.055 0.014 0.394 0.158 0.298 13 N 0.197 0.038 0.095 0.018 0.156 0.114 0.381 14 T 0.173 0.048 0.148 0.041 0.177 0.153 0.260 15 D 0.149 0.040 0.155 0.064 0.149 0.121 0.322 16 P 0.088 0.008 0.215 0.047 0.072 0.492 0.078 17 G 0.084 0.007 0.078 0.034 0.068 0.650 0.080 18 A 0.445 0.024 0.033 0.040 0.064 0.201 0.192 19 V 0.442 0.059 0.015 0.035 0.074 0.158 0.217 20 N 0.267 0.022 0.031 0.016 0.174 0.274 0.216 21 G 0.010 0.002 0.040 0.006 0.092 0.817 0.032 22 S 0.013 0.002 0.033 0.010 0.180 0.688 0.074 23 D 0.163 0.031 0.014 0.036 0.137 0.098 0.521 24 R 0.185 0.064 0.004 0.083 0.071 0.025 0.569 25 E 0.017 0.003 0.019 0.820 0.024 0.027 0.090 26 A 0.004 0.001 0.012 0.910 0.024 0.012 0.038 27 D 0.004 0.001 0.010 0.946 0.011 0.009 0.020 28 L 0.002 0.001 0.003 0.971 0.003 0.005 0.014 29 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 0.002 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 0.002 31 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 32 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 33 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 34 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 35 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 36 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 38 S 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.002 39 I 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.013 0.004 40 L 0.002 0.001 0.003 0.961 0.006 0.020 0.007 41 R 0.005 0.001 0.015 0.860 0.011 0.091 0.018 42 N 0.007 0.003 0.020 0.622 0.038 0.277 0.034 43 D 0.004 0.002 0.017 0.110 0.162 0.613 0.092 44 Y 0.003 0.001 0.005 0.003 0.111 0.793 0.085 45 G 0.100 0.003 0.005 0.001 0.250 0.077 0.563 46 L 0.740 0.008 0.001 0.001 0.039 0.004 0.208 47 T 0.946 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.045 48 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 49 K 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 50 T 0.914 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.071 51 D 0.642 0.013 0.002 0.001 0.028 0.006 0.309 52 G 0.355 0.022 0.009 0.002 0.148 0.089 0.375 53 T 0.087 0.015 0.025 0.005 0.306 0.301 0.261 54 G 0.022 0.008 0.037 0.007 0.435 0.326 0.166 55 K 0.029 0.012 0.040 0.009 0.294 0.212 0.403 56 G 0.115 0.034 0.046 0.019 0.296 0.194 0.297 57 N 0.209 0.045 0.021 0.021 0.210 0.102 0.393 58 M 0.117 0.038 0.008 0.018 0.258 0.020 0.541 59 P 0.066 0.033 0.003 0.020 0.068 0.011 0.800 60 L 0.007 0.003 0.096 0.724 0.031 0.070 0.068 61 R 0.006 0.002 0.091 0.775 0.024 0.072 0.031 62 D 0.009 0.003 0.097 0.813 0.015 0.036 0.029 63 A 0.021 0.004 0.046 0.853 0.018 0.021 0.038 64 V 0.026 0.006 0.035 0.860 0.011 0.028 0.034 65 K 0.026 0.002 0.045 0.826 0.015 0.057 0.028 66 L 0.015 0.005 0.063 0.747 0.017 0.125 0.027 67 I 0.013 0.006 0.074 0.605 0.047 0.167 0.089 68 R 0.010 0.006 0.047 0.375 0.151 0.262 0.148 69 G 0.010 0.005 0.020 0.076 0.148 0.492 0.249 70 S 0.019 0.001 0.001 0.005 0.199 0.010 0.764 71 D 0.099 0.001 0.001 0.001 0.630 0.005 0.264 72 V 0.970 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 73 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 75 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 76 F 0.890 0.004 0.003 0.001 0.016 0.002 0.085 77 H 0.609 0.003 0.008 0.004 0.068 0.006 0.302 78 T 0.297 0.037 0.043 0.010 0.107 0.031 0.475 79 N 0.306 0.051 0.061 0.021 0.171 0.078 0.313 80 A 0.175 0.021 0.099 0.022 0.177 0.184 0.323 81 A 0.051 0.016 0.098 0.029 0.225 0.383 0.198 82 A 0.040 0.012 0.068 0.019 0.312 0.322 0.227 83 N 0.048 0.011 0.072 0.010 0.273 0.170 0.416 84 K 0.104 0.018 0.112 0.024 0.207 0.331 0.204 85 T 0.142 0.035 0.106 0.016 0.147 0.306 0.248 86 A 0.174 0.032 0.087 0.008 0.201 0.176 0.322 87 T 0.150 0.012 0.036 0.005 0.222 0.405 0.169 88 G 0.325 0.005 0.018 0.002 0.214 0.221 0.215 89 I 0.856 0.006 0.001 0.001 0.015 0.004 0.119 90 E 0.971 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 91 A 0.978 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 92 L 0.957 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 93 S 0.868 0.008 0.001 0.001 0.013 0.003 0.105 94 T 0.618 0.017 0.004 0.003 0.064 0.017 0.277 95 P 0.179 0.015 0.013 0.009 0.264 0.107 0.412 96 K 0.025 0.007 0.039 0.026 0.388 0.263 0.252 97 N 0.010 0.009 0.060 0.064 0.338 0.259 0.260 98 K 0.007 0.006 0.089 0.175 0.232 0.296 0.195 99 R 0.007 0.006 0.059 0.324 0.169 0.183 0.254 100 W 0.006 0.007 0.035 0.579 0.113 0.101 0.160 101 C 0.005 0.003 0.021 0.812 0.044 0.053 0.062 102 Q 0.004 0.002 0.016 0.882 0.019 0.033 0.043 103 V 0.002 0.001 0.006 0.941 0.014 0.014 0.022 104 L 0.003 0.001 0.003 0.962 0.009 0.010 0.013 105 G 0.001 0.001 0.002 0.967 0.005 0.012 0.011 106 K 0.001 0.001 0.002 0.963 0.003 0.023 0.008 107 A 0.001 0.001 0.001 0.953 0.006 0.029 0.009 108 V 0.001 0.001 0.002 0.945 0.007 0.036 0.010 109 A 0.001 0.001 0.002 0.939 0.009 0.022 0.026 110 K 0.001 0.001 0.003 0.951 0.008 0.016 0.019 111 K 0.002 0.001 0.004 0.949 0.009 0.024 0.011 112 T 0.003 0.001 0.006 0.934 0.007 0.040 0.009 113 G 0.003 0.001 0.005 0.926 0.010 0.042 0.014 114 W 0.008 0.003 0.007 0.898 0.018 0.036 0.030 115 K 0.013 0.002 0.020 0.841 0.025 0.061 0.038 116 L 0.014 0.003 0.024 0.770 0.038 0.113 0.039 117 R 0.013 0.005 0.026 0.673 0.060 0.143 0.079 118 G 0.019 0.009 0.028 0.338 0.116 0.353 0.138 119 E 0.029 0.014 0.033 0.128 0.151 0.308 0.336 120 D 0.056 0.026 0.046 0.112 0.207 0.159 0.394 121 G 0.077 0.019 0.043 0.087 0.209 0.197 0.367 122 F 0.051 0.016 0.063 0.099 0.222 0.252 0.297 123 K 0.087 0.015 0.061 0.099 0.264 0.209 0.264 124 P 0.120 0.012 0.052 0.077 0.183 0.162 0.395 125 D 0.259 0.034 0.046 0.075 0.128 0.067 0.390 126 N 0.310 0.030 0.038 0.083 0.109 0.067 0.362 127 A 0.270 0.030 0.054 0.082 0.131 0.083 0.350 128 G 0.188 0.015 0.069 0.069 0.180 0.210 0.268 129 Q 0.192 0.006 0.044 0.024 0.226 0.218 0.290 130 H 0.702 0.013 0.017 0.024 0.032 0.018 0.194 131 S 0.922 0.007 0.004 0.011 0.007 0.005 0.045 132 R 0.940 0.004 0.005 0.015 0.005 0.004 0.027 133 L 0.914 0.006 0.006 0.016 0.009 0.007 0.041 134 A 0.702 0.017 0.013 0.031 0.054 0.030 0.155 135 Y 0.320 0.010 0.025 0.026 0.146 0.100 0.372 136 A 0.128 0.013 0.016 0.021 0.271 0.188 0.363 137 Q 0.063 0.007 0.006 0.006 0.443 0.193 0.281 138 A 0.093 0.010 0.002 0.013 0.557 0.019 0.306 139 G 0.157 0.015 0.003 0.022 0.134 0.013 0.655 140 G 0.797 0.009 0.004 0.024 0.034 0.008 0.124 141 I 0.942 0.004 0.003 0.019 0.008 0.003 0.022 142 V 0.952 0.003 0.003 0.017 0.002 0.002 0.021 143 F 0.929 0.003 0.006 0.017 0.006 0.005 0.034 144 E 0.856 0.005 0.012 0.020 0.019 0.009 0.079 145 P 0.570 0.007 0.058 0.043 0.067 0.036 0.219 146 F 0.416 0.018 0.067 0.054 0.194 0.080 0.171 147 F 0.451 0.039 0.051 0.069 0.104 0.074 0.213 148 I 0.306 0.061 0.025 0.063 0.176 0.082 0.288 149 S 0.113 0.028 0.008 0.046 0.260 0.100 0.444 150 N 0.014 0.006 0.005 0.096 0.238 0.042 0.601 151 D 0.001 0.001 0.036 0.879 0.021 0.051 0.012 152 T 0.001 0.001 0.044 0.899 0.009 0.043 0.005 153 D 0.001 0.001 0.050 0.908 0.007 0.028 0.007 154 L 0.001 0.001 0.059 0.893 0.008 0.027 0.012 155 A 0.002 0.001 0.097 0.766 0.014 0.105 0.015 156 L 0.002 0.004 0.186 0.536 0.019 0.237 0.017 157 F 0.003 0.007 0.137 0.281 0.111 0.396 0.064 158 K 0.003 0.011 0.060 0.189 0.195 0.350 0.193 159 T 0.001 0.002 0.005 0.051 0.171 0.021 0.749 160 T 0.001 0.001 0.062 0.778 0.028 0.091 0.040 161 K 0.001 0.001 0.035 0.868 0.020 0.060 0.016 162 W 0.001 0.001 0.023 0.919 0.013 0.027 0.018 163 G 0.001 0.001 0.002 0.976 0.006 0.007 0.008 164 I 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.006 0.005 165 C 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.006 0.003 166 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 167 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 169 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 170 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 171 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 172 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 173 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 174 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 175 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 176 L 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.018 0.001 177 G 0.001 0.001 0.006 0.946 0.002 0.045 0.002 178 A 0.001 0.001 0.017 0.859 0.008 0.102 0.012 179 A 0.001 0.001 0.043 0.590 0.024 0.320 0.022 180 K 0.005 0.003 0.075 0.365 0.012 0.384 0.156 181 V 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 0.002 0.975