# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.403 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.001 0.001 0.037 0.020 0.046 0.241 0.001 0.001 0.056 0.590 2 S 0.001 0.001 0.001 0.118 0.020 0.065 0.167 0.001 0.001 0.042 0.586 3 K 0.001 0.001 0.001 0.459 0.118 0.203 0.055 0.001 0.001 0.041 0.124 4 I 0.001 0.001 0.001 0.835 0.043 0.049 0.008 0.001 0.001 0.025 0.040 5 I 0.001 0.001 0.001 0.859 0.063 0.034 0.004 0.001 0.001 0.017 0.022 6 C 0.001 0.001 0.001 0.931 0.019 0.018 0.004 0.001 0.001 0.009 0.018 7 L 0.006 0.001 0.001 0.814 0.025 0.033 0.024 0.001 0.001 0.020 0.076 8 T 0.138 0.005 0.002 0.347 0.029 0.060 0.116 0.006 0.001 0.095 0.202 9 A 0.035 0.007 0.002 0.108 0.010 0.028 0.264 0.004 0.001 0.057 0.485 10 G 0.052 0.014 0.004 0.108 0.016 0.038 0.237 0.004 0.001 0.084 0.441 11 H 0.093 0.024 0.003 0.097 0.017 0.050 0.208 0.012 0.001 0.082 0.412 12 S 0.136 0.017 0.002 0.042 0.015 0.037 0.192 0.007 0.001 0.090 0.462 13 N 0.017 0.010 0.004 0.075 0.028 0.061 0.186 0.002 0.001 0.106 0.511 14 T 0.025 0.047 0.002 0.031 0.023 0.048 0.171 0.003 0.001 0.041 0.610 15 D 0.360 0.105 0.002 0.021 0.023 0.044 0.096 0.018 0.001 0.075 0.255 16 P 0.085 0.055 0.004 0.023 0.013 0.027 0.155 0.008 0.002 0.092 0.537 17 G 0.049 0.038 0.008 0.081 0.041 0.097 0.132 0.006 0.003 0.083 0.463 18 A 0.097 0.013 0.008 0.048 0.036 0.069 0.120 0.005 0.002 0.114 0.488 19 V 0.195 0.015 0.002 0.036 0.031 0.035 0.136 0.005 0.001 0.066 0.477 20 N 0.052 0.027 0.002 0.011 0.012 0.018 0.105 0.003 0.001 0.031 0.740 21 G 0.027 0.036 0.001 0.007 0.007 0.015 0.137 0.003 0.001 0.027 0.740 22 S 0.057 0.161 0.003 0.015 0.033 0.037 0.123 0.004 0.001 0.058 0.509 23 D 0.029 0.332 0.003 0.011 0.025 0.033 0.067 0.005 0.001 0.082 0.412 24 R 0.040 0.795 0.001 0.005 0.007 0.012 0.017 0.003 0.001 0.026 0.095 25 E 0.025 0.884 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.002 0.001 0.020 0.054 26 A 0.007 0.839 0.002 0.005 0.009 0.021 0.010 0.001 0.001 0.060 0.046 27 D 0.008 0.807 0.001 0.003 0.004 0.015 0.008 0.001 0.001 0.113 0.039 28 L 0.003 0.949 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.029 0.010 29 A 0.001 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.006 30 Q 0.003 0.548 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.431 0.006 31 D 0.003 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.004 32 M 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 33 R 0.001 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 34 N 0.002 0.444 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.541 0.009 35 I 0.003 0.764 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.216 0.008 36 V 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.002 37 A 0.006 0.881 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.092 0.012 38 S 0.013 0.613 0.009 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.004 0.273 0.071 39 I 0.077 0.481 0.054 0.001 0.001 0.001 0.031 0.019 0.025 0.217 0.095 40 L 0.203 0.113 0.214 0.002 0.001 0.001 0.044 0.041 0.059 0.180 0.142 41 R 0.236 0.011 0.026 0.001 0.001 0.001 0.068 0.004 0.018 0.061 0.572 42 N 0.055 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 0.011 0.864 43 D 0.026 0.002 0.002 0.006 0.001 0.003 0.156 0.001 0.001 0.031 0.772 44 Y 0.006 0.001 0.001 0.015 0.004 0.010 0.202 0.001 0.001 0.018 0.742 45 G 0.003 0.001 0.001 0.024 0.013 0.028 0.138 0.001 0.001 0.015 0.778 46 L 0.002 0.001 0.001 0.248 0.098 0.128 0.080 0.001 0.001 0.051 0.391 47 T 0.002 0.001 0.001 0.362 0.093 0.177 0.046 0.001 0.001 0.062 0.257 48 V 0.001 0.001 0.001 0.216 0.173 0.291 0.056 0.001 0.001 0.029 0.234 49 K 0.002 0.001 0.001 0.227 0.206 0.335 0.032 0.001 0.001 0.026 0.172 50 T 0.019 0.001 0.001 0.183 0.178 0.240 0.044 0.001 0.001 0.063 0.271 51 D 0.034 0.001 0.001 0.050 0.100 0.111 0.080 0.001 0.001 0.037 0.585 52 G 0.089 0.001 0.001 0.032 0.047 0.032 0.058 0.001 0.001 0.032 0.706 53 T 0.076 0.001 0.002 0.013 0.041 0.019 0.055 0.001 0.001 0.037 0.756 54 G 0.042 0.003 0.001 0.030 0.045 0.037 0.076 0.003 0.001 0.029 0.734 55 K 0.032 0.002 0.001 0.007 0.039 0.029 0.070 0.001 0.001 0.036 0.784 56 G 0.001 0.002 0.001 0.017 0.138 0.145 0.114 0.001 0.001 0.020 0.562 57 N 0.022 0.082 0.001 0.008 0.030 0.047 0.044 0.002 0.001 0.032 0.733 58 M 0.094 0.260 0.001 0.006 0.081 0.045 0.065 0.007 0.001 0.084 0.355 59 P 0.019 0.746 0.001 0.003 0.005 0.011 0.021 0.003 0.001 0.027 0.163 60 L 0.020 0.888 0.001 0.002 0.003 0.008 0.007 0.004 0.001 0.014 0.053 61 R 0.019 0.881 0.003 0.002 0.002 0.005 0.008 0.008 0.001 0.029 0.042 62 D 0.027 0.874 0.007 0.001 0.005 0.008 0.006 0.004 0.001 0.035 0.031 63 A 0.043 0.904 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.005 0.030 64 V 0.172 0.606 0.021 0.002 0.004 0.007 0.018 0.024 0.014 0.035 0.097 65 K 0.108 0.070 0.194 0.005 0.017 0.035 0.052 0.019 0.080 0.124 0.294 66 L 0.376 0.018 0.014 0.005 0.011 0.014 0.058 0.004 0.006 0.053 0.440 67 I 0.093 0.004 0.007 0.005 0.007 0.006 0.110 0.002 0.002 0.049 0.714 68 R 0.014 0.005 0.002 0.009 0.005 0.011 0.152 0.001 0.001 0.021 0.779 69 G 0.022 0.006 0.001 0.018 0.003 0.012 0.122 0.002 0.001 0.025 0.788 70 S 0.005 0.003 0.001 0.083 0.027 0.048 0.187 0.001 0.001 0.041 0.605 71 D 0.004 0.005 0.001 0.447 0.040 0.094 0.063 0.001 0.001 0.102 0.244 72 V 0.001 0.003 0.001 0.739 0.040 0.072 0.024 0.001 0.001 0.047 0.073 73 A 0.001 0.002 0.001 0.888 0.013 0.027 0.008 0.001 0.001 0.024 0.037 74 I 0.001 0.002 0.001 0.816 0.056 0.050 0.010 0.001 0.001 0.034 0.030 75 E 0.001 0.003 0.001 0.750 0.053 0.086 0.014 0.001 0.001 0.053 0.038 76 F 0.011 0.016 0.002 0.401 0.111 0.151 0.071 0.003 0.001 0.063 0.172 77 H 0.039 0.020 0.003 0.271 0.104 0.182 0.086 0.007 0.001 0.098 0.189 78 T 0.023 0.020 0.005 0.135 0.058 0.109 0.122 0.004 0.001 0.096 0.427 79 N 0.057 0.025 0.010 0.132 0.060 0.115 0.114 0.008 0.002 0.128 0.349 80 A 0.231 0.027 0.005 0.037 0.025 0.038 0.124 0.011 0.002 0.066 0.434 81 A 0.132 0.015 0.004 0.025 0.022 0.032 0.146 0.005 0.002 0.116 0.500 82 A 0.030 0.022 0.002 0.021 0.010 0.026 0.139 0.003 0.001 0.034 0.711 83 N 0.131 0.017 0.004 0.015 0.015 0.026 0.151 0.004 0.001 0.115 0.522 84 K 0.033 0.013 0.007 0.043 0.053 0.064 0.177 0.004 0.001 0.112 0.493 85 T 0.055 0.039 0.004 0.030 0.035 0.080 0.133 0.004 0.001 0.068 0.551 86 A 0.081 0.018 0.002 0.033 0.054 0.098 0.133 0.004 0.001 0.078 0.497 87 T 0.017 0.019 0.002 0.072 0.083 0.191 0.127 0.001 0.001 0.085 0.402 88 G 0.008 0.013 0.001 0.077 0.094 0.283 0.100 0.001 0.001 0.066 0.357 89 I 0.006 0.004 0.001 0.099 0.223 0.275 0.097 0.001 0.001 0.050 0.245 90 E 0.005 0.003 0.001 0.142 0.221 0.389 0.045 0.001 0.001 0.057 0.138 91 A 0.007 0.002 0.001 0.142 0.159 0.236 0.073 0.001 0.001 0.067 0.313 92 L 0.005 0.002 0.001 0.121 0.271 0.258 0.075 0.001 0.001 0.040 0.226 93 S 0.013 0.005 0.001 0.098 0.106 0.141 0.079 0.001 0.001 0.067 0.489 94 T 0.139 0.021 0.002 0.070 0.049 0.046 0.094 0.006 0.001 0.069 0.503 95 P 0.120 0.043 0.003 0.023 0.015 0.016 0.100 0.007 0.001 0.046 0.628 96 K 0.056 0.079 0.002 0.014 0.011 0.015 0.085 0.006 0.001 0.038 0.694 97 N 0.099 0.323 0.003 0.008 0.009 0.013 0.054 0.008 0.001 0.041 0.441 98 K 0.054 0.456 0.002 0.006 0.009 0.012 0.051 0.008 0.001 0.075 0.326 99 R 0.029 0.727 0.002 0.003 0.006 0.011 0.022 0.006 0.001 0.033 0.160 100 W 0.038 0.818 0.002 0.001 0.004 0.007 0.011 0.010 0.001 0.024 0.084 101 C 0.066 0.651 0.011 0.003 0.008 0.011 0.019 0.015 0.004 0.099 0.113 102 Q 0.054 0.722 0.007 0.002 0.006 0.009 0.016 0.006 0.003 0.062 0.113 103 V 0.028 0.889 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.010 0.055 104 L 0.022 0.887 0.005 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.002 0.016 0.048 105 G 0.023 0.891 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.017 0.052 106 K 0.015 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.008 0.043 107 A 0.019 0.856 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.001 0.030 0.071 108 V 0.028 0.131 0.017 0.007 0.004 0.007 0.031 0.003 0.004 0.670 0.099 109 A 0.061 0.305 0.030 0.033 0.005 0.007 0.042 0.010 0.008 0.245 0.255 110 K 0.119 0.639 0.004 0.007 0.004 0.003 0.022 0.014 0.001 0.032 0.155 111 K 0.072 0.611 0.009 0.003 0.002 0.004 0.024 0.013 0.003 0.035 0.223 112 T 0.033 0.561 0.004 0.005 0.003 0.007 0.035 0.002 0.001 0.034 0.315 113 G 0.075 0.497 0.008 0.019 0.007 0.017 0.039 0.015 0.003 0.048 0.270 114 W 0.170 0.137 0.017 0.027 0.027 0.036 0.109 0.014 0.006 0.146 0.311 115 K 0.092 0.063 0.009 0.032 0.025 0.049 0.083 0.006 0.004 0.073 0.564 116 L 0.116 0.053 0.004 0.051 0.016 0.034 0.079 0.005 0.001 0.054 0.587 117 R 0.089 0.023 0.007 0.049 0.020 0.031 0.121 0.006 0.003 0.061 0.589 118 G 0.081 0.015 0.008 0.036 0.043 0.049 0.115 0.005 0.003 0.039 0.606 119 E 0.165 0.014 0.002 0.025 0.026 0.032 0.073 0.006 0.001 0.028 0.628 120 D 0.122 0.006 0.002 0.018 0.026 0.027 0.113 0.003 0.001 0.039 0.644 121 G 0.010 0.006 0.001 0.018 0.023 0.037 0.137 0.001 0.001 0.020 0.747 122 F 0.029 0.009 0.001 0.016 0.020 0.033 0.111 0.001 0.001 0.040 0.739 123 K 0.041 0.017 0.001 0.035 0.060 0.069 0.145 0.003 0.001 0.039 0.589 124 P 0.096 0.032 0.003 0.019 0.019 0.036 0.094 0.005 0.001 0.049 0.645 125 D 0.153 0.014 0.004 0.023 0.038 0.052 0.115 0.004 0.001 0.079 0.517 126 N 0.149 0.027 0.004 0.031 0.018 0.042 0.116 0.003 0.001 0.069 0.540 127 A 0.052 0.016 0.002 0.026 0.019 0.043 0.134 0.002 0.001 0.078 0.628 128 G 0.016 0.014 0.002 0.062 0.048 0.110 0.183 0.002 0.001 0.076 0.487 129 Q 0.004 0.016 0.001 0.106 0.104 0.304 0.099 0.001 0.001 0.065 0.299 130 H 0.004 0.020 0.001 0.177 0.158 0.252 0.063 0.001 0.001 0.057 0.266 131 S 0.005 0.024 0.001 0.186 0.291 0.345 0.021 0.001 0.001 0.041 0.086 132 R 0.005 0.018 0.002 0.232 0.206 0.281 0.029 0.001 0.001 0.066 0.160 133 L 0.008 0.007 0.004 0.252 0.268 0.272 0.031 0.001 0.001 0.065 0.091 134 A 0.117 0.020 0.003 0.170 0.124 0.169 0.062 0.006 0.001 0.060 0.268 135 Y 0.232 0.011 0.004 0.051 0.058 0.080 0.098 0.005 0.001 0.095 0.365 136 A 0.014 0.008 0.003 0.033 0.030 0.061 0.161 0.001 0.001 0.042 0.646 137 Q 0.052 0.028 0.004 0.026 0.030 0.070 0.124 0.004 0.001 0.039 0.621 138 A 0.082 0.022 0.003 0.032 0.062 0.081 0.138 0.006 0.001 0.080 0.493 139 G 0.023 0.018 0.004 0.059 0.067 0.158 0.135 0.003 0.001 0.106 0.425 140 G 0.012 0.008 0.002 0.134 0.081 0.245 0.091 0.002 0.001 0.117 0.307 141 I 0.012 0.006 0.001 0.376 0.099 0.147 0.075 0.001 0.001 0.075 0.207 142 V 0.002 0.004 0.001 0.351 0.143 0.254 0.050 0.001 0.001 0.059 0.135 143 F 0.009 0.011 0.001 0.419 0.106 0.147 0.056 0.002 0.001 0.056 0.195 144 E 0.009 0.007 0.001 0.410 0.176 0.216 0.038 0.002 0.001 0.068 0.074 145 P 0.007 0.008 0.002 0.403 0.077 0.113 0.074 0.002 0.001 0.089 0.226 146 F 0.009 0.004 0.001 0.591 0.087 0.108 0.042 0.002 0.001 0.083 0.073 147 F 0.017 0.011 0.001 0.366 0.036 0.068 0.096 0.005 0.001 0.057 0.343 148 I 0.010 0.006 0.001 0.205 0.038 0.047 0.143 0.002 0.001 0.193 0.355 149 S 0.003 0.044 0.004 0.152 0.022 0.020 0.120 0.003 0.001 0.139 0.492 150 N 0.059 0.773 0.001 0.004 0.002 0.002 0.021 0.030 0.001 0.022 0.086 151 D 0.175 0.709 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.003 0.034 0.027 152 T 0.014 0.934 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.003 0.006 0.023 153 D 0.054 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.005 0.020 154 L 0.260 0.610 0.009 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.009 0.025 0.045 155 A 0.082 0.270 0.046 0.002 0.005 0.009 0.069 0.013 0.015 0.174 0.316 156 L 0.092 0.085 0.017 0.006 0.003 0.007 0.082 0.012 0.010 0.255 0.432 157 F 0.075 0.133 0.008 0.008 0.007 0.004 0.151 0.009 0.003 0.069 0.533 158 K 0.019 0.193 0.003 0.003 0.004 0.005 0.075 0.007 0.001 0.038 0.651 159 T 0.043 0.632 0.004 0.002 0.001 0.002 0.029 0.009 0.002 0.027 0.251 160 T 0.039 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.010 0.076 161 K 0.030 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.007 0.036 162 W 0.019 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.012 0.044 163 G 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.021 164 I 0.012 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.018 165 C 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.013 166 R 0.006 0.940 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.027 0.016 167 A 0.009 0.963 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 168 I 0.017 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.014 0.012 169 A 0.006 0.884 0.005 0.001 0.002 0.004 0.004 0.004 0.002 0.053 0.033 170 D 0.007 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 171 A 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 172 I 0.004 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.011 173 A 0.021 0.872 0.014 0.001 0.002 0.004 0.004 0.010 0.004 0.051 0.018 174 M 0.081 0.782 0.016 0.002 0.003 0.004 0.007 0.015 0.005 0.031 0.054 175 E 0.144 0.603 0.011 0.002 0.007 0.007 0.019 0.005 0.003 0.063 0.135 176 L 0.068 0.226 0.075 0.005 0.008 0.017 0.055 0.019 0.026 0.073 0.426 177 G 0.338 0.064 0.044 0.011 0.015 0.025 0.074 0.024 0.020 0.073 0.311 178 A 0.298 0.008 0.007 0.005 0.007 0.009 0.058 0.006 0.006 0.027 0.568 179 A 0.015 0.003 0.001 0.009 0.021 0.023 0.095 0.001 0.001 0.010 0.823 180 K 0.011 0.003 0.001 0.011 0.006 0.017 0.081 0.001 0.001 0.012 0.857 181 V 0.010 0.002 0.001 0.026 0.033 0.030 0.183 0.001 0.001 0.019 0.696