# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.403 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.001 0.019 0.006 0.009 0.191 0.013 0.746 2 S 0.001 0.001 0.182 0.014 0.047 0.089 0.019 0.649 3 K 0.001 0.001 0.376 0.066 0.053 0.113 0.050 0.341 4 I 0.001 0.001 0.849 0.028 0.041 0.010 0.018 0.054 5 I 0.001 0.001 0.904 0.023 0.015 0.005 0.025 0.028 6 C 0.001 0.001 0.938 0.012 0.018 0.006 0.006 0.019 7 L 0.001 0.001 0.935 0.007 0.008 0.009 0.004 0.036 8 T 0.206 0.007 0.480 0.004 0.004 0.029 0.224 0.046 9 A 0.054 0.009 0.248 0.004 0.008 0.150 0.044 0.484 10 G 0.052 0.007 0.094 0.033 0.032 0.212 0.057 0.512 11 H 0.152 0.008 0.063 0.022 0.051 0.194 0.078 0.431 12 S 0.107 0.005 0.027 0.045 0.033 0.208 0.057 0.517 13 N 0.011 0.003 0.018 0.056 0.120 0.183 0.040 0.569 14 T 0.005 0.003 0.010 0.011 0.028 0.182 0.010 0.752 15 D 0.591 0.065 0.004 0.011 0.008 0.033 0.209 0.079 16 P 0.079 0.044 0.019 0.018 0.041 0.129 0.105 0.564 17 G 0.037 0.012 0.034 0.073 0.132 0.105 0.052 0.556 18 A 0.054 0.002 0.071 0.098 0.190 0.102 0.100 0.382 19 V 0.112 0.003 0.040 0.082 0.041 0.115 0.083 0.522 20 N 0.094 0.007 0.012 0.018 0.037 0.096 0.037 0.700 21 G 0.074 0.032 0.011 0.015 0.023 0.119 0.029 0.697 22 S 0.040 0.076 0.022 0.056 0.122 0.105 0.048 0.531 23 D 0.030 0.195 0.015 0.066 0.056 0.076 0.117 0.446 24 R 0.010 0.706 0.012 0.026 0.045 0.026 0.059 0.116 25 E 0.004 0.886 0.003 0.008 0.014 0.005 0.038 0.042 26 A 0.005 0.905 0.002 0.007 0.008 0.004 0.041 0.027 27 D 0.003 0.917 0.002 0.003 0.005 0.002 0.054 0.013 28 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 29 A 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 30 Q 0.001 0.235 0.001 0.001 0.001 0.001 0.761 0.002 31 D 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.002 32 M 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 33 R 0.001 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.002 34 N 0.001 0.396 0.001 0.001 0.001 0.001 0.594 0.006 35 I 0.001 0.876 0.004 0.001 0.001 0.001 0.115 0.003 36 V 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 37 A 0.012 0.903 0.002 0.001 0.001 0.002 0.064 0.017 38 S 0.018 0.508 0.010 0.001 0.001 0.014 0.403 0.047 39 I 0.028 0.265 0.059 0.001 0.001 0.021 0.580 0.045 40 L 0.241 0.143 0.097 0.002 0.002 0.056 0.275 0.184 41 R 0.304 0.025 0.013 0.002 0.002 0.059 0.026 0.568 42 N 0.068 0.009 0.004 0.001 0.002 0.076 0.011 0.828 43 D 0.024 0.004 0.012 0.002 0.005 0.242 0.041 0.671 44 Y 0.013 0.008 0.025 0.008 0.022 0.184 0.028 0.713 45 G 0.013 0.010 0.048 0.030 0.058 0.111 0.037 0.693 46 L 0.006 0.004 0.253 0.114 0.189 0.057 0.132 0.245 47 T 0.004 0.003 0.249 0.105 0.328 0.038 0.081 0.191 48 V 0.004 0.001 0.215 0.300 0.276 0.029 0.036 0.139 49 K 0.002 0.001 0.231 0.293 0.304 0.021 0.033 0.116 50 T 0.009 0.001 0.151 0.164 0.282 0.052 0.053 0.288 51 D 0.054 0.001 0.077 0.139 0.134 0.083 0.064 0.448 52 G 0.108 0.002 0.029 0.046 0.067 0.079 0.045 0.625 53 T 0.087 0.002 0.011 0.018 0.023 0.073 0.036 0.750 54 G 0.064 0.003 0.012 0.022 0.038 0.085 0.026 0.750 55 K 0.068 0.004 0.009 0.028 0.036 0.101 0.025 0.729 56 G 0.010 0.009 0.021 0.091 0.114 0.098 0.019 0.638 57 N 0.018 0.085 0.015 0.042 0.058 0.088 0.047 0.648 58 M 0.032 0.322 0.015 0.060 0.044 0.078 0.078 0.371 59 P 0.016 0.849 0.004 0.008 0.010 0.017 0.027 0.071 60 L 0.010 0.923 0.002 0.003 0.006 0.006 0.018 0.032 61 R 0.005 0.959 0.002 0.002 0.003 0.003 0.010 0.016 62 D 0.010 0.952 0.002 0.002 0.003 0.004 0.012 0.015 63 A 0.013 0.952 0.003 0.002 0.003 0.003 0.011 0.014 64 V 0.046 0.814 0.014 0.009 0.014 0.010 0.038 0.054 65 K 0.160 0.094 0.133 0.034 0.037 0.051 0.250 0.242 66 L 0.548 0.007 0.014 0.012 0.014 0.044 0.054 0.306 67 I 0.176 0.001 0.004 0.002 0.003 0.075 0.029 0.709 68 R 0.007 0.001 0.006 0.001 0.002 0.150 0.007 0.827 69 G 0.008 0.001 0.017 0.002 0.007 0.136 0.014 0.814 70 S 0.003 0.001 0.132 0.066 0.056 0.156 0.029 0.558 71 D 0.001 0.001 0.570 0.020 0.059 0.047 0.076 0.226 72 V 0.001 0.001 0.671 0.047 0.092 0.026 0.060 0.101 73 A 0.001 0.001 0.862 0.027 0.049 0.007 0.016 0.037 74 I 0.002 0.001 0.770 0.094 0.065 0.009 0.029 0.031 75 E 0.003 0.002 0.753 0.052 0.072 0.019 0.039 0.060 76 F 0.018 0.010 0.460 0.089 0.151 0.075 0.037 0.161 77 H 0.042 0.037 0.175 0.133 0.123 0.098 0.078 0.313 78 T 0.060 0.032 0.110 0.064 0.126 0.125 0.058 0.425 79 N 0.169 0.030 0.072 0.068 0.082 0.101 0.145 0.333 80 A 0.171 0.011 0.024 0.021 0.033 0.123 0.068 0.550 81 A 0.069 0.005 0.012 0.014 0.018 0.142 0.063 0.676 82 A 0.020 0.005 0.005 0.005 0.012 0.122 0.022 0.809 83 N 0.156 0.017 0.009 0.010 0.012 0.110 0.122 0.562 84 K 0.029 0.010 0.030 0.038 0.058 0.122 0.071 0.642 85 T 0.133 0.018 0.026 0.030 0.041 0.108 0.063 0.581 86 A 0.087 0.014 0.048 0.046 0.070 0.138 0.047 0.549 87 T 0.009 0.011 0.089 0.070 0.195 0.106 0.055 0.464 88 G 0.010 0.009 0.054 0.109 0.353 0.080 0.054 0.332 89 I 0.006 0.005 0.085 0.362 0.302 0.053 0.047 0.139 90 E 0.004 0.003 0.090 0.216 0.478 0.027 0.075 0.107 91 A 0.005 0.002 0.055 0.266 0.442 0.032 0.052 0.148 92 L 0.002 0.001 0.059 0.361 0.433 0.029 0.016 0.097 93 S 0.005 0.002 0.067 0.236 0.286 0.056 0.041 0.307 94 T 0.172 0.026 0.041 0.062 0.076 0.079 0.223 0.321 95 P 0.216 0.054 0.017 0.015 0.018 0.097 0.089 0.494 96 K 0.060 0.076 0.016 0.018 0.025 0.086 0.064 0.656 97 N 0.093 0.324 0.008 0.009 0.015 0.065 0.062 0.425 98 K 0.081 0.456 0.009 0.016 0.016 0.068 0.061 0.294 99 R 0.028 0.705 0.007 0.013 0.017 0.032 0.042 0.156 100 W 0.027 0.836 0.004 0.006 0.010 0.015 0.024 0.078 101 C 0.035 0.775 0.014 0.008 0.010 0.018 0.071 0.070 102 Q 0.034 0.840 0.007 0.004 0.007 0.014 0.037 0.057 103 V 0.029 0.835 0.007 0.003 0.006 0.010 0.041 0.068 104 L 0.018 0.860 0.007 0.003 0.004 0.013 0.034 0.062 105 G 0.030 0.822 0.006 0.003 0.004 0.015 0.038 0.081 106 K 0.027 0.847 0.004 0.002 0.003 0.010 0.036 0.071 107 A 0.040 0.754 0.005 0.002 0.004 0.016 0.091 0.087 108 V 0.029 0.213 0.017 0.003 0.003 0.023 0.618 0.094 109 A 0.036 0.356 0.036 0.006 0.008 0.048 0.330 0.181 110 K 0.088 0.513 0.028 0.009 0.011 0.041 0.081 0.227 111 K 0.087 0.468 0.027 0.009 0.013 0.046 0.045 0.306 112 T 0.041 0.453 0.015 0.009 0.022 0.053 0.033 0.375 113 G 0.071 0.297 0.035 0.020 0.040 0.076 0.096 0.366 114 W 0.100 0.102 0.072 0.045 0.058 0.089 0.191 0.343 115 K 0.129 0.064 0.041 0.038 0.050 0.084 0.081 0.512 116 L 0.066 0.036 0.040 0.044 0.078 0.085 0.041 0.610 117 R 0.041 0.016 0.035 0.022 0.044 0.102 0.052 0.689 118 G 0.164 0.016 0.028 0.040 0.044 0.088 0.058 0.562 119 E 0.139 0.011 0.012 0.019 0.026 0.068 0.040 0.685 120 D 0.097 0.007 0.008 0.012 0.017 0.099 0.026 0.734 121 G 0.032 0.006 0.012 0.019 0.045 0.102 0.022 0.761 122 F 0.027 0.006 0.010 0.031 0.041 0.098 0.035 0.752 123 K 0.034 0.016 0.016 0.070 0.072 0.103 0.044 0.646 124 P 0.100 0.021 0.013 0.028 0.043 0.095 0.060 0.641 125 D 0.120 0.012 0.021 0.035 0.042 0.103 0.060 0.607 126 N 0.100 0.014 0.018 0.037 0.060 0.096 0.048 0.627 127 A 0.101 0.009 0.012 0.018 0.035 0.114 0.055 0.655 128 G 0.019 0.010 0.040 0.050 0.076 0.160 0.056 0.589 129 Q 0.005 0.012 0.079 0.092 0.254 0.082 0.060 0.415 130 H 0.006 0.019 0.118 0.159 0.246 0.063 0.054 0.334 131 S 0.004 0.014 0.277 0.263 0.285 0.021 0.045 0.092 132 R 0.010 0.013 0.282 0.169 0.202 0.030 0.110 0.184 133 L 0.028 0.010 0.328 0.179 0.205 0.038 0.053 0.160 134 A 0.065 0.008 0.306 0.091 0.142 0.059 0.042 0.287 135 Y 0.169 0.007 0.076 0.037 0.059 0.104 0.074 0.475 136 A 0.051 0.004 0.049 0.026 0.036 0.189 0.039 0.605 137 Q 0.031 0.005 0.033 0.011 0.024 0.173 0.045 0.677 138 A 0.031 0.008 0.052 0.018 0.028 0.188 0.109 0.565 139 G 0.011 0.011 0.163 0.039 0.067 0.167 0.070 0.472 140 G 0.009 0.007 0.276 0.040 0.082 0.090 0.070 0.425 141 I 0.008 0.004 0.531 0.082 0.082 0.054 0.068 0.170 142 V 0.008 0.004 0.557 0.045 0.085 0.047 0.053 0.201 143 F 0.018 0.005 0.459 0.054 0.062 0.076 0.058 0.269 144 E 0.033 0.018 0.471 0.049 0.061 0.084 0.074 0.211 145 P 0.025 0.008 0.219 0.036 0.078 0.156 0.081 0.397 146 F 0.027 0.006 0.278 0.077 0.127 0.106 0.071 0.308 147 F 0.056 0.004 0.201 0.052 0.081 0.112 0.067 0.428 148 I 0.008 0.003 0.083 0.056 0.061 0.191 0.054 0.544 149 S 0.002 0.012 0.040 0.008 0.023 0.166 0.019 0.729 150 N 0.137 0.737 0.002 0.001 0.001 0.008 0.081 0.033 151 D 0.025 0.918 0.002 0.001 0.001 0.008 0.014 0.031 152 T 0.018 0.875 0.003 0.001 0.002 0.014 0.019 0.068 153 D 0.069 0.868 0.003 0.001 0.001 0.006 0.035 0.016 154 L 0.119 0.632 0.015 0.004 0.006 0.022 0.129 0.074 155 A 0.254 0.107 0.023 0.011 0.015 0.067 0.221 0.302 156 L 0.177 0.039 0.022 0.005 0.008 0.078 0.154 0.517 157 F 0.040 0.032 0.020 0.008 0.007 0.183 0.062 0.649 158 K 0.009 0.043 0.006 0.003 0.005 0.118 0.015 0.801 159 T 0.107 0.353 0.004 0.002 0.003 0.046 0.085 0.399 160 T 0.116 0.656 0.003 0.002 0.002 0.027 0.067 0.128 161 K 0.034 0.766 0.004 0.002 0.003 0.023 0.032 0.135 162 W 0.015 0.832 0.005 0.001 0.004 0.017 0.047 0.078 163 G 0.010 0.873 0.007 0.004 0.007 0.010 0.051 0.038 164 I 0.005 0.937 0.003 0.003 0.006 0.004 0.019 0.024 165 C 0.007 0.919 0.004 0.005 0.008 0.004 0.033 0.019 166 R 0.006 0.871 0.007 0.005 0.007 0.005 0.072 0.028 167 A 0.003 0.956 0.004 0.003 0.005 0.002 0.015 0.012 168 I 0.005 0.930 0.004 0.004 0.004 0.003 0.028 0.022 169 A 0.006 0.887 0.011 0.005 0.006 0.005 0.056 0.026 170 D 0.004 0.969 0.002 0.001 0.002 0.002 0.010 0.011 171 A 0.008 0.920 0.005 0.002 0.002 0.003 0.040 0.019 172 I 0.006 0.909 0.006 0.002 0.002 0.005 0.049 0.021 173 A 0.019 0.843 0.016 0.003 0.004 0.009 0.070 0.036 174 M 0.053 0.845 0.016 0.003 0.003 0.008 0.033 0.039 175 E 0.096 0.638 0.013 0.005 0.008 0.026 0.031 0.184 176 L 0.093 0.223 0.033 0.007 0.011 0.067 0.072 0.495 177 G 0.220 0.104 0.025 0.010 0.015 0.084 0.129 0.412 178 A 0.195 0.020 0.008 0.005 0.007 0.084 0.053 0.628 179 A 0.030 0.011 0.011 0.008 0.011 0.097 0.021 0.811 180 K 0.014 0.006 0.026 0.007 0.021 0.106 0.033 0.787 181 V 0.022 0.005 0.057 0.020 0.020 0.144 0.056 0.676