# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.403 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.235 0.114 0.052 0.111 0.106 0.088 0.118 0.068 0.052 0.034 0.022 2 S 0.385 0.172 0.076 0.134 0.071 0.045 0.050 0.027 0.021 0.012 0.006 3 K 0.014 0.031 0.045 0.092 0.104 0.148 0.203 0.113 0.126 0.083 0.041 4 I 0.006 0.024 0.041 0.079 0.094 0.144 0.191 0.143 0.129 0.102 0.047 5 I 0.001 0.004 0.009 0.017 0.027 0.078 0.147 0.160 0.231 0.223 0.103 6 C 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.022 0.056 0.111 0.203 0.288 0.293 7 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.015 0.041 0.110 0.214 0.310 0.290 8 T 0.002 0.006 0.019 0.037 0.069 0.066 0.136 0.183 0.200 0.180 0.102 9 A 0.002 0.004 0.011 0.021 0.038 0.052 0.120 0.178 0.218 0.192 0.165 10 G 0.013 0.016 0.023 0.048 0.063 0.081 0.139 0.139 0.178 0.165 0.137 11 H 0.010 0.013 0.020 0.044 0.067 0.104 0.202 0.170 0.164 0.125 0.079 12 S 0.025 0.039 0.036 0.082 0.091 0.097 0.140 0.129 0.140 0.122 0.099 13 N 0.055 0.045 0.032 0.075 0.083 0.090 0.147 0.122 0.137 0.113 0.100 14 T 0.115 0.101 0.050 0.156 0.140 0.115 0.128 0.075 0.057 0.038 0.024 15 D 0.008 0.013 0.011 0.031 0.039 0.071 0.109 0.125 0.197 0.211 0.185 16 P 0.055 0.062 0.029 0.107 0.123 0.130 0.154 0.111 0.100 0.073 0.054 17 G 0.091 0.054 0.037 0.100 0.090 0.095 0.136 0.102 0.118 0.102 0.075 18 A 0.010 0.010 0.009 0.026 0.034 0.072 0.104 0.095 0.208 0.217 0.216 19 V 0.028 0.031 0.018 0.067 0.091 0.094 0.158 0.137 0.158 0.119 0.100 20 N 0.108 0.104 0.058 0.149 0.134 0.107 0.118 0.081 0.064 0.043 0.034 21 G 0.140 0.133 0.053 0.132 0.119 0.101 0.122 0.076 0.058 0.038 0.028 22 S 0.264 0.146 0.037 0.133 0.100 0.076 0.095 0.061 0.043 0.027 0.017 23 D 0.288 0.099 0.050 0.125 0.100 0.088 0.096 0.060 0.044 0.029 0.021 24 R 0.087 0.125 0.080 0.182 0.148 0.121 0.117 0.061 0.042 0.024 0.012 25 E 0.006 0.016 0.021 0.042 0.061 0.076 0.153 0.161 0.195 0.161 0.109 26 A 0.022 0.031 0.058 0.106 0.138 0.160 0.198 0.120 0.083 0.057 0.026 27 D 0.067 0.109 0.298 0.264 0.114 0.061 0.042 0.022 0.011 0.007 0.003 28 L 0.003 0.005 0.010 0.024 0.055 0.105 0.219 0.214 0.169 0.129 0.067 29 A 0.004 0.010 0.018 0.024 0.037 0.042 0.098 0.139 0.222 0.234 0.173 30 Q 0.035 0.023 0.175 0.166 0.182 0.145 0.158 0.064 0.032 0.014 0.007 31 D 0.045 0.087 0.270 0.267 0.164 0.072 0.061 0.021 0.007 0.003 0.002 32 M 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.013 0.049 0.093 0.230 0.281 0.320 33 R 0.005 0.007 0.016 0.045 0.122 0.213 0.326 0.128 0.074 0.047 0.016 34 N 0.013 0.022 0.769 0.136 0.038 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 35 I 0.002 0.006 0.022 0.040 0.076 0.325 0.365 0.087 0.046 0.024 0.008 36 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.043 0.211 0.329 0.395 37 A 0.004 0.007 0.060 0.095 0.232 0.261 0.235 0.066 0.024 0.011 0.004 38 S 0.008 0.017 0.871 0.081 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 I 0.001 0.002 0.011 0.018 0.037 0.237 0.390 0.129 0.095 0.060 0.019 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.049 0.212 0.354 0.348 41 R 0.006 0.036 0.343 0.241 0.197 0.086 0.053 0.022 0.008 0.005 0.002 42 N 0.019 0.050 0.605 0.151 0.078 0.049 0.029 0.011 0.004 0.002 0.001 43 D 0.094 0.106 0.078 0.112 0.104 0.135 0.181 0.109 0.043 0.024 0.013 44 Y 0.168 0.092 0.029 0.077 0.079 0.092 0.154 0.136 0.085 0.055 0.032 45 G 0.269 0.095 0.085 0.135 0.110 0.073 0.080 0.060 0.041 0.033 0.020 46 L 0.037 0.058 0.079 0.108 0.107 0.140 0.193 0.106 0.087 0.059 0.025 47 T 0.032 0.072 0.059 0.148 0.155 0.163 0.156 0.088 0.065 0.039 0.022 48 V 0.020 0.014 0.019 0.033 0.046 0.076 0.139 0.165 0.186 0.170 0.131 49 K 0.027 0.050 0.047 0.166 0.167 0.161 0.170 0.093 0.064 0.038 0.018 50 T 0.006 0.004 0.007 0.010 0.016 0.027 0.071 0.095 0.218 0.251 0.295 51 D 0.083 0.162 0.101 0.231 0.176 0.087 0.072 0.038 0.024 0.016 0.009 52 G 0.162 0.139 0.065 0.144 0.107 0.098 0.118 0.067 0.050 0.032 0.018 53 T 0.459 0.236 0.036 0.109 0.059 0.031 0.028 0.020 0.011 0.007 0.004 54 G 0.274 0.161 0.029 0.118 0.085 0.084 0.099 0.066 0.043 0.028 0.015 55 K 0.342 0.208 0.055 0.142 0.092 0.058 0.043 0.029 0.015 0.011 0.006 56 G 0.136 0.085 0.037 0.102 0.110 0.144 0.153 0.096 0.072 0.041 0.023 57 N 0.107 0.196 0.052 0.120 0.093 0.098 0.120 0.075 0.066 0.046 0.027 58 M 0.036 0.032 0.020 0.068 0.096 0.125 0.185 0.134 0.145 0.093 0.068 59 P 0.574 0.179 0.065 0.103 0.043 0.015 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 60 L 0.032 0.047 0.043 0.117 0.126 0.132 0.179 0.124 0.099 0.064 0.037 61 R 0.030 0.038 0.034 0.103 0.140 0.141 0.190 0.147 0.089 0.059 0.030 62 D 0.071 0.088 0.169 0.211 0.141 0.111 0.104 0.057 0.028 0.016 0.005 63 A 0.020 0.039 0.156 0.165 0.140 0.156 0.155 0.082 0.046 0.028 0.011 64 V 0.023 0.021 0.049 0.076 0.084 0.101 0.195 0.154 0.135 0.112 0.051 65 K 0.029 0.048 0.138 0.155 0.140 0.133 0.143 0.091 0.062 0.044 0.018 66 L 0.026 0.042 0.141 0.128 0.135 0.135 0.163 0.100 0.065 0.042 0.022 67 I 0.030 0.066 0.104 0.110 0.114 0.124 0.159 0.106 0.077 0.068 0.042 68 R 0.069 0.098 0.099 0.149 0.137 0.131 0.149 0.083 0.047 0.024 0.012 69 G 0.462 0.179 0.072 0.132 0.063 0.031 0.031 0.016 0.008 0.004 0.003 70 S 0.008 0.007 0.010 0.015 0.023 0.034 0.085 0.103 0.202 0.206 0.307 71 D 0.026 0.067 0.065 0.175 0.211 0.172 0.137 0.066 0.041 0.024 0.016 72 V 0.002 0.005 0.017 0.022 0.039 0.078 0.152 0.150 0.213 0.176 0.146 73 A 0.002 0.006 0.017 0.034 0.059 0.060 0.128 0.148 0.190 0.173 0.183 74 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.012 0.041 0.073 0.230 0.305 0.326 75 E 0.005 0.018 0.041 0.126 0.190 0.139 0.163 0.124 0.093 0.059 0.044 76 F 0.001 0.001 0.006 0.007 0.016 0.018 0.058 0.146 0.208 0.266 0.272 77 H 0.001 0.003 0.006 0.018 0.035 0.045 0.091 0.147 0.212 0.241 0.201 78 T 0.003 0.004 0.009 0.016 0.026 0.046 0.105 0.128 0.241 0.239 0.183 79 N 0.012 0.016 0.034 0.081 0.127 0.149 0.209 0.141 0.114 0.069 0.048 80 A 0.009 0.012 0.027 0.036 0.050 0.058 0.128 0.144 0.190 0.183 0.165 81 A 0.020 0.023 0.024 0.055 0.073 0.099 0.162 0.124 0.162 0.137 0.120 82 A 0.140 0.147 0.071 0.160 0.129 0.095 0.118 0.059 0.041 0.024 0.016 83 N 0.168 0.146 0.059 0.154 0.118 0.104 0.097 0.058 0.042 0.032 0.022 84 K 0.319 0.191 0.048 0.128 0.092 0.061 0.066 0.043 0.025 0.016 0.011 85 T 0.253 0.175 0.042 0.165 0.110 0.081 0.075 0.044 0.027 0.017 0.012 86 A 0.027 0.023 0.015 0.029 0.038 0.061 0.087 0.093 0.169 0.195 0.263 87 T 0.072 0.128 0.054 0.201 0.205 0.124 0.106 0.056 0.030 0.016 0.009 88 G 0.054 0.045 0.036 0.089 0.087 0.089 0.124 0.110 0.148 0.123 0.095 89 I 0.009 0.011 0.010 0.036 0.055 0.083 0.144 0.147 0.196 0.170 0.139 90 E 0.014 0.043 0.035 0.148 0.147 0.141 0.166 0.116 0.095 0.064 0.032 91 A 0.002 0.004 0.007 0.014 0.023 0.042 0.072 0.110 0.200 0.256 0.269 92 L 0.006 0.007 0.009 0.030 0.055 0.099 0.157 0.151 0.197 0.178 0.111 93 S 0.014 0.019 0.023 0.053 0.065 0.078 0.147 0.140 0.192 0.165 0.106 94 T 0.018 0.028 0.027 0.071 0.097 0.138 0.192 0.128 0.137 0.096 0.067 95 P 0.218 0.151 0.060 0.140 0.101 0.079 0.107 0.059 0.044 0.026 0.014 96 K 0.339 0.210 0.052 0.144 0.084 0.054 0.054 0.031 0.017 0.010 0.006 97 N 0.208 0.194 0.046 0.121 0.095 0.088 0.096 0.060 0.043 0.030 0.019 98 K 0.255 0.134 0.054 0.147 0.123 0.090 0.088 0.053 0.028 0.018 0.010 99 R 0.227 0.183 0.101 0.162 0.102 0.085 0.068 0.035 0.019 0.012 0.005 100 W 0.026 0.051 0.045 0.097 0.099 0.156 0.187 0.115 0.109 0.080 0.035 101 C 0.037 0.034 0.043 0.095 0.116 0.152 0.211 0.133 0.092 0.060 0.027 102 Q 0.077 0.098 0.247 0.246 0.142 0.080 0.059 0.029 0.013 0.007 0.003 103 V 0.012 0.026 0.073 0.084 0.097 0.148 0.204 0.130 0.105 0.081 0.041 104 L 0.010 0.013 0.027 0.053 0.085 0.131 0.215 0.163 0.143 0.102 0.055 105 G 0.079 0.082 0.246 0.193 0.140 0.087 0.089 0.047 0.021 0.011 0.005 106 K 0.026 0.041 0.190 0.177 0.164 0.125 0.138 0.073 0.037 0.021 0.011 107 A 0.019 0.017 0.040 0.043 0.061 0.090 0.213 0.168 0.154 0.122 0.072 108 V 0.053 0.088 0.195 0.204 0.156 0.104 0.100 0.051 0.027 0.015 0.007 109 A 0.077 0.092 0.263 0.184 0.138 0.079 0.077 0.047 0.022 0.013 0.008 110 K 0.073 0.084 0.114 0.140 0.133 0.102 0.151 0.099 0.054 0.034 0.016 111 K 0.071 0.084 0.102 0.123 0.113 0.130 0.170 0.095 0.059 0.038 0.015 112 T 0.145 0.142 0.247 0.206 0.110 0.063 0.046 0.023 0.010 0.005 0.002 113 G 0.209 0.134 0.128 0.177 0.118 0.073 0.082 0.043 0.020 0.010 0.005 114 W 0.027 0.023 0.027 0.038 0.050 0.066 0.151 0.148 0.185 0.166 0.118 115 K 0.059 0.089 0.141 0.222 0.187 0.113 0.092 0.050 0.025 0.016 0.006 116 L 0.060 0.079 0.199 0.169 0.115 0.129 0.112 0.062 0.038 0.026 0.010 117 R 0.056 0.100 0.072 0.152 0.132 0.139 0.157 0.092 0.054 0.030 0.016 118 G 0.101 0.055 0.028 0.055 0.059 0.074 0.153 0.140 0.145 0.114 0.075 119 E 0.259 0.207 0.104 0.196 0.107 0.048 0.037 0.021 0.011 0.006 0.003 120 D 0.225 0.144 0.069 0.131 0.099 0.092 0.100 0.059 0.042 0.026 0.013 121 G 0.304 0.137 0.043 0.133 0.107 0.074 0.084 0.055 0.033 0.019 0.012 122 F 0.098 0.086 0.045 0.103 0.096 0.122 0.152 0.109 0.088 0.066 0.034 123 K 0.071 0.122 0.073 0.166 0.143 0.140 0.121 0.069 0.049 0.031 0.015 124 P 0.193 0.139 0.058 0.136 0.106 0.087 0.113 0.074 0.048 0.031 0.016 125 D 0.224 0.125 0.063 0.147 0.110 0.087 0.095 0.061 0.042 0.030 0.015 126 N 0.201 0.200 0.079 0.175 0.112 0.076 0.070 0.042 0.024 0.015 0.007 127 A 0.092 0.111 0.049 0.153 0.137 0.132 0.127 0.088 0.054 0.038 0.019 128 G 0.136 0.091 0.051 0.113 0.112 0.116 0.141 0.104 0.067 0.047 0.024 129 Q 0.114 0.162 0.103 0.232 0.143 0.088 0.078 0.042 0.021 0.011 0.005 130 H 0.011 0.010 0.016 0.033 0.052 0.086 0.134 0.132 0.191 0.178 0.156 131 S 0.037 0.044 0.050 0.105 0.120 0.114 0.152 0.130 0.113 0.083 0.052 132 R 0.017 0.035 0.049 0.141 0.152 0.162 0.186 0.103 0.080 0.046 0.028 133 L 0.003 0.003 0.007 0.010 0.017 0.022 0.050 0.085 0.174 0.241 0.388 134 A 0.019 0.034 0.046 0.126 0.160 0.144 0.168 0.118 0.093 0.060 0.033 135 Y 0.038 0.072 0.079 0.156 0.136 0.125 0.151 0.092 0.071 0.049 0.031 136 A 0.033 0.031 0.033 0.066 0.078 0.107 0.169 0.128 0.141 0.109 0.103 137 Q 0.180 0.185 0.087 0.178 0.107 0.079 0.089 0.040 0.030 0.016 0.009 138 A 0.024 0.023 0.031 0.058 0.064 0.070 0.135 0.131 0.177 0.141 0.145 139 G 0.033 0.059 0.047 0.109 0.118 0.123 0.166 0.112 0.100 0.073 0.060 140 G 0.003 0.008 0.015 0.026 0.039 0.057 0.124 0.142 0.231 0.191 0.164 141 I 0.002 0.005 0.016 0.027 0.053 0.052 0.131 0.190 0.180 0.158 0.186 142 V 0.001 0.002 0.013 0.016 0.028 0.028 0.077 0.137 0.221 0.244 0.233 143 F 0.001 0.001 0.006 0.005 0.011 0.018 0.056 0.080 0.246 0.286 0.291 144 E 0.001 0.001 0.008 0.012 0.032 0.024 0.084 0.199 0.225 0.227 0.188 145 P 0.001 0.002 0.010 0.012 0.018 0.035 0.073 0.117 0.248 0.314 0.171 146 F 0.004 0.007 0.018 0.034 0.072 0.061 0.186 0.269 0.153 0.114 0.082 147 F 0.004 0.006 0.020 0.029 0.048 0.045 0.101 0.214 0.188 0.216 0.128 148 I 0.006 0.005 0.015 0.019 0.035 0.048 0.123 0.151 0.214 0.206 0.179 149 S 0.024 0.091 0.086 0.118 0.135 0.125 0.176 0.092 0.081 0.048 0.026 150 N 0.027 0.070 0.062 0.100 0.115 0.135 0.228 0.101 0.086 0.046 0.029 151 D 0.728 0.142 0.046 0.047 0.016 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 152 T 0.491 0.180 0.060 0.128 0.063 0.029 0.027 0.012 0.005 0.003 0.002 153 D 0.054 0.113 0.048 0.127 0.126 0.128 0.149 0.104 0.072 0.054 0.024 154 L 0.009 0.011 0.020 0.055 0.103 0.233 0.290 0.133 0.079 0.049 0.017 155 A 0.026 0.056 0.541 0.189 0.083 0.051 0.032 0.014 0.004 0.003 0.001 156 L 0.005 0.011 0.064 0.099 0.100 0.253 0.275 0.091 0.059 0.035 0.008 157 F 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.017 0.062 0.081 0.236 0.359 0.231 158 K 0.014 0.086 0.256 0.242 0.183 0.097 0.070 0.030 0.013 0.007 0.002 159 T 0.028 0.165 0.441 0.165 0.087 0.051 0.034 0.016 0.007 0.004 0.002 160 T 0.387 0.121 0.076 0.106 0.097 0.070 0.083 0.040 0.012 0.005 0.003 161 K 0.741 0.144 0.037 0.043 0.015 0.007 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 162 W 0.030 0.026 0.038 0.080 0.108 0.164 0.202 0.128 0.105 0.079 0.041 163 G 0.030 0.067 0.102 0.122 0.138 0.141 0.194 0.101 0.055 0.036 0.012 164 I 0.007 0.024 0.162 0.158 0.156 0.194 0.155 0.073 0.039 0.024 0.008 165 C 0.008 0.021 0.125 0.100 0.107 0.166 0.213 0.127 0.070 0.047 0.017 166 R 0.002 0.007 0.025 0.065 0.093 0.133 0.208 0.164 0.144 0.105 0.053 167 A 0.001 0.001 0.006 0.005 0.011 0.031 0.091 0.116 0.222 0.276 0.239 168 I 0.004 0.016 0.121 0.165 0.195 0.170 0.155 0.069 0.052 0.035 0.020 169 A 0.001 0.002 0.016 0.011 0.025 0.047 0.118 0.139 0.209 0.215 0.216 170 D 0.003 0.011 0.021 0.052 0.100 0.108 0.188 0.146 0.155 0.120 0.095 171 A 0.002 0.002 0.008 0.013 0.025 0.056 0.132 0.147 0.217 0.219 0.180 172 I 0.019 0.037 0.097 0.187 0.182 0.181 0.158 0.068 0.040 0.020 0.012 173 A 0.003 0.008 0.019 0.029 0.046 0.049 0.123 0.149 0.187 0.165 0.223 174 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.016 0.037 0.055 0.179 0.250 0.448 175 E 0.023 0.035 0.092 0.164 0.196 0.151 0.176 0.075 0.048 0.027 0.014 176 L 0.019 0.034 0.118 0.135 0.129 0.190 0.171 0.084 0.060 0.038 0.021 177 G 0.022 0.038 0.034 0.063 0.076 0.100 0.189 0.142 0.145 0.104 0.088 178 A 0.066 0.039 0.032 0.077 0.086 0.094 0.197 0.153 0.121 0.086 0.050 179 A 0.149 0.185 0.218 0.194 0.100 0.063 0.046 0.021 0.013 0.007 0.004 180 K 0.165 0.239 0.143 0.204 0.117 0.054 0.043 0.021 0.009 0.004 0.003 181 V 0.248 0.093 0.039 0.070 0.075 0.068 0.116 0.106 0.079 0.059 0.046