# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.403 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.006 0.003 0.054 0.016 0.019 0.031 0.002 0.001 0.002 0.829 2 S 0.004 0.001 0.001 0.035 0.016 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.917 3 K 0.037 0.001 0.003 0.443 0.062 0.046 0.100 0.001 0.001 0.005 0.302 4 I 0.004 0.001 0.001 0.818 0.029 0.017 0.082 0.001 0.001 0.001 0.050 5 I 0.001 0.001 0.001 0.966 0.009 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 6 C 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 7 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 8 T 0.001 0.001 0.001 0.907 0.006 0.013 0.017 0.001 0.001 0.001 0.056 9 A 0.001 0.001 0.001 0.483 0.009 0.019 0.078 0.001 0.001 0.004 0.405 10 G 0.007 0.001 0.001 0.130 0.006 0.007 0.460 0.001 0.001 0.011 0.378 11 H 0.137 0.001 0.002 0.063 0.006 0.008 0.249 0.001 0.001 0.045 0.491 12 S 0.099 0.004 0.001 0.058 0.012 0.016 0.124 0.001 0.001 0.014 0.671 13 N 0.090 0.005 0.004 0.025 0.020 0.027 0.145 0.001 0.001 0.015 0.667 14 T 0.124 0.013 0.010 0.037 0.021 0.040 0.154 0.002 0.001 0.016 0.583 15 D 0.049 0.013 0.004 0.021 0.050 0.062 0.237 0.002 0.001 0.008 0.555 16 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 17 G 0.026 0.008 0.001 0.025 0.063 0.115 0.265 0.001 0.001 0.006 0.489 18 A 0.375 0.014 0.004 0.031 0.060 0.071 0.127 0.001 0.001 0.010 0.306 19 V 0.055 0.078 0.002 0.054 0.139 0.165 0.094 0.001 0.001 0.005 0.406 20 N 0.034 0.052 0.004 0.044 0.107 0.154 0.118 0.003 0.001 0.009 0.474 21 G 0.078 0.023 0.005 0.024 0.023 0.037 0.107 0.002 0.001 0.013 0.686 22 S 0.090 0.009 0.008 0.007 0.010 0.014 0.234 0.001 0.001 0.017 0.609 23 D 0.038 0.007 0.004 0.005 0.007 0.011 0.149 0.001 0.001 0.010 0.769 24 R 0.013 0.022 0.003 0.006 0.014 0.028 0.251 0.001 0.001 0.005 0.657 25 E 0.032 0.043 0.002 0.004 0.007 0.023 0.519 0.001 0.001 0.004 0.365 26 A 0.166 0.298 0.001 0.005 0.016 0.033 0.117 0.001 0.001 0.002 0.361 27 D 0.016 0.658 0.001 0.002 0.007 0.007 0.031 0.001 0.001 0.001 0.277 28 L 0.018 0.764 0.004 0.002 0.004 0.004 0.056 0.001 0.001 0.001 0.146 29 A 0.007 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.034 30 Q 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 31 D 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 32 M 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 33 R 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 I 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 36 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 37 A 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 38 S 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 39 I 0.022 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 40 L 0.011 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 41 R 0.043 0.880 0.011 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.001 0.001 0.028 42 N 0.094 0.784 0.006 0.001 0.001 0.002 0.005 0.055 0.001 0.001 0.052 43 D 0.342 0.303 0.012 0.002 0.002 0.002 0.006 0.161 0.001 0.003 0.166 44 Y 0.297 0.076 0.207 0.013 0.008 0.007 0.046 0.045 0.001 0.006 0.296 45 G 0.096 0.017 0.134 0.062 0.045 0.039 0.126 0.012 0.001 0.008 0.461 46 L 0.044 0.010 0.038 0.151 0.208 0.203 0.075 0.002 0.001 0.009 0.260 47 T 0.006 0.005 0.003 0.205 0.199 0.228 0.044 0.001 0.001 0.002 0.307 48 V 0.009 0.002 0.001 0.135 0.306 0.370 0.015 0.001 0.001 0.001 0.162 49 K 0.004 0.002 0.001 0.138 0.342 0.423 0.013 0.001 0.001 0.001 0.078 50 T 0.003 0.001 0.001 0.055 0.344 0.415 0.020 0.001 0.001 0.001 0.161 51 D 0.003 0.001 0.001 0.066 0.302 0.375 0.048 0.001 0.001 0.004 0.199 52 G 0.015 0.001 0.002 0.029 0.100 0.120 0.187 0.001 0.001 0.021 0.525 53 T 0.030 0.001 0.002 0.015 0.034 0.043 0.335 0.001 0.001 0.041 0.498 54 G 0.111 0.002 0.003 0.009 0.016 0.021 0.242 0.001 0.001 0.063 0.532 55 K 0.112 0.004 0.006 0.008 0.016 0.017 0.300 0.001 0.001 0.036 0.501 56 G 0.076 0.007 0.010 0.017 0.038 0.058 0.271 0.001 0.001 0.021 0.501 57 N 0.051 0.011 0.008 0.019 0.058 0.162 0.206 0.002 0.001 0.016 0.466 58 M 0.027 0.014 0.006 0.016 0.091 0.157 0.142 0.001 0.001 0.003 0.544 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 60 L 0.010 0.008 0.001 0.007 0.013 0.058 0.113 0.001 0.001 0.002 0.788 61 R 0.088 0.118 0.001 0.009 0.013 0.027 0.075 0.001 0.001 0.002 0.666 62 D 0.082 0.426 0.003 0.009 0.014 0.020 0.058 0.001 0.001 0.001 0.386 63 A 0.055 0.761 0.003 0.005 0.010 0.012 0.030 0.001 0.001 0.001 0.123 64 V 0.026 0.915 0.001 0.002 0.008 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.035 65 K 0.027 0.921 0.002 0.001 0.004 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.030 66 L 0.033 0.919 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.024 67 I 0.207 0.662 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.090 0.001 0.001 0.031 68 R 0.256 0.371 0.016 0.005 0.002 0.003 0.008 0.265 0.001 0.001 0.073 69 G 0.471 0.071 0.061 0.022 0.007 0.006 0.015 0.125 0.001 0.005 0.216 70 S 0.087 0.015 0.633 0.071 0.014 0.009 0.031 0.007 0.001 0.003 0.129 71 D 0.005 0.001 0.005 0.568 0.109 0.027 0.164 0.001 0.001 0.003 0.116 72 V 0.004 0.001 0.004 0.700 0.026 0.026 0.101 0.001 0.001 0.004 0.134 73 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 74 I 0.001 0.001 0.001 0.960 0.006 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.014 75 E 0.001 0.001 0.001 0.973 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 76 F 0.001 0.001 0.001 0.845 0.022 0.036 0.019 0.001 0.001 0.001 0.075 77 H 0.002 0.002 0.001 0.657 0.040 0.072 0.065 0.001 0.001 0.006 0.156 78 T 0.025 0.004 0.001 0.303 0.048 0.081 0.148 0.001 0.001 0.006 0.384 79 N 0.054 0.012 0.001 0.109 0.038 0.068 0.129 0.002 0.001 0.011 0.575 80 A 0.125 0.026 0.003 0.039 0.018 0.043 0.100 0.004 0.001 0.009 0.632 81 A 0.093 0.061 0.002 0.020 0.012 0.028 0.267 0.011 0.001 0.007 0.499 82 A 0.218 0.064 0.008 0.021 0.007 0.018 0.161 0.021 0.001 0.011 0.472 83 N 0.289 0.109 0.009 0.018 0.014 0.020 0.061 0.023 0.001 0.013 0.444 84 K 0.208 0.033 0.107 0.023 0.010 0.012 0.060 0.005 0.001 0.011 0.531 85 T 0.042 0.020 0.010 0.028 0.018 0.023 0.333 0.004 0.001 0.009 0.512 86 A 0.140 0.018 0.025 0.065 0.048 0.080 0.124 0.004 0.001 0.023 0.473 87 T 0.046 0.021 0.003 0.070 0.099 0.120 0.236 0.003 0.001 0.009 0.392 88 G 0.077 0.010 0.012 0.113 0.087 0.146 0.106 0.002 0.001 0.014 0.433 89 I 0.040 0.013 0.005 0.146 0.312 0.262 0.058 0.001 0.001 0.003 0.162 90 E 0.008 0.008 0.002 0.168 0.255 0.282 0.050 0.001 0.001 0.004 0.222 91 A 0.031 0.006 0.001 0.134 0.226 0.291 0.018 0.001 0.001 0.001 0.294 92 L 0.010 0.006 0.001 0.157 0.274 0.433 0.016 0.001 0.001 0.002 0.100 93 S 0.012 0.006 0.002 0.075 0.241 0.332 0.054 0.001 0.001 0.004 0.272 94 T 0.013 0.006 0.002 0.077 0.187 0.361 0.084 0.001 0.001 0.003 0.267 95 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.965 96 K 0.014 0.003 0.001 0.010 0.013 0.030 0.378 0.001 0.001 0.009 0.541 97 N 0.227 0.012 0.003 0.011 0.007 0.016 0.193 0.001 0.001 0.018 0.513 98 K 0.203 0.059 0.007 0.012 0.008 0.013 0.123 0.001 0.001 0.009 0.565 99 R 0.073 0.071 0.015 0.010 0.008 0.013 0.307 0.002 0.001 0.007 0.495 100 W 0.077 0.150 0.009 0.012 0.012 0.025 0.140 0.002 0.001 0.006 0.567 101 C 0.052 0.405 0.005 0.010 0.019 0.030 0.089 0.003 0.001 0.003 0.383 102 Q 0.037 0.583 0.004 0.005 0.007 0.010 0.068 0.003 0.001 0.002 0.281 103 V 0.061 0.760 0.003 0.003 0.003 0.006 0.048 0.006 0.001 0.001 0.109 104 L 0.058 0.876 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 0.005 0.001 0.001 0.044 105 G 0.031 0.894 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.056 106 K 0.031 0.877 0.012 0.002 0.001 0.002 0.009 0.007 0.001 0.001 0.058 107 A 0.030 0.912 0.005 0.001 0.002 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.034 108 V 0.031 0.892 0.004 0.001 0.002 0.002 0.009 0.006 0.001 0.001 0.052 109 A 0.028 0.899 0.008 0.001 0.002 0.002 0.007 0.005 0.001 0.001 0.046 110 K 0.042 0.877 0.006 0.002 0.002 0.003 0.006 0.008 0.001 0.001 0.054 111 K 0.050 0.842 0.007 0.003 0.003 0.005 0.013 0.013 0.001 0.001 0.063 112 T 0.061 0.757 0.015 0.004 0.005 0.007 0.014 0.015 0.001 0.002 0.119 113 G 0.209 0.513 0.022 0.009 0.006 0.008 0.025 0.032 0.001 0.003 0.173 114 W 0.129 0.518 0.054 0.016 0.015 0.018 0.030 0.015 0.001 0.003 0.203 115 K 0.072 0.366 0.023 0.037 0.038 0.063 0.059 0.014 0.001 0.003 0.323 116 L 0.114 0.255 0.014 0.034 0.031 0.040 0.068 0.017 0.001 0.004 0.423 117 R 0.191 0.297 0.009 0.036 0.036 0.054 0.039 0.021 0.001 0.005 0.312 118 G 0.145 0.125 0.015 0.033 0.042 0.057 0.058 0.017 0.001 0.007 0.500 119 E 0.072 0.061 0.022 0.026 0.037 0.037 0.112 0.005 0.001 0.006 0.622 120 D 0.045 0.025 0.006 0.018 0.022 0.027 0.074 0.003 0.001 0.007 0.773 121 G 0.124 0.017 0.006 0.020 0.019 0.031 0.175 0.005 0.001 0.015 0.588 122 F 0.236 0.014 0.033 0.020 0.017 0.026 0.226 0.004 0.001 0.031 0.393 123 K 0.100 0.010 0.022 0.021 0.026 0.029 0.153 0.001 0.001 0.007 0.631 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 125 D 0.011 0.002 0.001 0.020 0.054 0.153 0.056 0.001 0.001 0.003 0.699 126 N 0.099 0.009 0.001 0.017 0.038 0.054 0.082 0.001 0.001 0.004 0.696 127 A 0.238 0.024 0.001 0.025 0.057 0.090 0.055 0.001 0.001 0.004 0.506 128 G 0.182 0.033 0.005 0.049 0.086 0.089 0.135 0.002 0.001 0.008 0.410 129 Q 0.104 0.011 0.002 0.078 0.079 0.080 0.168 0.002 0.001 0.008 0.468 130 H 0.062 0.014 0.012 0.116 0.068 0.100 0.071 0.001 0.001 0.006 0.550 131 S 0.007 0.006 0.002 0.431 0.252 0.193 0.046 0.001 0.001 0.004 0.059 132 R 0.006 0.009 0.002 0.264 0.083 0.106 0.086 0.001 0.001 0.003 0.441 133 L 0.005 0.006 0.001 0.592 0.090 0.226 0.012 0.001 0.001 0.001 0.069 134 A 0.003 0.019 0.001 0.487 0.083 0.160 0.062 0.001 0.001 0.005 0.180 135 Y 0.020 0.016 0.001 0.280 0.081 0.150 0.087 0.002 0.001 0.004 0.359 136 A 0.034 0.018 0.002 0.157 0.038 0.088 0.096 0.002 0.001 0.006 0.559 137 Q 0.058 0.009 0.003 0.048 0.024 0.057 0.148 0.006 0.001 0.018 0.630 138 A 0.196 0.011 0.018 0.054 0.023 0.042 0.090 0.003 0.001 0.012 0.550 139 G 0.008 0.002 0.002 0.023 0.011 0.015 0.019 0.001 0.001 0.001 0.918 140 G 0.025 0.008 0.005 0.085 0.073 0.137 0.074 0.001 0.001 0.008 0.582 141 I 0.064 0.019 0.002 0.213 0.177 0.181 0.055 0.001 0.001 0.003 0.286 142 V 0.044 0.023 0.002 0.254 0.131 0.238 0.044 0.001 0.001 0.004 0.258 143 F 0.025 0.024 0.002 0.279 0.237 0.278 0.026 0.001 0.001 0.003 0.126 144 E 0.010 0.009 0.001 0.256 0.204 0.288 0.036 0.001 0.001 0.002 0.193 145 P 0.005 0.003 0.001 0.092 0.044 0.084 0.020 0.001 0.001 0.001 0.750 146 F 0.013 0.003 0.001 0.286 0.202 0.312 0.052 0.001 0.001 0.004 0.128 147 F 0.030 0.007 0.001 0.160 0.105 0.185 0.075 0.001 0.001 0.006 0.429 148 I 0.041 0.011 0.001 0.329 0.139 0.285 0.035 0.001 0.001 0.002 0.156 149 S 0.015 0.012 0.003 0.117 0.054 0.119 0.212 0.001 0.001 0.006 0.460 150 N 0.030 0.010 0.004 0.033 0.020 0.039 0.333 0.001 0.001 0.012 0.518 151 D 0.010 0.005 0.001 0.007 0.003 0.004 0.169 0.001 0.001 0.003 0.796 152 T 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.582 0.001 0.001 0.004 0.399 153 D 0.067 0.023 0.001 0.003 0.001 0.003 0.696 0.001 0.001 0.005 0.201 154 L 0.030 0.844 0.001 0.001 0.007 0.006 0.045 0.001 0.001 0.002 0.064 155 A 0.011 0.926 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.044 156 L 0.039 0.878 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.008 0.001 0.001 0.052 157 F 0.155 0.807 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.019 158 K 0.176 0.673 0.011 0.002 0.002 0.003 0.010 0.069 0.001 0.001 0.055 159 T 0.080 0.507 0.147 0.003 0.005 0.006 0.021 0.058 0.001 0.002 0.170 160 T 0.100 0.247 0.030 0.005 0.003 0.005 0.035 0.021 0.001 0.003 0.552 161 K 0.027 0.125 0.007 0.002 0.002 0.002 0.328 0.005 0.001 0.002 0.500 162 W 0.047 0.127 0.009 0.004 0.002 0.005 0.404 0.004 0.001 0.004 0.393 163 G 0.120 0.404 0.004 0.006 0.004 0.009 0.130 0.005 0.001 0.004 0.314 164 I 0.052 0.637 0.009 0.004 0.005 0.006 0.044 0.002 0.001 0.001 0.241 165 C 0.011 0.816 0.003 0.002 0.005 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.140 166 R 0.011 0.904 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.064 167 A 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 168 I 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 169 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 170 D 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 171 A 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 172 I 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 173 A 0.008 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 174 M 0.010 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 175 E 0.006 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 176 L 0.009 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.020 177 G 0.052 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.030 178 A 0.067 0.856 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.036 179 A 0.039 0.740 0.032 0.003 0.004 0.006 0.018 0.019 0.001 0.001 0.137 180 K 0.238 0.369 0.046 0.008 0.006 0.009 0.046 0.041 0.001 0.005 0.234 181 V 0.215 0.498 0.034 0.012 0.011 0.011 0.018 0.014 0.001 0.002 0.184