# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.403 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.007 0.033 0.026 0.033 0.042 0.007 0.797 2 S 0.021 0.002 0.044 0.028 0.024 0.072 0.004 0.805 3 K 0.078 0.003 0.199 0.068 0.063 0.084 0.010 0.496 4 I 0.031 0.003 0.686 0.024 0.025 0.120 0.002 0.109 5 I 0.001 0.001 0.947 0.009 0.010 0.015 0.001 0.016 6 C 0.001 0.001 0.979 0.006 0.012 0.002 0.001 0.001 7 L 0.001 0.001 0.976 0.005 0.006 0.003 0.001 0.009 8 T 0.001 0.001 0.907 0.012 0.023 0.022 0.001 0.035 9 A 0.001 0.001 0.333 0.014 0.034 0.176 0.001 0.440 10 G 0.004 0.001 0.149 0.012 0.024 0.381 0.007 0.424 11 H 0.115 0.001 0.087 0.014 0.020 0.180 0.018 0.564 12 S 0.119 0.009 0.028 0.014 0.020 0.228 0.008 0.576 13 N 0.115 0.004 0.022 0.021 0.031 0.205 0.010 0.592 14 T 0.203 0.005 0.013 0.014 0.016 0.188 0.020 0.541 15 D 0.257 0.009 0.023 0.053 0.065 0.223 0.008 0.362 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 17 G 0.024 0.007 0.019 0.032 0.077 0.383 0.005 0.453 18 A 0.459 0.010 0.038 0.035 0.044 0.084 0.018 0.311 19 V 0.129 0.058 0.076 0.140 0.149 0.079 0.010 0.359 20 N 0.066 0.046 0.053 0.057 0.105 0.115 0.010 0.548 21 G 0.092 0.020 0.051 0.030 0.061 0.121 0.022 0.603 22 S 0.068 0.010 0.030 0.020 0.029 0.229 0.020 0.595 23 D 0.047 0.008 0.023 0.011 0.015 0.185 0.008 0.702 24 R 0.023 0.017 0.020 0.015 0.020 0.364 0.004 0.537 25 E 0.028 0.049 0.019 0.009 0.020 0.316 0.003 0.555 26 A 0.038 0.292 0.020 0.012 0.031 0.182 0.004 0.422 27 D 0.025 0.671 0.007 0.004 0.013 0.073 0.003 0.205 28 L 0.014 0.906 0.003 0.001 0.003 0.009 0.002 0.063 29 A 0.006 0.959 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.022 30 Q 0.008 0.953 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.023 31 D 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 32 M 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 33 R 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 34 N 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.011 35 I 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 36 V 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 37 A 0.005 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 38 S 0.006 0.967 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.015 39 I 0.018 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 40 L 0.014 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 41 R 0.063 0.885 0.007 0.001 0.001 0.004 0.018 0.022 42 N 0.098 0.755 0.011 0.002 0.001 0.004 0.073 0.056 43 D 0.282 0.443 0.029 0.004 0.003 0.010 0.125 0.103 44 Y 0.270 0.081 0.148 0.023 0.009 0.060 0.119 0.289 45 G 0.051 0.015 0.485 0.060 0.023 0.087 0.014 0.266 46 L 0.022 0.004 0.233 0.266 0.173 0.065 0.006 0.231 47 T 0.010 0.003 0.170 0.219 0.231 0.051 0.002 0.314 48 V 0.003 0.001 0.208 0.270 0.360 0.015 0.001 0.142 49 K 0.001 0.001 0.145 0.333 0.444 0.011 0.001 0.064 50 T 0.003 0.002 0.091 0.313 0.340 0.031 0.002 0.219 51 D 0.003 0.002 0.115 0.221 0.427 0.039 0.003 0.189 52 G 0.008 0.002 0.050 0.136 0.198 0.154 0.008 0.444 53 T 0.030 0.003 0.050 0.060 0.096 0.225 0.015 0.522 54 G 0.035 0.004 0.027 0.023 0.050 0.150 0.014 0.697 55 K 0.113 0.006 0.021 0.019 0.033 0.324 0.022 0.462 56 G 0.181 0.005 0.026 0.023 0.025 0.236 0.020 0.484 57 N 0.075 0.011 0.032 0.024 0.044 0.211 0.011 0.591 58 M 0.072 0.010 0.035 0.032 0.057 0.192 0.003 0.599 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 60 L 0.014 0.013 0.018 0.008 0.039 0.230 0.002 0.676 61 R 0.089 0.181 0.015 0.005 0.023 0.097 0.004 0.586 62 D 0.021 0.513 0.011 0.004 0.016 0.136 0.002 0.297 63 A 0.011 0.832 0.003 0.002 0.005 0.032 0.001 0.115 64 V 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 65 K 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 66 L 0.015 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 67 I 0.064 0.904 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 68 R 0.126 0.642 0.013 0.004 0.003 0.007 0.133 0.072 69 G 0.298 0.110 0.116 0.011 0.005 0.031 0.153 0.277 70 S 0.161 0.030 0.305 0.038 0.016 0.067 0.044 0.340 71 D 0.043 0.007 0.508 0.080 0.043 0.094 0.008 0.218 72 V 0.008 0.002 0.564 0.105 0.080 0.058 0.002 0.180 73 A 0.002 0.001 0.767 0.082 0.107 0.013 0.001 0.028 74 I 0.001 0.001 0.668 0.125 0.126 0.019 0.001 0.061 75 E 0.001 0.001 0.759 0.077 0.130 0.009 0.001 0.024 76 F 0.001 0.001 0.642 0.099 0.131 0.027 0.001 0.098 77 H 0.003 0.002 0.485 0.085 0.224 0.061 0.003 0.136 78 T 0.011 0.010 0.265 0.128 0.188 0.113 0.005 0.280 79 N 0.016 0.021 0.081 0.057 0.144 0.156 0.007 0.518 80 A 0.094 0.029 0.048 0.035 0.106 0.136 0.014 0.538 81 A 0.123 0.074 0.040 0.034 0.070 0.293 0.016 0.350 82 A 0.160 0.048 0.020 0.022 0.034 0.156 0.023 0.538 83 N 0.207 0.093 0.019 0.021 0.039 0.081 0.018 0.522 84 K 0.151 0.038 0.023 0.021 0.026 0.073 0.018 0.649 85 T 0.144 0.028 0.032 0.039 0.035 0.236 0.023 0.465 86 A 0.163 0.033 0.075 0.061 0.080 0.102 0.020 0.466 87 T 0.058 0.025 0.103 0.141 0.149 0.231 0.013 0.279 88 G 0.092 0.010 0.119 0.093 0.128 0.110 0.020 0.428 89 I 0.027 0.008 0.206 0.259 0.289 0.045 0.005 0.160 90 E 0.006 0.004 0.124 0.335 0.309 0.054 0.002 0.166 91 A 0.007 0.007 0.089 0.274 0.366 0.025 0.002 0.230 92 L 0.006 0.004 0.106 0.259 0.530 0.012 0.002 0.081 93 S 0.009 0.009 0.082 0.253 0.384 0.029 0.005 0.229 94 T 0.019 0.009 0.066 0.216 0.342 0.054 0.005 0.289 95 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.988 96 K 0.011 0.003 0.011 0.010 0.037 0.192 0.004 0.732 97 N 0.172 0.013 0.018 0.008 0.024 0.188 0.015 0.562 98 K 0.144 0.049 0.016 0.006 0.018 0.113 0.009 0.644 99 R 0.054 0.058 0.010 0.005 0.009 0.339 0.006 0.519 100 W 0.102 0.163 0.016 0.005 0.017 0.234 0.010 0.453 101 C 0.049 0.488 0.012 0.005 0.017 0.088 0.005 0.337 102 Q 0.031 0.603 0.006 0.003 0.008 0.121 0.006 0.222 103 V 0.023 0.862 0.003 0.001 0.004 0.021 0.004 0.082 104 L 0.015 0.944 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.030 105 G 0.028 0.894 0.002 0.001 0.002 0.018 0.007 0.047 106 K 0.039 0.893 0.004 0.001 0.002 0.009 0.012 0.041 107 A 0.031 0.930 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.025 108 V 0.033 0.888 0.005 0.002 0.002 0.010 0.010 0.051 109 A 0.041 0.834 0.013 0.003 0.003 0.016 0.012 0.079 110 K 0.053 0.847 0.011 0.004 0.005 0.010 0.010 0.059 111 K 0.052 0.808 0.017 0.005 0.008 0.014 0.014 0.081 112 T 0.063 0.651 0.030 0.009 0.011 0.024 0.027 0.185 113 G 0.145 0.403 0.044 0.015 0.017 0.050 0.044 0.282 114 W 0.124 0.358 0.072 0.036 0.035 0.076 0.025 0.273 115 K 0.070 0.273 0.112 0.077 0.071 0.085 0.016 0.297 116 L 0.071 0.280 0.043 0.048 0.063 0.053 0.017 0.423 117 R 0.126 0.246 0.054 0.054 0.100 0.040 0.024 0.357 118 G 0.114 0.133 0.059 0.069 0.085 0.064 0.030 0.446 119 E 0.078 0.058 0.052 0.051 0.056 0.095 0.025 0.585 120 D 0.103 0.036 0.039 0.046 0.055 0.108 0.022 0.592 121 G 0.101 0.024 0.033 0.031 0.046 0.134 0.020 0.611 122 F 0.116 0.019 0.043 0.030 0.046 0.142 0.024 0.581 123 K 0.121 0.013 0.043 0.043 0.053 0.116 0.008 0.603 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 125 D 0.028 0.004 0.034 0.052 0.124 0.130 0.004 0.623 126 N 0.115 0.012 0.023 0.037 0.040 0.091 0.008 0.674 127 A 0.083 0.028 0.043 0.050 0.095 0.098 0.009 0.594 128 G 0.105 0.023 0.075 0.078 0.110 0.150 0.014 0.445 129 Q 0.139 0.014 0.049 0.078 0.080 0.137 0.018 0.485 130 H 0.046 0.019 0.080 0.134 0.242 0.062 0.008 0.408 131 S 0.017 0.010 0.120 0.348 0.333 0.054 0.003 0.114 132 R 0.011 0.019 0.124 0.207 0.318 0.050 0.003 0.269 133 L 0.008 0.018 0.151 0.277 0.447 0.013 0.002 0.084 134 A 0.013 0.035 0.135 0.195 0.404 0.028 0.005 0.185 135 Y 0.037 0.050 0.104 0.170 0.264 0.049 0.016 0.310 136 A 0.073 0.036 0.061 0.091 0.154 0.101 0.022 0.462 137 Q 0.100 0.034 0.048 0.052 0.111 0.106 0.020 0.528 138 A 0.087 0.034 0.041 0.047 0.111 0.098 0.010 0.572 139 G 0.033 0.022 0.020 0.032 0.066 0.074 0.006 0.746 140 G 0.082 0.052 0.080 0.051 0.094 0.101 0.010 0.530 141 I 0.180 0.132 0.115 0.110 0.120 0.051 0.009 0.285 142 V 0.039 0.109 0.276 0.141 0.240 0.020 0.005 0.171 143 F 0.014 0.048 0.269 0.197 0.311 0.007 0.006 0.148 144 E 0.018 0.017 0.319 0.218 0.307 0.022 0.005 0.094 145 P 0.004 0.007 0.040 0.047 0.037 0.014 0.003 0.848 146 F 0.009 0.003 0.220 0.131 0.455 0.020 0.003 0.157 147 F 0.029 0.013 0.202 0.155 0.167 0.042 0.007 0.384 148 I 0.029 0.010 0.170 0.145 0.297 0.022 0.004 0.323 149 S 0.035 0.012 0.069 0.087 0.125 0.226 0.005 0.441 150 N 0.031 0.008 0.025 0.015 0.063 0.212 0.005 0.642 151 D 0.006 0.004 0.009 0.002 0.013 0.085 0.003 0.878 152 T 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.676 0.004 0.309 153 D 0.122 0.041 0.003 0.001 0.003 0.644 0.011 0.175 154 L 0.024 0.886 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.070 155 A 0.014 0.891 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.052 156 L 0.186 0.674 0.002 0.002 0.004 0.038 0.036 0.057 157 F 0.295 0.653 0.001 0.002 0.003 0.002 0.025 0.020 158 K 0.284 0.549 0.006 0.003 0.003 0.007 0.062 0.086 159 T 0.163 0.342 0.070 0.005 0.006 0.027 0.080 0.307 160 T 0.066 0.152 0.065 0.004 0.005 0.037 0.017 0.654 161 K 0.018 0.076 0.017 0.002 0.003 0.244 0.006 0.634 162 W 0.054 0.124 0.037 0.002 0.003 0.531 0.008 0.241 163 G 0.074 0.567 0.014 0.002 0.004 0.128 0.005 0.206 164 I 0.014 0.839 0.005 0.001 0.003 0.025 0.002 0.112 165 C 0.004 0.938 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.048 166 R 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.018 167 A 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 168 I 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 169 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 170 D 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 171 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 172 I 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 173 A 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 174 M 0.004 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 175 E 0.003 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 176 L 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 177 G 0.029 0.945 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.013 178 A 0.038 0.919 0.009 0.001 0.001 0.003 0.010 0.019 179 A 0.045 0.805 0.019 0.004 0.003 0.014 0.023 0.087 180 K 0.177 0.521 0.026 0.005 0.004 0.029 0.050 0.187 181 V 0.150 0.586 0.047 0.008 0.009 0.021 0.020 0.158