# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.403 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.378 0.237 0.088 0.087 0.028 0.046 0.010 0.057 0.008 0.001 2 S 0.062 0.229 0.478 0.067 0.068 0.042 0.025 0.002 0.019 0.003 0.006 3 K 0.029 0.564 0.206 0.050 0.089 0.029 0.008 0.002 0.019 0.001 0.001 4 I 0.008 0.804 0.121 0.007 0.037 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 5 I 0.005 0.792 0.124 0.005 0.023 0.041 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 6 C 0.007 0.683 0.178 0.006 0.025 0.079 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 7 L 0.019 0.664 0.136 0.022 0.063 0.057 0.003 0.001 0.034 0.002 0.001 8 T 0.007 0.207 0.374 0.013 0.039 0.149 0.030 0.001 0.174 0.006 0.002 9 A 0.580 0.017 0.191 0.114 0.016 0.008 0.007 0.001 0.012 0.026 0.027 10 G 0.106 0.010 0.053 0.215 0.034 0.025 0.183 0.211 0.007 0.156 0.001 11 H 0.087 0.057 0.129 0.423 0.043 0.011 0.089 0.080 0.016 0.061 0.004 12 S 0.037 0.021 0.144 0.083 0.033 0.012 0.150 0.273 0.005 0.240 0.001 13 N 0.044 0.073 0.180 0.094 0.136 0.040 0.054 0.172 0.013 0.192 0.003 14 T 0.104 0.257 0.418 0.101 0.044 0.035 0.005 0.003 0.018 0.014 0.003 15 D 0.019 0.128 0.518 0.012 0.025 0.083 0.011 0.001 0.190 0.011 0.003 16 P 0.693 0.003 0.170 0.051 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.068 17 G 0.209 0.008 0.032 0.127 0.043 0.014 0.056 0.415 0.003 0.094 0.001 18 A 0.308 0.081 0.250 0.254 0.033 0.026 0.016 0.006 0.018 0.006 0.001 19 V 0.346 0.241 0.210 0.136 0.011 0.012 0.012 0.002 0.026 0.003 0.001 20 N 0.105 0.051 0.242 0.179 0.060 0.029 0.237 0.022 0.016 0.057 0.002 21 G 0.025 0.008 0.043 0.037 0.047 0.006 0.079 0.481 0.002 0.271 0.001 22 S 0.136 0.106 0.358 0.118 0.091 0.035 0.041 0.044 0.016 0.055 0.001 23 D 0.237 0.132 0.448 0.071 0.034 0.040 0.010 0.002 0.016 0.007 0.002 24 R 0.557 0.106 0.170 0.089 0.032 0.025 0.006 0.001 0.009 0.003 0.001 25 E 0.778 0.049 0.103 0.018 0.022 0.015 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 26 A 0.972 0.004 0.017 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.971 0.004 0.007 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.983 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 I 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.976 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.933 0.002 0.003 0.057 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 42 N 0.689 0.009 0.023 0.244 0.004 0.007 0.020 0.002 0.003 0.001 0.001 43 D 0.385 0.017 0.054 0.435 0.006 0.011 0.076 0.005 0.007 0.002 0.001 44 Y 0.067 0.021 0.068 0.343 0.012 0.010 0.431 0.036 0.005 0.007 0.001 45 G 0.032 0.079 0.163 0.038 0.098 0.021 0.255 0.227 0.009 0.076 0.001 46 L 0.035 0.422 0.414 0.035 0.045 0.034 0.003 0.001 0.008 0.001 0.002 47 T 0.015 0.774 0.137 0.008 0.037 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 48 V 0.010 0.703 0.199 0.004 0.037 0.032 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 49 K 0.014 0.668 0.197 0.007 0.042 0.048 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 50 T 0.027 0.613 0.173 0.017 0.074 0.042 0.004 0.001 0.049 0.001 0.001 51 D 0.068 0.401 0.230 0.087 0.107 0.033 0.027 0.002 0.040 0.005 0.001 52 G 0.074 0.073 0.085 0.091 0.202 0.037 0.101 0.110 0.031 0.195 0.001 53 T 0.190 0.107 0.173 0.373 0.062 0.018 0.038 0.008 0.014 0.015 0.001 54 G 0.095 0.033 0.055 0.116 0.065 0.021 0.123 0.278 0.009 0.206 0.001 55 K 0.172 0.169 0.184 0.364 0.038 0.017 0.030 0.006 0.012 0.006 0.002 56 G 0.118 0.092 0.186 0.153 0.086 0.035 0.141 0.094 0.013 0.081 0.002 57 N 0.141 0.187 0.310 0.176 0.062 0.047 0.035 0.010 0.020 0.008 0.003 58 M 0.067 0.202 0.548 0.008 0.029 0.011 0.005 0.001 0.122 0.005 0.001 59 P 0.187 0.005 0.741 0.008 0.003 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 60 L 0.546 0.071 0.259 0.059 0.017 0.035 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 61 R 0.807 0.057 0.083 0.022 0.011 0.012 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 62 D 0.949 0.012 0.014 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 63 A 0.966 0.011 0.006 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 V 0.975 0.011 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.981 0.004 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.927 0.008 0.006 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 I 0.874 0.019 0.016 0.072 0.005 0.002 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 68 R 0.210 0.014 0.072 0.583 0.003 0.005 0.105 0.001 0.005 0.001 0.001 69 G 0.009 0.002 0.009 0.015 0.008 0.002 0.219 0.682 0.001 0.055 0.001 70 S 0.064 0.213 0.571 0.058 0.040 0.022 0.014 0.003 0.012 0.002 0.001 71 D 0.054 0.228 0.477 0.068 0.047 0.090 0.019 0.002 0.013 0.002 0.002 72 V 0.020 0.805 0.074 0.013 0.067 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 73 A 0.017 0.765 0.133 0.004 0.036 0.038 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 74 I 0.013 0.829 0.093 0.003 0.024 0.028 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 75 E 0.023 0.705 0.131 0.005 0.070 0.037 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 76 F 0.064 0.658 0.096 0.016 0.106 0.028 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 77 H 0.124 0.481 0.162 0.037 0.103 0.048 0.008 0.001 0.035 0.001 0.001 78 T 0.425 0.220 0.156 0.076 0.058 0.034 0.006 0.001 0.021 0.002 0.001 79 N 0.398 0.095 0.145 0.164 0.054 0.050 0.054 0.004 0.029 0.006 0.001 80 A 0.558 0.073 0.062 0.199 0.039 0.014 0.023 0.010 0.015 0.007 0.001 81 A 0.395 0.083 0.110 0.274 0.036 0.021 0.039 0.007 0.025 0.008 0.001 82 A 0.397 0.068 0.178 0.217 0.028 0.022 0.053 0.008 0.015 0.011 0.002 83 N 0.165 0.060 0.190 0.203 0.053 0.062 0.160 0.029 0.034 0.043 0.001 84 K 0.463 0.062 0.209 0.180 0.022 0.018 0.018 0.005 0.014 0.007 0.003 85 T 0.295 0.133 0.192 0.244 0.037 0.034 0.029 0.007 0.021 0.006 0.001 86 A 0.212 0.249 0.231 0.144 0.051 0.036 0.027 0.008 0.033 0.006 0.003 87 T 0.141 0.193 0.280 0.203 0.055 0.016 0.078 0.009 0.014 0.008 0.001 88 G 0.031 0.054 0.090 0.030 0.230 0.019 0.104 0.292 0.012 0.139 0.001 89 I 0.049 0.529 0.335 0.018 0.042 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 90 E 0.028 0.681 0.194 0.008 0.046 0.029 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 91 A 0.019 0.744 0.164 0.008 0.032 0.022 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 92 L 0.022 0.704 0.126 0.012 0.089 0.022 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 93 S 0.028 0.523 0.245 0.028 0.083 0.060 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 94 T 0.010 0.325 0.413 0.004 0.041 0.029 0.005 0.001 0.171 0.003 0.001 95 P 0.423 0.006 0.467 0.021 0.005 0.023 0.002 0.001 0.004 0.003 0.047 96 K 0.474 0.049 0.114 0.258 0.029 0.032 0.022 0.010 0.008 0.003 0.001 97 N 0.265 0.057 0.133 0.346 0.034 0.046 0.073 0.014 0.019 0.011 0.001 98 K 0.578 0.037 0.145 0.125 0.018 0.023 0.048 0.009 0.008 0.008 0.001 99 R 0.669 0.039 0.095 0.130 0.011 0.030 0.015 0.003 0.006 0.002 0.001 100 W 0.767 0.043 0.066 0.076 0.011 0.021 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 101 C 0.941 0.013 0.018 0.017 0.004 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 102 Q 0.972 0.005 0.004 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 V 0.968 0.006 0.004 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 L 0.958 0.004 0.006 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.969 0.001 0.003 0.010 0.003 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 106 K 0.970 0.005 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.975 0.004 0.004 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 V 0.971 0.007 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.961 0.007 0.008 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 K 0.921 0.016 0.013 0.043 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 111 K 0.890 0.016 0.019 0.049 0.008 0.004 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 112 T 0.566 0.024 0.069 0.281 0.009 0.007 0.037 0.002 0.005 0.001 0.001 113 G 0.335 0.016 0.047 0.064 0.053 0.011 0.148 0.250 0.004 0.072 0.001 114 W 0.486 0.127 0.193 0.138 0.020 0.018 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 115 K 0.463 0.186 0.185 0.078 0.027 0.024 0.013 0.001 0.020 0.002 0.001 116 L 0.299 0.242 0.206 0.102 0.045 0.050 0.014 0.001 0.038 0.002 0.002 117 R 0.227 0.178 0.253 0.214 0.044 0.020 0.028 0.003 0.030 0.003 0.002 118 G 0.059 0.024 0.081 0.053 0.103 0.015 0.072 0.291 0.008 0.294 0.001 119 E 0.281 0.170 0.259 0.152 0.049 0.031 0.019 0.006 0.022 0.011 0.002 120 D 0.148 0.110 0.234 0.349 0.026 0.029 0.069 0.006 0.016 0.010 0.001 121 G 0.086 0.022 0.063 0.066 0.058 0.018 0.151 0.338 0.005 0.193 0.001 122 F 0.156 0.164 0.256 0.291 0.052 0.028 0.024 0.007 0.017 0.004 0.002 123 K 0.029 0.255 0.466 0.011 0.043 0.014 0.011 0.002 0.158 0.010 0.001 124 P 0.184 0.016 0.693 0.019 0.005 0.027 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 125 D 0.228 0.226 0.316 0.118 0.039 0.033 0.008 0.004 0.025 0.002 0.002 126 N 0.223 0.186 0.327 0.106 0.063 0.036 0.017 0.004 0.031 0.006 0.003 127 A 0.121 0.208 0.281 0.199 0.070 0.033 0.038 0.007 0.036 0.004 0.002 128 G 0.114 0.190 0.236 0.068 0.132 0.025 0.055 0.096 0.018 0.065 0.001 129 Q 0.137 0.230 0.310 0.130 0.096 0.041 0.030 0.005 0.015 0.005 0.002 130 H 0.055 0.588 0.136 0.068 0.107 0.015 0.009 0.002 0.018 0.001 0.001 131 S 0.029 0.658 0.181 0.010 0.087 0.020 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 132 R 0.015 0.782 0.143 0.004 0.013 0.037 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 133 L 0.037 0.594 0.251 0.007 0.030 0.057 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 134 A 0.091 0.532 0.191 0.036 0.073 0.035 0.006 0.001 0.033 0.001 0.001 135 Y 0.098 0.309 0.204 0.057 0.169 0.048 0.050 0.004 0.053 0.008 0.001 136 A 0.340 0.174 0.231 0.108 0.057 0.031 0.024 0.004 0.022 0.007 0.003 137 Q 0.191 0.178 0.147 0.277 0.073 0.036 0.046 0.011 0.031 0.009 0.001 138 A 0.117 0.231 0.309 0.134 0.062 0.039 0.060 0.008 0.032 0.006 0.002 139 G 0.155 0.205 0.325 0.117 0.082 0.031 0.051 0.009 0.017 0.006 0.002 140 G 0.090 0.407 0.169 0.048 0.218 0.025 0.013 0.012 0.013 0.005 0.001 141 I 0.027 0.809 0.107 0.008 0.033 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 142 V 0.040 0.703 0.170 0.008 0.024 0.047 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 143 F 0.081 0.612 0.124 0.022 0.097 0.028 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 144 E 0.023 0.423 0.315 0.004 0.050 0.021 0.004 0.001 0.157 0.001 0.001 145 P 0.125 0.010 0.778 0.016 0.004 0.030 0.004 0.001 0.003 0.001 0.029 146 F 0.135 0.295 0.178 0.095 0.146 0.030 0.025 0.063 0.023 0.010 0.001 147 F 0.106 0.278 0.362 0.063 0.088 0.068 0.010 0.002 0.021 0.002 0.001 148 I 0.160 0.496 0.161 0.066 0.035 0.044 0.009 0.001 0.026 0.001 0.002 149 S 0.152 0.206 0.244 0.198 0.093 0.064 0.012 0.003 0.022 0.006 0.002 150 N 0.016 0.133 0.328 0.028 0.091 0.094 0.019 0.001 0.269 0.020 0.001 151 D 0.899 0.001 0.068 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 152 T 0.965 0.001 0.004 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 D 0.892 0.004 0.005 0.091 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.959 0.008 0.008 0.020 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.989 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 L 0.943 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 F 0.701 0.008 0.013 0.255 0.001 0.002 0.016 0.001 0.004 0.001 0.001 158 K 0.557 0.046 0.084 0.164 0.007 0.018 0.107 0.002 0.012 0.001 0.001 159 T 0.289 0.103 0.264 0.118 0.016 0.094 0.072 0.002 0.036 0.003 0.001 160 T 0.866 0.008 0.065 0.044 0.003 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 161 K 0.883 0.008 0.016 0.069 0.005 0.010 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 162 W 0.632 0.014 0.029 0.292 0.004 0.007 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 163 G 0.704 0.017 0.049 0.041 0.018 0.014 0.094 0.046 0.005 0.011 0.001 164 I 0.914 0.031 0.030 0.016 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 C 0.938 0.017 0.016 0.016 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 166 R 0.952 0.020 0.006 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 167 A 0.969 0.011 0.007 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 I 0.980 0.010 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 A 0.978 0.003 0.003 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 D 0.988 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 A 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 I 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 A 0.990 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 M 0.994 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 E 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 L 0.946 0.002 0.003 0.043 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 G 0.829 0.006 0.012 0.120 0.007 0.003 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 178 A 0.721 0.023 0.058 0.166 0.008 0.007 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 179 A 0.664 0.039 0.069 0.165 0.012 0.009 0.031 0.002 0.007 0.001 0.001 180 K 0.358 0.120 0.173 0.194 0.033 0.054 0.047 0.003 0.018 0.001 0.001 181 V 0.261 0.288 0.266 0.084 0.029 0.036 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001