# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.403 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.206 0.101 0.030 0.301 0.025 0.039 0.026 0.035 0.054 0.045 2 S 0.140 0.199 0.084 0.049 0.247 0.061 0.061 0.023 0.016 0.063 0.057 3 K 0.217 0.162 0.020 0.004 0.555 0.004 0.009 0.003 0.004 0.007 0.015 4 I 0.172 0.037 0.001 0.001 0.786 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.213 0.024 0.001 0.001 0.757 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 6 C 0.387 0.027 0.003 0.001 0.484 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.091 7 L 0.230 0.157 0.047 0.037 0.308 0.033 0.020 0.004 0.004 0.034 0.127 8 T 0.128 0.297 0.218 0.015 0.290 0.003 0.003 0.003 0.002 0.012 0.029 9 A 0.054 0.125 0.048 0.046 0.068 0.057 0.099 0.120 0.270 0.070 0.043 10 G 0.038 0.104 0.125 0.186 0.059 0.094 0.105 0.045 0.046 0.152 0.045 11 H 0.099 0.103 0.079 0.079 0.118 0.036 0.046 0.073 0.082 0.216 0.070 12 S 0.053 0.121 0.135 0.140 0.100 0.064 0.066 0.059 0.085 0.129 0.049 13 N 0.110 0.118 0.119 0.051 0.191 0.030 0.049 0.089 0.078 0.117 0.047 14 T 0.073 0.118 0.133 0.053 0.132 0.039 0.080 0.104 0.089 0.137 0.043 15 D 0.174 0.140 0.177 0.032 0.309 0.017 0.011 0.044 0.027 0.035 0.034 16 P 0.019 0.177 0.059 0.031 0.045 0.051 0.128 0.260 0.185 0.027 0.018 17 G 0.041 0.046 0.054 0.086 0.049 0.033 0.034 0.065 0.066 0.378 0.147 18 A 0.185 0.200 0.075 0.006 0.302 0.005 0.012 0.067 0.028 0.064 0.056 19 V 0.073 0.111 0.109 0.132 0.096 0.098 0.055 0.140 0.047 0.071 0.068 20 N 0.027 0.161 0.121 0.267 0.048 0.127 0.125 0.062 0.025 0.026 0.012 21 G 0.024 0.023 0.049 0.183 0.023 0.046 0.024 0.072 0.067 0.410 0.079 22 S 0.041 0.263 0.213 0.043 0.116 0.015 0.019 0.099 0.076 0.085 0.030 23 D 0.072 0.109 0.034 0.012 0.108 0.014 0.037 0.334 0.156 0.081 0.043 24 R 0.042 0.128 0.048 0.015 0.085 0.019 0.036 0.410 0.113 0.077 0.028 25 E 0.101 0.045 0.011 0.005 0.124 0.007 0.012 0.534 0.093 0.048 0.020 26 A 0.016 0.034 0.006 0.002 0.030 0.004 0.011 0.804 0.074 0.014 0.006 27 D 0.020 0.012 0.003 0.002 0.019 0.003 0.009 0.830 0.063 0.028 0.011 28 L 0.005 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.911 0.051 0.010 0.002 29 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.031 0.005 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.023 0.001 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.003 0.001 32 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 34 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.012 0.001 0.001 35 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 0.001 36 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 38 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 39 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.022 0.005 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.918 0.074 0.005 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.837 0.134 0.003 0.001 42 N 0.004 0.008 0.013 0.002 0.004 0.005 0.202 0.583 0.135 0.042 0.002 43 D 0.037 0.250 0.148 0.022 0.072 0.021 0.056 0.137 0.058 0.167 0.032 44 Y 0.069 0.181 0.075 0.055 0.098 0.030 0.042 0.049 0.041 0.241 0.120 45 G 0.070 0.180 0.090 0.069 0.112 0.029 0.031 0.030 0.027 0.242 0.120 46 L 0.173 0.262 0.033 0.005 0.478 0.004 0.009 0.007 0.005 0.010 0.014 47 T 0.305 0.047 0.004 0.001 0.627 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.007 48 V 0.241 0.088 0.010 0.001 0.628 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.021 49 K 0.329 0.071 0.013 0.002 0.431 0.004 0.004 0.003 0.002 0.014 0.125 50 T 0.203 0.224 0.074 0.018 0.307 0.011 0.010 0.009 0.006 0.035 0.102 51 D 0.103 0.212 0.157 0.094 0.152 0.042 0.057 0.046 0.027 0.051 0.059 52 G 0.074 0.076 0.119 0.203 0.080 0.080 0.041 0.090 0.063 0.127 0.046 53 T 0.021 0.143 0.095 0.184 0.041 0.124 0.167 0.089 0.069 0.053 0.013 54 G 0.042 0.038 0.075 0.159 0.044 0.048 0.035 0.054 0.076 0.335 0.093 55 K 0.068 0.148 0.080 0.049 0.125 0.046 0.053 0.107 0.151 0.124 0.049 56 G 0.043 0.184 0.158 0.079 0.087 0.057 0.069 0.074 0.071 0.126 0.053 57 N 0.107 0.145 0.108 0.036 0.158 0.019 0.028 0.057 0.060 0.190 0.094 58 M 0.052 0.399 0.221 0.022 0.147 0.014 0.014 0.047 0.026 0.037 0.021 59 P 0.021 0.459 0.246 0.012 0.074 0.005 0.011 0.112 0.040 0.010 0.010 60 L 0.017 0.024 0.004 0.001 0.020 0.002 0.009 0.665 0.214 0.034 0.010 61 R 0.004 0.013 0.003 0.001 0.008 0.002 0.004 0.880 0.069 0.013 0.003 62 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.938 0.047 0.004 0.001 63 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.021 0.010 0.001 64 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.936 0.043 0.010 0.001 65 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.922 0.068 0.004 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.761 0.185 0.006 0.001 67 I 0.012 0.007 0.013 0.006 0.006 0.014 0.142 0.625 0.095 0.075 0.007 68 R 0.003 0.619 0.172 0.042 0.015 0.048 0.076 0.013 0.004 0.006 0.002 69 G 0.022 0.002 0.004 0.018 0.006 0.003 0.001 0.002 0.003 0.497 0.442 70 S 0.078 0.447 0.079 0.004 0.297 0.005 0.022 0.012 0.024 0.010 0.023 71 D 0.287 0.100 0.011 0.010 0.447 0.027 0.056 0.011 0.006 0.012 0.035 72 V 0.218 0.160 0.014 0.002 0.572 0.005 0.008 0.003 0.003 0.003 0.013 73 A 0.300 0.012 0.001 0.001 0.680 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 74 I 0.226 0.071 0.006 0.001 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 75 E 0.332 0.058 0.005 0.001 0.538 0.003 0.003 0.003 0.001 0.004 0.050 76 F 0.247 0.148 0.012 0.004 0.483 0.006 0.008 0.018 0.011 0.016 0.048 77 H 0.352 0.060 0.009 0.004 0.435 0.008 0.014 0.025 0.012 0.030 0.050 78 T 0.113 0.212 0.062 0.035 0.228 0.051 0.040 0.095 0.062 0.048 0.054 79 N 0.161 0.114 0.060 0.020 0.259 0.017 0.045 0.107 0.072 0.083 0.062 80 A 0.089 0.095 0.031 0.009 0.122 0.015 0.050 0.203 0.213 0.126 0.047 81 A 0.063 0.144 0.087 0.032 0.104 0.031 0.127 0.198 0.079 0.098 0.039 82 A 0.053 0.087 0.070 0.104 0.067 0.092 0.091 0.121 0.085 0.184 0.045 83 N 0.131 0.160 0.170 0.033 0.264 0.012 0.012 0.057 0.038 0.083 0.040 84 K 0.043 0.086 0.051 0.017 0.077 0.024 0.046 0.281 0.293 0.057 0.025 85 T 0.098 0.100 0.059 0.014 0.134 0.017 0.078 0.167 0.093 0.178 0.062 86 A 0.193 0.085 0.037 0.023 0.177 0.021 0.030 0.142 0.086 0.108 0.097 87 T 0.029 0.089 0.073 0.165 0.059 0.191 0.166 0.105 0.040 0.059 0.023 88 G 0.129 0.124 0.101 0.089 0.174 0.021 0.016 0.038 0.022 0.196 0.088 89 I 0.240 0.132 0.018 0.003 0.517 0.004 0.012 0.024 0.020 0.013 0.017 90 E 0.202 0.123 0.013 0.004 0.576 0.009 0.014 0.018 0.009 0.008 0.023 91 A 0.402 0.053 0.005 0.002 0.448 0.004 0.007 0.012 0.009 0.011 0.048 92 L 0.183 0.132 0.037 0.011 0.467 0.020 0.023 0.023 0.011 0.024 0.069 93 S 0.259 0.134 0.045 0.012 0.358 0.010 0.013 0.015 0.009 0.059 0.087 94 T 0.068 0.394 0.223 0.022 0.191 0.011 0.011 0.016 0.012 0.024 0.028 95 P 0.050 0.213 0.144 0.041 0.098 0.029 0.057 0.191 0.116 0.037 0.025 96 K 0.026 0.090 0.058 0.051 0.042 0.049 0.079 0.271 0.171 0.138 0.025 97 N 0.040 0.127 0.083 0.035 0.072 0.021 0.030 0.256 0.111 0.180 0.045 98 K 0.017 0.049 0.030 0.021 0.027 0.019 0.027 0.510 0.172 0.099 0.029 99 R 0.019 0.075 0.031 0.009 0.037 0.008 0.018 0.609 0.104 0.075 0.017 100 W 0.013 0.016 0.004 0.002 0.015 0.002 0.006 0.775 0.121 0.038 0.009 101 C 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.004 0.883 0.084 0.009 0.002 102 Q 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.934 0.045 0.008 0.001 103 V 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.928 0.043 0.015 0.001 104 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.915 0.056 0.013 0.001 105 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.893 0.087 0.007 0.001 106 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.871 0.092 0.018 0.001 107 A 0.003 0.013 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.883 0.063 0.022 0.002 108 V 0.005 0.008 0.002 0.001 0.006 0.002 0.014 0.828 0.111 0.019 0.004 109 A 0.007 0.009 0.002 0.001 0.008 0.001 0.009 0.840 0.100 0.022 0.002 110 K 0.007 0.009 0.003 0.001 0.008 0.001 0.025 0.829 0.078 0.036 0.004 111 K 0.026 0.021 0.012 0.010 0.025 0.014 0.064 0.650 0.108 0.056 0.014 112 T 0.017 0.150 0.060 0.032 0.040 0.040 0.089 0.414 0.085 0.057 0.015 113 G 0.054 0.042 0.037 0.025 0.050 0.013 0.026 0.210 0.123 0.316 0.104 114 W 0.133 0.119 0.022 0.002 0.185 0.005 0.031 0.245 0.148 0.072 0.038 115 K 0.082 0.111 0.043 0.022 0.137 0.034 0.119 0.257 0.098 0.051 0.047 116 L 0.131 0.137 0.058 0.022 0.176 0.028 0.083 0.175 0.055 0.084 0.050 117 R 0.088 0.168 0.098 0.048 0.151 0.037 0.050 0.089 0.045 0.145 0.080 118 G 0.076 0.131 0.189 0.110 0.101 0.037 0.037 0.102 0.053 0.105 0.058 119 E 0.065 0.096 0.087 0.081 0.094 0.049 0.071 0.168 0.114 0.131 0.044 120 D 0.055 0.201 0.109 0.064 0.108 0.038 0.069 0.116 0.102 0.104 0.033 121 G 0.041 0.057 0.055 0.081 0.060 0.050 0.054 0.119 0.134 0.265 0.082 122 F 0.113 0.159 0.100 0.027 0.209 0.020 0.033 0.071 0.055 0.154 0.057 123 K 0.097 0.273 0.188 0.029 0.205 0.016 0.018 0.045 0.033 0.057 0.039 124 P 0.080 0.253 0.156 0.027 0.166 0.021 0.034 0.100 0.086 0.042 0.035 125 D 0.066 0.135 0.071 0.029 0.106 0.035 0.060 0.218 0.157 0.087 0.036 126 N 0.066 0.113 0.089 0.039 0.092 0.033 0.058 0.180 0.107 0.173 0.048 127 A 0.089 0.095 0.072 0.040 0.118 0.026 0.032 0.169 0.098 0.197 0.064 128 G 0.050 0.167 0.107 0.057 0.111 0.042 0.055 0.219 0.098 0.066 0.029 129 Q 0.063 0.090 0.057 0.036 0.091 0.036 0.056 0.231 0.112 0.168 0.060 130 H 0.197 0.173 0.030 0.008 0.345 0.009 0.019 0.090 0.044 0.045 0.041 131 S 0.183 0.152 0.011 0.002 0.586 0.004 0.007 0.035 0.007 0.005 0.009 132 R 0.319 0.069 0.005 0.002 0.477 0.004 0.007 0.049 0.010 0.014 0.044 133 L 0.310 0.076 0.012 0.006 0.301 0.015 0.028 0.091 0.033 0.028 0.100 134 A 0.099 0.115 0.056 0.055 0.163 0.077 0.096 0.161 0.053 0.059 0.067 135 Y 0.185 0.088 0.048 0.020 0.208 0.019 0.027 0.133 0.065 0.137 0.070 136 A 0.045 0.180 0.082 0.030 0.098 0.039 0.107 0.201 0.136 0.057 0.026 137 Q 0.069 0.040 0.036 0.065 0.061 0.047 0.093 0.128 0.083 0.284 0.093 138 A 0.073 0.288 0.171 0.043 0.156 0.024 0.027 0.080 0.041 0.062 0.034 139 G 0.047 0.084 0.081 0.065 0.066 0.063 0.078 0.204 0.150 0.104 0.058 140 G 0.174 0.181 0.046 0.011 0.267 0.011 0.032 0.099 0.086 0.057 0.037 141 I 0.211 0.125 0.010 0.002 0.532 0.007 0.017 0.044 0.019 0.016 0.016 142 V 0.301 0.064 0.008 0.003 0.492 0.005 0.014 0.023 0.009 0.027 0.054 143 F 0.227 0.149 0.045 0.035 0.335 0.042 0.043 0.018 0.015 0.023 0.069 144 E 0.140 0.229 0.164 0.036 0.298 0.024 0.021 0.020 0.011 0.018 0.038 145 P 0.311 0.076 0.016 0.004 0.288 0.008 0.036 0.061 0.104 0.036 0.060 146 F 0.115 0.241 0.038 0.010 0.405 0.019 0.036 0.045 0.031 0.029 0.031 147 F 0.277 0.072 0.007 0.002 0.486 0.004 0.006 0.018 0.008 0.038 0.082 148 I 0.216 0.083 0.037 0.021 0.267 0.019 0.021 0.055 0.027 0.111 0.142 149 S 0.029 0.113 0.090 0.233 0.072 0.149 0.146 0.064 0.021 0.062 0.022 150 N 0.143 0.226 0.151 0.009 0.413 0.002 0.003 0.019 0.006 0.020 0.008 151 D 0.018 0.029 0.007 0.001 0.040 0.003 0.009 0.445 0.425 0.014 0.009 152 T 0.005 0.028 0.007 0.002 0.012 0.007 0.035 0.733 0.144 0.022 0.006 153 D 0.016 0.014 0.003 0.001 0.013 0.002 0.014 0.717 0.129 0.078 0.013 154 L 0.006 0.012 0.003 0.001 0.008 0.002 0.006 0.755 0.165 0.039 0.003 155 A 0.003 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.801 0.154 0.013 0.001 156 L 0.005 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.045 0.688 0.203 0.043 0.003 157 F 0.015 0.062 0.019 0.001 0.028 0.004 0.041 0.622 0.136 0.062 0.010 158 K 0.045 0.068 0.033 0.013 0.052 0.023 0.096 0.348 0.096 0.191 0.035 159 T 0.063 0.268 0.177 0.011 0.131 0.007 0.013 0.178 0.054 0.073 0.023 160 T 0.009 0.025 0.017 0.005 0.015 0.008 0.033 0.587 0.259 0.034 0.009 161 K 0.016 0.026 0.011 0.005 0.021 0.008 0.046 0.592 0.166 0.096 0.012 162 W 0.014 0.060 0.018 0.007 0.025 0.008 0.022 0.651 0.099 0.080 0.017 163 G 0.012 0.014 0.011 0.010 0.013 0.010 0.014 0.688 0.141 0.064 0.023 164 I 0.027 0.017 0.003 0.001 0.024 0.001 0.005 0.800 0.083 0.031 0.008 165 C 0.006 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.916 0.037 0.008 0.003 166 R 0.011 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.007 0.909 0.045 0.010 0.005 167 A 0.006 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.929 0.039 0.005 0.002 168 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.965 0.019 0.004 0.001 169 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.965 0.021 0.003 0.001 170 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.011 0.005 0.001 171 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.023 0.001 0.001 172 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.018 0.001 0.001 173 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.007 0.005 0.001 174 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.018 0.003 0.001 175 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.921 0.071 0.002 0.001 176 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.897 0.068 0.009 0.001 177 G 0.014 0.024 0.015 0.004 0.015 0.005 0.057 0.585 0.136 0.130 0.015 178 A 0.050 0.056 0.020 0.004 0.051 0.006 0.032 0.429 0.214 0.105 0.033 179 A 0.022 0.064 0.032 0.023 0.039 0.033 0.117 0.391 0.191 0.067 0.022 180 K 0.127 0.094 0.040 0.008 0.165 0.009 0.068 0.197 0.087 0.162 0.044 181 V 0.141 0.195 0.045 0.007 0.276 0.011 0.035 0.110 0.073 0.061 0.046