# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 100.403 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.622 0.257 0.069 0.036 0.014 0.002 0.001 2 S 0.503 0.364 0.093 0.028 0.010 0.002 0.001 3 K 0.045 0.141 0.306 0.379 0.099 0.029 0.002 4 I 0.008 0.033 0.132 0.276 0.346 0.193 0.012 5 I 0.001 0.002 0.005 0.016 0.095 0.546 0.335 6 C 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.233 0.725 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.098 0.892 8 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.082 0.906 9 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.117 0.872 10 G 0.001 0.004 0.006 0.018 0.052 0.242 0.676 11 H 0.004 0.011 0.018 0.050 0.145 0.387 0.384 12 S 0.009 0.027 0.033 0.077 0.184 0.387 0.283 13 N 0.023 0.045 0.065 0.111 0.206 0.306 0.244 14 T 0.057 0.107 0.136 0.168 0.169 0.187 0.176 15 D 0.050 0.061 0.069 0.094 0.184 0.263 0.280 16 P 0.057 0.044 0.040 0.078 0.124 0.271 0.386 17 G 0.062 0.068 0.060 0.091 0.139 0.301 0.278 18 A 0.046 0.068 0.087 0.126 0.176 0.304 0.192 19 V 0.071 0.105 0.144 0.259 0.219 0.155 0.048 20 N 0.188 0.218 0.204 0.182 0.135 0.063 0.010 21 G 0.419 0.296 0.138 0.085 0.042 0.018 0.003 22 S 0.526 0.296 0.093 0.045 0.025 0.012 0.003 23 D 0.134 0.174 0.236 0.259 0.128 0.059 0.010 24 R 0.076 0.168 0.259 0.250 0.154 0.077 0.014 25 E 0.034 0.041 0.055 0.102 0.222 0.400 0.146 26 A 0.027 0.062 0.124 0.236 0.268 0.235 0.047 27 D 0.080 0.141 0.188 0.231 0.197 0.129 0.034 28 L 0.015 0.038 0.083 0.142 0.251 0.326 0.145 29 A 0.009 0.023 0.038 0.079 0.220 0.434 0.198 30 Q 0.021 0.082 0.221 0.289 0.232 0.129 0.026 31 D 0.051 0.216 0.326 0.254 0.112 0.035 0.006 32 M 0.005 0.009 0.018 0.062 0.247 0.541 0.118 33 R 0.008 0.042 0.113 0.274 0.342 0.208 0.014 34 N 0.087 0.324 0.308 0.184 0.070 0.026 0.001 35 I 0.024 0.099 0.289 0.364 0.185 0.035 0.003 36 V 0.006 0.014 0.021 0.058 0.292 0.545 0.064 37 A 0.026 0.138 0.303 0.349 0.149 0.035 0.001 38 S 0.186 0.467 0.223 0.098 0.020 0.005 0.001 39 I 0.019 0.074 0.236 0.403 0.217 0.050 0.001 40 L 0.036 0.043 0.098 0.222 0.410 0.185 0.007 41 R 0.244 0.404 0.224 0.093 0.029 0.005 0.001 42 N 0.549 0.343 0.073 0.027 0.007 0.001 0.001 43 D 0.325 0.307 0.203 0.123 0.034 0.007 0.001 44 Y 0.272 0.266 0.208 0.151 0.080 0.022 0.001 45 G 0.172 0.209 0.243 0.204 0.127 0.041 0.004 46 L 0.120 0.209 0.219 0.208 0.171 0.066 0.007 47 T 0.068 0.165 0.216 0.261 0.183 0.096 0.012 48 V 0.038 0.059 0.087 0.155 0.300 0.311 0.049 49 K 0.056 0.151 0.237 0.254 0.188 0.100 0.014 50 T 0.046 0.072 0.115 0.220 0.311 0.211 0.025 51 D 0.115 0.244 0.286 0.205 0.113 0.036 0.002 52 G 0.245 0.263 0.217 0.181 0.074 0.019 0.001 53 T 0.531 0.286 0.112 0.049 0.017 0.004 0.001 54 G 0.518 0.249 0.128 0.077 0.023 0.005 0.001 55 K 0.631 0.270 0.070 0.021 0.006 0.001 0.001 56 G 0.283 0.276 0.205 0.164 0.057 0.014 0.001 57 N 0.145 0.247 0.250 0.203 0.113 0.041 0.002 58 M 0.084 0.115 0.199 0.286 0.213 0.096 0.007 59 P 0.233 0.336 0.214 0.122 0.070 0.022 0.002 60 L 0.081 0.153 0.179 0.244 0.226 0.105 0.011 61 R 0.064 0.127 0.218 0.268 0.214 0.099 0.010 62 D 0.119 0.235 0.237 0.216 0.128 0.058 0.006 63 A 0.089 0.160 0.241 0.257 0.163 0.080 0.010 64 V 0.064 0.101 0.174 0.265 0.263 0.124 0.010 65 K 0.163 0.303 0.243 0.165 0.088 0.034 0.003 66 L 0.068 0.107 0.169 0.265 0.258 0.121 0.012 67 I 0.130 0.197 0.204 0.224 0.164 0.074 0.007 68 R 0.183 0.259 0.271 0.174 0.078 0.030 0.003 69 G 0.108 0.250 0.313 0.212 0.078 0.031 0.008 70 S 0.009 0.017 0.034 0.107 0.355 0.390 0.089 71 D 0.007 0.038 0.089 0.209 0.319 0.286 0.052 72 V 0.001 0.003 0.008 0.022 0.101 0.477 0.388 73 A 0.001 0.001 0.003 0.009 0.038 0.221 0.728 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.128 0.862 75 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.122 0.855 76 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.135 0.850 77 H 0.001 0.001 0.002 0.006 0.032 0.232 0.727 78 T 0.002 0.006 0.012 0.035 0.143 0.390 0.411 79 N 0.006 0.027 0.050 0.106 0.255 0.372 0.183 80 A 0.018 0.044 0.064 0.140 0.247 0.367 0.121 81 A 0.047 0.078 0.135 0.225 0.261 0.203 0.051 82 A 0.137 0.216 0.264 0.231 0.098 0.048 0.007 83 N 0.329 0.267 0.205 0.124 0.053 0.020 0.002 84 K 0.435 0.275 0.143 0.093 0.039 0.013 0.002 85 T 0.311 0.332 0.164 0.109 0.056 0.025 0.004 86 A 0.062 0.084 0.137 0.249 0.288 0.158 0.022 87 T 0.096 0.229 0.257 0.211 0.128 0.068 0.011 88 G 0.037 0.070 0.109 0.182 0.245 0.264 0.093 89 I 0.010 0.018 0.038 0.091 0.218 0.398 0.227 90 E 0.009 0.029 0.055 0.104 0.217 0.371 0.215 91 A 0.006 0.013 0.023 0.052 0.158 0.375 0.373 92 L 0.007 0.016 0.028 0.066 0.176 0.420 0.289 93 S 0.014 0.047 0.091 0.184 0.267 0.298 0.100 94 T 0.027 0.079 0.171 0.254 0.276 0.169 0.023 95 P 0.116 0.209 0.268 0.251 0.111 0.042 0.003 96 K 0.403 0.284 0.160 0.092 0.045 0.015 0.001 97 N 0.428 0.255 0.163 0.105 0.037 0.011 0.001 98 K 0.491 0.271 0.130 0.071 0.029 0.008 0.001 99 R 0.384 0.310 0.159 0.095 0.038 0.013 0.001 100 W 0.185 0.208 0.224 0.214 0.122 0.045 0.004 101 C 0.159 0.205 0.255 0.218 0.117 0.043 0.003 102 Q 0.195 0.275 0.236 0.171 0.087 0.032 0.003 103 V 0.086 0.126 0.156 0.231 0.253 0.135 0.014 104 L 0.078 0.144 0.203 0.259 0.201 0.106 0.008 105 G 0.166 0.259 0.247 0.182 0.099 0.043 0.004 106 K 0.146 0.211 0.216 0.224 0.142 0.055 0.005 107 A 0.085 0.126 0.176 0.250 0.247 0.109 0.007 108 V 0.217 0.286 0.244 0.156 0.072 0.024 0.002 109 A 0.300 0.290 0.197 0.134 0.060 0.018 0.001 110 K 0.150 0.192 0.217 0.235 0.153 0.051 0.003 111 K 0.158 0.217 0.240 0.229 0.117 0.037 0.002 112 T 0.376 0.341 0.160 0.081 0.032 0.009 0.001 113 G 0.194 0.265 0.247 0.195 0.077 0.022 0.002 114 W 0.085 0.092 0.149 0.247 0.299 0.121 0.008 115 K 0.204 0.305 0.242 0.159 0.068 0.021 0.001 116 L 0.276 0.283 0.210 0.142 0.067 0.020 0.001 117 R 0.253 0.268 0.209 0.165 0.077 0.026 0.002 118 G 0.194 0.163 0.197 0.221 0.163 0.058 0.004 119 E 0.424 0.279 0.163 0.087 0.035 0.011 0.001 120 D 0.460 0.273 0.147 0.080 0.032 0.009 0.001 121 G 0.344 0.267 0.186 0.128 0.056 0.017 0.001 122 F 0.265 0.214 0.204 0.177 0.104 0.034 0.002 123 K 0.378 0.277 0.177 0.106 0.046 0.015 0.001 124 P 0.400 0.258 0.167 0.108 0.051 0.016 0.001 125 D 0.366 0.257 0.191 0.121 0.052 0.014 0.001 126 N 0.336 0.276 0.189 0.120 0.060 0.018 0.001 127 A 0.311 0.281 0.181 0.131 0.067 0.026 0.003 128 G 0.157 0.217 0.254 0.211 0.110 0.046 0.005 129 Q 0.114 0.231 0.253 0.222 0.115 0.056 0.008 130 H 0.022 0.049 0.098 0.207 0.313 0.266 0.045 131 S 0.013 0.033 0.059 0.135 0.280 0.391 0.088 132 R 0.011 0.043 0.102 0.198 0.248 0.311 0.088 133 L 0.010 0.021 0.039 0.088 0.203 0.432 0.207 134 A 0.027 0.087 0.182 0.272 0.255 0.145 0.031 135 Y 0.055 0.129 0.178 0.242 0.202 0.156 0.038 136 A 0.064 0.098 0.162 0.231 0.243 0.169 0.033 137 Q 0.144 0.263 0.214 0.170 0.110 0.079 0.020 138 A 0.026 0.044 0.081 0.164 0.286 0.280 0.119 139 G 0.022 0.047 0.069 0.124 0.241 0.325 0.172 140 G 0.010 0.014 0.022 0.050 0.137 0.369 0.399 141 I 0.003 0.005 0.009 0.022 0.068 0.269 0.623 142 V 0.001 0.002 0.004 0.013 0.038 0.196 0.745 143 F 0.001 0.001 0.002 0.007 0.027 0.146 0.817 144 E 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.173 0.796 145 P 0.001 0.002 0.004 0.011 0.036 0.186 0.760 146 F 0.004 0.008 0.010 0.030 0.080 0.280 0.589 147 F 0.006 0.013 0.018 0.041 0.125 0.421 0.376 148 I 0.013 0.031 0.051 0.125 0.230 0.355 0.196 149 S 0.032 0.081 0.127 0.215 0.249 0.235 0.060 150 N 0.055 0.117 0.210 0.268 0.236 0.103 0.010 151 D 0.496 0.336 0.103 0.043 0.017 0.004 0.001 152 T 0.410 0.354 0.137 0.069 0.025 0.005 0.001 153 D 0.211 0.260 0.219 0.189 0.091 0.028 0.002 154 L 0.056 0.134 0.263 0.332 0.166 0.047 0.001 155 A 0.260 0.415 0.205 0.086 0.028 0.006 0.001 156 L 0.037 0.133 0.324 0.344 0.135 0.026 0.001 157 F 0.048 0.064 0.136 0.231 0.353 0.162 0.006 158 K 0.210 0.327 0.267 0.153 0.038 0.005 0.001 159 T 0.576 0.321 0.069 0.026 0.007 0.001 0.001 160 T 0.476 0.327 0.127 0.056 0.012 0.002 0.001 161 K 0.488 0.379 0.090 0.033 0.009 0.002 0.001 162 W 0.070 0.147 0.259 0.288 0.193 0.041 0.003 163 G 0.065 0.172 0.263 0.279 0.167 0.052 0.003 164 I 0.067 0.180 0.291 0.271 0.133 0.054 0.004 165 C 0.041 0.122 0.233 0.296 0.215 0.083 0.010 166 R 0.017 0.052 0.097 0.210 0.279 0.278 0.068 167 A 0.008 0.018 0.032 0.088 0.227 0.434 0.194 168 I 0.015 0.068 0.163 0.312 0.226 0.171 0.045 169 A 0.008 0.020 0.044 0.105 0.277 0.359 0.186 170 D 0.003 0.012 0.021 0.052 0.120 0.376 0.415 171 A 0.004 0.011 0.031 0.078 0.225 0.404 0.248 172 I 0.012 0.067 0.221 0.291 0.183 0.152 0.074 173 A 0.012 0.020 0.047 0.121 0.236 0.365 0.198 174 M 0.008 0.010 0.013 0.048 0.134 0.464 0.323 175 E 0.039 0.119 0.228 0.266 0.211 0.119 0.017 176 L 0.078 0.248 0.283 0.236 0.099 0.050 0.006 177 G 0.045 0.086 0.144 0.273 0.276 0.162 0.013 178 A 0.071 0.088 0.158 0.296 0.264 0.117 0.007 179 A 0.520 0.317 0.102 0.038 0.017 0.005 0.001 180 K 0.553 0.283 0.105 0.046 0.010 0.003 0.001 181 V 0.342 0.162 0.163 0.186 0.107 0.037 0.004