# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 256.974 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.094 0.003 0.013 0.132 0.001 0.001 0.048 0.704 2 S 0.001 0.001 0.001 0.280 0.012 0.023 0.104 0.001 0.001 0.117 0.462 3 K 0.001 0.001 0.001 0.667 0.055 0.038 0.021 0.001 0.001 0.132 0.087 4 I 0.001 0.001 0.001 0.860 0.027 0.026 0.005 0.001 0.001 0.047 0.035 5 I 0.001 0.001 0.001 0.939 0.022 0.012 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 6 C 0.001 0.001 0.001 0.938 0.015 0.015 0.003 0.001 0.001 0.013 0.015 7 L 0.001 0.001 0.001 0.918 0.006 0.009 0.012 0.001 0.001 0.009 0.044 8 T 0.168 0.005 0.001 0.365 0.014 0.030 0.111 0.010 0.001 0.092 0.202 9 A 0.031 0.003 0.001 0.067 0.005 0.015 0.272 0.004 0.001 0.051 0.551 10 G 0.037 0.007 0.002 0.038 0.006 0.019 0.256 0.004 0.001 0.054 0.577 11 H 0.064 0.007 0.003 0.042 0.029 0.045 0.242 0.011 0.001 0.103 0.452 12 S 0.127 0.004 0.001 0.035 0.015 0.036 0.187 0.003 0.001 0.077 0.514 13 N 0.021 0.003 0.001 0.027 0.029 0.075 0.195 0.001 0.001 0.065 0.582 14 T 0.005 0.006 0.001 0.021 0.010 0.022 0.147 0.001 0.001 0.013 0.775 15 D 0.659 0.043 0.001 0.007 0.011 0.013 0.055 0.021 0.001 0.056 0.134 16 P 0.065 0.029 0.001 0.013 0.018 0.029 0.175 0.006 0.001 0.050 0.612 17 G 0.025 0.018 0.002 0.020 0.015 0.055 0.132 0.002 0.001 0.046 0.685 18 A 0.073 0.013 0.002 0.038 0.100 0.123 0.147 0.005 0.001 0.086 0.411 19 V 0.129 0.014 0.002 0.034 0.028 0.049 0.152 0.004 0.001 0.065 0.522 20 N 0.083 0.017 0.001 0.021 0.023 0.045 0.115 0.003 0.001 0.045 0.647 21 G 0.016 0.025 0.001 0.015 0.010 0.023 0.126 0.001 0.001 0.019 0.766 22 S 0.046 0.147 0.001 0.015 0.029 0.048 0.129 0.005 0.001 0.034 0.545 23 D 0.045 0.312 0.003 0.016 0.040 0.032 0.103 0.005 0.001 0.070 0.376 24 R 0.022 0.800 0.001 0.004 0.011 0.012 0.019 0.004 0.001 0.026 0.100 25 E 0.020 0.887 0.001 0.002 0.004 0.007 0.007 0.003 0.001 0.023 0.047 26 A 0.008 0.875 0.002 0.003 0.006 0.007 0.008 0.001 0.001 0.045 0.044 27 D 0.006 0.831 0.003 0.005 0.006 0.005 0.014 0.002 0.001 0.077 0.050 28 L 0.003 0.938 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.031 0.016 29 A 0.002 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.005 30 Q 0.001 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.870 0.004 31 D 0.002 0.846 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.134 0.007 32 M 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.004 33 R 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.010 34 N 0.001 0.169 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.816 0.009 35 I 0.002 0.759 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.210 0.012 36 V 0.011 0.946 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.008 0.005 37 A 0.014 0.892 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.040 0.035 38 S 0.015 0.491 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.002 0.343 0.113 39 I 0.061 0.311 0.059 0.003 0.002 0.002 0.064 0.019 0.012 0.293 0.175 40 L 0.223 0.234 0.052 0.005 0.002 0.004 0.061 0.047 0.039 0.124 0.208 41 R 0.138 0.014 0.044 0.003 0.003 0.003 0.080 0.005 0.046 0.063 0.602 42 N 0.134 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.074 0.001 0.001 0.008 0.769 43 D 0.040 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 0.092 0.001 0.001 0.013 0.841 44 Y 0.013 0.001 0.002 0.012 0.006 0.010 0.178 0.001 0.001 0.010 0.769 45 G 0.003 0.001 0.001 0.042 0.006 0.027 0.111 0.001 0.001 0.032 0.778 46 L 0.003 0.001 0.001 0.151 0.117 0.123 0.086 0.001 0.001 0.070 0.449 47 T 0.001 0.001 0.001 0.640 0.043 0.095 0.020 0.001 0.001 0.058 0.142 48 V 0.001 0.001 0.001 0.377 0.170 0.159 0.021 0.001 0.001 0.070 0.199 49 K 0.001 0.001 0.001 0.530 0.143 0.172 0.015 0.001 0.001 0.048 0.091 50 T 0.002 0.001 0.001 0.186 0.190 0.240 0.045 0.001 0.001 0.070 0.266 51 D 0.029 0.002 0.001 0.113 0.113 0.137 0.080 0.003 0.001 0.085 0.437 52 G 0.202 0.003 0.001 0.023 0.027 0.033 0.108 0.005 0.001 0.082 0.514 53 T 0.036 0.002 0.001 0.011 0.006 0.013 0.137 0.002 0.001 0.042 0.751 54 G 0.035 0.005 0.001 0.011 0.009 0.017 0.121 0.002 0.001 0.025 0.775 55 K 0.076 0.010 0.001 0.010 0.023 0.025 0.138 0.003 0.001 0.065 0.650 56 G 0.011 0.009 0.001 0.022 0.035 0.039 0.120 0.001 0.001 0.030 0.732 57 N 0.020 0.025 0.001 0.018 0.023 0.051 0.111 0.001 0.001 0.025 0.725 58 M 0.013 0.063 0.002 0.034 0.088 0.050 0.142 0.002 0.001 0.020 0.586 59 P 0.060 0.780 0.001 0.004 0.006 0.005 0.016 0.007 0.001 0.025 0.096 60 L 0.056 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.009 0.016 61 R 0.015 0.896 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.034 0.039 62 D 0.014 0.910 0.002 0.001 0.004 0.004 0.006 0.002 0.001 0.012 0.044 63 A 0.037 0.883 0.002 0.003 0.003 0.005 0.010 0.011 0.001 0.008 0.038 64 V 0.060 0.456 0.020 0.026 0.014 0.042 0.032 0.007 0.018 0.171 0.154 65 K 0.153 0.059 0.021 0.011 0.023 0.021 0.080 0.005 0.016 0.141 0.471 66 L 0.131 0.017 0.003 0.010 0.006 0.009 0.094 0.007 0.002 0.037 0.684 67 I 0.266 0.003 0.012 0.009 0.006 0.006 0.102 0.002 0.002 0.037 0.556 68 R 0.028 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.097 0.001 0.001 0.010 0.851 69 G 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.091 0.001 0.001 0.009 0.885 70 S 0.014 0.001 0.001 0.097 0.050 0.030 0.219 0.001 0.001 0.040 0.547 71 D 0.002 0.001 0.001 0.384 0.012 0.039 0.084 0.001 0.001 0.082 0.397 72 V 0.001 0.001 0.001 0.759 0.033 0.049 0.022 0.001 0.001 0.044 0.091 73 A 0.001 0.001 0.001 0.897 0.018 0.024 0.005 0.001 0.001 0.030 0.024 74 I 0.001 0.001 0.001 0.838 0.041 0.040 0.007 0.001 0.001 0.036 0.037 75 E 0.001 0.001 0.001 0.893 0.023 0.030 0.006 0.001 0.001 0.024 0.022 76 F 0.008 0.008 0.001 0.529 0.094 0.115 0.037 0.002 0.001 0.066 0.140 77 H 0.038 0.027 0.003 0.356 0.087 0.119 0.087 0.008 0.001 0.071 0.203 78 T 0.079 0.037 0.003 0.176 0.030 0.067 0.137 0.008 0.003 0.066 0.393 79 N 0.082 0.028 0.024 0.094 0.033 0.075 0.145 0.020 0.013 0.118 0.368 80 A 0.174 0.015 0.002 0.050 0.016 0.034 0.142 0.008 0.002 0.064 0.493 81 A 0.162 0.010 0.004 0.029 0.016 0.027 0.134 0.007 0.001 0.118 0.491 82 A 0.019 0.010 0.001 0.029 0.011 0.022 0.129 0.003 0.001 0.033 0.742 83 N 0.176 0.012 0.002 0.013 0.008 0.016 0.112 0.005 0.001 0.142 0.514 84 K 0.040 0.010 0.002 0.021 0.052 0.042 0.154 0.003 0.001 0.091 0.583 85 T 0.083 0.012 0.001 0.025 0.012 0.028 0.122 0.003 0.001 0.043 0.669 86 A 0.049 0.010 0.002 0.027 0.059 0.077 0.181 0.003 0.001 0.052 0.540 87 T 0.012 0.011 0.001 0.061 0.056 0.142 0.174 0.002 0.001 0.044 0.495 88 G 0.008 0.008 0.001 0.058 0.123 0.447 0.071 0.003 0.001 0.051 0.229 89 I 0.009 0.005 0.002 0.066 0.214 0.274 0.065 0.002 0.001 0.076 0.287 90 E 0.005 0.002 0.001 0.103 0.226 0.468 0.031 0.001 0.001 0.047 0.116 91 A 0.006 0.002 0.001 0.118 0.217 0.359 0.034 0.001 0.001 0.072 0.190 92 L 0.002 0.001 0.001 0.113 0.305 0.415 0.028 0.001 0.001 0.027 0.108 93 S 0.002 0.002 0.001 0.105 0.203 0.327 0.051 0.001 0.001 0.039 0.268 94 T 0.071 0.014 0.002 0.076 0.126 0.138 0.086 0.006 0.001 0.082 0.396 95 P 0.273 0.031 0.001 0.019 0.019 0.022 0.097 0.009 0.001 0.052 0.477 96 K 0.037 0.049 0.001 0.007 0.005 0.009 0.099 0.002 0.001 0.018 0.773 97 N 0.051 0.249 0.001 0.008 0.007 0.011 0.066 0.005 0.001 0.039 0.562 98 K 0.092 0.556 0.001 0.008 0.013 0.011 0.048 0.006 0.001 0.047 0.218 99 R 0.033 0.672 0.002 0.006 0.013 0.010 0.035 0.003 0.001 0.033 0.193 100 W 0.011 0.862 0.001 0.004 0.004 0.005 0.013 0.002 0.001 0.017 0.082 101 C 0.011 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.017 0.022 102 Q 0.007 0.943 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.015 0.022 103 V 0.005 0.879 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.049 0.050 104 L 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.007 105 G 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.003 106 K 0.005 0.955 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.018 107 A 0.014 0.879 0.009 0.002 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.049 0.032 108 V 0.012 0.083 0.014 0.002 0.001 0.001 0.022 0.005 0.002 0.836 0.023 109 A 0.026 0.349 0.025 0.006 0.003 0.004 0.077 0.013 0.014 0.342 0.141 110 K 0.087 0.462 0.007 0.004 0.003 0.004 0.041 0.014 0.002 0.026 0.349 111 K 0.078 0.336 0.035 0.011 0.008 0.012 0.073 0.022 0.005 0.039 0.381 112 T 0.109 0.267 0.016 0.014 0.006 0.015 0.081 0.033 0.006 0.039 0.415 113 G 0.169 0.121 0.010 0.012 0.008 0.015 0.076 0.021 0.004 0.047 0.517 114 W 0.091 0.050 0.004 0.022 0.016 0.021 0.083 0.006 0.001 0.046 0.658 115 K 0.045 0.026 0.004 0.031 0.018 0.032 0.109 0.004 0.001 0.054 0.675 116 L 0.047 0.021 0.003 0.038 0.021 0.031 0.122 0.004 0.002 0.041 0.669 117 R 0.165 0.013 0.011 0.023 0.018 0.022 0.095 0.008 0.008 0.076 0.560 118 G 0.222 0.006 0.001 0.014 0.008 0.013 0.087 0.005 0.001 0.028 0.615 119 E 0.109 0.004 0.001 0.015 0.005 0.011 0.088 0.003 0.001 0.032 0.732 120 D 0.015 0.002 0.001 0.024 0.012 0.020 0.116 0.001 0.001 0.027 0.782 121 G 0.010 0.002 0.001 0.024 0.019 0.037 0.102 0.001 0.001 0.043 0.762 122 F 0.009 0.002 0.001 0.029 0.090 0.057 0.110 0.001 0.001 0.040 0.660 123 K 0.028 0.005 0.001 0.072 0.051 0.070 0.102 0.003 0.001 0.061 0.608 124 P 0.090 0.007 0.001 0.027 0.025 0.039 0.107 0.004 0.001 0.094 0.604 125 D 0.058 0.005 0.002 0.034 0.014 0.024 0.126 0.002 0.001 0.057 0.677 126 N 0.241 0.011 0.001 0.015 0.009 0.015 0.099 0.003 0.001 0.057 0.549 127 A 0.049 0.009 0.001 0.012 0.011 0.017 0.140 0.003 0.001 0.041 0.717 128 G 0.013 0.011 0.001 0.019 0.020 0.034 0.168 0.001 0.001 0.046 0.687 129 Q 0.008 0.020 0.001 0.070 0.149 0.301 0.096 0.002 0.001 0.066 0.288 130 H 0.007 0.017 0.001 0.075 0.148 0.292 0.066 0.002 0.001 0.068 0.323 131 S 0.003 0.013 0.001 0.123 0.292 0.376 0.023 0.001 0.001 0.037 0.130 132 R 0.014 0.019 0.001 0.104 0.270 0.312 0.028 0.002 0.001 0.049 0.201 133 L 0.018 0.008 0.013 0.093 0.301 0.211 0.033 0.004 0.006 0.070 0.243 134 A 0.088 0.010 0.003 0.080 0.147 0.224 0.058 0.005 0.002 0.056 0.326 135 Y 0.195 0.005 0.002 0.035 0.051 0.078 0.075 0.003 0.002 0.064 0.489 136 A 0.018 0.002 0.001 0.082 0.056 0.083 0.134 0.001 0.001 0.028 0.593 137 Q 0.022 0.005 0.001 0.060 0.027 0.070 0.117 0.002 0.001 0.049 0.647 138 A 0.040 0.003 0.002 0.045 0.074 0.049 0.169 0.003 0.001 0.082 0.532 139 G 0.008 0.003 0.001 0.292 0.067 0.126 0.096 0.002 0.001 0.077 0.328 140 G 0.005 0.002 0.001 0.300 0.063 0.193 0.055 0.001 0.001 0.113 0.267 141 I 0.001 0.001 0.001 0.493 0.165 0.181 0.022 0.001 0.001 0.049 0.089 142 V 0.001 0.001 0.001 0.518 0.141 0.167 0.020 0.001 0.001 0.049 0.100 143 F 0.005 0.002 0.001 0.472 0.137 0.132 0.031 0.002 0.001 0.055 0.164 144 E 0.025 0.008 0.002 0.254 0.126 0.174 0.069 0.006 0.001 0.092 0.244 145 P 0.042 0.011 0.002 0.155 0.042 0.104 0.166 0.005 0.001 0.087 0.387 146 F 0.023 0.009 0.004 0.221 0.070 0.244 0.108 0.004 0.002 0.085 0.232 147 F 0.104 0.008 0.001 0.106 0.060 0.097 0.120 0.003 0.001 0.056 0.446 148 I 0.010 0.005 0.001 0.153 0.071 0.183 0.168 0.001 0.001 0.043 0.364 149 S 0.003 0.032 0.001 0.065 0.036 0.060 0.104 0.001 0.001 0.037 0.661 150 N 0.133 0.701 0.001 0.003 0.004 0.005 0.018 0.021 0.001 0.029 0.083 151 D 0.073 0.824 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.013 0.001 0.011 0.059 152 T 0.038 0.826 0.005 0.002 0.002 0.003 0.009 0.003 0.001 0.014 0.098 153 D 0.157 0.683 0.013 0.004 0.004 0.011 0.012 0.023 0.002 0.023 0.067 154 L 0.348 0.349 0.013 0.006 0.008 0.012 0.030 0.024 0.003 0.063 0.143 155 A 0.110 0.120 0.016 0.015 0.021 0.036 0.050 0.009 0.004 0.165 0.455 156 L 0.028 0.034 0.002 0.019 0.007 0.018 0.112 0.002 0.001 0.132 0.645 157 F 0.041 0.034 0.006 0.019 0.029 0.034 0.145 0.006 0.001 0.116 0.570 158 K 0.037 0.052 0.003 0.013 0.019 0.018 0.102 0.005 0.001 0.026 0.724 159 T 0.210 0.143 0.006 0.011 0.005 0.007 0.084 0.011 0.002 0.062 0.458 160 T 0.148 0.364 0.003 0.006 0.007 0.008 0.066 0.011 0.001 0.055 0.331 161 K 0.036 0.612 0.001 0.004 0.002 0.004 0.033 0.003 0.001 0.026 0.278 162 W 0.016 0.713 0.001 0.008 0.004 0.006 0.037 0.002 0.001 0.050 0.163 163 G 0.004 0.901 0.001 0.006 0.005 0.005 0.011 0.001 0.001 0.024 0.043 164 I 0.004 0.944 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.018 0.020 165 C 0.003 0.952 0.001 0.005 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.018 0.012 166 R 0.004 0.921 0.001 0.005 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.045 0.012 167 A 0.005 0.910 0.006 0.004 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.046 0.017 168 I 0.023 0.910 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.007 0.001 0.028 0.014 169 A 0.028 0.852 0.005 0.004 0.002 0.004 0.013 0.005 0.001 0.034 0.052 170 D 0.016 0.838 0.003 0.007 0.003 0.006 0.017 0.002 0.001 0.023 0.084 171 A 0.057 0.602 0.011 0.020 0.006 0.014 0.053 0.008 0.002 0.085 0.142 172 I 0.086 0.469 0.020 0.049 0.016 0.032 0.076 0.016 0.009 0.060 0.168 173 A 0.119 0.206 0.041 0.037 0.016 0.025 0.065 0.014 0.025 0.063 0.389 174 M 0.299 0.059 0.008 0.020 0.012 0.016 0.069 0.010 0.003 0.035 0.469 175 E 0.195 0.041 0.003 0.020 0.007 0.014 0.086 0.011 0.002 0.036 0.586 176 L 0.042 0.013 0.004 0.021 0.006 0.010 0.096 0.003 0.002 0.021 0.782 177 G 0.111 0.011 0.002 0.019 0.007 0.014 0.085 0.004 0.001 0.034 0.712 178 A 0.117 0.005 0.001 0.012 0.012 0.011 0.083 0.003 0.001 0.031 0.725 179 A 0.047 0.004 0.001 0.043 0.010 0.013 0.110 0.001 0.001 0.023 0.747 180 K 0.029 0.006 0.001 0.025 0.007 0.015 0.102 0.002 0.001 0.028 0.785 181 V 0.040 0.009 0.001 0.027 0.019 0.019 0.135 0.003 0.001 0.037 0.710