# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 256.974 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.001 0.028 0.010 0.021 0.232 0.022 0.678 2 S 0.001 0.001 0.149 0.012 0.062 0.213 0.043 0.521 3 K 0.001 0.001 0.649 0.062 0.074 0.047 0.093 0.075 4 I 0.001 0.001 0.824 0.029 0.022 0.006 0.089 0.029 5 I 0.001 0.001 0.947 0.012 0.007 0.002 0.026 0.006 6 C 0.001 0.001 0.952 0.008 0.008 0.004 0.020 0.008 7 L 0.002 0.001 0.933 0.006 0.007 0.015 0.024 0.014 8 T 0.028 0.003 0.493 0.009 0.020 0.143 0.188 0.116 9 A 0.027 0.003 0.203 0.007 0.025 0.279 0.233 0.222 10 G 0.062 0.005 0.077 0.007 0.022 0.286 0.107 0.434 11 H 0.051 0.006 0.098 0.022 0.046 0.243 0.116 0.418 12 S 0.036 0.008 0.052 0.012 0.031 0.278 0.073 0.511 13 N 0.018 0.010 0.053 0.021 0.053 0.310 0.068 0.467 14 T 0.046 0.007 0.019 0.008 0.012 0.162 0.028 0.718 15 D 0.592 0.049 0.013 0.014 0.011 0.063 0.110 0.148 16 P 0.060 0.029 0.031 0.018 0.043 0.151 0.074 0.595 17 G 0.031 0.009 0.060 0.039 0.134 0.114 0.062 0.551 18 A 0.053 0.005 0.045 0.139 0.158 0.112 0.059 0.428 19 V 0.073 0.006 0.032 0.056 0.079 0.140 0.055 0.559 20 N 0.056 0.012 0.017 0.033 0.072 0.136 0.028 0.646 21 G 0.022 0.013 0.010 0.010 0.025 0.095 0.014 0.811 22 S 0.090 0.117 0.014 0.030 0.043 0.104 0.067 0.535 23 D 0.062 0.354 0.021 0.044 0.048 0.078 0.086 0.306 24 R 0.018 0.658 0.008 0.037 0.050 0.026 0.034 0.169 25 E 0.013 0.748 0.013 0.018 0.037 0.017 0.042 0.112 26 A 0.005 0.817 0.005 0.030 0.030 0.008 0.073 0.031 27 D 0.004 0.867 0.007 0.013 0.015 0.007 0.065 0.023 28 L 0.001 0.979 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.003 29 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 30 Q 0.002 0.757 0.003 0.002 0.001 0.001 0.229 0.004 31 D 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 32 M 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 33 R 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 34 N 0.005 0.568 0.002 0.001 0.001 0.003 0.405 0.016 35 I 0.003 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.007 36 V 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 37 A 0.022 0.939 0.003 0.001 0.001 0.003 0.013 0.021 38 S 0.023 0.256 0.014 0.001 0.001 0.014 0.597 0.093 39 I 0.078 0.358 0.054 0.004 0.001 0.026 0.379 0.099 40 L 0.401 0.191 0.026 0.004 0.004 0.053 0.068 0.253 41 R 0.077 0.007 0.055 0.004 0.002 0.049 0.057 0.748 42 N 0.316 0.005 0.007 0.002 0.003 0.038 0.015 0.614 43 D 0.204 0.001 0.012 0.001 0.001 0.056 0.023 0.703 44 Y 0.006 0.001 0.041 0.005 0.011 0.234 0.008 0.695 45 G 0.002 0.001 0.038 0.003 0.019 0.066 0.011 0.861 46 L 0.002 0.001 0.134 0.081 0.052 0.101 0.035 0.594 47 T 0.001 0.001 0.738 0.077 0.094 0.013 0.041 0.036 48 V 0.005 0.001 0.204 0.199 0.222 0.025 0.059 0.285 49 K 0.002 0.001 0.551 0.204 0.134 0.013 0.015 0.080 50 T 0.004 0.001 0.268 0.147 0.216 0.047 0.063 0.254 51 D 0.025 0.001 0.154 0.089 0.111 0.118 0.042 0.459 52 G 0.152 0.002 0.041 0.033 0.043 0.101 0.036 0.591 53 T 0.064 0.003 0.016 0.015 0.023 0.113 0.053 0.712 54 G 0.075 0.005 0.023 0.021 0.061 0.126 0.035 0.655 55 K 0.042 0.003 0.016 0.054 0.076 0.111 0.043 0.655 56 G 0.010 0.007 0.029 0.064 0.087 0.117 0.026 0.661 57 N 0.016 0.024 0.022 0.033 0.071 0.108 0.023 0.703 58 M 0.025 0.057 0.031 0.080 0.044 0.104 0.043 0.617 59 P 0.053 0.758 0.009 0.009 0.009 0.021 0.039 0.103 60 L 0.039 0.921 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.017 61 R 0.014 0.920 0.003 0.003 0.003 0.007 0.020 0.030 62 D 0.006 0.956 0.002 0.002 0.003 0.003 0.012 0.017 63 A 0.017 0.948 0.002 0.002 0.004 0.003 0.011 0.012 64 V 0.066 0.695 0.016 0.018 0.017 0.012 0.131 0.045 65 K 0.055 0.126 0.095 0.090 0.042 0.032 0.267 0.293 66 L 0.494 0.028 0.021 0.016 0.020 0.043 0.077 0.300 67 I 0.442 0.002 0.018 0.007 0.004 0.040 0.061 0.425 68 R 0.024 0.001 0.005 0.002 0.007 0.083 0.008 0.870 69 G 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.029 0.004 0.959 70 S 0.015 0.003 0.044 0.052 0.036 0.270 0.032 0.548 71 D 0.004 0.004 0.175 0.035 0.079 0.083 0.098 0.522 72 V 0.001 0.005 0.561 0.097 0.134 0.032 0.054 0.117 73 A 0.001 0.003 0.799 0.053 0.066 0.005 0.041 0.033 74 I 0.002 0.007 0.632 0.175 0.069 0.010 0.068 0.039 75 E 0.003 0.011 0.773 0.047 0.071 0.011 0.060 0.025 76 F 0.043 0.100 0.387 0.091 0.133 0.052 0.078 0.117 77 H 0.039 0.101 0.348 0.052 0.090 0.069 0.084 0.217 78 T 0.082 0.117 0.161 0.049 0.067 0.093 0.093 0.338 79 N 0.103 0.100 0.077 0.066 0.075 0.089 0.171 0.318 80 A 0.138 0.053 0.025 0.013 0.024 0.135 0.081 0.530 81 A 0.114 0.026 0.017 0.027 0.028 0.125 0.148 0.514 82 A 0.042 0.010 0.003 0.006 0.010 0.073 0.039 0.816 83 N 0.121 0.023 0.008 0.013 0.025 0.105 0.150 0.555 84 K 0.038 0.014 0.013 0.035 0.055 0.167 0.050 0.627 85 T 0.107 0.011 0.012 0.020 0.053 0.107 0.033 0.657 86 A 0.044 0.011 0.031 0.046 0.067 0.151 0.047 0.602 87 T 0.017 0.012 0.098 0.051 0.200 0.124 0.039 0.461 88 G 0.027 0.010 0.084 0.111 0.247 0.078 0.078 0.366 89 I 0.007 0.002 0.093 0.262 0.247 0.067 0.062 0.261 90 E 0.002 0.001 0.120 0.243 0.478 0.024 0.042 0.089 91 A 0.002 0.001 0.089 0.246 0.479 0.024 0.030 0.129 92 L 0.002 0.001 0.124 0.334 0.416 0.022 0.014 0.087 93 S 0.005 0.002 0.085 0.250 0.366 0.040 0.025 0.226 94 T 0.098 0.018 0.040 0.139 0.150 0.095 0.074 0.386 95 P 0.212 0.051 0.018 0.028 0.031 0.122 0.046 0.492 96 K 0.059 0.060 0.008 0.007 0.010 0.109 0.026 0.721 97 N 0.083 0.297 0.008 0.007 0.010 0.070 0.064 0.462 98 K 0.081 0.597 0.004 0.007 0.008 0.045 0.056 0.203 99 R 0.043 0.664 0.005 0.008 0.009 0.036 0.061 0.173 100 W 0.015 0.859 0.002 0.003 0.004 0.010 0.054 0.053 101 C 0.006 0.935 0.001 0.001 0.002 0.003 0.038 0.015 102 Q 0.002 0.963 0.001 0.002 0.002 0.002 0.016 0.010 103 V 0.002 0.974 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.007 104 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 105 G 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 106 K 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 107 A 0.017 0.939 0.003 0.001 0.001 0.003 0.027 0.009 108 V 0.020 0.121 0.009 0.001 0.001 0.006 0.830 0.013 109 A 0.020 0.442 0.009 0.001 0.001 0.019 0.399 0.109 110 K 0.039 0.582 0.007 0.001 0.002 0.029 0.043 0.297 111 K 0.046 0.478 0.020 0.010 0.008 0.072 0.050 0.317 112 T 0.127 0.320 0.022 0.008 0.014 0.074 0.087 0.347 113 G 0.226 0.159 0.021 0.013 0.014 0.088 0.080 0.401 114 W 0.081 0.064 0.038 0.025 0.023 0.109 0.072 0.588 115 K 0.042 0.023 0.034 0.024 0.028 0.139 0.043 0.667 116 L 0.054 0.011 0.053 0.020 0.031 0.134 0.065 0.633 117 R 0.099 0.008 0.049 0.022 0.023 0.121 0.064 0.616 118 G 0.317 0.005 0.010 0.007 0.009 0.064 0.026 0.562 119 E 0.121 0.005 0.008 0.009 0.015 0.090 0.020 0.733 120 D 0.010 0.001 0.016 0.012 0.040 0.110 0.013 0.799 121 G 0.014 0.002 0.033 0.058 0.123 0.128 0.032 0.610 122 F 0.008 0.001 0.033 0.101 0.074 0.088 0.026 0.669 123 K 0.066 0.005 0.041 0.089 0.066 0.100 0.044 0.588 124 P 0.108 0.008 0.024 0.027 0.032 0.102 0.046 0.654 125 D 0.068 0.005 0.016 0.011 0.012 0.103 0.018 0.767 126 N 0.308 0.029 0.009 0.008 0.014 0.062 0.037 0.533 127 A 0.080 0.025 0.010 0.009 0.017 0.133 0.045 0.681 128 G 0.032 0.035 0.027 0.032 0.081 0.128 0.056 0.609 129 Q 0.029 0.071 0.026 0.069 0.152 0.096 0.085 0.473 130 H 0.010 0.047 0.059 0.101 0.193 0.090 0.056 0.442 131 S 0.007 0.030 0.128 0.289 0.379 0.028 0.039 0.099 132 R 0.018 0.034 0.096 0.207 0.324 0.042 0.074 0.204 133 L 0.020 0.014 0.286 0.194 0.212 0.033 0.108 0.133 134 A 0.098 0.015 0.057 0.226 0.252 0.048 0.072 0.231 135 Y 0.077 0.006 0.027 0.031 0.055 0.071 0.065 0.668 136 A 0.010 0.004 0.036 0.048 0.088 0.160 0.037 0.618 137 Q 0.022 0.004 0.029 0.017 0.040 0.099 0.046 0.744 138 A 0.064 0.010 0.026 0.044 0.034 0.129 0.073 0.620 139 G 0.015 0.014 0.091 0.047 0.100 0.111 0.088 0.534 140 G 0.011 0.014 0.157 0.080 0.213 0.094 0.067 0.365 141 I 0.004 0.005 0.423 0.152 0.158 0.047 0.064 0.149 142 V 0.004 0.009 0.455 0.110 0.139 0.048 0.084 0.153 143 F 0.015 0.012 0.452 0.095 0.107 0.068 0.097 0.153 144 E 0.030 0.013 0.223 0.102 0.110 0.134 0.150 0.239 145 P 0.024 0.008 0.290 0.042 0.104 0.089 0.166 0.277 146 F 0.013 0.010 0.273 0.063 0.172 0.067 0.209 0.194 147 F 0.022 0.017 0.282 0.091 0.149 0.088 0.072 0.279 148 I 0.020 0.014 0.229 0.110 0.134 0.123 0.098 0.270 149 S 0.020 0.062 0.092 0.036 0.060 0.185 0.094 0.450 150 N 0.148 0.515 0.013 0.004 0.008 0.075 0.043 0.194 151 D 0.090 0.709 0.013 0.003 0.003 0.036 0.026 0.119 152 T 0.030 0.875 0.005 0.002 0.002 0.012 0.016 0.059 153 D 0.072 0.856 0.005 0.002 0.002 0.007 0.029 0.028 154 L 0.229 0.596 0.008 0.003 0.005 0.024 0.049 0.087 155 A 0.138 0.083 0.015 0.011 0.015 0.047 0.379 0.313 156 L 0.030 0.044 0.008 0.006 0.010 0.099 0.376 0.427 157 F 0.036 0.086 0.014 0.010 0.016 0.126 0.107 0.605 158 K 0.050 0.104 0.009 0.009 0.014 0.103 0.044 0.668 159 T 0.175 0.247 0.006 0.004 0.005 0.076 0.066 0.420 160 T 0.164 0.455 0.006 0.003 0.003 0.057 0.064 0.249 161 K 0.048 0.652 0.003 0.001 0.002 0.025 0.116 0.152 162 W 0.018 0.679 0.009 0.002 0.002 0.031 0.108 0.151 163 G 0.004 0.892 0.005 0.006 0.004 0.011 0.043 0.035 164 I 0.004 0.970 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 0.010 165 C 0.006 0.917 0.003 0.001 0.001 0.002 0.065 0.005 166 R 0.005 0.791 0.013 0.004 0.004 0.004 0.168 0.012 167 A 0.013 0.877 0.019 0.002 0.004 0.006 0.062 0.017 168 I 0.049 0.785 0.045 0.006 0.006 0.012 0.069 0.028 169 A 0.061 0.526 0.079 0.009 0.010 0.032 0.103 0.179 170 D 0.028 0.522 0.029 0.005 0.008 0.048 0.040 0.319 171 A 0.059 0.306 0.144 0.014 0.019 0.077 0.090 0.291 172 I 0.107 0.277 0.105 0.054 0.041 0.101 0.096 0.219 173 A 0.079 0.063 0.118 0.016 0.028 0.069 0.106 0.521 174 M 0.127 0.087 0.073 0.041 0.036 0.095 0.062 0.479 175 E 0.137 0.039 0.040 0.022 0.027 0.082 0.058 0.595 176 L 0.035 0.010 0.021 0.013 0.020 0.107 0.030 0.763 177 G 0.104 0.013 0.018 0.025 0.036 0.086 0.052 0.666 178 A 0.092 0.007 0.009 0.015 0.016 0.084 0.043 0.735 179 A 0.034 0.006 0.015 0.023 0.035 0.112 0.037 0.738 180 K 0.032 0.005 0.011 0.018 0.037 0.088 0.037 0.771 181 V 0.030 0.007 0.020 0.036 0.044 0.104 0.043 0.715