# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 256.974 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.313 0.225 0.038 0.144 0.107 0.057 0.054 0.027 0.019 0.009 0.007 2 S 0.395 0.222 0.035 0.129 0.111 0.041 0.032 0.016 0.011 0.005 0.004 3 K 0.063 0.070 0.026 0.115 0.160 0.155 0.173 0.102 0.073 0.038 0.024 4 I 0.010 0.029 0.018 0.113 0.179 0.197 0.216 0.124 0.069 0.028 0.017 5 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.011 0.057 0.223 0.269 0.241 0.186 6 C 0.001 0.002 0.006 0.009 0.014 0.022 0.090 0.184 0.216 0.238 0.219 7 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.009 0.035 0.098 0.237 0.313 0.296 8 T 0.002 0.004 0.006 0.017 0.033 0.047 0.129 0.198 0.225 0.169 0.171 9 A 0.003 0.004 0.006 0.016 0.025 0.035 0.106 0.146 0.242 0.255 0.160 10 G 0.016 0.020 0.012 0.052 0.074 0.094 0.160 0.173 0.175 0.129 0.094 11 H 0.017 0.018 0.014 0.061 0.092 0.103 0.169 0.181 0.156 0.105 0.085 12 S 0.043 0.050 0.027 0.080 0.095 0.101 0.132 0.121 0.126 0.122 0.102 13 N 0.099 0.073 0.039 0.128 0.133 0.107 0.116 0.091 0.085 0.071 0.057 14 T 0.145 0.089 0.039 0.127 0.122 0.118 0.110 0.079 0.073 0.059 0.040 15 D 0.040 0.033 0.023 0.063 0.073 0.082 0.113 0.132 0.143 0.152 0.146 16 P 0.143 0.124 0.042 0.135 0.115 0.110 0.112 0.075 0.064 0.047 0.032 17 G 0.096 0.056 0.032 0.079 0.079 0.081 0.125 0.120 0.129 0.115 0.088 18 A 0.032 0.031 0.025 0.066 0.069 0.084 0.136 0.154 0.161 0.140 0.101 19 V 0.102 0.062 0.038 0.103 0.085 0.099 0.144 0.111 0.108 0.085 0.062 20 N 0.119 0.086 0.039 0.087 0.082 0.084 0.115 0.104 0.113 0.101 0.070 21 G 0.221 0.161 0.038 0.118 0.103 0.102 0.097 0.057 0.047 0.034 0.023 22 S 0.384 0.132 0.032 0.104 0.099 0.066 0.064 0.041 0.035 0.026 0.017 23 D 0.384 0.170 0.036 0.095 0.093 0.065 0.063 0.037 0.027 0.018 0.011 24 R 0.071 0.113 0.044 0.211 0.205 0.128 0.111 0.051 0.036 0.021 0.009 25 E 0.008 0.007 0.010 0.018 0.029 0.043 0.116 0.199 0.231 0.175 0.165 26 A 0.014 0.030 0.057 0.174 0.180 0.264 0.163 0.054 0.033 0.024 0.007 27 D 0.025 0.050 0.171 0.199 0.131 0.109 0.118 0.081 0.055 0.042 0.018 28 L 0.001 0.003 0.007 0.014 0.025 0.046 0.131 0.284 0.222 0.176 0.091 29 A 0.002 0.004 0.021 0.013 0.016 0.025 0.081 0.109 0.213 0.334 0.181 30 Q 0.009 0.014 0.164 0.183 0.218 0.180 0.138 0.042 0.025 0.021 0.006 31 D 0.012 0.036 0.142 0.248 0.237 0.138 0.121 0.039 0.017 0.007 0.002 32 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.066 0.235 0.365 0.311 33 R 0.002 0.004 0.018 0.029 0.039 0.119 0.348 0.147 0.156 0.089 0.048 34 N 0.033 0.029 0.659 0.162 0.044 0.036 0.020 0.008 0.004 0.003 0.001 35 I 0.001 0.003 0.016 0.039 0.061 0.266 0.444 0.111 0.040 0.014 0.005 36 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.179 0.355 0.420 37 A 0.001 0.002 0.036 0.060 0.153 0.287 0.327 0.070 0.038 0.020 0.008 38 S 0.002 0.007 0.760 0.121 0.063 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 39 I 0.001 0.003 0.022 0.017 0.030 0.103 0.384 0.235 0.111 0.065 0.029 40 L 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.005 0.037 0.101 0.207 0.330 0.306 41 R 0.004 0.014 0.294 0.156 0.243 0.101 0.100 0.043 0.018 0.020 0.006 42 N 0.018 0.032 0.457 0.185 0.150 0.090 0.049 0.012 0.004 0.002 0.001 43 D 0.277 0.133 0.150 0.141 0.098 0.075 0.076 0.020 0.015 0.012 0.004 44 Y 0.066 0.035 0.014 0.030 0.034 0.121 0.243 0.197 0.127 0.074 0.060 45 G 0.467 0.266 0.091 0.107 0.037 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 46 L 0.011 0.011 0.017 0.020 0.027 0.056 0.113 0.181 0.203 0.191 0.170 47 T 0.128 0.270 0.086 0.224 0.156 0.059 0.038 0.016 0.012 0.007 0.004 48 V 0.002 0.002 0.003 0.005 0.006 0.016 0.045 0.090 0.194 0.294 0.342 49 K 0.030 0.075 0.084 0.261 0.207 0.126 0.089 0.042 0.040 0.029 0.017 50 T 0.009 0.020 0.023 0.036 0.042 0.054 0.129 0.161 0.194 0.184 0.148 51 D 0.035 0.060 0.046 0.155 0.154 0.126 0.150 0.098 0.080 0.060 0.035 52 G 0.040 0.035 0.030 0.066 0.067 0.098 0.166 0.140 0.147 0.121 0.090 53 T 0.259 0.294 0.076 0.185 0.099 0.036 0.023 0.014 0.008 0.005 0.002 54 G 0.472 0.130 0.032 0.099 0.076 0.058 0.058 0.032 0.021 0.014 0.007 55 K 0.249 0.215 0.039 0.132 0.110 0.071 0.062 0.040 0.038 0.029 0.014 56 G 0.223 0.205 0.044 0.125 0.106 0.097 0.102 0.045 0.028 0.015 0.008 57 N 0.171 0.147 0.061 0.178 0.150 0.094 0.094 0.045 0.032 0.019 0.009 58 M 0.071 0.041 0.026 0.062 0.076 0.109 0.177 0.146 0.133 0.087 0.072 59 P 0.152 0.406 0.084 0.202 0.093 0.028 0.020 0.007 0.005 0.003 0.001 60 L 0.009 0.013 0.009 0.028 0.036 0.079 0.176 0.192 0.202 0.130 0.127 61 R 0.240 0.163 0.099 0.235 0.127 0.067 0.035 0.015 0.009 0.007 0.003 62 D 0.180 0.146 0.183 0.275 0.109 0.057 0.032 0.009 0.005 0.003 0.001 63 A 0.005 0.014 0.023 0.061 0.082 0.094 0.171 0.189 0.166 0.103 0.091 64 V 0.001 0.003 0.011 0.022 0.029 0.072 0.171 0.147 0.215 0.185 0.144 65 K 0.008 0.027 0.391 0.275 0.214 0.044 0.027 0.008 0.004 0.003 0.001 66 L 0.006 0.020 0.116 0.151 0.151 0.188 0.194 0.074 0.054 0.026 0.018 67 I 0.004 0.003 0.006 0.008 0.008 0.018 0.067 0.096 0.190 0.229 0.371 68 R 0.084 0.205 0.080 0.225 0.146 0.104 0.093 0.032 0.018 0.010 0.004 69 G 0.337 0.211 0.119 0.157 0.080 0.038 0.026 0.013 0.010 0.005 0.004 70 S 0.013 0.009 0.009 0.022 0.035 0.072 0.159 0.175 0.193 0.188 0.126 71 D 0.029 0.065 0.022 0.106 0.117 0.161 0.217 0.112 0.086 0.047 0.037 72 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.012 0.046 0.126 0.213 0.280 0.310 73 A 0.002 0.004 0.014 0.014 0.020 0.031 0.085 0.115 0.190 0.254 0.272 74 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.011 0.045 0.125 0.204 0.262 0.339 75 E 0.003 0.007 0.016 0.034 0.054 0.077 0.139 0.183 0.185 0.162 0.139 76 F 0.002 0.002 0.008 0.008 0.012 0.021 0.066 0.111 0.210 0.301 0.259 77 H 0.008 0.011 0.019 0.046 0.054 0.082 0.166 0.160 0.193 0.141 0.121 78 T 0.010 0.012 0.021 0.043 0.051 0.090 0.158 0.158 0.194 0.156 0.106 79 N 0.028 0.047 0.049 0.119 0.144 0.131 0.168 0.117 0.092 0.067 0.037 80 A 0.041 0.034 0.035 0.072 0.067 0.078 0.146 0.129 0.153 0.135 0.110 81 A 0.064 0.058 0.034 0.082 0.078 0.098 0.136 0.108 0.125 0.124 0.094 82 A 0.183 0.205 0.076 0.172 0.114 0.078 0.071 0.037 0.028 0.020 0.015 83 N 0.253 0.149 0.042 0.142 0.118 0.085 0.084 0.048 0.035 0.023 0.021 84 K 0.425 0.177 0.042 0.110 0.078 0.047 0.048 0.026 0.020 0.015 0.011 85 T 0.324 0.174 0.040 0.190 0.120 0.063 0.047 0.019 0.012 0.006 0.004 86 A 0.022 0.014 0.011 0.027 0.031 0.054 0.107 0.129 0.187 0.180 0.238 87 T 0.060 0.137 0.045 0.212 0.198 0.142 0.113 0.039 0.030 0.015 0.008 88 G 0.040 0.036 0.030 0.054 0.061 0.071 0.129 0.137 0.170 0.142 0.131 89 I 0.003 0.004 0.005 0.012 0.024 0.038 0.092 0.172 0.213 0.245 0.192 90 E 0.005 0.011 0.013 0.035 0.043 0.059 0.140 0.208 0.192 0.160 0.132 91 A 0.001 0.002 0.005 0.008 0.010 0.015 0.055 0.104 0.203 0.303 0.292 92 L 0.005 0.006 0.010 0.022 0.023 0.043 0.114 0.130 0.229 0.193 0.224 93 S 0.009 0.013 0.016 0.045 0.054 0.098 0.185 0.179 0.177 0.121 0.102 94 T 0.023 0.032 0.023 0.086 0.114 0.140 0.197 0.147 0.109 0.081 0.049 95 P 0.183 0.108 0.050 0.132 0.122 0.094 0.109 0.075 0.057 0.043 0.027 96 K 0.270 0.230 0.045 0.139 0.113 0.060 0.059 0.034 0.023 0.018 0.008 97 N 0.170 0.174 0.044 0.118 0.105 0.082 0.102 0.069 0.060 0.047 0.031 98 K 0.175 0.122 0.046 0.145 0.148 0.136 0.109 0.054 0.033 0.020 0.012 99 R 0.531 0.184 0.089 0.104 0.037 0.021 0.017 0.008 0.004 0.003 0.001 100 W 0.012 0.028 0.021 0.089 0.114 0.170 0.224 0.157 0.102 0.056 0.027 101 C 0.003 0.004 0.009 0.014 0.024 0.043 0.126 0.175 0.226 0.216 0.159 102 Q 0.027 0.034 0.196 0.248 0.174 0.180 0.091 0.023 0.014 0.011 0.003 103 V 0.007 0.024 0.175 0.210 0.181 0.154 0.138 0.067 0.026 0.012 0.005 104 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.041 0.118 0.238 0.335 0.254 105 G 0.001 0.001 0.011 0.012 0.017 0.067 0.234 0.176 0.217 0.159 0.104 106 K 0.009 0.013 0.613 0.203 0.076 0.049 0.021 0.007 0.004 0.003 0.001 107 A 0.002 0.006 0.047 0.074 0.115 0.282 0.348 0.081 0.031 0.012 0.004 108 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.017 0.065 0.192 0.354 0.363 109 A 0.002 0.005 0.049 0.046 0.080 0.169 0.290 0.141 0.101 0.078 0.039 110 K 0.005 0.014 0.687 0.148 0.090 0.030 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 111 K 0.020 0.030 0.099 0.129 0.156 0.213 0.250 0.057 0.028 0.014 0.005 112 T 0.007 0.004 0.007 0.007 0.007 0.017 0.075 0.149 0.230 0.253 0.244 113 G 0.104 0.113 0.114 0.161 0.124 0.117 0.119 0.059 0.046 0.029 0.015 114 W 0.054 0.070 0.202 0.154 0.126 0.095 0.105 0.062 0.062 0.044 0.026 115 K 0.094 0.086 0.066 0.152 0.129 0.140 0.156 0.068 0.057 0.033 0.018 116 L 0.026 0.019 0.013 0.024 0.026 0.047 0.122 0.161 0.208 0.176 0.179 117 R 0.077 0.149 0.074 0.138 0.123 0.102 0.117 0.080 0.058 0.049 0.033 118 G 0.147 0.120 0.071 0.139 0.114 0.109 0.116 0.075 0.050 0.035 0.022 119 E 0.438 0.209 0.055 0.118 0.070 0.036 0.031 0.018 0.013 0.008 0.005 120 D 0.193 0.116 0.029 0.110 0.114 0.107 0.130 0.085 0.058 0.037 0.021 121 G 0.331 0.153 0.051 0.136 0.098 0.067 0.065 0.038 0.030 0.020 0.011 122 F 0.029 0.037 0.034 0.080 0.094 0.115 0.177 0.155 0.131 0.094 0.054 123 K 0.058 0.111 0.076 0.154 0.129 0.118 0.146 0.083 0.063 0.040 0.020 124 P 0.084 0.071 0.045 0.118 0.127 0.121 0.170 0.106 0.075 0.051 0.032 125 D 0.290 0.160 0.083 0.149 0.107 0.065 0.060 0.034 0.026 0.017 0.009 126 N 0.296 0.173 0.054 0.132 0.094 0.076 0.079 0.038 0.029 0.018 0.011 127 A 0.151 0.101 0.036 0.131 0.120 0.103 0.131 0.086 0.065 0.042 0.032 128 G 0.262 0.162 0.047 0.139 0.124 0.089 0.078 0.041 0.030 0.018 0.009 129 Q 0.111 0.208 0.072 0.228 0.169 0.097 0.063 0.024 0.016 0.007 0.004 130 H 0.022 0.019 0.017 0.060 0.071 0.104 0.175 0.165 0.159 0.109 0.099 131 S 0.009 0.020 0.021 0.070 0.098 0.128 0.208 0.173 0.131 0.090 0.053 132 R 0.004 0.021 0.046 0.126 0.118 0.108 0.162 0.161 0.124 0.081 0.050 133 L 0.001 0.001 0.006 0.006 0.006 0.014 0.048 0.080 0.201 0.279 0.357 134 A 0.008 0.015 0.043 0.147 0.129 0.160 0.212 0.099 0.094 0.056 0.038 135 Y 0.017 0.041 0.078 0.152 0.122 0.141 0.148 0.091 0.086 0.065 0.058 136 A 0.004 0.004 0.009 0.019 0.025 0.050 0.122 0.185 0.181 0.193 0.207 137 Q 0.083 0.137 0.107 0.245 0.163 0.084 0.082 0.040 0.030 0.021 0.009 138 A 0.011 0.012 0.023 0.030 0.034 0.053 0.130 0.161 0.202 0.195 0.150 139 G 0.022 0.034 0.050 0.062 0.074 0.108 0.208 0.114 0.141 0.109 0.080 140 G 0.002 0.003 0.005 0.004 0.006 0.012 0.057 0.097 0.218 0.246 0.350 141 I 0.002 0.003 0.008 0.006 0.012 0.021 0.085 0.132 0.233 0.238 0.258 142 V 0.002 0.003 0.013 0.007 0.012 0.020 0.074 0.101 0.187 0.242 0.341 143 F 0.002 0.002 0.008 0.008 0.017 0.025 0.085 0.132 0.222 0.213 0.286 144 E 0.002 0.003 0.007 0.010 0.023 0.029 0.092 0.181 0.228 0.196 0.230 145 P 0.003 0.005 0.013 0.016 0.029 0.041 0.110 0.151 0.232 0.230 0.171 146 F 0.006 0.010 0.023 0.028 0.043 0.071 0.164 0.168 0.194 0.169 0.125 147 F 0.011 0.013 0.028 0.058 0.071 0.085 0.168 0.164 0.169 0.129 0.104 148 I 0.012 0.011 0.021 0.030 0.048 0.058 0.148 0.181 0.184 0.181 0.124 149 S 0.032 0.161 0.085 0.145 0.142 0.097 0.128 0.080 0.057 0.049 0.025 150 N 0.021 0.035 0.022 0.063 0.085 0.158 0.234 0.161 0.097 0.076 0.049 151 D 0.751 0.109 0.057 0.052 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 152 T 0.357 0.234 0.070 0.169 0.095 0.038 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 153 D 0.042 0.062 0.035 0.070 0.063 0.081 0.156 0.120 0.156 0.126 0.090 154 L 0.005 0.011 0.028 0.087 0.136 0.284 0.254 0.101 0.055 0.027 0.012 155 A 0.053 0.050 0.617 0.163 0.048 0.034 0.020 0.008 0.005 0.003 0.001 156 L 0.003 0.014 0.051 0.105 0.163 0.181 0.248 0.130 0.065 0.028 0.013 157 F 0.001 0.002 0.008 0.006 0.007 0.015 0.062 0.129 0.229 0.294 0.247 158 K 0.010 0.030 0.215 0.232 0.282 0.100 0.084 0.024 0.012 0.009 0.003 159 T 0.053 0.117 0.388 0.170 0.108 0.061 0.056 0.022 0.013 0.008 0.004 160 T 0.298 0.126 0.054 0.135 0.116 0.092 0.102 0.032 0.025 0.014 0.006 161 K 0.394 0.195 0.043 0.116 0.084 0.050 0.059 0.026 0.020 0.009 0.005 162 W 0.036 0.047 0.042 0.120 0.139 0.153 0.160 0.111 0.090 0.057 0.045 163 G 0.013 0.045 0.047 0.133 0.153 0.191 0.225 0.108 0.050 0.024 0.010 164 I 0.001 0.005 0.016 0.019 0.026 0.038 0.109 0.160 0.217 0.230 0.179 165 C 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.021 0.078 0.131 0.219 0.262 0.272 166 R 0.003 0.012 0.107 0.244 0.258 0.148 0.115 0.048 0.031 0.024 0.010 167 A 0.001 0.002 0.010 0.014 0.020 0.063 0.158 0.236 0.206 0.168 0.123 168 I 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.006 0.030 0.064 0.193 0.311 0.385 169 A 0.001 0.001 0.009 0.011 0.014 0.059 0.143 0.163 0.231 0.223 0.145 170 D 0.002 0.014 0.106 0.212 0.289 0.151 0.123 0.055 0.029 0.014 0.005 171 A 0.001 0.002 0.008 0.006 0.007 0.020 0.092 0.174 0.240 0.273 0.178 172 I 0.005 0.005 0.011 0.013 0.009 0.019 0.072 0.088 0.226 0.273 0.277 173 A 0.010 0.020 0.042 0.060 0.056 0.104 0.178 0.161 0.152 0.111 0.104 174 M 0.016 0.032 0.052 0.090 0.107 0.150 0.200 0.135 0.105 0.066 0.046 175 E 0.134 0.129 0.077 0.182 0.135 0.079 0.102 0.063 0.046 0.036 0.015 176 L 0.046 0.032 0.017 0.052 0.052 0.093 0.159 0.163 0.162 0.129 0.096 177 G 0.335 0.283 0.072 0.138 0.075 0.038 0.026 0.014 0.009 0.007 0.004 178 A 0.134 0.096 0.046 0.116 0.091 0.095 0.122 0.087 0.083 0.076 0.053 179 A 0.302 0.153 0.045 0.108 0.086 0.072 0.076 0.049 0.047 0.035 0.026 180 K 0.308 0.312 0.062 0.137 0.088 0.036 0.028 0.013 0.009 0.006 0.003 181 V 0.329 0.095 0.048 0.096 0.088 0.086 0.089 0.066 0.049 0.033 0.022