# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 256.974 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.001 0.001 0.009 0.010 0.017 0.036 0.001 0.001 0.001 0.911 2 S 0.006 0.001 0.001 0.010 0.005 0.007 0.059 0.001 0.001 0.001 0.912 3 K 0.048 0.001 0.001 0.090 0.021 0.027 0.137 0.001 0.001 0.001 0.675 4 I 0.015 0.001 0.001 0.515 0.046 0.052 0.063 0.001 0.001 0.001 0.307 5 I 0.001 0.001 0.001 0.878 0.044 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.026 6 C 0.001 0.001 0.001 0.959 0.010 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 7 L 0.001 0.001 0.001 0.975 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 8 T 0.001 0.001 0.001 0.847 0.018 0.025 0.036 0.001 0.001 0.003 0.070 9 A 0.001 0.001 0.001 0.426 0.012 0.021 0.104 0.001 0.001 0.004 0.430 10 G 0.003 0.001 0.001 0.170 0.005 0.010 0.416 0.001 0.001 0.024 0.371 11 H 0.213 0.001 0.001 0.047 0.007 0.016 0.227 0.001 0.001 0.032 0.455 12 S 0.036 0.004 0.001 0.019 0.006 0.006 0.130 0.002 0.001 0.012 0.784 13 N 0.055 0.003 0.004 0.016 0.015 0.023 0.125 0.002 0.001 0.012 0.744 14 T 0.312 0.004 0.007 0.020 0.018 0.052 0.122 0.001 0.001 0.008 0.455 15 D 0.137 0.006 0.003 0.026 0.029 0.040 0.440 0.001 0.001 0.011 0.305 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.989 17 G 0.016 0.004 0.003 0.056 0.050 0.100 0.280 0.001 0.001 0.021 0.468 18 A 0.614 0.005 0.003 0.027 0.022 0.037 0.098 0.001 0.001 0.008 0.186 19 V 0.063 0.039 0.002 0.068 0.157 0.164 0.134 0.001 0.001 0.008 0.363 20 N 0.046 0.034 0.003 0.062 0.089 0.129 0.147 0.001 0.001 0.007 0.481 21 G 0.072 0.016 0.002 0.042 0.026 0.051 0.110 0.003 0.001 0.010 0.669 22 S 0.134 0.009 0.009 0.018 0.021 0.034 0.235 0.003 0.001 0.009 0.528 23 D 0.080 0.008 0.006 0.019 0.020 0.038 0.132 0.001 0.001 0.006 0.690 24 R 0.015 0.010 0.003 0.017 0.022 0.040 0.280 0.001 0.001 0.005 0.607 25 E 0.070 0.035 0.002 0.020 0.024 0.066 0.262 0.001 0.001 0.004 0.515 26 A 0.050 0.167 0.002 0.015 0.029 0.061 0.115 0.001 0.001 0.004 0.557 27 D 0.035 0.258 0.002 0.009 0.021 0.031 0.158 0.002 0.001 0.007 0.478 28 L 0.064 0.544 0.008 0.010 0.016 0.020 0.078 0.002 0.001 0.003 0.254 29 A 0.014 0.805 0.002 0.004 0.006 0.011 0.047 0.001 0.001 0.001 0.110 30 Q 0.012 0.831 0.001 0.001 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.128 31 D 0.011 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.066 32 M 0.007 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 33 R 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 34 N 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 35 I 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 36 V 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 37 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 S 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 39 I 0.016 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 40 L 0.014 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 41 R 0.020 0.942 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.012 42 N 0.021 0.897 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.022 43 D 0.212 0.622 0.014 0.003 0.001 0.001 0.004 0.100 0.001 0.001 0.042 44 Y 0.220 0.377 0.054 0.007 0.005 0.004 0.027 0.141 0.001 0.004 0.160 45 G 0.302 0.037 0.147 0.060 0.021 0.020 0.032 0.063 0.001 0.096 0.222 46 L 0.053 0.003 0.605 0.032 0.012 0.011 0.110 0.005 0.001 0.002 0.165 47 T 0.032 0.001 0.002 0.471 0.168 0.153 0.055 0.001 0.001 0.007 0.108 48 V 0.001 0.001 0.001 0.062 0.019 0.028 0.084 0.001 0.001 0.001 0.803 49 K 0.004 0.001 0.001 0.587 0.128 0.251 0.006 0.001 0.001 0.002 0.022 50 T 0.010 0.001 0.001 0.201 0.108 0.122 0.073 0.001 0.001 0.002 0.481 51 D 0.017 0.001 0.001 0.165 0.192 0.447 0.022 0.001 0.001 0.002 0.153 52 G 0.010 0.001 0.001 0.091 0.050 0.075 0.300 0.001 0.001 0.010 0.463 53 T 0.019 0.001 0.001 0.017 0.012 0.020 0.338 0.001 0.001 0.006 0.588 54 G 0.025 0.001 0.001 0.017 0.017 0.022 0.199 0.001 0.001 0.043 0.675 55 K 0.196 0.003 0.004 0.014 0.015 0.024 0.313 0.001 0.001 0.013 0.416 56 G 0.114 0.005 0.002 0.020 0.033 0.044 0.150 0.001 0.001 0.008 0.623 57 N 0.053 0.004 0.004 0.011 0.024 0.074 0.109 0.001 0.001 0.003 0.717 58 M 0.204 0.006 0.004 0.042 0.073 0.143 0.076 0.001 0.001 0.003 0.448 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.973 60 L 0.014 0.005 0.001 0.015 0.034 0.193 0.085 0.001 0.001 0.001 0.653 61 R 0.025 0.056 0.001 0.013 0.012 0.027 0.144 0.001 0.001 0.006 0.717 62 D 0.080 0.079 0.001 0.004 0.008 0.013 0.263 0.001 0.001 0.008 0.544 63 A 0.133 0.545 0.002 0.005 0.008 0.014 0.057 0.002 0.001 0.003 0.233 64 V 0.036 0.801 0.002 0.004 0.007 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.120 65 K 0.031 0.815 0.003 0.005 0.016 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.105 66 L 0.046 0.815 0.002 0.004 0.011 0.008 0.004 0.017 0.001 0.001 0.092 67 I 0.152 0.715 0.004 0.008 0.011 0.014 0.004 0.032 0.001 0.001 0.062 68 R 0.111 0.398 0.012 0.014 0.012 0.013 0.036 0.060 0.001 0.002 0.341 69 G 0.253 0.047 0.021 0.023 0.013 0.017 0.034 0.054 0.001 0.011 0.527 70 S 0.188 0.015 0.085 0.048 0.013 0.017 0.183 0.008 0.001 0.002 0.440 71 D 0.058 0.006 0.010 0.260 0.078 0.060 0.138 0.002 0.001 0.019 0.369 72 V 0.024 0.005 0.012 0.421 0.124 0.110 0.100 0.001 0.001 0.004 0.200 73 A 0.004 0.001 0.001 0.822 0.056 0.059 0.019 0.001 0.001 0.002 0.036 74 I 0.002 0.001 0.001 0.771 0.086 0.122 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 75 E 0.001 0.002 0.001 0.814 0.043 0.101 0.006 0.001 0.001 0.001 0.032 76 F 0.001 0.003 0.001 0.771 0.076 0.094 0.011 0.001 0.001 0.002 0.041 77 H 0.003 0.009 0.001 0.513 0.105 0.170 0.044 0.001 0.001 0.003 0.151 78 T 0.009 0.019 0.003 0.262 0.110 0.209 0.069 0.001 0.001 0.006 0.313 79 N 0.017 0.019 0.002 0.075 0.058 0.141 0.205 0.001 0.001 0.012 0.470 80 A 0.168 0.043 0.004 0.070 0.026 0.062 0.136 0.003 0.001 0.019 0.469 81 A 0.111 0.155 0.005 0.030 0.041 0.050 0.242 0.006 0.001 0.018 0.343 82 A 0.199 0.072 0.005 0.009 0.008 0.014 0.279 0.013 0.001 0.011 0.389 83 N 0.395 0.160 0.013 0.008 0.010 0.023 0.105 0.028 0.001 0.010 0.247 84 K 0.288 0.072 0.028 0.016 0.019 0.029 0.039 0.022 0.001 0.046 0.440 85 T 0.071 0.018 0.168 0.017 0.016 0.013 0.259 0.010 0.001 0.010 0.417 86 A 0.213 0.020 0.015 0.068 0.051 0.075 0.150 0.004 0.001 0.014 0.391 87 T 0.058 0.032 0.005 0.071 0.094 0.139 0.192 0.004 0.001 0.008 0.396 88 G 0.095 0.008 0.002 0.154 0.141 0.229 0.084 0.004 0.001 0.020 0.262 89 I 0.074 0.006 0.018 0.157 0.117 0.155 0.117 0.002 0.001 0.004 0.348 90 E 0.012 0.001 0.001 0.195 0.385 0.348 0.023 0.001 0.001 0.002 0.033 91 A 0.002 0.001 0.001 0.122 0.158 0.184 0.048 0.001 0.001 0.001 0.485 92 L 0.002 0.001 0.001 0.378 0.175 0.417 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 93 S 0.009 0.004 0.001 0.286 0.164 0.329 0.028 0.001 0.001 0.005 0.173 94 T 0.008 0.003 0.001 0.178 0.172 0.337 0.059 0.001 0.001 0.003 0.239 95 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.961 96 K 0.004 0.001 0.001 0.010 0.004 0.010 0.306 0.001 0.001 0.002 0.663 97 N 0.237 0.006 0.001 0.010 0.006 0.014 0.195 0.001 0.001 0.048 0.482 98 K 0.255 0.030 0.006 0.015 0.006 0.013 0.099 0.001 0.001 0.019 0.556 99 R 0.025 0.024 0.003 0.006 0.005 0.007 0.263 0.001 0.001 0.004 0.662 100 W 0.067 0.079 0.003 0.007 0.006 0.016 0.241 0.001 0.001 0.005 0.574 101 C 0.086 0.385 0.003 0.008 0.003 0.017 0.069 0.002 0.001 0.002 0.423 102 Q 0.041 0.582 0.004 0.005 0.003 0.006 0.045 0.002 0.001 0.002 0.312 103 V 0.023 0.717 0.004 0.002 0.002 0.002 0.034 0.002 0.001 0.001 0.215 104 L 0.013 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.059 105 G 0.007 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 106 K 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 107 A 0.010 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.031 108 V 0.012 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 109 A 0.005 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 110 K 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 111 K 0.043 0.905 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.033 112 T 0.063 0.883 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.030 113 G 0.070 0.783 0.025 0.004 0.002 0.003 0.004 0.022 0.001 0.001 0.086 114 W 0.056 0.690 0.031 0.009 0.005 0.004 0.011 0.025 0.001 0.001 0.168 115 K 0.134 0.573 0.019 0.016 0.007 0.007 0.017 0.030 0.001 0.001 0.196 116 L 0.136 0.436 0.021 0.016 0.014 0.020 0.028 0.035 0.001 0.002 0.292 117 R 0.120 0.161 0.038 0.034 0.029 0.043 0.079 0.032 0.001 0.003 0.461 118 G 0.055 0.029 0.008 0.020 0.014 0.024 0.059 0.013 0.001 0.003 0.776 119 E 0.054 0.023 0.005 0.024 0.015 0.025 0.195 0.005 0.001 0.004 0.649 120 D 0.091 0.019 0.004 0.022 0.014 0.018 0.229 0.004 0.001 0.023 0.576 121 G 0.263 0.016 0.014 0.064 0.026 0.032 0.097 0.006 0.001 0.063 0.420 122 F 0.103 0.006 0.067 0.042 0.017 0.029 0.227 0.002 0.001 0.006 0.501 123 K 0.062 0.003 0.004 0.136 0.117 0.127 0.125 0.001 0.001 0.004 0.421 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.986 125 D 0.026 0.002 0.001 0.096 0.125 0.374 0.042 0.001 0.001 0.001 0.333 126 N 0.043 0.003 0.001 0.035 0.028 0.030 0.187 0.001 0.001 0.008 0.664 127 A 0.137 0.006 0.001 0.035 0.039 0.067 0.140 0.001 0.001 0.018 0.558 128 G 0.064 0.005 0.001 0.019 0.020 0.021 0.481 0.001 0.001 0.022 0.367 129 Q 0.129 0.003 0.002 0.019 0.022 0.029 0.368 0.001 0.001 0.011 0.417 130 H 0.096 0.015 0.011 0.059 0.081 0.132 0.119 0.001 0.001 0.011 0.474 131 S 0.038 0.008 0.003 0.141 0.328 0.322 0.081 0.001 0.001 0.005 0.074 132 R 0.014 0.015 0.002 0.105 0.147 0.207 0.072 0.001 0.001 0.002 0.434 133 L 0.009 0.022 0.001 0.319 0.177 0.409 0.014 0.001 0.001 0.005 0.044 134 A 0.013 0.040 0.001 0.146 0.230 0.299 0.082 0.001 0.001 0.004 0.185 135 Y 0.023 0.047 0.002 0.163 0.126 0.230 0.049 0.004 0.001 0.004 0.353 136 A 0.047 0.034 0.005 0.118 0.095 0.189 0.124 0.003 0.001 0.008 0.377 137 Q 0.102 0.015 0.010 0.059 0.043 0.060 0.140 0.005 0.001 0.019 0.547 138 A 0.179 0.011 0.010 0.064 0.076 0.117 0.085 0.002 0.001 0.009 0.446 139 G 0.011 0.001 0.001 0.021 0.013 0.020 0.075 0.001 0.001 0.001 0.856 140 G 0.054 0.004 0.003 0.231 0.148 0.185 0.108 0.001 0.001 0.007 0.260 141 I 0.036 0.006 0.002 0.422 0.156 0.132 0.049 0.001 0.001 0.003 0.193 142 V 0.004 0.003 0.001 0.666 0.113 0.162 0.012 0.001 0.001 0.002 0.037 143 F 0.002 0.004 0.001 0.714 0.075 0.140 0.010 0.001 0.001 0.003 0.052 144 E 0.001 0.003 0.001 0.650 0.126 0.185 0.006 0.001 0.001 0.001 0.026 145 P 0.001 0.003 0.001 0.169 0.038 0.083 0.036 0.001 0.001 0.001 0.667 146 F 0.005 0.004 0.001 0.443 0.137 0.284 0.030 0.001 0.001 0.004 0.092 147 F 0.040 0.013 0.003 0.173 0.143 0.159 0.053 0.002 0.001 0.004 0.410 148 I 0.086 0.017 0.004 0.161 0.199 0.261 0.025 0.002 0.001 0.004 0.242 149 S 0.066 0.022 0.005 0.069 0.131 0.175 0.103 0.001 0.001 0.003 0.425 150 N 0.041 0.012 0.004 0.049 0.035 0.065 0.183 0.002 0.001 0.013 0.598 151 D 0.027 0.006 0.006 0.025 0.005 0.015 0.339 0.001 0.001 0.013 0.563 152 T 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.002 0.694 0.001 0.001 0.013 0.271 153 D 0.131 0.049 0.003 0.009 0.002 0.009 0.522 0.001 0.001 0.021 0.254 154 L 0.169 0.598 0.009 0.009 0.005 0.012 0.063 0.002 0.001 0.004 0.131 155 A 0.043 0.789 0.007 0.004 0.021 0.015 0.044 0.002 0.001 0.002 0.073 156 L 0.148 0.693 0.004 0.003 0.008 0.013 0.012 0.023 0.001 0.001 0.096 157 F 0.259 0.589 0.005 0.003 0.009 0.020 0.004 0.066 0.001 0.001 0.044 158 K 0.152 0.545 0.044 0.007 0.013 0.018 0.029 0.080 0.001 0.001 0.112 159 T 0.066 0.350 0.057 0.015 0.017 0.030 0.045 0.052 0.001 0.004 0.364 160 T 0.024 0.028 0.009 0.008 0.003 0.007 0.020 0.007 0.001 0.007 0.888 161 K 0.015 0.012 0.018 0.004 0.001 0.002 0.634 0.001 0.001 0.004 0.309 162 W 0.194 0.063 0.006 0.009 0.001 0.004 0.429 0.001 0.001 0.015 0.279 163 G 0.121 0.493 0.007 0.009 0.003 0.004 0.071 0.003 0.001 0.006 0.282 164 I 0.028 0.529 0.017 0.013 0.003 0.004 0.072 0.002 0.001 0.002 0.331 165 C 0.021 0.755 0.004 0.009 0.003 0.009 0.013 0.003 0.001 0.001 0.182 166 R 0.014 0.875 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.090 167 A 0.010 0.920 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.057 168 I 0.021 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.033 169 A 0.010 0.964 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 170 D 0.019 0.921 0.003 0.002 0.003 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.041 171 A 0.129 0.781 0.008 0.004 0.002 0.002 0.002 0.021 0.001 0.001 0.051 172 I 0.050 0.850 0.013 0.007 0.008 0.006 0.006 0.013 0.001 0.001 0.046 173 A 0.061 0.612 0.032 0.026 0.019 0.025 0.018 0.021 0.001 0.001 0.185 174 M 0.058 0.511 0.022 0.056 0.041 0.049 0.022 0.015 0.001 0.001 0.226 175 E 0.068 0.419 0.011 0.041 0.050 0.051 0.080 0.015 0.001 0.002 0.264 176 L 0.090 0.318 0.014 0.028 0.041 0.053 0.073 0.015 0.001 0.003 0.365 177 G 0.123 0.130 0.016 0.036 0.037 0.066 0.080 0.019 0.001 0.010 0.483 178 A 0.159 0.041 0.039 0.025 0.017 0.025 0.069 0.007 0.001 0.004 0.615 179 A 0.045 0.035 0.009 0.030 0.029 0.047 0.116 0.004 0.001 0.005 0.680 180 K 0.084 0.029 0.007 0.032 0.026 0.044 0.101 0.004 0.001 0.005 0.669 181 V 0.049 0.024 0.004 0.026 0.020 0.031 0.062 0.002 0.001 0.002 0.780