# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 256.974 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.002 0.016 0.027 0.034 0.051 0.005 0.848 2 S 0.013 0.002 0.040 0.079 0.061 0.062 0.008 0.733 3 K 0.097 0.001 0.131 0.089 0.109 0.105 0.012 0.457 4 I 0.008 0.001 0.561 0.099 0.091 0.028 0.001 0.211 5 I 0.001 0.001 0.769 0.119 0.093 0.004 0.001 0.015 6 C 0.001 0.001 0.906 0.037 0.045 0.001 0.001 0.011 7 L 0.001 0.001 0.957 0.014 0.023 0.001 0.001 0.006 8 T 0.001 0.001 0.863 0.033 0.056 0.014 0.001 0.034 9 A 0.001 0.001 0.476 0.026 0.080 0.032 0.001 0.385 10 G 0.002 0.001 0.055 0.007 0.032 0.682 0.002 0.220 11 H 0.172 0.001 0.027 0.008 0.013 0.362 0.012 0.406 12 S 0.028 0.007 0.053 0.020 0.013 0.159 0.008 0.712 13 N 0.059 0.006 0.039 0.032 0.056 0.167 0.021 0.619 14 T 0.100 0.007 0.029 0.020 0.045 0.179 0.013 0.608 15 D 0.070 0.012 0.027 0.053 0.119 0.217 0.007 0.496 16 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.001 0.985 17 G 0.027 0.012 0.017 0.044 0.089 0.354 0.010 0.448 18 A 0.553 0.012 0.026 0.040 0.054 0.083 0.017 0.216 19 V 0.091 0.060 0.065 0.125 0.139 0.097 0.009 0.414 20 N 0.039 0.021 0.051 0.056 0.124 0.096 0.012 0.602 21 G 0.080 0.020 0.044 0.041 0.054 0.087 0.026 0.649 22 S 0.118 0.008 0.014 0.017 0.020 0.114 0.014 0.695 23 D 0.024 0.003 0.015 0.011 0.020 0.085 0.002 0.840 24 R 0.022 0.013 0.012 0.034 0.065 0.232 0.003 0.618 25 E 0.080 0.026 0.019 0.020 0.082 0.343 0.003 0.428 26 A 0.048 0.134 0.009 0.023 0.041 0.163 0.004 0.577 27 D 0.055 0.321 0.007 0.016 0.021 0.109 0.006 0.464 28 L 0.079 0.657 0.007 0.011 0.019 0.054 0.006 0.167 29 A 0.026 0.853 0.008 0.006 0.016 0.027 0.004 0.060 30 Q 0.022 0.867 0.004 0.004 0.010 0.018 0.004 0.072 31 D 0.017 0.870 0.001 0.001 0.002 0.015 0.003 0.090 32 M 0.015 0.926 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.044 33 R 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 34 N 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 35 I 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 36 V 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 37 A 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 38 S 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 39 I 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 40 L 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 41 R 0.031 0.916 0.005 0.002 0.003 0.003 0.009 0.030 42 N 0.122 0.699 0.006 0.004 0.004 0.006 0.052 0.108 43 D 0.277 0.395 0.028 0.005 0.004 0.010 0.122 0.158 44 Y 0.134 0.214 0.073 0.027 0.010 0.029 0.120 0.393 45 G 0.114 0.019 0.187 0.049 0.034 0.079 0.111 0.407 46 L 0.128 0.005 0.337 0.073 0.093 0.098 0.009 0.257 47 T 0.008 0.001 0.311 0.247 0.204 0.041 0.002 0.187 48 V 0.002 0.001 0.079 0.106 0.153 0.031 0.001 0.628 49 K 0.002 0.001 0.376 0.297 0.278 0.010 0.001 0.036 50 T 0.004 0.001 0.095 0.331 0.266 0.046 0.001 0.256 51 D 0.004 0.001 0.119 0.240 0.440 0.025 0.002 0.170 52 G 0.009 0.001 0.062 0.079 0.171 0.173 0.003 0.502 53 T 0.019 0.001 0.017 0.023 0.040 0.468 0.008 0.424 54 G 0.052 0.005 0.018 0.021 0.022 0.189 0.027 0.666 55 K 0.209 0.006 0.015 0.015 0.024 0.358 0.014 0.359 56 G 0.053 0.006 0.051 0.061 0.053 0.155 0.013 0.608 57 N 0.091 0.007 0.017 0.054 0.160 0.160 0.011 0.502 58 M 0.092 0.006 0.048 0.130 0.206 0.078 0.003 0.437 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.993 60 L 0.010 0.007 0.007 0.026 0.205 0.101 0.001 0.643 61 R 0.035 0.023 0.004 0.008 0.030 0.134 0.003 0.763 62 D 0.050 0.076 0.002 0.005 0.011 0.215 0.004 0.636 63 A 0.106 0.650 0.004 0.005 0.007 0.044 0.004 0.180 64 V 0.031 0.882 0.005 0.005 0.009 0.008 0.004 0.056 65 K 0.015 0.900 0.009 0.013 0.013 0.005 0.005 0.041 66 L 0.084 0.732 0.013 0.012 0.021 0.011 0.031 0.097 67 I 0.088 0.798 0.028 0.020 0.018 0.005 0.018 0.025 68 R 0.059 0.443 0.081 0.067 0.056 0.046 0.073 0.176 69 G 0.155 0.050 0.054 0.030 0.029 0.044 0.084 0.554 70 S 0.187 0.010 0.178 0.033 0.025 0.096 0.026 0.444 71 D 0.039 0.007 0.313 0.150 0.082 0.172 0.019 0.218 72 V 0.015 0.003 0.552 0.081 0.150 0.054 0.004 0.141 73 A 0.001 0.001 0.690 0.134 0.131 0.015 0.001 0.027 74 I 0.001 0.002 0.621 0.202 0.145 0.008 0.001 0.020 75 E 0.001 0.001 0.748 0.072 0.139 0.006 0.001 0.032 76 F 0.001 0.002 0.571 0.135 0.214 0.018 0.001 0.057 77 H 0.006 0.007 0.318 0.131 0.323 0.064 0.003 0.150 78 T 0.016 0.017 0.235 0.120 0.297 0.098 0.007 0.211 79 N 0.050 0.044 0.076 0.126 0.184 0.107 0.019 0.394 80 A 0.154 0.037 0.082 0.063 0.132 0.105 0.026 0.401 81 A 0.090 0.076 0.031 0.062 0.103 0.211 0.020 0.406 82 A 0.146 0.075 0.023 0.028 0.048 0.156 0.036 0.488 83 N 0.150 0.188 0.028 0.031 0.033 0.106 0.032 0.431 84 K 0.246 0.076 0.030 0.021 0.024 0.065 0.061 0.476 85 T 0.150 0.031 0.040 0.025 0.031 0.283 0.041 0.398 86 A 0.133 0.031 0.066 0.043 0.069 0.148 0.028 0.482 87 T 0.071 0.028 0.071 0.131 0.134 0.178 0.015 0.372 88 G 0.066 0.008 0.118 0.138 0.171 0.124 0.029 0.345 89 I 0.092 0.004 0.169 0.130 0.248 0.105 0.005 0.247 90 E 0.005 0.001 0.172 0.445 0.314 0.017 0.001 0.043 91 A 0.003 0.001 0.042 0.122 0.267 0.019 0.001 0.546 92 L 0.001 0.001 0.365 0.268 0.331 0.005 0.001 0.028 93 S 0.006 0.002 0.129 0.262 0.305 0.029 0.002 0.266 94 T 0.006 0.001 0.167 0.159 0.440 0.031 0.002 0.194 95 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 96 K 0.005 0.001 0.010 0.011 0.034 0.223 0.002 0.713 97 N 0.189 0.003 0.005 0.004 0.006 0.154 0.009 0.629 98 K 0.169 0.030 0.013 0.007 0.012 0.116 0.007 0.646 99 R 0.041 0.043 0.008 0.006 0.010 0.335 0.004 0.554 100 W 0.082 0.164 0.009 0.005 0.011 0.252 0.006 0.470 101 C 0.067 0.596 0.006 0.005 0.009 0.073 0.006 0.239 102 Q 0.034 0.730 0.008 0.004 0.007 0.041 0.005 0.171 103 V 0.021 0.828 0.003 0.003 0.004 0.032 0.003 0.105 104 L 0.013 0.934 0.001 0.002 0.004 0.010 0.002 0.033 105 G 0.009 0.951 0.002 0.001 0.004 0.005 0.002 0.026 106 K 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 107 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 108 V 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 109 A 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 110 K 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 111 K 0.039 0.921 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 112 T 0.038 0.903 0.007 0.002 0.002 0.002 0.016 0.031 113 G 0.070 0.681 0.035 0.010 0.015 0.017 0.029 0.143 114 W 0.062 0.546 0.049 0.017 0.016 0.034 0.027 0.248 115 K 0.134 0.389 0.050 0.016 0.016 0.039 0.044 0.312 116 L 0.137 0.303 0.106 0.032 0.026 0.041 0.031 0.323 117 R 0.064 0.132 0.121 0.068 0.067 0.074 0.022 0.452 118 G 0.023 0.032 0.043 0.025 0.040 0.042 0.011 0.786 119 E 0.053 0.028 0.030 0.017 0.026 0.118 0.016 0.711 120 D 0.166 0.025 0.028 0.025 0.016 0.093 0.034 0.612 121 G 0.266 0.011 0.046 0.029 0.030 0.100 0.045 0.473 122 F 0.159 0.006 0.124 0.041 0.086 0.108 0.011 0.464 123 K 0.018 0.004 0.052 0.164 0.164 0.081 0.002 0.515 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 125 D 0.006 0.002 0.026 0.058 0.182 0.122 0.002 0.603 126 N 0.156 0.003 0.008 0.014 0.020 0.148 0.010 0.641 127 A 0.245 0.014 0.016 0.019 0.038 0.163 0.010 0.496 128 G 0.073 0.017 0.019 0.021 0.021 0.262 0.013 0.573 129 Q 0.229 0.015 0.033 0.021 0.025 0.255 0.029 0.393 130 H 0.253 0.024 0.079 0.051 0.092 0.189 0.011 0.301 131 S 0.045 0.012 0.142 0.313 0.366 0.059 0.005 0.058 132 R 0.009 0.013 0.077 0.158 0.332 0.026 0.002 0.384 133 L 0.007 0.011 0.197 0.206 0.487 0.020 0.002 0.070 134 A 0.012 0.026 0.092 0.348 0.316 0.061 0.005 0.140 135 Y 0.033 0.029 0.110 0.117 0.304 0.044 0.013 0.349 136 A 0.047 0.021 0.133 0.081 0.154 0.102 0.016 0.446 137 Q 0.076 0.013 0.041 0.043 0.058 0.139 0.032 0.597 138 A 0.107 0.013 0.070 0.042 0.074 0.123 0.020 0.551 139 G 0.013 0.004 0.031 0.024 0.027 0.052 0.006 0.843 140 G 0.070 0.007 0.100 0.061 0.071 0.098 0.015 0.579 141 I 0.070 0.007 0.317 0.140 0.105 0.060 0.010 0.290 142 V 0.023 0.003 0.359 0.141 0.232 0.058 0.005 0.179 143 F 0.006 0.005 0.364 0.175 0.246 0.026 0.003 0.175 144 E 0.003 0.002 0.503 0.174 0.188 0.020 0.002 0.109 145 P 0.001 0.001 0.015 0.008 0.014 0.007 0.001 0.955 146 F 0.008 0.002 0.430 0.118 0.279 0.055 0.003 0.105 147 F 0.050 0.009 0.191 0.130 0.171 0.107 0.004 0.338 148 I 0.032 0.017 0.301 0.179 0.231 0.044 0.009 0.188 149 S 0.065 0.015 0.148 0.076 0.123 0.165 0.007 0.401 150 N 0.082 0.011 0.049 0.027 0.055 0.167 0.012 0.598 151 D 0.021 0.004 0.008 0.003 0.014 0.266 0.004 0.681 152 T 0.017 0.008 0.002 0.001 0.003 0.512 0.003 0.453 153 D 0.017 0.040 0.001 0.001 0.001 0.770 0.003 0.167 154 L 0.044 0.778 0.003 0.002 0.007 0.048 0.002 0.117 155 A 0.007 0.901 0.001 0.002 0.005 0.018 0.002 0.064 156 L 0.023 0.917 0.002 0.003 0.005 0.005 0.004 0.042 157 F 0.098 0.862 0.003 0.004 0.007 0.002 0.010 0.015 158 K 0.194 0.678 0.012 0.014 0.013 0.008 0.037 0.044 159 T 0.152 0.494 0.059 0.021 0.024 0.014 0.045 0.191 160 T 0.078 0.129 0.027 0.008 0.014 0.050 0.019 0.674 161 K 0.051 0.059 0.014 0.004 0.006 0.361 0.015 0.490 162 W 0.093 0.147 0.017 0.004 0.005 0.375 0.014 0.345 163 G 0.071 0.354 0.010 0.004 0.005 0.194 0.006 0.356 164 I 0.022 0.473 0.010 0.004 0.006 0.085 0.003 0.397 165 C 0.018 0.772 0.005 0.006 0.013 0.049 0.003 0.134 166 R 0.003 0.969 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.016 167 A 0.002 0.984 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 168 I 0.007 0.973 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 169 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 170 D 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 171 A 0.020 0.942 0.008 0.003 0.003 0.002 0.013 0.010 172 I 0.011 0.958 0.008 0.007 0.004 0.001 0.004 0.007 173 A 0.010 0.867 0.040 0.014 0.020 0.005 0.008 0.036 174 M 0.031 0.765 0.037 0.027 0.030 0.015 0.018 0.077 175 E 0.064 0.732 0.038 0.018 0.018 0.022 0.028 0.080 176 L 0.150 0.543 0.057 0.025 0.029 0.027 0.045 0.124 177 G 0.248 0.191 0.040 0.025 0.021 0.037 0.081 0.355 178 A 0.101 0.055 0.073 0.017 0.023 0.050 0.022 0.660 179 A 0.063 0.054 0.032 0.027 0.042 0.080 0.016 0.686 180 K 0.082 0.037 0.036 0.022 0.034 0.088 0.017 0.684 181 V 0.062 0.046 0.060 0.028 0.040 0.086 0.009 0.668