# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 256.974 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.155 0.203 0.207 0.170 0.127 0.018 0.059 0.022 0.015 0.024 0.001 2 S 0.073 0.213 0.299 0.130 0.111 0.022 0.094 0.023 0.023 0.010 0.003 3 K 0.018 0.432 0.433 0.031 0.031 0.012 0.013 0.002 0.026 0.001 0.002 4 I 0.006 0.659 0.281 0.005 0.029 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 5 I 0.003 0.729 0.225 0.002 0.015 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 6 C 0.003 0.729 0.215 0.003 0.014 0.022 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 7 L 0.005 0.755 0.158 0.006 0.024 0.023 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 8 T 0.003 0.228 0.437 0.002 0.044 0.050 0.003 0.001 0.229 0.003 0.001 9 A 0.406 0.012 0.511 0.019 0.005 0.013 0.002 0.001 0.002 0.002 0.029 10 G 0.298 0.025 0.078 0.110 0.062 0.014 0.054 0.216 0.011 0.132 0.001 11 H 0.170 0.064 0.148 0.480 0.048 0.018 0.037 0.010 0.014 0.009 0.001 12 S 0.126 0.042 0.142 0.146 0.069 0.008 0.189 0.120 0.006 0.150 0.001 13 N 0.121 0.090 0.215 0.162 0.120 0.042 0.098 0.092 0.015 0.044 0.001 14 T 0.098 0.299 0.304 0.203 0.027 0.027 0.010 0.005 0.022 0.005 0.001 15 D 0.015 0.186 0.384 0.030 0.048 0.058 0.020 0.001 0.249 0.006 0.001 16 P 0.732 0.003 0.203 0.027 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 17 G 0.444 0.009 0.030 0.069 0.028 0.009 0.042 0.312 0.004 0.053 0.001 18 A 0.470 0.085 0.184 0.189 0.019 0.020 0.011 0.003 0.014 0.003 0.001 19 V 0.382 0.201 0.195 0.151 0.013 0.014 0.026 0.002 0.013 0.002 0.001 20 N 0.105 0.071 0.182 0.299 0.056 0.044 0.174 0.030 0.030 0.009 0.001 21 G 0.024 0.007 0.027 0.033 0.055 0.008 0.124 0.544 0.004 0.175 0.001 22 S 0.154 0.107 0.254 0.192 0.099 0.040 0.058 0.023 0.024 0.048 0.001 23 D 0.279 0.131 0.300 0.152 0.040 0.048 0.018 0.004 0.017 0.006 0.004 24 R 0.538 0.143 0.142 0.090 0.031 0.034 0.012 0.002 0.006 0.002 0.002 25 E 0.607 0.134 0.121 0.084 0.024 0.018 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 26 A 0.733 0.099 0.090 0.038 0.023 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 27 D 0.732 0.055 0.064 0.040 0.014 0.065 0.016 0.002 0.014 0.001 0.001 28 L 0.835 0.054 0.035 0.035 0.004 0.031 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 29 A 0.917 0.017 0.020 0.019 0.005 0.013 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 30 Q 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 D 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 M 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 S 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 I 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.971 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.959 0.001 0.006 0.029 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 N 0.915 0.003 0.007 0.067 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.554 0.012 0.028 0.367 0.003 0.007 0.018 0.004 0.006 0.001 0.001 44 Y 0.127 0.012 0.057 0.659 0.004 0.002 0.132 0.003 0.002 0.001 0.001 45 G 0.005 0.003 0.009 0.011 0.021 0.001 0.148 0.759 0.001 0.043 0.001 46 L 0.006 0.512 0.420 0.015 0.030 0.004 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 47 T 0.007 0.428 0.496 0.006 0.019 0.027 0.002 0.001 0.012 0.001 0.002 48 V 0.002 0.813 0.143 0.002 0.021 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 49 K 0.004 0.821 0.096 0.003 0.046 0.014 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 50 T 0.011 0.655 0.198 0.006 0.067 0.030 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 51 D 0.047 0.305 0.439 0.046 0.066 0.043 0.011 0.002 0.036 0.003 0.002 52 G 0.089 0.117 0.168 0.033 0.200 0.038 0.046 0.113 0.022 0.174 0.001 53 T 0.129 0.158 0.437 0.158 0.055 0.017 0.016 0.002 0.020 0.007 0.002 54 G 0.062 0.016 0.064 0.035 0.068 0.015 0.130 0.390 0.007 0.214 0.001 55 K 0.117 0.118 0.321 0.295 0.041 0.023 0.047 0.009 0.021 0.006 0.002 56 G 0.171 0.082 0.183 0.084 0.098 0.022 0.076 0.190 0.007 0.088 0.001 57 N 0.080 0.235 0.253 0.194 0.037 0.098 0.051 0.004 0.039 0.002 0.006 58 M 0.027 0.446 0.400 0.010 0.026 0.016 0.002 0.001 0.071 0.001 0.001 59 P 0.072 0.012 0.822 0.007 0.004 0.056 0.002 0.001 0.009 0.001 0.015 60 L 0.752 0.019 0.155 0.036 0.007 0.019 0.002 0.001 0.004 0.002 0.004 61 R 0.952 0.006 0.019 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 D 0.922 0.008 0.020 0.031 0.004 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 63 A 0.948 0.009 0.010 0.023 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 V 0.960 0.011 0.013 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 65 K 0.956 0.006 0.015 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.907 0.012 0.012 0.052 0.001 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 67 I 0.439 0.085 0.152 0.292 0.004 0.008 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 68 R 0.159 0.015 0.120 0.391 0.010 0.010 0.283 0.005 0.005 0.002 0.001 69 G 0.008 0.003 0.008 0.013 0.025 0.002 0.144 0.741 0.002 0.055 0.001 70 S 0.049 0.219 0.651 0.042 0.016 0.007 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 71 D 0.066 0.174 0.570 0.047 0.026 0.059 0.018 0.003 0.018 0.002 0.018 72 V 0.021 0.669 0.167 0.021 0.089 0.012 0.005 0.002 0.013 0.001 0.001 73 A 0.006 0.765 0.161 0.006 0.039 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 74 I 0.001 0.823 0.122 0.002 0.018 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 75 E 0.001 0.914 0.037 0.001 0.037 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 76 F 0.008 0.749 0.112 0.003 0.078 0.040 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 77 H 0.030 0.589 0.153 0.017 0.096 0.074 0.004 0.001 0.034 0.002 0.001 78 T 0.159 0.427 0.093 0.070 0.187 0.025 0.010 0.002 0.018 0.008 0.001 79 N 0.110 0.130 0.205 0.238 0.093 0.062 0.094 0.009 0.046 0.010 0.001 80 A 0.304 0.151 0.160 0.159 0.069 0.043 0.056 0.024 0.016 0.018 0.001 81 A 0.298 0.182 0.294 0.096 0.055 0.027 0.016 0.003 0.020 0.008 0.001 82 A 0.462 0.077 0.202 0.149 0.026 0.031 0.021 0.009 0.011 0.009 0.003 83 N 0.110 0.084 0.148 0.244 0.044 0.045 0.251 0.013 0.051 0.008 0.001 84 K 0.357 0.060 0.196 0.182 0.035 0.035 0.056 0.051 0.011 0.016 0.001 85 T 0.168 0.292 0.242 0.155 0.055 0.026 0.029 0.004 0.020 0.008 0.001 86 A 0.222 0.254 0.277 0.107 0.054 0.043 0.014 0.005 0.016 0.006 0.002 87 T 0.082 0.331 0.224 0.201 0.085 0.014 0.044 0.001 0.015 0.003 0.001 88 G 0.012 0.049 0.075 0.012 0.314 0.009 0.082 0.299 0.008 0.139 0.001 89 I 0.013 0.611 0.280 0.010 0.055 0.014 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 90 E 0.007 0.805 0.117 0.005 0.043 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 91 A 0.003 0.899 0.038 0.002 0.048 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 92 L 0.003 0.898 0.033 0.003 0.045 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 93 S 0.007 0.709 0.109 0.010 0.108 0.029 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 94 T 0.006 0.441 0.316 0.003 0.075 0.036 0.003 0.001 0.119 0.002 0.001 95 P 0.229 0.021 0.650 0.019 0.007 0.038 0.004 0.001 0.005 0.003 0.024 96 K 0.442 0.075 0.104 0.231 0.037 0.026 0.035 0.026 0.012 0.009 0.001 97 N 0.141 0.058 0.114 0.338 0.051 0.060 0.171 0.026 0.032 0.008 0.001 98 K 0.478 0.067 0.184 0.170 0.022 0.021 0.035 0.006 0.010 0.006 0.001 99 R 0.719 0.042 0.124 0.072 0.009 0.021 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 100 W 0.752 0.024 0.048 0.115 0.010 0.037 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 101 C 0.908 0.018 0.021 0.022 0.016 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 102 Q 0.985 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 V 0.986 0.001 0.003 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.982 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.970 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 K 0.941 0.001 0.001 0.052 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 112 T 0.758 0.004 0.011 0.212 0.001 0.004 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 113 G 0.727 0.006 0.029 0.092 0.024 0.004 0.067 0.026 0.002 0.024 0.001 114 W 0.785 0.025 0.085 0.082 0.007 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 115 K 0.642 0.047 0.107 0.145 0.008 0.022 0.014 0.002 0.013 0.001 0.001 116 L 0.358 0.065 0.216 0.284 0.015 0.019 0.019 0.004 0.019 0.002 0.001 117 R 0.234 0.128 0.297 0.220 0.035 0.028 0.038 0.004 0.013 0.003 0.001 118 G 0.166 0.036 0.151 0.039 0.103 0.017 0.041 0.181 0.010 0.255 0.001 119 E 0.448 0.092 0.161 0.212 0.030 0.020 0.016 0.004 0.010 0.006 0.001 120 D 0.071 0.048 0.095 0.476 0.026 0.018 0.225 0.017 0.017 0.006 0.002 121 G 0.035 0.015 0.047 0.018 0.064 0.006 0.089 0.588 0.005 0.133 0.001 122 F 0.094 0.311 0.447 0.069 0.028 0.029 0.002 0.001 0.016 0.001 0.002 123 K 0.021 0.330 0.514 0.006 0.034 0.026 0.002 0.001 0.065 0.002 0.001 124 P 0.191 0.020 0.695 0.015 0.005 0.041 0.004 0.001 0.006 0.001 0.022 125 D 0.359 0.165 0.196 0.175 0.037 0.020 0.013 0.008 0.024 0.003 0.001 126 N 0.126 0.115 0.241 0.180 0.064 0.073 0.080 0.029 0.072 0.019 0.001 127 A 0.333 0.063 0.297 0.218 0.015 0.021 0.030 0.004 0.008 0.005 0.004 128 G 0.238 0.019 0.049 0.073 0.080 0.008 0.060 0.272 0.003 0.197 0.001 129 Q 0.122 0.104 0.141 0.418 0.060 0.028 0.087 0.013 0.018 0.006 0.002 130 H 0.075 0.353 0.276 0.116 0.044 0.026 0.072 0.007 0.026 0.003 0.001 131 S 0.034 0.684 0.193 0.012 0.047 0.014 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 132 R 0.033 0.642 0.221 0.011 0.027 0.046 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 133 L 0.050 0.502 0.319 0.018 0.030 0.047 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 134 A 0.167 0.427 0.199 0.038 0.099 0.042 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 135 Y 0.155 0.252 0.242 0.056 0.088 0.087 0.035 0.007 0.068 0.009 0.002 136 A 0.346 0.146 0.240 0.137 0.046 0.029 0.028 0.006 0.014 0.007 0.002 137 Q 0.128 0.164 0.144 0.265 0.108 0.038 0.096 0.019 0.027 0.009 0.001 138 A 0.090 0.229 0.520 0.069 0.035 0.019 0.012 0.001 0.021 0.002 0.001 139 G 0.376 0.060 0.266 0.088 0.087 0.029 0.044 0.024 0.007 0.019 0.001 140 G 0.077 0.524 0.145 0.024 0.212 0.007 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 141 I 0.059 0.750 0.087 0.007 0.072 0.016 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 142 V 0.073 0.598 0.175 0.010 0.014 0.085 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 143 F 0.116 0.550 0.139 0.072 0.048 0.055 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 144 E 0.042 0.553 0.152 0.006 0.079 0.032 0.003 0.001 0.132 0.001 0.001 145 P 0.469 0.021 0.393 0.040 0.007 0.039 0.012 0.001 0.010 0.001 0.008 146 F 0.284 0.144 0.073 0.163 0.214 0.014 0.046 0.045 0.012 0.005 0.001 147 F 0.146 0.368 0.216 0.091 0.072 0.057 0.025 0.004 0.019 0.001 0.001 148 I 0.074 0.511 0.242 0.078 0.019 0.050 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 149 S 0.062 0.430 0.173 0.200 0.087 0.029 0.005 0.001 0.010 0.002 0.001 150 N 0.009 0.139 0.346 0.034 0.130 0.096 0.027 0.001 0.212 0.006 0.001 151 D 0.915 0.002 0.060 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 152 T 0.940 0.007 0.010 0.032 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 153 D 0.863 0.015 0.013 0.089 0.003 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 154 L 0.982 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 A 0.981 0.003 0.005 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 L 0.895 0.006 0.008 0.076 0.001 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 157 F 0.579 0.028 0.088 0.275 0.004 0.010 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 158 K 0.572 0.040 0.131 0.179 0.012 0.014 0.040 0.003 0.008 0.001 0.001 159 T 0.389 0.094 0.235 0.148 0.034 0.039 0.025 0.006 0.025 0.005 0.001 160 T 0.784 0.016 0.108 0.061 0.006 0.016 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 161 K 0.866 0.015 0.022 0.072 0.005 0.009 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 162 W 0.848 0.017 0.028 0.075 0.008 0.006 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 163 G 0.928 0.006 0.020 0.017 0.009 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 164 I 0.977 0.005 0.005 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 C 0.992 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 R 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 A 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 I 0.988 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 A 0.970 0.003 0.002 0.013 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 170 D 0.641 0.007 0.004 0.328 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 171 A 0.632 0.053 0.039 0.164 0.048 0.007 0.043 0.010 0.004 0.001 0.001 172 I 0.566 0.214 0.110 0.040 0.013 0.031 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 173 A 0.372 0.212 0.167 0.102 0.019 0.089 0.008 0.001 0.031 0.001 0.001 174 M 0.335 0.275 0.129 0.156 0.053 0.032 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 175 E 0.251 0.241 0.181 0.139 0.045 0.064 0.027 0.003 0.047 0.001 0.001 176 L 0.193 0.160 0.248 0.291 0.032 0.022 0.032 0.001 0.019 0.001 0.001 177 G 0.048 0.018 0.083 0.034 0.112 0.016 0.125 0.327 0.010 0.229 0.001 178 A 0.163 0.188 0.462 0.079 0.051 0.026 0.008 0.002 0.017 0.005 0.001 179 A 0.205 0.189 0.375 0.091 0.051 0.041 0.019 0.004 0.017 0.006 0.003 180 K 0.181 0.203 0.322 0.097 0.075 0.050 0.029 0.010 0.025 0.006 0.002 181 V 0.217 0.275 0.309 0.087 0.045 0.029 0.011 0.003 0.020 0.003 0.002