# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 256.974 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.159 0.093 0.093 0.178 0.066 0.077 0.044 0.048 0.075 0.040 2 S 0.155 0.110 0.041 0.051 0.168 0.054 0.075 0.031 0.037 0.165 0.112 3 K 0.166 0.106 0.009 0.003 0.661 0.005 0.021 0.005 0.004 0.008 0.010 4 I 0.229 0.034 0.001 0.001 0.725 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 5 I 0.195 0.050 0.002 0.001 0.731 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 6 C 0.341 0.036 0.002 0.001 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 7 L 0.211 0.166 0.019 0.010 0.476 0.007 0.003 0.002 0.001 0.016 0.089 8 T 0.180 0.172 0.186 0.027 0.384 0.008 0.004 0.002 0.001 0.007 0.029 9 A 0.044 0.058 0.043 0.036 0.060 0.042 0.140 0.206 0.288 0.056 0.027 10 G 0.042 0.116 0.112 0.135 0.056 0.058 0.065 0.063 0.053 0.262 0.038 11 H 0.076 0.142 0.100 0.085 0.145 0.032 0.038 0.061 0.070 0.179 0.073 12 S 0.056 0.126 0.122 0.091 0.104 0.050 0.045 0.093 0.111 0.135 0.067 13 N 0.107 0.120 0.067 0.060 0.146 0.028 0.041 0.115 0.103 0.156 0.057 14 T 0.077 0.141 0.092 0.044 0.155 0.040 0.055 0.083 0.072 0.196 0.043 15 D 0.129 0.218 0.247 0.011 0.335 0.006 0.005 0.015 0.008 0.011 0.015 16 P 0.030 0.079 0.027 0.016 0.043 0.036 0.106 0.295 0.292 0.056 0.021 17 G 0.042 0.105 0.132 0.069 0.071 0.036 0.061 0.123 0.078 0.242 0.041 18 A 0.142 0.145 0.057 0.015 0.219 0.012 0.028 0.129 0.067 0.110 0.076 19 V 0.104 0.104 0.077 0.052 0.116 0.055 0.072 0.141 0.078 0.126 0.075 20 N 0.033 0.092 0.101 0.267 0.050 0.108 0.089 0.099 0.054 0.079 0.028 21 G 0.022 0.050 0.082 0.292 0.032 0.047 0.039 0.067 0.066 0.263 0.039 22 S 0.049 0.167 0.183 0.096 0.100 0.023 0.020 0.099 0.070 0.146 0.046 23 D 0.062 0.243 0.104 0.016 0.152 0.014 0.025 0.195 0.090 0.068 0.033 24 R 0.035 0.176 0.080 0.008 0.067 0.011 0.026 0.405 0.119 0.049 0.024 25 E 0.054 0.042 0.015 0.004 0.060 0.006 0.012 0.608 0.141 0.036 0.022 26 A 0.014 0.043 0.012 0.004 0.027 0.014 0.018 0.738 0.104 0.017 0.009 27 D 0.019 0.019 0.008 0.003 0.027 0.005 0.018 0.822 0.040 0.030 0.012 28 L 0.010 0.019 0.005 0.001 0.013 0.001 0.004 0.869 0.057 0.016 0.004 29 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.934 0.052 0.002 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.036 0.001 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.012 0.001 0.001 32 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.002 0.001 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.031 0.001 0.001 34 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 35 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.007 0.001 0.001 36 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 38 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.023 0.001 0.001 39 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.960 0.030 0.002 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.856 0.118 0.014 0.002 41 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.829 0.127 0.010 0.001 42 N 0.008 0.058 0.023 0.003 0.014 0.008 0.166 0.480 0.134 0.096 0.009 43 D 0.091 0.040 0.063 0.009 0.067 0.019 0.056 0.100 0.044 0.315 0.198 44 Y 0.025 0.594 0.124 0.016 0.093 0.024 0.065 0.018 0.014 0.017 0.010 45 G 0.079 0.018 0.011 0.075 0.027 0.043 0.031 0.011 0.019 0.310 0.377 46 L 0.112 0.264 0.040 0.013 0.520 0.006 0.011 0.003 0.004 0.009 0.018 47 T 0.215 0.044 0.002 0.001 0.724 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 48 V 0.280 0.074 0.005 0.001 0.622 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 49 K 0.258 0.093 0.012 0.002 0.562 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.063 50 T 0.301 0.130 0.028 0.014 0.386 0.008 0.005 0.003 0.002 0.014 0.108 51 D 0.073 0.249 0.181 0.145 0.148 0.061 0.047 0.021 0.014 0.029 0.033 52 G 0.048 0.038 0.147 0.226 0.047 0.090 0.071 0.094 0.075 0.102 0.062 53 T 0.021 0.270 0.203 0.114 0.053 0.064 0.072 0.091 0.065 0.037 0.011 54 G 0.021 0.040 0.061 0.141 0.022 0.052 0.030 0.045 0.057 0.415 0.116 55 K 0.043 0.209 0.224 0.108 0.091 0.027 0.024 0.050 0.077 0.106 0.044 56 G 0.046 0.158 0.090 0.068 0.126 0.066 0.067 0.095 0.129 0.103 0.053 57 N 0.140 0.105 0.070 0.043 0.130 0.015 0.027 0.036 0.056 0.259 0.119 58 M 0.024 0.512 0.266 0.009 0.130 0.007 0.008 0.016 0.009 0.012 0.008 59 P 0.094 0.503 0.149 0.004 0.179 0.002 0.004 0.024 0.007 0.008 0.026 60 L 0.022 0.037 0.007 0.003 0.024 0.005 0.010 0.569 0.273 0.031 0.020 61 R 0.003 0.008 0.004 0.004 0.005 0.010 0.014 0.835 0.100 0.014 0.002 62 D 0.006 0.008 0.004 0.001 0.010 0.001 0.003 0.869 0.066 0.029 0.004 63 A 0.008 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.914 0.048 0.010 0.003 64 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.884 0.098 0.003 0.001 65 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 0.885 0.078 0.004 0.001 66 L 0.007 0.007 0.003 0.001 0.008 0.002 0.046 0.810 0.093 0.020 0.003 67 I 0.049 0.018 0.011 0.016 0.043 0.025 0.095 0.500 0.114 0.097 0.032 68 R 0.035 0.195 0.089 0.096 0.050 0.086 0.125 0.181 0.071 0.055 0.018 69 G 0.064 0.012 0.021 0.042 0.036 0.025 0.026 0.053 0.048 0.527 0.145 70 S 0.096 0.252 0.090 0.013 0.263 0.020 0.045 0.077 0.060 0.058 0.026 71 D 0.220 0.129 0.021 0.009 0.225 0.030 0.067 0.052 0.032 0.104 0.111 72 V 0.176 0.125 0.014 0.005 0.583 0.010 0.024 0.023 0.011 0.012 0.017 73 A 0.216 0.052 0.003 0.001 0.691 0.003 0.009 0.011 0.004 0.002 0.009 74 I 0.275 0.057 0.004 0.001 0.634 0.002 0.002 0.005 0.002 0.002 0.016 75 E 0.242 0.090 0.008 0.003 0.587 0.005 0.006 0.010 0.003 0.006 0.042 76 F 0.306 0.117 0.018 0.006 0.378 0.004 0.006 0.024 0.009 0.021 0.111 77 H 0.210 0.116 0.035 0.026 0.299 0.025 0.049 0.085 0.030 0.056 0.070 78 T 0.090 0.230 0.078 0.036 0.198 0.039 0.039 0.118 0.084 0.051 0.037 79 N 0.129 0.123 0.083 0.035 0.231 0.028 0.047 0.137 0.077 0.068 0.042 80 A 0.051 0.060 0.025 0.010 0.072 0.018 0.062 0.311 0.253 0.110 0.028 81 A 0.076 0.118 0.059 0.020 0.134 0.021 0.065 0.273 0.122 0.081 0.031 82 A 0.042 0.093 0.044 0.034 0.060 0.044 0.094 0.237 0.142 0.175 0.035 83 N 0.079 0.205 0.179 0.029 0.215 0.017 0.018 0.079 0.060 0.079 0.040 84 K 0.034 0.083 0.035 0.015 0.047 0.054 0.094 0.258 0.258 0.103 0.019 85 T 0.089 0.170 0.094 0.019 0.118 0.017 0.063 0.126 0.060 0.194 0.051 86 A 0.177 0.084 0.038 0.026 0.168 0.028 0.033 0.075 0.064 0.167 0.140 87 T 0.046 0.207 0.145 0.149 0.088 0.126 0.101 0.041 0.033 0.044 0.021 88 G 0.127 0.068 0.047 0.104 0.114 0.046 0.041 0.028 0.036 0.252 0.137 89 I 0.204 0.157 0.021 0.008 0.529 0.007 0.015 0.013 0.012 0.014 0.020 90 E 0.184 0.077 0.005 0.001 0.705 0.003 0.006 0.005 0.004 0.002 0.010 91 A 0.289 0.065 0.004 0.001 0.602 0.003 0.005 0.002 0.003 0.003 0.022 92 L 0.292 0.071 0.009 0.003 0.532 0.003 0.005 0.003 0.002 0.009 0.069 93 S 0.192 0.210 0.047 0.013 0.384 0.009 0.012 0.005 0.006 0.046 0.076 94 T 0.091 0.369 0.202 0.015 0.270 0.004 0.004 0.004 0.003 0.010 0.028 95 P 0.057 0.239 0.157 0.038 0.130 0.034 0.056 0.118 0.122 0.025 0.024 96 K 0.016 0.069 0.035 0.023 0.030 0.042 0.199 0.275 0.208 0.086 0.018 97 N 0.056 0.111 0.066 0.023 0.078 0.014 0.018 0.133 0.077 0.341 0.084 98 K 0.034 0.128 0.058 0.011 0.077 0.013 0.021 0.358 0.140 0.124 0.034 99 R 0.017 0.071 0.041 0.007 0.035 0.012 0.029 0.638 0.105 0.033 0.012 100 W 0.011 0.035 0.013 0.005 0.013 0.005 0.014 0.728 0.105 0.060 0.011 101 C 0.004 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.890 0.076 0.011 0.002 102 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.053 0.001 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.017 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.002 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.030 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.008 0.001 0.001 108 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.026 0.002 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.073 0.001 0.001 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.935 0.051 0.001 0.001 111 K 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.054 0.865 0.048 0.020 0.002 112 T 0.028 0.030 0.008 0.005 0.029 0.006 0.032 0.602 0.135 0.097 0.027 113 G 0.015 0.012 0.006 0.009 0.014 0.013 0.027 0.618 0.194 0.072 0.021 114 W 0.019 0.031 0.014 0.005 0.043 0.009 0.068 0.541 0.171 0.085 0.014 115 K 0.073 0.068 0.035 0.008 0.108 0.014 0.081 0.358 0.120 0.104 0.033 116 L 0.090 0.101 0.056 0.024 0.138 0.026 0.057 0.230 0.106 0.120 0.054 117 R 0.055 0.157 0.106 0.078 0.091 0.062 0.083 0.163 0.091 0.082 0.031 118 G 0.037 0.075 0.108 0.084 0.040 0.051 0.099 0.172 0.100 0.182 0.053 119 E 0.061 0.092 0.101 0.078 0.090 0.041 0.060 0.111 0.101 0.188 0.077 120 D 0.028 0.210 0.132 0.139 0.064 0.076 0.082 0.058 0.081 0.102 0.026 121 G 0.053 0.062 0.074 0.130 0.060 0.026 0.028 0.042 0.055 0.301 0.169 122 F 0.100 0.328 0.123 0.018 0.276 0.007 0.011 0.015 0.022 0.064 0.037 123 K 0.083 0.386 0.183 0.009 0.268 0.006 0.006 0.010 0.008 0.010 0.029 124 P 0.155 0.238 0.132 0.024 0.217 0.020 0.024 0.061 0.053 0.024 0.051 125 D 0.036 0.124 0.076 0.050 0.060 0.085 0.211 0.188 0.105 0.046 0.019 126 N 0.099 0.072 0.128 0.081 0.066 0.035 0.031 0.066 0.036 0.285 0.099 127 A 0.049 0.104 0.082 0.065 0.117 0.042 0.056 0.198 0.154 0.101 0.032 128 G 0.032 0.067 0.078 0.124 0.037 0.108 0.072 0.168 0.118 0.161 0.035 129 Q 0.066 0.091 0.038 0.035 0.112 0.020 0.050 0.109 0.076 0.332 0.073 130 H 0.267 0.117 0.012 0.003 0.453 0.005 0.010 0.055 0.025 0.018 0.035 131 S 0.140 0.152 0.018 0.003 0.567 0.012 0.019 0.052 0.015 0.008 0.013 132 R 0.395 0.067 0.007 0.003 0.421 0.004 0.008 0.031 0.009 0.011 0.044 133 L 0.216 0.115 0.026 0.021 0.317 0.026 0.019 0.090 0.035 0.052 0.083 134 A 0.091 0.163 0.071 0.035 0.175 0.030 0.050 0.204 0.084 0.057 0.040 135 Y 0.082 0.067 0.034 0.021 0.126 0.024 0.045 0.240 0.166 0.155 0.040 136 A 0.070 0.310 0.096 0.019 0.146 0.027 0.067 0.133 0.075 0.041 0.017 137 Q 0.083 0.035 0.045 0.030 0.060 0.043 0.059 0.092 0.086 0.353 0.113 138 A 0.046 0.391 0.196 0.038 0.134 0.027 0.041 0.057 0.038 0.022 0.012 139 G 0.082 0.079 0.037 0.049 0.068 0.060 0.076 0.094 0.079 0.237 0.138 140 G 0.139 0.222 0.037 0.011 0.394 0.009 0.031 0.052 0.036 0.036 0.033 141 I 0.170 0.102 0.007 0.002 0.662 0.004 0.008 0.020 0.007 0.004 0.013 142 V 0.333 0.085 0.009 0.003 0.488 0.006 0.009 0.019 0.006 0.007 0.035 143 F 0.285 0.138 0.039 0.018 0.364 0.020 0.011 0.021 0.010 0.020 0.073 144 E 0.161 0.181 0.108 0.046 0.298 0.041 0.032 0.051 0.023 0.023 0.036 145 P 0.213 0.103 0.028 0.019 0.200 0.014 0.033 0.102 0.096 0.081 0.112 146 F 0.121 0.211 0.065 0.012 0.268 0.019 0.043 0.092 0.092 0.041 0.037 147 F 0.183 0.133 0.021 0.006 0.369 0.012 0.035 0.079 0.063 0.037 0.061 148 I 0.187 0.129 0.025 0.013 0.189 0.019 0.049 0.117 0.054 0.067 0.151 149 S 0.039 0.137 0.095 0.081 0.080 0.141 0.178 0.061 0.031 0.122 0.035 150 N 0.046 0.384 0.384 0.009 0.147 0.002 0.001 0.007 0.003 0.007 0.009 151 D 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 0.612 0.346 0.011 0.002 152 T 0.002 0.007 0.005 0.001 0.005 0.004 0.025 0.798 0.129 0.021 0.002 153 D 0.012 0.014 0.003 0.001 0.012 0.001 0.005 0.727 0.099 0.109 0.017 154 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.849 0.120 0.013 0.002 155 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.809 0.175 0.004 0.001 156 L 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.003 0.039 0.780 0.126 0.037 0.002 157 F 0.030 0.037 0.015 0.005 0.049 0.006 0.072 0.563 0.115 0.090 0.018 158 K 0.030 0.090 0.044 0.014 0.047 0.021 0.051 0.269 0.140 0.260 0.035 159 T 0.050 0.288 0.142 0.007 0.199 0.009 0.023 0.154 0.054 0.052 0.023 160 T 0.015 0.081 0.039 0.005 0.030 0.014 0.084 0.468 0.208 0.045 0.010 161 K 0.016 0.025 0.013 0.007 0.021 0.007 0.045 0.560 0.131 0.152 0.023 162 W 0.028 0.069 0.019 0.013 0.045 0.012 0.016 0.548 0.131 0.086 0.034 163 G 0.007 0.025 0.023 0.010 0.010 0.011 0.015 0.774 0.072 0.044 0.010 164 I 0.006 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.890 0.056 0.024 0.004 165 C 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.922 0.068 0.002 0.001 166 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.033 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.015 0.001 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.029 0.001 0.001 169 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.067 0.001 0.001 170 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.930 0.047 0.003 0.001 171 A 0.004 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.018 0.912 0.040 0.010 0.003 172 I 0.012 0.011 0.003 0.001 0.016 0.002 0.010 0.804 0.120 0.015 0.007 173 A 0.021 0.011 0.002 0.001 0.026 0.007 0.033 0.717 0.151 0.020 0.011 174 M 0.016 0.068 0.030 0.005 0.034 0.015 0.112 0.552 0.130 0.028 0.009 175 E 0.082 0.038 0.038 0.012 0.068 0.018 0.132 0.339 0.068 0.127 0.078 176 L 0.032 0.436 0.119 0.039 0.103 0.027 0.060 0.070 0.046 0.049 0.019 177 G 0.047 0.047 0.074 0.254 0.036 0.066 0.036 0.074 0.052 0.187 0.129 178 A 0.085 0.152 0.080 0.053 0.169 0.016 0.030 0.111 0.093 0.147 0.066 179 A 0.086 0.232 0.095 0.025 0.193 0.036 0.039 0.110 0.070 0.069 0.044 180 K 0.128 0.191 0.113 0.023 0.229 0.018 0.031 0.100 0.055 0.063 0.050 181 V 0.125 0.231 0.086 0.016 0.236 0.018 0.031 0.109 0.069 0.043 0.037