# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 256.974 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.622 0.284 0.055 0.026 0.011 0.001 0.001 2 S 0.542 0.352 0.077 0.020 0.007 0.001 0.001 3 K 0.039 0.123 0.364 0.383 0.073 0.017 0.001 4 I 0.007 0.037 0.201 0.334 0.287 0.127 0.007 5 I 0.001 0.001 0.004 0.017 0.106 0.588 0.283 6 C 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 0.257 0.705 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.092 0.900 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.073 0.916 9 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.123 0.865 10 G 0.001 0.005 0.008 0.027 0.074 0.288 0.596 11 H 0.004 0.014 0.023 0.061 0.174 0.438 0.287 12 S 0.013 0.040 0.053 0.110 0.237 0.373 0.174 13 N 0.051 0.094 0.125 0.164 0.202 0.229 0.136 14 T 0.116 0.163 0.173 0.178 0.147 0.128 0.096 15 D 0.125 0.115 0.116 0.135 0.179 0.183 0.147 16 P 0.145 0.100 0.079 0.124 0.148 0.215 0.189 17 G 0.153 0.127 0.089 0.118 0.141 0.226 0.147 18 A 0.105 0.110 0.110 0.145 0.178 0.238 0.114 19 V 0.121 0.151 0.162 0.207 0.182 0.136 0.040 20 N 0.202 0.200 0.181 0.181 0.144 0.075 0.017 21 G 0.497 0.271 0.112 0.064 0.035 0.016 0.005 22 S 0.550 0.262 0.095 0.049 0.026 0.013 0.004 23 D 0.231 0.198 0.224 0.200 0.095 0.044 0.010 24 R 0.122 0.212 0.261 0.226 0.113 0.055 0.011 25 E 0.046 0.056 0.073 0.132 0.245 0.347 0.102 26 A 0.042 0.088 0.160 0.260 0.249 0.173 0.027 27 D 0.131 0.217 0.225 0.201 0.138 0.073 0.014 28 L 0.021 0.051 0.106 0.180 0.283 0.273 0.086 29 A 0.012 0.030 0.048 0.098 0.256 0.406 0.149 30 Q 0.023 0.088 0.235 0.292 0.218 0.121 0.023 31 D 0.056 0.214 0.337 0.250 0.105 0.031 0.006 32 M 0.004 0.008 0.015 0.054 0.235 0.548 0.135 33 R 0.007 0.036 0.099 0.260 0.345 0.233 0.020 34 N 0.072 0.313 0.318 0.190 0.075 0.030 0.002 35 I 0.019 0.088 0.280 0.367 0.204 0.039 0.003 36 V 0.004 0.011 0.017 0.048 0.287 0.564 0.070 37 A 0.021 0.125 0.287 0.367 0.160 0.039 0.001 38 S 0.179 0.484 0.232 0.083 0.017 0.004 0.001 39 I 0.023 0.111 0.312 0.380 0.149 0.025 0.001 40 L 0.020 0.034 0.111 0.260 0.454 0.119 0.002 41 R 0.187 0.393 0.276 0.111 0.031 0.003 0.001 42 N 0.631 0.328 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 43 D 0.436 0.386 0.124 0.045 0.007 0.001 0.001 44 Y 0.154 0.229 0.310 0.232 0.066 0.008 0.001 45 G 0.177 0.456 0.255 0.079 0.027 0.005 0.001 46 L 0.014 0.035 0.086 0.250 0.431 0.169 0.015 47 T 0.011 0.110 0.250 0.364 0.187 0.074 0.004 48 V 0.003 0.010 0.018 0.057 0.206 0.586 0.120 49 K 0.006 0.047 0.170 0.326 0.277 0.153 0.020 50 T 0.004 0.015 0.036 0.091 0.294 0.464 0.096 51 D 0.009 0.054 0.131 0.201 0.300 0.254 0.050 52 G 0.023 0.076 0.191 0.315 0.279 0.108 0.009 53 T 0.231 0.364 0.230 0.118 0.043 0.013 0.001 54 G 0.438 0.292 0.146 0.084 0.032 0.008 0.001 55 K 0.577 0.276 0.091 0.039 0.013 0.003 0.001 56 G 0.360 0.319 0.169 0.104 0.037 0.010 0.001 57 N 0.183 0.296 0.248 0.166 0.080 0.026 0.002 58 M 0.079 0.124 0.251 0.297 0.188 0.058 0.004 59 P 0.168 0.318 0.262 0.147 0.079 0.024 0.002 60 L 0.030 0.064 0.120 0.227 0.311 0.225 0.024 61 R 0.093 0.257 0.295 0.227 0.098 0.028 0.002 62 D 0.154 0.343 0.217 0.178 0.081 0.025 0.002 63 A 0.013 0.040 0.084 0.202 0.335 0.289 0.038 64 V 0.018 0.050 0.118 0.273 0.335 0.191 0.015 65 K 0.171 0.429 0.240 0.104 0.041 0.014 0.001 66 L 0.029 0.087 0.202 0.340 0.247 0.086 0.008 67 I 0.043 0.062 0.113 0.212 0.326 0.220 0.025 68 R 0.174 0.284 0.278 0.165 0.074 0.023 0.003 69 G 0.258 0.345 0.205 0.121 0.048 0.020 0.005 70 S 0.045 0.077 0.127 0.223 0.314 0.181 0.032 71 D 0.036 0.098 0.178 0.240 0.251 0.164 0.033 72 V 0.006 0.013 0.031 0.068 0.218 0.429 0.236 73 A 0.002 0.004 0.011 0.034 0.086 0.290 0.574 74 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.182 0.794 75 E 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.143 0.826 76 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.135 0.842 77 H 0.001 0.002 0.003 0.009 0.035 0.238 0.713 78 T 0.002 0.008 0.014 0.039 0.173 0.402 0.362 79 N 0.007 0.035 0.060 0.128 0.264 0.363 0.142 80 A 0.023 0.069 0.100 0.177 0.264 0.298 0.070 81 A 0.059 0.091 0.160 0.231 0.247 0.174 0.037 82 A 0.152 0.224 0.290 0.223 0.073 0.033 0.004 83 N 0.374 0.245 0.203 0.119 0.043 0.015 0.002 84 K 0.495 0.273 0.122 0.071 0.030 0.008 0.001 85 T 0.353 0.377 0.132 0.078 0.043 0.016 0.002 86 A 0.031 0.065 0.126 0.256 0.326 0.174 0.021 87 T 0.043 0.153 0.241 0.247 0.186 0.113 0.016 88 G 0.007 0.022 0.059 0.118 0.231 0.391 0.173 89 I 0.001 0.003 0.008 0.025 0.106 0.373 0.483 90 E 0.001 0.004 0.011 0.023 0.105 0.377 0.481 91 A 0.001 0.003 0.006 0.016 0.074 0.299 0.602 92 L 0.001 0.004 0.009 0.030 0.099 0.403 0.453 93 S 0.004 0.021 0.049 0.122 0.243 0.411 0.151 94 T 0.010 0.046 0.141 0.244 0.334 0.200 0.024 95 P 0.085 0.212 0.295 0.269 0.099 0.037 0.002 96 K 0.454 0.284 0.139 0.074 0.037 0.012 0.001 97 N 0.516 0.257 0.126 0.070 0.023 0.007 0.001 98 K 0.384 0.296 0.176 0.096 0.037 0.009 0.001 99 R 0.274 0.384 0.190 0.103 0.038 0.009 0.001 100 W 0.053 0.139 0.209 0.278 0.230 0.083 0.007 101 C 0.022 0.076 0.140 0.247 0.301 0.201 0.014 102 Q 0.040 0.185 0.316 0.274 0.133 0.049 0.003 103 V 0.017 0.098 0.270 0.332 0.221 0.057 0.006 104 L 0.002 0.007 0.016 0.049 0.237 0.548 0.140 105 G 0.002 0.019 0.067 0.259 0.322 0.302 0.029 106 K 0.068 0.363 0.282 0.177 0.077 0.031 0.002 107 A 0.009 0.065 0.234 0.403 0.230 0.055 0.004 108 V 0.001 0.005 0.011 0.034 0.255 0.619 0.076 109 A 0.006 0.050 0.189 0.438 0.232 0.080 0.005 110 K 0.202 0.480 0.199 0.083 0.028 0.008 0.001 111 K 0.057 0.198 0.305 0.305 0.113 0.021 0.001 112 T 0.020 0.031 0.064 0.173 0.438 0.258 0.017 113 G 0.090 0.272 0.296 0.219 0.096 0.026 0.001 114 W 0.249 0.316 0.240 0.131 0.048 0.014 0.001 115 K 0.179 0.275 0.270 0.187 0.071 0.017 0.001 116 L 0.127 0.153 0.204 0.252 0.200 0.061 0.003 117 R 0.203 0.224 0.252 0.189 0.102 0.028 0.002 118 G 0.483 0.307 0.126 0.058 0.021 0.005 0.001 119 E 0.601 0.284 0.074 0.031 0.009 0.002 0.001 120 D 0.382 0.296 0.169 0.105 0.040 0.008 0.001 121 G 0.218 0.319 0.220 0.153 0.071 0.018 0.001 122 F 0.085 0.114 0.222 0.268 0.228 0.078 0.004 123 K 0.141 0.254 0.288 0.213 0.080 0.022 0.001 124 P 0.246 0.245 0.248 0.163 0.076 0.021 0.001 125 D 0.313 0.252 0.226 0.147 0.051 0.010 0.001 126 N 0.549 0.318 0.077 0.034 0.017 0.005 0.001 127 A 0.165 0.187 0.249 0.247 0.109 0.038 0.004 128 G 0.217 0.298 0.276 0.142 0.049 0.016 0.001 129 Q 0.155 0.294 0.232 0.181 0.097 0.036 0.005 130 H 0.019 0.049 0.089 0.206 0.340 0.259 0.039 131 S 0.010 0.036 0.071 0.170 0.278 0.371 0.063 132 R 0.009 0.037 0.090 0.181 0.227 0.338 0.119 133 L 0.006 0.015 0.030 0.067 0.186 0.425 0.272 134 A 0.017 0.062 0.127 0.226 0.272 0.221 0.074 135 Y 0.030 0.091 0.145 0.224 0.220 0.212 0.078 136 A 0.035 0.066 0.122 0.207 0.259 0.243 0.069 137 Q 0.105 0.221 0.211 0.178 0.139 0.109 0.038 138 A 0.022 0.040 0.071 0.155 0.270 0.289 0.152 139 G 0.020 0.050 0.079 0.141 0.247 0.305 0.158 140 G 0.011 0.016 0.026 0.060 0.155 0.382 0.351 141 I 0.005 0.009 0.016 0.035 0.094 0.298 0.542 142 V 0.003 0.004 0.007 0.023 0.051 0.224 0.689 143 F 0.001 0.002 0.004 0.010 0.038 0.176 0.769 144 E 0.001 0.002 0.004 0.009 0.039 0.203 0.741 145 P 0.003 0.006 0.009 0.024 0.061 0.225 0.672 146 F 0.008 0.018 0.025 0.063 0.140 0.329 0.416 147 F 0.011 0.026 0.036 0.071 0.195 0.421 0.240 148 I 0.020 0.044 0.073 0.157 0.258 0.325 0.125 149 S 0.057 0.138 0.194 0.255 0.198 0.131 0.027 150 N 0.079 0.134 0.233 0.259 0.206 0.081 0.008 151 D 0.514 0.310 0.109 0.046 0.016 0.004 0.001 152 T 0.481 0.332 0.112 0.052 0.018 0.004 0.001 153 D 0.256 0.270 0.202 0.171 0.078 0.020 0.001 154 L 0.081 0.168 0.273 0.298 0.142 0.036 0.001 155 A 0.296 0.417 0.184 0.074 0.024 0.005 0.001 156 L 0.051 0.152 0.332 0.325 0.116 0.023 0.001 157 F 0.052 0.067 0.152 0.227 0.334 0.162 0.007 158 K 0.197 0.327 0.281 0.154 0.036 0.005 0.001 159 T 0.595 0.327 0.054 0.018 0.006 0.001 0.001 160 T 0.372 0.376 0.150 0.076 0.024 0.003 0.001 161 K 0.293 0.428 0.156 0.075 0.039 0.009 0.001 162 W 0.024 0.090 0.232 0.350 0.235 0.065 0.004 163 G 0.023 0.108 0.302 0.301 0.201 0.059 0.005 164 I 0.002 0.008 0.021 0.048 0.143 0.511 0.267 165 C 0.001 0.005 0.021 0.064 0.211 0.440 0.257 166 R 0.004 0.028 0.094 0.216 0.262 0.275 0.121 167 A 0.001 0.005 0.020 0.054 0.218 0.402 0.300 168 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.041 0.333 0.613 169 A 0.001 0.009 0.041 0.126 0.258 0.365 0.199 170 D 0.005 0.053 0.247 0.352 0.160 0.130 0.053 171 A 0.005 0.010 0.023 0.077 0.219 0.501 0.165 172 I 0.007 0.015 0.024 0.102 0.234 0.448 0.170 173 A 0.034 0.094 0.142 0.207 0.237 0.234 0.053 174 M 0.062 0.148 0.208 0.264 0.203 0.100 0.015 175 E 0.207 0.280 0.203 0.179 0.089 0.038 0.004 176 L 0.173 0.160 0.202 0.222 0.175 0.063 0.004 177 G 0.495 0.291 0.121 0.058 0.025 0.009 0.001 178 A 0.412 0.212 0.162 0.129 0.061 0.023 0.002 179 A 0.588 0.211 0.105 0.060 0.025 0.008 0.001 180 K 0.681 0.203 0.072 0.030 0.010 0.004 0.001 181 V 0.597 0.195 0.103 0.065 0.028 0.011 0.002