# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 201.785 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.021 0.012 0.023 0.238 0.001 0.001 0.025 0.678 2 S 0.001 0.001 0.001 0.102 0.046 0.094 0.208 0.001 0.001 0.110 0.440 3 K 0.001 0.001 0.001 0.309 0.064 0.172 0.037 0.001 0.001 0.351 0.067 4 I 0.001 0.001 0.001 0.420 0.057 0.048 0.009 0.001 0.001 0.443 0.023 5 I 0.001 0.001 0.001 0.874 0.016 0.014 0.002 0.001 0.001 0.091 0.004 6 C 0.001 0.001 0.001 0.892 0.020 0.028 0.004 0.001 0.001 0.049 0.007 7 L 0.005 0.002 0.001 0.621 0.076 0.079 0.028 0.001 0.001 0.085 0.104 8 T 0.189 0.013 0.001 0.262 0.032 0.044 0.108 0.003 0.001 0.182 0.165 9 A 0.020 0.005 0.001 0.055 0.007 0.010 0.276 0.001 0.001 0.090 0.535 10 G 0.031 0.010 0.001 0.036 0.007 0.010 0.210 0.002 0.001 0.207 0.487 11 H 0.123 0.016 0.002 0.027 0.017 0.021 0.097 0.008 0.001 0.224 0.465 12 S 0.076 0.006 0.001 0.037 0.019 0.018 0.070 0.003 0.001 0.222 0.547 13 N 0.029 0.005 0.001 0.074 0.036 0.048 0.145 0.002 0.001 0.144 0.515 14 T 0.008 0.008 0.001 0.025 0.020 0.014 0.158 0.001 0.001 0.039 0.724 15 D 0.216 0.037 0.002 0.025 0.033 0.051 0.176 0.011 0.001 0.162 0.286 16 P 0.089 0.021 0.001 0.030 0.040 0.056 0.168 0.002 0.001 0.076 0.517 17 G 0.050 0.009 0.002 0.078 0.052 0.088 0.106 0.002 0.001 0.163 0.449 18 A 0.060 0.003 0.004 0.037 0.043 0.070 0.120 0.003 0.001 0.089 0.571 19 V 0.096 0.002 0.001 0.022 0.017 0.020 0.158 0.002 0.001 0.065 0.618 20 N 0.073 0.002 0.001 0.030 0.020 0.024 0.148 0.002 0.001 0.035 0.665 21 G 0.016 0.008 0.001 0.014 0.029 0.026 0.134 0.001 0.001 0.013 0.758 22 S 0.032 0.074 0.001 0.026 0.037 0.064 0.121 0.003 0.001 0.031 0.611 23 D 0.045 0.166 0.002 0.030 0.070 0.089 0.111 0.006 0.001 0.069 0.411 24 R 0.054 0.551 0.002 0.016 0.039 0.049 0.033 0.006 0.001 0.037 0.214 25 E 0.043 0.628 0.001 0.014 0.037 0.033 0.026 0.005 0.001 0.056 0.156 26 A 0.008 0.785 0.001 0.009 0.021 0.025 0.024 0.001 0.001 0.051 0.074 27 D 0.003 0.884 0.001 0.003 0.007 0.014 0.004 0.001 0.001 0.048 0.032 28 L 0.001 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 29 A 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 30 Q 0.006 0.550 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.410 0.020 31 D 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 32 M 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 33 R 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 34 N 0.009 0.582 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.368 0.029 35 I 0.003 0.907 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.068 0.008 36 V 0.010 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.009 37 A 0.013 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.018 38 S 0.030 0.330 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.007 0.509 0.092 39 I 0.037 0.432 0.060 0.005 0.001 0.001 0.038 0.004 0.028 0.307 0.086 40 L 0.254 0.154 0.078 0.011 0.002 0.003 0.056 0.012 0.041 0.183 0.207 41 R 0.194 0.010 0.097 0.016 0.005 0.008 0.048 0.014 0.036 0.083 0.490 42 N 0.275 0.004 0.005 0.006 0.003 0.007 0.189 0.004 0.003 0.036 0.470 43 D 0.081 0.001 0.001 0.013 0.003 0.009 0.146 0.001 0.001 0.031 0.715 44 Y 0.006 0.001 0.001 0.040 0.005 0.004 0.244 0.001 0.001 0.008 0.692 45 G 0.003 0.001 0.001 0.054 0.013 0.101 0.095 0.001 0.001 0.024 0.710 46 L 0.001 0.001 0.001 0.065 0.047 0.032 0.186 0.001 0.001 0.051 0.619 47 T 0.001 0.001 0.001 0.653 0.060 0.119 0.030 0.001 0.001 0.053 0.084 48 V 0.001 0.001 0.001 0.477 0.086 0.121 0.030 0.001 0.001 0.068 0.217 49 K 0.001 0.001 0.001 0.692 0.090 0.093 0.014 0.001 0.001 0.034 0.075 50 T 0.003 0.001 0.001 0.510 0.085 0.185 0.025 0.001 0.001 0.033 0.157 51 D 0.017 0.004 0.001 0.231 0.072 0.140 0.100 0.001 0.001 0.068 0.366 52 G 0.065 0.008 0.001 0.080 0.042 0.084 0.095 0.001 0.001 0.048 0.574 53 T 0.080 0.008 0.001 0.024 0.030 0.049 0.127 0.001 0.001 0.054 0.626 54 G 0.085 0.010 0.001 0.011 0.021 0.045 0.099 0.002 0.001 0.025 0.701 55 K 0.066 0.006 0.001 0.013 0.030 0.050 0.090 0.002 0.001 0.037 0.706 56 G 0.015 0.010 0.001 0.018 0.045 0.063 0.139 0.001 0.001 0.018 0.690 57 N 0.010 0.074 0.001 0.012 0.042 0.051 0.105 0.001 0.001 0.019 0.686 58 M 0.042 0.377 0.002 0.010 0.064 0.049 0.084 0.005 0.001 0.046 0.322 59 P 0.033 0.885 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.002 0.001 0.009 0.050 60 L 0.038 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.022 61 R 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.014 62 D 0.004 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.012 63 A 0.014 0.883 0.011 0.002 0.005 0.006 0.005 0.005 0.003 0.031 0.033 64 V 0.127 0.360 0.069 0.009 0.018 0.020 0.025 0.021 0.030 0.173 0.147 65 K 0.137 0.073 0.123 0.017 0.028 0.030 0.049 0.014 0.049 0.092 0.389 66 L 0.203 0.008 0.012 0.009 0.010 0.019 0.087 0.011 0.013 0.056 0.573 67 I 0.113 0.002 0.007 0.008 0.006 0.009 0.098 0.004 0.005 0.030 0.717 68 R 0.019 0.001 0.001 0.009 0.004 0.005 0.099 0.001 0.001 0.011 0.849 69 G 0.010 0.001 0.001 0.018 0.004 0.011 0.171 0.001 0.001 0.026 0.758 70 S 0.001 0.002 0.001 0.064 0.018 0.020 0.329 0.001 0.001 0.056 0.510 71 D 0.001 0.001 0.001 0.393 0.027 0.065 0.136 0.001 0.001 0.180 0.196 72 V 0.001 0.001 0.001 0.799 0.039 0.060 0.014 0.001 0.001 0.049 0.037 73 A 0.001 0.001 0.001 0.766 0.047 0.082 0.008 0.001 0.001 0.060 0.036 74 I 0.001 0.001 0.001 0.876 0.041 0.045 0.004 0.001 0.001 0.019 0.013 75 E 0.001 0.004 0.001 0.759 0.057 0.095 0.014 0.001 0.001 0.032 0.038 76 F 0.008 0.048 0.002 0.381 0.131 0.095 0.050 0.003 0.001 0.069 0.211 77 H 0.084 0.081 0.004 0.215 0.075 0.115 0.087 0.011 0.002 0.102 0.224 78 T 0.061 0.107 0.010 0.117 0.059 0.066 0.091 0.007 0.003 0.090 0.389 79 N 0.144 0.055 0.007 0.056 0.036 0.067 0.090 0.017 0.003 0.101 0.426 80 A 0.132 0.035 0.007 0.033 0.020 0.020 0.078 0.010 0.003 0.087 0.575 81 A 0.105 0.012 0.005 0.032 0.017 0.022 0.150 0.009 0.003 0.084 0.561 82 A 0.038 0.016 0.002 0.009 0.008 0.009 0.088 0.005 0.001 0.023 0.801 83 N 0.243 0.018 0.002 0.014 0.016 0.020 0.100 0.009 0.002 0.102 0.474 84 K 0.039 0.009 0.005 0.018 0.025 0.023 0.124 0.003 0.001 0.066 0.686 85 T 0.086 0.015 0.003 0.026 0.030 0.049 0.159 0.005 0.001 0.087 0.540 86 A 0.064 0.007 0.002 0.027 0.045 0.066 0.154 0.003 0.001 0.060 0.571 87 T 0.013 0.011 0.001 0.061 0.095 0.099 0.177 0.001 0.001 0.035 0.507 88 G 0.007 0.005 0.001 0.056 0.100 0.455 0.065 0.001 0.001 0.046 0.265 89 I 0.004 0.004 0.001 0.083 0.344 0.216 0.068 0.001 0.001 0.062 0.219 90 E 0.003 0.001 0.001 0.145 0.218 0.408 0.036 0.001 0.001 0.079 0.109 91 A 0.003 0.001 0.001 0.171 0.197 0.232 0.053 0.001 0.001 0.112 0.231 92 L 0.002 0.001 0.001 0.322 0.216 0.238 0.042 0.001 0.001 0.043 0.134 93 S 0.009 0.003 0.001 0.160 0.160 0.233 0.074 0.001 0.001 0.048 0.311 94 T 0.125 0.023 0.001 0.057 0.061 0.073 0.092 0.005 0.001 0.054 0.508 95 P 0.243 0.034 0.001 0.023 0.019 0.025 0.096 0.005 0.001 0.043 0.510 96 K 0.042 0.063 0.001 0.009 0.006 0.009 0.103 0.002 0.001 0.025 0.739 97 N 0.074 0.233 0.002 0.007 0.011 0.017 0.091 0.007 0.001 0.048 0.508 98 K 0.095 0.400 0.002 0.006 0.017 0.018 0.068 0.009 0.001 0.072 0.313 99 R 0.044 0.691 0.002 0.005 0.012 0.012 0.027 0.005 0.001 0.044 0.159 100 W 0.018 0.839 0.002 0.002 0.007 0.006 0.011 0.003 0.001 0.016 0.095 101 C 0.012 0.906 0.002 0.001 0.004 0.005 0.005 0.003 0.001 0.016 0.046 102 Q 0.016 0.906 0.002 0.001 0.003 0.004 0.006 0.003 0.001 0.026 0.033 103 V 0.009 0.925 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.026 0.024 104 L 0.009 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.011 105 G 0.006 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 106 K 0.011 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.018 0.024 107 A 0.017 0.908 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.031 0.028 108 V 0.080 0.140 0.013 0.003 0.002 0.003 0.027 0.013 0.012 0.572 0.135 109 A 0.098 0.276 0.062 0.009 0.003 0.004 0.058 0.009 0.040 0.203 0.237 110 K 0.209 0.132 0.011 0.008 0.003 0.004 0.050 0.009 0.010 0.051 0.513 111 K 0.081 0.073 0.007 0.007 0.004 0.005 0.057 0.010 0.004 0.044 0.709 112 T 0.086 0.045 0.005 0.008 0.004 0.007 0.124 0.007 0.004 0.050 0.660 113 G 0.131 0.056 0.004 0.014 0.006 0.011 0.125 0.008 0.002 0.045 0.597 114 W 0.063 0.031 0.002 0.025 0.009 0.010 0.124 0.006 0.001 0.040 0.688 115 K 0.040 0.033 0.003 0.044 0.017 0.026 0.143 0.004 0.001 0.046 0.644 116 L 0.064 0.031 0.004 0.049 0.018 0.031 0.118 0.005 0.002 0.071 0.608 117 R 0.130 0.014 0.008 0.047 0.029 0.038 0.097 0.007 0.003 0.073 0.556 118 G 0.245 0.011 0.002 0.021 0.015 0.026 0.102 0.007 0.001 0.031 0.539 119 E 0.175 0.003 0.001 0.022 0.015 0.035 0.067 0.004 0.001 0.025 0.654 120 D 0.015 0.001 0.001 0.038 0.025 0.033 0.121 0.001 0.001 0.011 0.754 121 G 0.005 0.001 0.001 0.053 0.038 0.117 0.106 0.001 0.001 0.012 0.667 122 F 0.004 0.002 0.001 0.033 0.087 0.054 0.166 0.001 0.001 0.018 0.635 123 K 0.068 0.010 0.001 0.098 0.104 0.138 0.147 0.004 0.001 0.056 0.373 124 P 0.100 0.020 0.001 0.035 0.033 0.040 0.091 0.003 0.001 0.031 0.647 125 D 0.167 0.023 0.002 0.043 0.030 0.044 0.069 0.005 0.001 0.050 0.566 126 N 0.121 0.032 0.002 0.024 0.021 0.045 0.080 0.004 0.001 0.057 0.613 127 A 0.042 0.028 0.002 0.021 0.026 0.036 0.102 0.003 0.001 0.069 0.670 128 G 0.027 0.032 0.002 0.031 0.086 0.096 0.138 0.003 0.001 0.080 0.506 129 Q 0.012 0.061 0.001 0.046 0.128 0.263 0.088 0.002 0.001 0.051 0.346 130 H 0.004 0.061 0.002 0.080 0.317 0.264 0.054 0.001 0.001 0.030 0.187 131 S 0.006 0.029 0.001 0.069 0.237 0.536 0.026 0.002 0.001 0.027 0.067 132 R 0.015 0.027 0.003 0.091 0.245 0.328 0.046 0.002 0.001 0.069 0.174 133 L 0.021 0.014 0.008 0.108 0.317 0.265 0.043 0.003 0.002 0.046 0.174 134 A 0.108 0.017 0.005 0.049 0.123 0.224 0.071 0.007 0.003 0.046 0.349 135 Y 0.099 0.004 0.004 0.044 0.060 0.089 0.062 0.006 0.002 0.045 0.588 136 A 0.030 0.004 0.003 0.030 0.031 0.041 0.181 0.002 0.001 0.026 0.652 137 Q 0.026 0.008 0.002 0.027 0.022 0.050 0.113 0.002 0.001 0.036 0.713 138 A 0.014 0.007 0.002 0.045 0.040 0.027 0.201 0.002 0.001 0.056 0.606 139 G 0.012 0.015 0.003 0.197 0.078 0.188 0.142 0.002 0.001 0.073 0.289 140 G 0.008 0.004 0.001 0.210 0.081 0.195 0.102 0.001 0.001 0.070 0.327 141 I 0.002 0.003 0.001 0.644 0.120 0.109 0.028 0.001 0.001 0.020 0.073 142 V 0.002 0.004 0.001 0.436 0.095 0.244 0.046 0.001 0.001 0.039 0.133 143 F 0.012 0.030 0.003 0.343 0.158 0.085 0.067 0.004 0.001 0.054 0.245 144 E 0.100 0.027 0.001 0.262 0.085 0.141 0.071 0.006 0.001 0.121 0.186 145 P 0.013 0.015 0.001 0.123 0.045 0.052 0.115 0.001 0.001 0.161 0.472 146 F 0.012 0.007 0.002 0.305 0.087 0.152 0.058 0.004 0.001 0.151 0.221 147 F 0.028 0.005 0.001 0.132 0.062 0.094 0.045 0.003 0.001 0.148 0.482 148 I 0.008 0.005 0.001 0.201 0.082 0.045 0.089 0.001 0.001 0.087 0.481 149 S 0.005 0.017 0.001 0.053 0.024 0.027 0.159 0.002 0.001 0.074 0.639 150 N 0.102 0.609 0.001 0.009 0.011 0.007 0.026 0.010 0.001 0.040 0.183 151 D 0.271 0.521 0.001 0.005 0.003 0.003 0.030 0.008 0.001 0.054 0.103 152 T 0.014 0.732 0.003 0.002 0.001 0.002 0.027 0.002 0.001 0.048 0.167 153 D 0.090 0.692 0.009 0.003 0.002 0.005 0.020 0.013 0.004 0.060 0.102 154 L 0.183 0.557 0.014 0.003 0.005 0.005 0.022 0.013 0.006 0.069 0.123 155 A 0.120 0.127 0.008 0.009 0.016 0.021 0.054 0.016 0.004 0.235 0.391 156 L 0.064 0.091 0.008 0.016 0.020 0.019 0.084 0.008 0.004 0.190 0.497 157 F 0.063 0.094 0.011 0.028 0.023 0.021 0.096 0.006 0.006 0.095 0.557 158 K 0.050 0.066 0.007 0.010 0.012 0.014 0.132 0.009 0.003 0.063 0.634 159 T 0.206 0.178 0.006 0.007 0.008 0.012 0.065 0.015 0.004 0.058 0.443 160 T 0.226 0.239 0.002 0.005 0.005 0.004 0.064 0.006 0.002 0.048 0.398 161 K 0.018 0.563 0.002 0.005 0.002 0.002 0.038 0.003 0.001 0.026 0.339 162 W 0.009 0.799 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 0.002 0.001 0.026 0.140 163 G 0.009 0.910 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.040 0.026 164 I 0.006 0.909 0.004 0.002 0.003 0.002 0.005 0.002 0.001 0.035 0.031 165 C 0.008 0.942 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.019 0.015 166 R 0.014 0.843 0.009 0.004 0.004 0.005 0.007 0.003 0.005 0.058 0.050 167 A 0.008 0.834 0.017 0.004 0.005 0.006 0.010 0.003 0.008 0.057 0.047 168 I 0.046 0.743 0.020 0.005 0.005 0.010 0.014 0.010 0.011 0.075 0.061 169 A 0.045 0.702 0.018 0.009 0.009 0.008 0.017 0.010 0.007 0.065 0.109 170 D 0.033 0.575 0.015 0.023 0.013 0.021 0.045 0.010 0.008 0.083 0.173 171 A 0.031 0.376 0.021 0.036 0.023 0.037 0.065 0.011 0.009 0.125 0.266 172 I 0.069 0.220 0.037 0.056 0.041 0.038 0.078 0.022 0.015 0.146 0.278 173 A 0.160 0.117 0.035 0.060 0.036 0.046 0.072 0.025 0.017 0.090 0.342 174 M 0.143 0.038 0.007 0.055 0.027 0.038 0.078 0.012 0.005 0.043 0.553 175 E 0.058 0.018 0.004 0.053 0.019 0.034 0.118 0.007 0.003 0.042 0.644 176 L 0.045 0.016 0.005 0.028 0.019 0.021 0.109 0.006 0.003 0.028 0.720 177 G 0.391 0.012 0.003 0.013 0.011 0.024 0.070 0.014 0.002 0.035 0.425 178 A 0.166 0.004 0.001 0.008 0.008 0.010 0.061 0.003 0.001 0.017 0.722 179 A 0.027 0.002 0.001 0.012 0.010 0.014 0.097 0.001 0.001 0.015 0.823 180 K 0.014 0.003 0.001 0.015 0.016 0.032 0.106 0.001 0.001 0.021 0.793 181 V 0.013 0.005 0.001 0.016 0.037 0.040 0.140 0.001 0.001 0.029 0.718