# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 201.785 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.013 0.004 0.006 0.123 0.007 0.842 2 S 0.001 0.002 0.088 0.030 0.054 0.168 0.041 0.616 3 K 0.001 0.001 0.686 0.072 0.080 0.034 0.019 0.109 4 I 0.001 0.001 0.928 0.024 0.029 0.002 0.004 0.012 5 I 0.001 0.001 0.977 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 6 C 0.001 0.001 0.977 0.004 0.011 0.001 0.001 0.006 7 L 0.001 0.001 0.979 0.003 0.007 0.002 0.002 0.006 8 T 0.294 0.005 0.527 0.005 0.014 0.037 0.043 0.074 9 A 0.080 0.005 0.276 0.005 0.010 0.156 0.037 0.432 10 G 0.058 0.015 0.145 0.007 0.022 0.175 0.062 0.517 11 H 0.090 0.014 0.132 0.015 0.032 0.179 0.097 0.441 12 S 0.048 0.004 0.066 0.018 0.032 0.223 0.066 0.542 13 N 0.007 0.002 0.041 0.026 0.045 0.239 0.086 0.555 14 T 0.038 0.003 0.024 0.018 0.044 0.171 0.048 0.653 15 D 0.358 0.018 0.008 0.021 0.027 0.105 0.120 0.342 16 P 0.011 0.005 0.011 0.019 0.031 0.159 0.029 0.735 17 G 0.015 0.009 0.044 0.057 0.195 0.135 0.081 0.463 18 A 0.015 0.004 0.057 0.130 0.172 0.134 0.055 0.433 19 V 0.069 0.006 0.068 0.073 0.105 0.128 0.040 0.511 20 N 0.040 0.005 0.007 0.018 0.027 0.134 0.038 0.732 21 G 0.022 0.025 0.013 0.021 0.041 0.133 0.035 0.710 22 S 0.045 0.113 0.009 0.045 0.052 0.125 0.059 0.551 23 D 0.044 0.228 0.017 0.081 0.053 0.092 0.107 0.376 24 R 0.066 0.523 0.014 0.032 0.040 0.037 0.087 0.202 25 E 0.063 0.731 0.005 0.009 0.013 0.012 0.110 0.058 26 A 0.016 0.789 0.004 0.013 0.011 0.012 0.076 0.080 27 D 0.010 0.919 0.002 0.004 0.007 0.005 0.028 0.025 28 L 0.003 0.968 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.007 29 A 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 30 Q 0.002 0.788 0.001 0.001 0.001 0.002 0.201 0.004 31 D 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 32 M 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 33 R 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 34 N 0.002 0.378 0.003 0.001 0.001 0.003 0.606 0.007 35 I 0.002 0.927 0.002 0.001 0.001 0.003 0.049 0.016 36 V 0.005 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.033 0.006 37 A 0.009 0.914 0.002 0.001 0.001 0.007 0.035 0.031 38 S 0.022 0.605 0.008 0.001 0.001 0.028 0.156 0.180 39 I 0.075 0.230 0.063 0.003 0.002 0.061 0.279 0.287 40 L 0.171 0.106 0.040 0.004 0.002 0.063 0.231 0.383 41 R 0.042 0.004 0.041 0.005 0.002 0.084 0.060 0.762 42 N 0.164 0.001 0.011 0.001 0.001 0.054 0.012 0.756 43 D 0.067 0.001 0.021 0.001 0.003 0.069 0.018 0.820 44 Y 0.003 0.001 0.117 0.002 0.010 0.144 0.009 0.715 45 G 0.004 0.001 0.069 0.034 0.057 0.159 0.035 0.642 46 L 0.001 0.001 0.089 0.038 0.042 0.113 0.008 0.710 47 T 0.001 0.001 0.739 0.084 0.106 0.011 0.035 0.024 48 V 0.002 0.001 0.240 0.097 0.091 0.045 0.027 0.497 49 K 0.001 0.001 0.659 0.114 0.124 0.018 0.018 0.065 50 T 0.006 0.001 0.137 0.232 0.317 0.048 0.035 0.224 51 D 0.024 0.001 0.185 0.154 0.237 0.054 0.046 0.300 52 G 0.208 0.002 0.030 0.075 0.096 0.090 0.041 0.459 53 T 0.035 0.001 0.019 0.044 0.055 0.103 0.024 0.720 54 G 0.071 0.001 0.018 0.023 0.034 0.112 0.021 0.720 55 K 0.111 0.002 0.015 0.018 0.028 0.099 0.062 0.664 56 G 0.008 0.005 0.032 0.031 0.042 0.148 0.019 0.714 57 N 0.009 0.006 0.004 0.019 0.021 0.104 0.012 0.825 58 M 0.008 0.026 0.025 0.103 0.071 0.131 0.086 0.550 59 P 0.066 0.650 0.017 0.021 0.028 0.025 0.093 0.101 60 L 0.075 0.842 0.002 0.002 0.003 0.005 0.047 0.024 61 R 0.009 0.906 0.003 0.005 0.003 0.006 0.035 0.033 62 D 0.011 0.898 0.003 0.003 0.009 0.005 0.034 0.038 63 A 0.021 0.825 0.009 0.008 0.006 0.010 0.078 0.044 64 V 0.109 0.597 0.017 0.019 0.010 0.021 0.131 0.095 65 K 0.277 0.181 0.026 0.013 0.011 0.032 0.155 0.305 66 L 0.135 0.016 0.009 0.005 0.004 0.045 0.027 0.758 67 I 0.205 0.014 0.030 0.003 0.005 0.080 0.035 0.628 68 R 0.025 0.005 0.011 0.002 0.002 0.062 0.007 0.887 69 G 0.026 0.006 0.012 0.002 0.003 0.126 0.027 0.797 70 S 0.009 0.016 0.078 0.022 0.017 0.152 0.074 0.631 71 D 0.010 0.013 0.370 0.018 0.067 0.077 0.089 0.357 72 V 0.001 0.009 0.789 0.045 0.053 0.020 0.032 0.050 73 A 0.001 0.005 0.757 0.034 0.068 0.022 0.021 0.092 74 I 0.002 0.007 0.647 0.123 0.102 0.015 0.066 0.039 75 E 0.004 0.015 0.557 0.098 0.175 0.018 0.064 0.069 76 F 0.013 0.037 0.421 0.208 0.126 0.031 0.076 0.088 77 H 0.048 0.058 0.180 0.134 0.185 0.073 0.097 0.226 78 T 0.098 0.055 0.095 0.095 0.123 0.110 0.080 0.342 79 N 0.147 0.061 0.039 0.031 0.061 0.106 0.167 0.388 80 A 0.102 0.028 0.023 0.016 0.028 0.142 0.070 0.591 81 A 0.123 0.024 0.015 0.013 0.025 0.123 0.134 0.542 82 A 0.043 0.016 0.009 0.007 0.011 0.129 0.036 0.748 83 N 0.125 0.029 0.010 0.008 0.016 0.130 0.104 0.578 84 K 0.034 0.014 0.013 0.024 0.026 0.161 0.111 0.618 85 T 0.082 0.015 0.017 0.018 0.043 0.122 0.076 0.627 86 A 0.055 0.009 0.028 0.043 0.082 0.142 0.071 0.569 87 T 0.017 0.010 0.085 0.059 0.172 0.131 0.036 0.490 88 G 0.011 0.007 0.061 0.114 0.301 0.113 0.048 0.345 89 I 0.006 0.004 0.087 0.208 0.286 0.084 0.055 0.270 90 E 0.005 0.004 0.122 0.245 0.399 0.041 0.055 0.129 91 A 0.005 0.002 0.126 0.228 0.321 0.053 0.028 0.237 92 L 0.002 0.001 0.175 0.250 0.338 0.056 0.028 0.149 93 S 0.009 0.003 0.146 0.140 0.215 0.093 0.041 0.353 94 T 0.225 0.022 0.046 0.053 0.058 0.104 0.108 0.384 95 P 0.268 0.025 0.011 0.008 0.008 0.106 0.076 0.497 96 K 0.033 0.045 0.007 0.005 0.006 0.106 0.034 0.765 97 N 0.092 0.240 0.004 0.004 0.006 0.075 0.052 0.528 98 K 0.117 0.400 0.003 0.011 0.006 0.060 0.067 0.335 99 R 0.047 0.621 0.003 0.005 0.007 0.035 0.040 0.243 100 W 0.026 0.767 0.003 0.002 0.007 0.017 0.083 0.095 101 C 0.011 0.888 0.001 0.003 0.003 0.006 0.065 0.023 102 Q 0.009 0.867 0.003 0.006 0.003 0.005 0.091 0.016 103 V 0.008 0.936 0.002 0.001 0.002 0.003 0.023 0.025 104 L 0.006 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 105 G 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 106 K 0.011 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.010 107 A 0.024 0.881 0.003 0.001 0.001 0.005 0.053 0.032 108 V 0.043 0.216 0.024 0.003 0.003 0.023 0.637 0.051 109 A 0.039 0.235 0.053 0.010 0.005 0.085 0.330 0.243 110 K 0.221 0.166 0.011 0.002 0.002 0.051 0.047 0.501 111 K 0.104 0.144 0.016 0.004 0.002 0.091 0.061 0.577 112 T 0.092 0.105 0.028 0.003 0.004 0.112 0.051 0.604 113 G 0.162 0.084 0.025 0.005 0.009 0.083 0.058 0.575 114 W 0.038 0.028 0.020 0.008 0.011 0.100 0.031 0.763 115 K 0.050 0.045 0.052 0.030 0.055 0.100 0.059 0.608 116 L 0.084 0.022 0.047 0.028 0.063 0.105 0.062 0.588 117 R 0.082 0.006 0.086 0.051 0.059 0.097 0.071 0.548 118 G 0.279 0.004 0.038 0.028 0.035 0.068 0.037 0.511 119 E 0.237 0.004 0.028 0.012 0.024 0.064 0.031 0.600 120 D 0.008 0.001 0.045 0.016 0.044 0.123 0.013 0.750 121 G 0.005 0.003 0.029 0.048 0.082 0.120 0.018 0.695 122 F 0.004 0.001 0.024 0.060 0.039 0.101 0.016 0.754 123 K 0.088 0.022 0.115 0.118 0.079 0.086 0.084 0.407 124 P 0.206 0.011 0.016 0.016 0.017 0.064 0.037 0.634 125 D 0.136 0.010 0.046 0.023 0.026 0.091 0.062 0.605 126 N 0.128 0.022 0.031 0.018 0.045 0.105 0.050 0.601 127 A 0.110 0.024 0.025 0.022 0.049 0.118 0.077 0.575 128 G 0.022 0.041 0.048 0.068 0.103 0.166 0.097 0.456 129 Q 0.015 0.064 0.049 0.119 0.213 0.105 0.073 0.362 130 H 0.008 0.054 0.071 0.183 0.248 0.071 0.054 0.311 131 S 0.013 0.090 0.209 0.231 0.267 0.028 0.084 0.077 132 R 0.032 0.051 0.095 0.205 0.201 0.062 0.085 0.268 133 L 0.050 0.043 0.148 0.166 0.218 0.057 0.112 0.206 134 A 0.123 0.034 0.076 0.103 0.172 0.071 0.088 0.334 135 Y 0.072 0.017 0.053 0.047 0.080 0.123 0.087 0.521 136 A 0.046 0.013 0.034 0.025 0.040 0.149 0.045 0.647 137 Q 0.122 0.041 0.021 0.020 0.037 0.123 0.069 0.568 138 A 0.026 0.022 0.030 0.020 0.033 0.172 0.058 0.639 139 G 0.010 0.048 0.071 0.066 0.094 0.146 0.099 0.466 140 G 0.007 0.031 0.159 0.076 0.262 0.074 0.084 0.306 141 I 0.003 0.017 0.409 0.183 0.188 0.031 0.102 0.067 142 V 0.003 0.008 0.249 0.229 0.247 0.044 0.070 0.150 143 F 0.016 0.012 0.323 0.147 0.263 0.038 0.065 0.135 144 E 0.048 0.026 0.166 0.158 0.262 0.062 0.111 0.166 145 P 0.024 0.013 0.148 0.081 0.123 0.132 0.064 0.415 146 F 0.017 0.037 0.200 0.096 0.210 0.088 0.104 0.248 147 F 0.019 0.013 0.159 0.093 0.120 0.121 0.040 0.436 148 I 0.005 0.003 0.178 0.065 0.099 0.157 0.124 0.369 149 S 0.005 0.019 0.112 0.017 0.033 0.135 0.077 0.603 150 N 0.112 0.715 0.003 0.001 0.002 0.018 0.076 0.073 151 D 0.031 0.878 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.052 152 T 0.005 0.915 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.045 153 D 0.031 0.879 0.004 0.001 0.001 0.006 0.050 0.028 154 L 0.257 0.498 0.007 0.003 0.003 0.014 0.171 0.046 155 A 0.128 0.245 0.008 0.006 0.008 0.058 0.224 0.322 156 L 0.051 0.027 0.012 0.005 0.011 0.121 0.148 0.625 157 F 0.042 0.055 0.035 0.013 0.014 0.187 0.088 0.566 158 K 0.032 0.046 0.010 0.002 0.002 0.097 0.013 0.798 159 T 0.365 0.144 0.003 0.002 0.001 0.068 0.037 0.381 160 T 0.122 0.288 0.005 0.001 0.001 0.063 0.072 0.447 161 K 0.013 0.277 0.016 0.001 0.002 0.071 0.077 0.544 162 W 0.012 0.763 0.004 0.002 0.001 0.023 0.087 0.108 163 G 0.004 0.937 0.003 0.003 0.002 0.005 0.023 0.022 164 I 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 165 C 0.004 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 166 R 0.005 0.785 0.018 0.006 0.005 0.004 0.169 0.009 167 A 0.020 0.787 0.013 0.010 0.013 0.007 0.121 0.028 168 I 0.045 0.826 0.014 0.007 0.010 0.008 0.062 0.029 169 A 0.030 0.505 0.056 0.021 0.027 0.050 0.166 0.147 170 D 0.015 0.455 0.050 0.029 0.041 0.062 0.128 0.221 171 A 0.031 0.392 0.111 0.044 0.061 0.055 0.115 0.191 172 I 0.061 0.249 0.142 0.086 0.074 0.057 0.145 0.185 173 A 0.075 0.136 0.123 0.045 0.074 0.077 0.138 0.331 174 M 0.149 0.055 0.076 0.041 0.053 0.082 0.074 0.470 175 E 0.087 0.028 0.031 0.023 0.039 0.097 0.037 0.659 176 L 0.034 0.015 0.032 0.017 0.028 0.079 0.017 0.779 177 G 0.321 0.027 0.011 0.016 0.018 0.059 0.055 0.493 178 A 0.266 0.009 0.008 0.009 0.009 0.062 0.035 0.603 179 A 0.054 0.005 0.014 0.008 0.017 0.068 0.024 0.810 180 K 0.030 0.005 0.013 0.012 0.023 0.100 0.022 0.796 181 V 0.032 0.005 0.015 0.030 0.033 0.119 0.025 0.742