# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 201.785 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.245 0.170 0.070 0.151 0.114 0.072 0.078 0.042 0.028 0.017 0.012 2 S 0.336 0.141 0.075 0.128 0.083 0.055 0.069 0.041 0.035 0.022 0.013 3 K 0.023 0.046 0.054 0.121 0.125 0.143 0.184 0.099 0.101 0.068 0.034 4 I 0.006 0.027 0.046 0.094 0.103 0.145 0.173 0.128 0.127 0.104 0.048 5 I 0.001 0.004 0.010 0.018 0.028 0.077 0.158 0.165 0.224 0.205 0.109 6 C 0.001 0.002 0.006 0.010 0.017 0.023 0.066 0.144 0.203 0.261 0.267 7 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.014 0.043 0.110 0.224 0.326 0.269 8 T 0.002 0.005 0.018 0.039 0.060 0.063 0.136 0.182 0.202 0.182 0.110 9 A 0.002 0.003 0.009 0.016 0.026 0.045 0.106 0.164 0.235 0.217 0.176 10 G 0.012 0.014 0.024 0.048 0.061 0.081 0.143 0.140 0.181 0.163 0.134 11 H 0.008 0.012 0.019 0.039 0.054 0.092 0.180 0.164 0.182 0.150 0.100 12 S 0.035 0.053 0.038 0.099 0.104 0.109 0.151 0.125 0.118 0.097 0.073 13 N 0.117 0.079 0.044 0.106 0.104 0.097 0.138 0.100 0.092 0.068 0.056 14 T 0.145 0.098 0.047 0.142 0.130 0.109 0.124 0.078 0.058 0.041 0.030 15 D 0.020 0.032 0.018 0.054 0.061 0.100 0.139 0.128 0.165 0.167 0.116 16 P 0.077 0.081 0.028 0.109 0.117 0.121 0.151 0.106 0.093 0.068 0.048 17 G 0.136 0.066 0.037 0.095 0.084 0.082 0.117 0.096 0.111 0.100 0.076 18 A 0.022 0.020 0.015 0.044 0.052 0.092 0.138 0.120 0.187 0.176 0.134 19 V 0.045 0.050 0.024 0.092 0.106 0.112 0.163 0.129 0.126 0.087 0.066 20 N 0.069 0.070 0.036 0.091 0.099 0.098 0.136 0.119 0.111 0.088 0.083 21 G 0.148 0.143 0.054 0.136 0.125 0.095 0.112 0.070 0.055 0.036 0.025 22 S 0.364 0.161 0.040 0.131 0.088 0.060 0.066 0.038 0.027 0.016 0.010 23 D 0.307 0.098 0.048 0.120 0.101 0.083 0.092 0.058 0.043 0.029 0.022 24 R 0.108 0.152 0.070 0.183 0.151 0.108 0.104 0.057 0.036 0.021 0.011 25 E 0.006 0.017 0.022 0.047 0.070 0.085 0.166 0.172 0.177 0.148 0.091 26 A 0.026 0.039 0.083 0.134 0.155 0.173 0.181 0.093 0.060 0.039 0.017 27 D 0.079 0.113 0.299 0.276 0.117 0.054 0.033 0.015 0.007 0.004 0.002 28 L 0.003 0.004 0.009 0.017 0.040 0.078 0.195 0.220 0.188 0.155 0.092 29 A 0.003 0.009 0.018 0.024 0.037 0.044 0.105 0.142 0.222 0.231 0.163 30 Q 0.028 0.020 0.207 0.172 0.185 0.144 0.145 0.053 0.028 0.012 0.006 31 D 0.047 0.082 0.290 0.270 0.164 0.069 0.051 0.017 0.006 0.003 0.002 32 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.009 0.043 0.092 0.232 0.290 0.325 33 R 0.002 0.003 0.008 0.029 0.095 0.199 0.339 0.147 0.094 0.061 0.023 34 N 0.012 0.019 0.792 0.125 0.034 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 35 I 0.002 0.005 0.023 0.044 0.077 0.327 0.379 0.080 0.038 0.018 0.006 36 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.028 0.179 0.311 0.471 37 A 0.002 0.004 0.034 0.073 0.223 0.287 0.264 0.069 0.027 0.012 0.004 38 S 0.007 0.016 0.892 0.068 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 I 0.001 0.002 0.011 0.020 0.040 0.263 0.430 0.118 0.067 0.037 0.010 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.056 0.222 0.347 0.341 41 R 0.007 0.042 0.307 0.248 0.200 0.098 0.055 0.024 0.010 0.007 0.003 42 N 0.016 0.045 0.545 0.164 0.107 0.064 0.035 0.013 0.006 0.003 0.002 43 D 0.128 0.165 0.102 0.129 0.115 0.121 0.119 0.070 0.025 0.017 0.010 44 Y 0.070 0.052 0.018 0.053 0.072 0.131 0.223 0.170 0.111 0.068 0.033 45 G 0.573 0.147 0.056 0.107 0.052 0.022 0.020 0.012 0.006 0.004 0.002 46 L 0.012 0.008 0.016 0.018 0.026 0.056 0.151 0.132 0.229 0.208 0.144 47 T 0.048 0.223 0.095 0.290 0.186 0.081 0.041 0.017 0.011 0.005 0.003 48 V 0.002 0.002 0.005 0.007 0.013 0.021 0.053 0.116 0.204 0.230 0.348 49 K 0.031 0.056 0.044 0.183 0.217 0.162 0.138 0.083 0.044 0.025 0.018 50 T 0.008 0.005 0.010 0.018 0.026 0.032 0.088 0.136 0.219 0.224 0.233 51 D 0.040 0.048 0.048 0.126 0.133 0.136 0.147 0.098 0.096 0.076 0.052 52 G 0.043 0.063 0.032 0.087 0.084 0.106 0.201 0.118 0.129 0.089 0.048 53 T 0.309 0.246 0.068 0.169 0.089 0.045 0.032 0.018 0.012 0.007 0.005 54 G 0.426 0.186 0.038 0.114 0.070 0.051 0.052 0.028 0.018 0.011 0.006 55 K 0.300 0.208 0.039 0.133 0.090 0.064 0.057 0.044 0.029 0.023 0.014 56 G 0.138 0.127 0.031 0.112 0.119 0.129 0.139 0.089 0.060 0.036 0.019 57 N 0.199 0.175 0.065 0.149 0.103 0.092 0.089 0.053 0.036 0.025 0.013 58 M 0.055 0.029 0.027 0.060 0.073 0.125 0.189 0.132 0.147 0.101 0.063 59 P 0.166 0.286 0.078 0.201 0.113 0.058 0.047 0.025 0.014 0.008 0.004 60 L 0.007 0.011 0.012 0.028 0.046 0.073 0.155 0.159 0.212 0.164 0.133 61 R 0.249 0.097 0.095 0.187 0.157 0.088 0.071 0.032 0.015 0.007 0.004 62 D 0.097 0.122 0.233 0.250 0.134 0.073 0.053 0.022 0.010 0.005 0.002 63 A 0.006 0.010 0.023 0.043 0.068 0.114 0.211 0.177 0.163 0.125 0.059 64 V 0.010 0.010 0.019 0.040 0.053 0.101 0.245 0.179 0.160 0.138 0.045 65 K 0.012 0.077 0.577 0.221 0.070 0.026 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 66 L 0.024 0.019 0.087 0.094 0.146 0.152 0.213 0.144 0.063 0.036 0.023 67 I 0.026 0.039 0.048 0.046 0.051 0.074 0.142 0.143 0.155 0.155 0.121 68 R 0.052 0.098 0.124 0.163 0.168 0.125 0.136 0.066 0.039 0.018 0.011 69 G 0.523 0.141 0.121 0.109 0.049 0.020 0.018 0.009 0.005 0.003 0.002 70 S 0.054 0.040 0.039 0.058 0.066 0.075 0.175 0.132 0.155 0.110 0.095 71 D 0.047 0.107 0.065 0.171 0.158 0.154 0.128 0.069 0.051 0.031 0.019 72 V 0.006 0.010 0.025 0.039 0.066 0.090 0.185 0.207 0.167 0.115 0.090 73 A 0.005 0.012 0.037 0.057 0.077 0.063 0.137 0.179 0.168 0.145 0.120 74 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.014 0.052 0.095 0.246 0.309 0.269 75 E 0.005 0.019 0.047 0.132 0.163 0.138 0.155 0.115 0.106 0.070 0.050 76 F 0.001 0.001 0.007 0.006 0.013 0.015 0.056 0.148 0.210 0.255 0.288 77 H 0.001 0.003 0.010 0.023 0.038 0.048 0.105 0.164 0.211 0.224 0.173 78 T 0.002 0.003 0.009 0.015 0.022 0.041 0.104 0.128 0.248 0.241 0.186 79 N 0.020 0.025 0.052 0.115 0.146 0.147 0.186 0.122 0.094 0.054 0.038 80 A 0.017 0.022 0.041 0.060 0.071 0.086 0.180 0.155 0.154 0.123 0.091 81 A 0.027 0.028 0.026 0.054 0.067 0.088 0.151 0.128 0.160 0.138 0.134 82 A 0.195 0.185 0.067 0.147 0.117 0.081 0.094 0.048 0.033 0.020 0.014 83 N 0.207 0.178 0.062 0.157 0.113 0.086 0.075 0.044 0.034 0.026 0.018 84 K 0.371 0.191 0.040 0.115 0.084 0.057 0.058 0.037 0.022 0.015 0.010 85 T 0.305 0.214 0.041 0.163 0.098 0.062 0.052 0.030 0.018 0.010 0.007 86 A 0.032 0.028 0.019 0.036 0.048 0.072 0.104 0.107 0.164 0.174 0.216 87 T 0.055 0.101 0.052 0.187 0.195 0.132 0.128 0.072 0.042 0.023 0.013 88 G 0.043 0.044 0.039 0.101 0.099 0.104 0.148 0.114 0.136 0.101 0.071 89 I 0.003 0.004 0.005 0.013 0.022 0.039 0.087 0.121 0.229 0.237 0.241 90 E 0.009 0.032 0.027 0.126 0.147 0.137 0.173 0.124 0.110 0.073 0.041 91 A 0.001 0.002 0.007 0.011 0.018 0.024 0.055 0.119 0.191 0.258 0.314 92 L 0.003 0.003 0.006 0.016 0.029 0.064 0.120 0.146 0.222 0.230 0.161 93 S 0.007 0.010 0.014 0.036 0.047 0.062 0.143 0.158 0.217 0.183 0.122 94 T 0.014 0.022 0.028 0.065 0.083 0.116 0.177 0.143 0.153 0.114 0.084 95 P 0.144 0.132 0.062 0.143 0.113 0.100 0.133 0.067 0.054 0.033 0.019 96 K 0.413 0.203 0.043 0.128 0.077 0.043 0.041 0.025 0.014 0.008 0.006 97 N 0.235 0.229 0.040 0.107 0.087 0.074 0.086 0.055 0.040 0.028 0.020 98 K 0.224 0.126 0.047 0.146 0.139 0.101 0.101 0.054 0.031 0.018 0.012 99 R 0.423 0.165 0.091 0.129 0.074 0.046 0.036 0.018 0.009 0.006 0.003 100 W 0.031 0.077 0.041 0.134 0.130 0.160 0.175 0.102 0.076 0.052 0.021 101 C 0.007 0.016 0.013 0.034 0.055 0.095 0.192 0.170 0.184 0.158 0.077 102 Q 0.059 0.049 0.223 0.250 0.189 0.117 0.069 0.025 0.012 0.005 0.002 103 V 0.033 0.060 0.277 0.243 0.157 0.106 0.078 0.029 0.010 0.006 0.002 104 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.022 0.066 0.100 0.268 0.301 0.228 105 G 0.001 0.001 0.003 0.008 0.027 0.075 0.231 0.179 0.205 0.181 0.090 106 K 0.005 0.019 0.726 0.170 0.056 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 107 A 0.007 0.010 0.078 0.086 0.134 0.233 0.312 0.092 0.028 0.013 0.006 108 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.046 0.192 0.277 0.462 109 A 0.004 0.005 0.019 0.041 0.108 0.153 0.294 0.174 0.098 0.075 0.030 110 K 0.006 0.033 0.726 0.150 0.049 0.023 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 111 K 0.023 0.043 0.080 0.123 0.153 0.189 0.241 0.095 0.030 0.014 0.008 112 T 0.021 0.012 0.009 0.011 0.014 0.026 0.074 0.115 0.227 0.256 0.235 113 G 0.177 0.140 0.098 0.197 0.156 0.085 0.075 0.038 0.019 0.010 0.006 114 W 0.110 0.106 0.207 0.174 0.118 0.087 0.078 0.046 0.034 0.026 0.014 115 K 0.117 0.094 0.052 0.112 0.120 0.136 0.171 0.090 0.057 0.032 0.019 116 L 0.146 0.121 0.055 0.129 0.101 0.098 0.124 0.092 0.065 0.044 0.024 117 R 0.083 0.103 0.069 0.150 0.131 0.124 0.124 0.084 0.061 0.045 0.026 118 G 0.141 0.097 0.057 0.131 0.118 0.107 0.132 0.086 0.063 0.043 0.025 119 E 0.212 0.164 0.072 0.157 0.107 0.084 0.082 0.051 0.035 0.025 0.012 120 D 0.109 0.092 0.046 0.123 0.115 0.134 0.145 0.089 0.074 0.048 0.026 121 G 0.239 0.112 0.051 0.141 0.112 0.081 0.096 0.070 0.048 0.032 0.019 122 F 0.035 0.035 0.027 0.060 0.065 0.121 0.173 0.131 0.150 0.131 0.072 123 K 0.076 0.163 0.076 0.180 0.146 0.113 0.101 0.059 0.043 0.027 0.016 124 P 0.182 0.117 0.049 0.126 0.112 0.088 0.110 0.088 0.058 0.039 0.029 125 D 0.348 0.127 0.049 0.124 0.102 0.066 0.072 0.048 0.030 0.021 0.014 126 N 0.251 0.178 0.051 0.150 0.105 0.076 0.080 0.049 0.030 0.019 0.010 127 A 0.096 0.100 0.037 0.127 0.127 0.126 0.136 0.094 0.072 0.054 0.033 128 G 0.181 0.123 0.053 0.128 0.116 0.098 0.112 0.080 0.054 0.036 0.021 129 Q 0.126 0.165 0.091 0.229 0.145 0.086 0.073 0.041 0.025 0.014 0.007 130 H 0.010 0.008 0.012 0.027 0.045 0.075 0.125 0.136 0.201 0.189 0.173 131 S 0.036 0.049 0.054 0.129 0.138 0.123 0.146 0.121 0.097 0.068 0.040 132 R 0.015 0.029 0.042 0.115 0.130 0.156 0.202 0.116 0.098 0.059 0.037 133 L 0.002 0.002 0.005 0.007 0.012 0.017 0.045 0.081 0.181 0.248 0.400 134 A 0.021 0.035 0.046 0.131 0.157 0.143 0.171 0.116 0.091 0.058 0.031 135 Y 0.035 0.068 0.083 0.163 0.142 0.129 0.145 0.085 0.068 0.048 0.033 136 A 0.020 0.020 0.023 0.042 0.057 0.087 0.154 0.131 0.170 0.142 0.154 137 Q 0.167 0.197 0.077 0.190 0.117 0.081 0.083 0.037 0.028 0.015 0.009 138 A 0.030 0.027 0.036 0.059 0.066 0.068 0.131 0.121 0.175 0.139 0.149 139 G 0.032 0.060 0.046 0.120 0.126 0.126 0.166 0.107 0.093 0.066 0.057 140 G 0.003 0.009 0.014 0.026 0.037 0.057 0.127 0.141 0.233 0.194 0.159 141 I 0.002 0.005 0.014 0.027 0.048 0.051 0.136 0.195 0.181 0.155 0.186 142 V 0.001 0.002 0.011 0.016 0.024 0.026 0.075 0.146 0.218 0.240 0.241 143 F 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.017 0.056 0.091 0.246 0.284 0.285 144 E 0.001 0.001 0.007 0.013 0.027 0.023 0.083 0.209 0.224 0.224 0.190 145 P 0.001 0.002 0.008 0.011 0.015 0.030 0.064 0.111 0.242 0.324 0.193 146 F 0.003 0.007 0.019 0.036 0.062 0.060 0.179 0.249 0.166 0.127 0.093 147 F 0.004 0.006 0.022 0.034 0.047 0.052 0.116 0.213 0.188 0.199 0.118 148 I 0.006 0.005 0.017 0.021 0.033 0.049 0.132 0.167 0.211 0.194 0.165 149 S 0.032 0.111 0.100 0.144 0.135 0.125 0.155 0.076 0.064 0.038 0.020 150 N 0.026 0.066 0.057 0.095 0.110 0.127 0.219 0.110 0.095 0.056 0.038 151 D 0.677 0.161 0.051 0.061 0.024 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 152 T 0.520 0.181 0.057 0.119 0.058 0.026 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 153 D 0.050 0.112 0.045 0.124 0.126 0.133 0.148 0.103 0.075 0.059 0.026 154 L 0.009 0.014 0.019 0.061 0.113 0.225 0.281 0.131 0.079 0.049 0.018 155 A 0.038 0.063 0.491 0.200 0.094 0.056 0.035 0.015 0.005 0.003 0.001 156 L 0.005 0.012 0.058 0.101 0.097 0.257 0.277 0.088 0.061 0.035 0.009 157 F 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.011 0.048 0.076 0.237 0.340 0.277 158 K 0.022 0.086 0.218 0.236 0.188 0.111 0.081 0.031 0.016 0.008 0.003 159 T 0.057 0.172 0.415 0.183 0.088 0.042 0.022 0.010 0.005 0.003 0.002 160 T 0.331 0.160 0.055 0.114 0.109 0.074 0.076 0.050 0.017 0.009 0.005 161 K 0.515 0.203 0.037 0.078 0.044 0.037 0.040 0.025 0.012 0.007 0.003 162 W 0.087 0.043 0.071 0.133 0.138 0.166 0.162 0.091 0.053 0.034 0.022 163 G 0.069 0.135 0.132 0.176 0.154 0.124 0.122 0.049 0.022 0.010 0.005 164 I 0.003 0.007 0.017 0.024 0.046 0.046 0.122 0.153 0.214 0.174 0.195 165 C 0.001 0.002 0.006 0.015 0.038 0.072 0.172 0.197 0.194 0.184 0.117 166 R 0.019 0.056 0.261 0.329 0.166 0.088 0.047 0.015 0.011 0.005 0.003 167 A 0.001 0.002 0.012 0.019 0.053 0.056 0.188 0.272 0.141 0.107 0.149 168 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.031 0.158 0.296 0.498 169 A 0.001 0.001 0.003 0.007 0.026 0.056 0.182 0.174 0.230 0.198 0.124 170 D 0.003 0.027 0.292 0.272 0.165 0.111 0.061 0.027 0.023 0.013 0.007 171 A 0.001 0.001 0.008 0.009 0.019 0.041 0.138 0.162 0.195 0.195 0.232 172 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.016 0.039 0.063 0.224 0.284 0.362 173 A 0.008 0.017 0.029 0.065 0.100 0.111 0.196 0.145 0.142 0.103 0.084 174 M 0.021 0.027 0.070 0.100 0.124 0.145 0.177 0.121 0.099 0.066 0.050 175 E 0.148 0.136 0.076 0.158 0.120 0.101 0.131 0.061 0.036 0.019 0.013 176 L 0.098 0.062 0.031 0.078 0.084 0.109 0.173 0.131 0.104 0.073 0.058 177 G 0.255 0.309 0.062 0.156 0.095 0.047 0.036 0.019 0.011 0.006 0.005 178 A 0.214 0.108 0.041 0.081 0.077 0.065 0.106 0.090 0.087 0.070 0.061 179 A 0.361 0.234 0.066 0.129 0.079 0.047 0.039 0.020 0.013 0.008 0.005 180 K 0.280 0.288 0.094 0.173 0.077 0.039 0.024 0.012 0.007 0.004 0.002 181 V 0.257 0.126 0.052 0.125 0.113 0.087 0.094 0.069 0.039 0.023 0.016