# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 201.785 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.001 0.002 0.028 0.011 0.020 0.078 0.001 0.001 0.002 0.747 2 S 0.020 0.001 0.001 0.052 0.004 0.006 0.084 0.001 0.001 0.001 0.832 3 K 0.043 0.001 0.001 0.325 0.025 0.025 0.150 0.001 0.001 0.001 0.431 4 I 0.005 0.001 0.001 0.491 0.030 0.034 0.109 0.001 0.001 0.001 0.332 5 I 0.001 0.001 0.001 0.787 0.035 0.044 0.029 0.001 0.001 0.001 0.104 6 C 0.001 0.001 0.001 0.861 0.014 0.035 0.017 0.001 0.001 0.001 0.073 7 L 0.001 0.001 0.001 0.887 0.023 0.034 0.024 0.001 0.001 0.001 0.031 8 T 0.001 0.001 0.001 0.607 0.063 0.064 0.087 0.001 0.001 0.001 0.177 9 A 0.001 0.001 0.001 0.083 0.009 0.022 0.077 0.001 0.001 0.001 0.807 10 G 0.003 0.001 0.001 0.069 0.008 0.021 0.529 0.001 0.001 0.017 0.352 11 H 0.153 0.002 0.001 0.018 0.007 0.009 0.236 0.001 0.001 0.055 0.518 12 S 0.070 0.011 0.003 0.048 0.022 0.024 0.245 0.001 0.001 0.016 0.561 13 N 0.039 0.006 0.005 0.027 0.018 0.026 0.112 0.001 0.001 0.009 0.757 14 T 0.040 0.011 0.004 0.032 0.023 0.046 0.186 0.002 0.001 0.015 0.641 15 D 0.071 0.008 0.003 0.031 0.056 0.032 0.277 0.002 0.001 0.017 0.504 16 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.981 17 G 0.005 0.003 0.001 0.040 0.033 0.072 0.392 0.001 0.001 0.006 0.449 18 A 0.394 0.006 0.006 0.022 0.031 0.037 0.096 0.001 0.001 0.028 0.379 19 V 0.054 0.042 0.004 0.091 0.081 0.086 0.157 0.002 0.001 0.004 0.480 20 N 0.038 0.018 0.010 0.039 0.072 0.106 0.154 0.002 0.001 0.007 0.556 21 G 0.062 0.012 0.002 0.049 0.021 0.042 0.118 0.001 0.001 0.009 0.683 22 S 0.108 0.006 0.004 0.020 0.023 0.026 0.216 0.001 0.001 0.010 0.586 23 D 0.052 0.007 0.004 0.015 0.012 0.013 0.206 0.001 0.001 0.003 0.687 24 R 0.015 0.015 0.004 0.012 0.023 0.036 0.278 0.001 0.001 0.004 0.613 25 E 0.029 0.067 0.004 0.017 0.033 0.079 0.276 0.001 0.001 0.005 0.490 26 A 0.034 0.197 0.002 0.014 0.034 0.077 0.191 0.001 0.001 0.003 0.448 27 D 0.056 0.383 0.003 0.010 0.020 0.033 0.119 0.002 0.001 0.002 0.372 28 L 0.017 0.877 0.003 0.002 0.004 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.066 29 A 0.008 0.882 0.001 0.002 0.003 0.009 0.023 0.002 0.001 0.001 0.070 30 Q 0.010 0.895 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.003 0.001 0.001 0.073 31 D 0.010 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.056 32 M 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 33 R 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 34 N 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 35 I 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 36 V 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 37 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 38 S 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 39 I 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 40 L 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 41 R 0.011 0.949 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.009 42 N 0.032 0.876 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.008 43 D 0.147 0.715 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.030 44 Y 0.121 0.347 0.173 0.013 0.006 0.004 0.019 0.094 0.001 0.002 0.222 45 G 0.180 0.035 0.074 0.030 0.036 0.046 0.090 0.042 0.001 0.014 0.452 46 L 0.097 0.004 0.389 0.181 0.016 0.014 0.068 0.002 0.001 0.008 0.221 47 T 0.008 0.001 0.001 0.387 0.201 0.163 0.073 0.001 0.001 0.001 0.165 48 V 0.002 0.001 0.002 0.171 0.076 0.114 0.027 0.001 0.001 0.001 0.607 49 K 0.001 0.001 0.001 0.746 0.076 0.134 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 50 T 0.001 0.001 0.001 0.271 0.062 0.139 0.045 0.001 0.001 0.002 0.479 51 D 0.003 0.001 0.001 0.525 0.163 0.173 0.043 0.001 0.001 0.002 0.089 52 G 0.002 0.001 0.001 0.126 0.044 0.064 0.207 0.001 0.001 0.007 0.550 53 T 0.015 0.001 0.002 0.063 0.060 0.080 0.273 0.001 0.001 0.035 0.469 54 G 0.045 0.001 0.001 0.028 0.021 0.030 0.341 0.001 0.001 0.045 0.486 55 K 0.103 0.003 0.004 0.021 0.015 0.019 0.305 0.001 0.001 0.043 0.487 56 G 0.121 0.007 0.004 0.025 0.031 0.041 0.250 0.001 0.001 0.018 0.501 57 N 0.048 0.006 0.006 0.026 0.036 0.064 0.201 0.001 0.001 0.013 0.600 58 M 0.140 0.009 0.008 0.033 0.085 0.099 0.087 0.001 0.001 0.005 0.532 59 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.039 0.001 0.001 0.001 0.947 60 L 0.010 0.006 0.001 0.011 0.040 0.100 0.085 0.001 0.001 0.001 0.746 61 R 0.022 0.036 0.001 0.009 0.013 0.047 0.312 0.001 0.001 0.006 0.556 62 D 0.063 0.089 0.001 0.005 0.006 0.013 0.317 0.001 0.001 0.003 0.503 63 A 0.082 0.552 0.003 0.004 0.004 0.008 0.078 0.001 0.001 0.001 0.268 64 V 0.023 0.838 0.002 0.003 0.005 0.011 0.024 0.002 0.001 0.001 0.093 65 K 0.012 0.901 0.001 0.002 0.005 0.010 0.009 0.007 0.001 0.001 0.053 66 L 0.021 0.923 0.003 0.001 0.003 0.005 0.003 0.018 0.001 0.001 0.024 67 I 0.045 0.900 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 0.017 68 R 0.133 0.647 0.030 0.004 0.003 0.005 0.008 0.082 0.001 0.001 0.086 69 G 0.523 0.068 0.044 0.007 0.007 0.010 0.012 0.064 0.001 0.002 0.262 70 S 0.180 0.012 0.245 0.037 0.009 0.007 0.016 0.007 0.001 0.001 0.486 71 D 0.036 0.005 0.021 0.211 0.106 0.132 0.069 0.002 0.001 0.002 0.415 72 V 0.011 0.003 0.009 0.538 0.099 0.103 0.055 0.001 0.001 0.002 0.181 73 A 0.001 0.001 0.001 0.861 0.037 0.065 0.011 0.001 0.001 0.001 0.022 74 I 0.001 0.001 0.001 0.920 0.022 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 0.018 75 E 0.001 0.001 0.001 0.925 0.024 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 76 F 0.002 0.004 0.001 0.766 0.034 0.071 0.025 0.001 0.001 0.001 0.097 77 H 0.009 0.014 0.001 0.528 0.087 0.200 0.046 0.001 0.001 0.002 0.114 78 T 0.021 0.031 0.001 0.306 0.093 0.168 0.086 0.002 0.001 0.003 0.289 79 N 0.055 0.060 0.006 0.162 0.126 0.182 0.084 0.007 0.001 0.006 0.312 80 A 0.048 0.094 0.010 0.060 0.049 0.094 0.180 0.007 0.001 0.011 0.447 81 A 0.066 0.055 0.007 0.022 0.022 0.058 0.379 0.005 0.001 0.017 0.367 82 A 0.220 0.060 0.008 0.016 0.015 0.034 0.179 0.008 0.001 0.018 0.442 83 N 0.286 0.120 0.023 0.019 0.021 0.027 0.094 0.017 0.001 0.014 0.379 84 K 0.190 0.056 0.019 0.010 0.011 0.015 0.052 0.009 0.001 0.007 0.629 85 T 0.066 0.022 0.018 0.025 0.020 0.028 0.321 0.004 0.001 0.011 0.485 86 A 0.207 0.027 0.024 0.058 0.062 0.051 0.172 0.004 0.001 0.019 0.375 87 T 0.029 0.032 0.010 0.067 0.130 0.103 0.201 0.002 0.001 0.014 0.412 88 G 0.052 0.014 0.010 0.131 0.127 0.139 0.145 0.001 0.001 0.021 0.360 89 I 0.045 0.018 0.010 0.275 0.143 0.263 0.090 0.001 0.001 0.009 0.147 90 E 0.005 0.005 0.001 0.189 0.312 0.333 0.063 0.001 0.001 0.001 0.092 91 A 0.005 0.005 0.001 0.095 0.246 0.507 0.019 0.001 0.001 0.001 0.120 92 L 0.005 0.007 0.001 0.191 0.279 0.449 0.013 0.001 0.001 0.001 0.053 93 S 0.009 0.009 0.003 0.064 0.241 0.428 0.041 0.001 0.001 0.002 0.202 94 T 0.010 0.006 0.004 0.069 0.352 0.352 0.055 0.001 0.001 0.003 0.148 95 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.024 0.015 0.001 0.001 0.001 0.950 96 K 0.004 0.001 0.001 0.012 0.005 0.013 0.324 0.001 0.001 0.002 0.641 97 N 0.132 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.242 0.001 0.001 0.017 0.597 98 K 0.226 0.040 0.005 0.004 0.004 0.006 0.131 0.001 0.001 0.009 0.573 99 R 0.029 0.040 0.005 0.004 0.004 0.009 0.317 0.001 0.001 0.005 0.586 100 W 0.048 0.047 0.001 0.003 0.004 0.008 0.283 0.001 0.001 0.003 0.604 101 C 0.070 0.318 0.003 0.004 0.009 0.018 0.149 0.002 0.001 0.003 0.425 102 Q 0.024 0.666 0.005 0.002 0.005 0.007 0.064 0.002 0.001 0.001 0.224 103 V 0.011 0.713 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.001 0.220 104 L 0.016 0.867 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.002 0.001 0.001 0.092 105 G 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 106 K 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 107 A 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 108 V 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 109 A 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 110 K 0.015 0.955 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.008 111 K 0.079 0.846 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.021 112 T 0.106 0.754 0.049 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.001 0.001 0.037 113 G 0.120 0.428 0.062 0.005 0.007 0.010 0.025 0.056 0.001 0.001 0.286 114 W 0.088 0.165 0.052 0.013 0.005 0.007 0.049 0.015 0.001 0.002 0.605 115 K 0.152 0.195 0.023 0.033 0.018 0.024 0.061 0.013 0.001 0.003 0.477 116 L 0.103 0.116 0.021 0.035 0.022 0.031 0.130 0.009 0.001 0.007 0.527 117 R 0.088 0.092 0.025 0.062 0.040 0.073 0.113 0.008 0.001 0.009 0.492 118 G 0.053 0.035 0.008 0.056 0.033 0.071 0.104 0.003 0.001 0.005 0.632 119 E 0.074 0.035 0.008 0.050 0.041 0.049 0.104 0.002 0.001 0.007 0.629 120 D 0.091 0.027 0.006 0.045 0.030 0.031 0.117 0.003 0.001 0.012 0.639 121 G 0.221 0.017 0.016 0.048 0.039 0.058 0.159 0.005 0.001 0.027 0.410 122 F 0.208 0.017 0.112 0.096 0.028 0.037 0.128 0.003 0.001 0.014 0.357 123 K 0.012 0.003 0.001 0.049 0.145 0.067 0.120 0.001 0.001 0.002 0.600 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 125 D 0.008 0.002 0.001 0.074 0.081 0.453 0.087 0.001 0.001 0.002 0.292 126 N 0.155 0.006 0.002 0.017 0.022 0.037 0.183 0.001 0.001 0.026 0.553 127 A 0.205 0.044 0.006 0.033 0.024 0.038 0.108 0.001 0.001 0.014 0.527 128 G 0.125 0.021 0.008 0.021 0.040 0.072 0.249 0.001 0.001 0.042 0.422 129 Q 0.293 0.025 0.004 0.020 0.031 0.028 0.246 0.001 0.001 0.015 0.338 130 H 0.131 0.110 0.010 0.056 0.083 0.115 0.080 0.002 0.001 0.005 0.407 131 S 0.020 0.079 0.007 0.081 0.271 0.334 0.071 0.002 0.001 0.002 0.134 132 R 0.016 0.070 0.004 0.088 0.197 0.313 0.057 0.002 0.001 0.002 0.252 133 L 0.016 0.074 0.003 0.090 0.279 0.418 0.019 0.002 0.001 0.001 0.098 134 A 0.023 0.085 0.005 0.081 0.204 0.379 0.038 0.003 0.001 0.002 0.179 135 Y 0.045 0.088 0.006 0.088 0.136 0.256 0.045 0.005 0.001 0.003 0.327 136 A 0.071 0.042 0.008 0.043 0.109 0.239 0.057 0.005 0.001 0.004 0.422 137 Q 0.122 0.036 0.013 0.040 0.054 0.118 0.103 0.005 0.001 0.007 0.502 138 A 0.115 0.032 0.025 0.039 0.056 0.091 0.091 0.003 0.001 0.007 0.540 139 G 0.030 0.011 0.002 0.033 0.042 0.077 0.091 0.001 0.001 0.001 0.712 140 G 0.088 0.022 0.007 0.093 0.112 0.165 0.059 0.002 0.001 0.003 0.450 141 I 0.046 0.040 0.008 0.255 0.176 0.194 0.048 0.002 0.001 0.002 0.228 142 V 0.010 0.025 0.003 0.318 0.202 0.279 0.036 0.001 0.001 0.001 0.125 143 F 0.006 0.009 0.003 0.400 0.152 0.271 0.023 0.001 0.001 0.001 0.134 144 E 0.003 0.005 0.001 0.354 0.231 0.254 0.028 0.001 0.001 0.001 0.123 145 P 0.002 0.001 0.001 0.172 0.047 0.136 0.020 0.001 0.001 0.001 0.620 146 F 0.013 0.005 0.002 0.532 0.163 0.184 0.023 0.001 0.001 0.001 0.077 147 F 0.028 0.022 0.005 0.192 0.116 0.158 0.092 0.002 0.001 0.006 0.380 148 I 0.024 0.019 0.006 0.245 0.133 0.255 0.059 0.003 0.001 0.004 0.251 149 S 0.040 0.013 0.006 0.105 0.072 0.136 0.261 0.006 0.001 0.007 0.355 150 N 0.073 0.008 0.006 0.057 0.051 0.045 0.295 0.004 0.001 0.010 0.454 151 D 0.004 0.003 0.001 0.006 0.002 0.002 0.120 0.001 0.001 0.001 0.861 152 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.001 0.001 0.005 0.118 153 D 0.109 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.730 0.001 0.001 0.040 0.108 154 L 0.053 0.772 0.004 0.003 0.002 0.003 0.074 0.001 0.001 0.004 0.085 155 A 0.005 0.944 0.002 0.001 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.028 156 L 0.037 0.901 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.043 157 F 0.079 0.864 0.002 0.002 0.004 0.008 0.002 0.019 0.001 0.001 0.019 158 K 0.091 0.796 0.008 0.001 0.004 0.008 0.004 0.050 0.001 0.001 0.037 159 T 0.191 0.466 0.049 0.004 0.005 0.009 0.017 0.084 0.001 0.001 0.174 160 T 0.125 0.193 0.051 0.003 0.004 0.005 0.044 0.022 0.001 0.002 0.552 161 K 0.042 0.087 0.036 0.002 0.002 0.004 0.421 0.004 0.001 0.006 0.395 162 W 0.120 0.117 0.029 0.005 0.003 0.006 0.319 0.003 0.001 0.013 0.385 163 G 0.106 0.311 0.015 0.005 0.005 0.006 0.135 0.004 0.001 0.003 0.410 164 I 0.035 0.647 0.014 0.006 0.002 0.003 0.058 0.002 0.001 0.001 0.231 165 C 0.009 0.763 0.002 0.008 0.005 0.012 0.027 0.001 0.001 0.001 0.173 166 R 0.008 0.820 0.001 0.005 0.006 0.011 0.028 0.002 0.001 0.001 0.120 167 A 0.007 0.899 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.074 168 I 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 169 A 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 170 D 0.005 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 171 A 0.016 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.016 172 I 0.028 0.928 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.016 173 A 0.041 0.823 0.016 0.003 0.004 0.007 0.006 0.031 0.001 0.001 0.068 174 M 0.073 0.666 0.038 0.008 0.009 0.012 0.011 0.046 0.001 0.001 0.136 175 E 0.108 0.527 0.052 0.013 0.011 0.016 0.031 0.048 0.001 0.002 0.193 176 L 0.157 0.343 0.081 0.017 0.015 0.027 0.066 0.031 0.001 0.005 0.258 177 G 0.104 0.125 0.033 0.028 0.031 0.040 0.123 0.018 0.001 0.006 0.490 178 A 0.039 0.014 0.009 0.009 0.007 0.011 0.021 0.002 0.001 0.001 0.887 179 A 0.045 0.026 0.007 0.028 0.018 0.035 0.101 0.002 0.001 0.003 0.735 180 K 0.129 0.016 0.005 0.017 0.018 0.025 0.104 0.002 0.001 0.007 0.677 181 V 0.143 0.040 0.007 0.031 0.029 0.049 0.064 0.003 0.001 0.005 0.630