# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 201.785 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.002 0.013 0.011 0.017 0.026 0.003 0.894 2 S 0.016 0.001 0.020 0.009 0.015 0.028 0.002 0.910 3 K 0.058 0.001 0.225 0.072 0.087 0.093 0.003 0.461 4 I 0.022 0.001 0.613 0.060 0.081 0.052 0.001 0.170 5 I 0.003 0.001 0.872 0.030 0.041 0.012 0.001 0.043 6 C 0.001 0.001 0.969 0.009 0.012 0.002 0.001 0.007 7 L 0.001 0.001 0.976 0.005 0.006 0.005 0.001 0.008 8 T 0.001 0.001 0.931 0.013 0.016 0.017 0.001 0.022 9 A 0.001 0.001 0.567 0.012 0.033 0.086 0.001 0.300 10 G 0.007 0.001 0.147 0.011 0.028 0.459 0.005 0.344 11 H 0.184 0.001 0.048 0.013 0.023 0.204 0.022 0.505 12 S 0.064 0.006 0.034 0.013 0.017 0.119 0.016 0.731 13 N 0.142 0.007 0.026 0.027 0.050 0.093 0.023 0.631 14 T 0.147 0.011 0.021 0.018 0.031 0.217 0.019 0.536 15 D 0.097 0.022 0.043 0.094 0.110 0.259 0.018 0.356 16 P 0.007 0.001 0.004 0.002 0.005 0.017 0.001 0.962 17 G 0.029 0.009 0.023 0.033 0.050 0.592 0.009 0.254 18 A 0.507 0.014 0.033 0.035 0.039 0.125 0.016 0.230 19 V 0.037 0.064 0.089 0.122 0.160 0.097 0.006 0.425 20 N 0.028 0.023 0.050 0.110 0.222 0.119 0.008 0.441 21 G 0.062 0.022 0.043 0.059 0.115 0.122 0.010 0.567 22 S 0.059 0.015 0.022 0.034 0.055 0.205 0.015 0.597 23 D 0.058 0.014 0.015 0.019 0.025 0.120 0.009 0.740 24 R 0.031 0.040 0.019 0.026 0.041 0.303 0.006 0.535 25 E 0.041 0.092 0.016 0.020 0.056 0.345 0.005 0.424 26 A 0.069 0.294 0.022 0.024 0.061 0.111 0.006 0.412 27 D 0.037 0.470 0.023 0.007 0.018 0.050 0.005 0.390 28 L 0.041 0.628 0.018 0.008 0.016 0.050 0.004 0.235 29 A 0.018 0.814 0.007 0.003 0.009 0.043 0.003 0.103 30 Q 0.025 0.854 0.004 0.001 0.004 0.018 0.003 0.091 31 D 0.006 0.916 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.055 32 M 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.019 33 R 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 34 N 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 35 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 36 V 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 37 A 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 38 S 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 39 I 0.016 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 40 L 0.020 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 41 R 0.036 0.905 0.025 0.001 0.001 0.002 0.012 0.018 42 N 0.134 0.758 0.007 0.002 0.001 0.003 0.037 0.058 43 D 0.238 0.489 0.022 0.002 0.001 0.009 0.112 0.128 44 Y 0.367 0.144 0.070 0.008 0.003 0.025 0.171 0.212 45 G 0.166 0.019 0.418 0.021 0.017 0.070 0.058 0.231 46 L 0.048 0.004 0.656 0.104 0.029 0.036 0.003 0.122 47 T 0.007 0.002 0.377 0.140 0.102 0.053 0.001 0.319 48 V 0.005 0.001 0.388 0.083 0.169 0.018 0.001 0.336 49 K 0.002 0.001 0.575 0.108 0.229 0.030 0.001 0.054 50 T 0.006 0.001 0.387 0.174 0.195 0.029 0.001 0.207 51 D 0.003 0.001 0.327 0.218 0.256 0.046 0.001 0.148 52 G 0.004 0.001 0.139 0.097 0.218 0.128 0.002 0.412 53 T 0.008 0.001 0.061 0.059 0.117 0.284 0.006 0.464 54 G 0.034 0.001 0.012 0.011 0.019 0.164 0.013 0.747 55 K 0.075 0.002 0.009 0.007 0.008 0.284 0.020 0.595 56 G 0.213 0.006 0.015 0.013 0.019 0.187 0.027 0.520 57 N 0.113 0.018 0.035 0.021 0.053 0.233 0.012 0.514 58 M 0.075 0.019 0.048 0.066 0.107 0.191 0.004 0.490 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.987 60 L 0.023 0.022 0.009 0.017 0.058 0.192 0.002 0.676 61 R 0.064 0.130 0.012 0.007 0.018 0.144 0.004 0.620 62 D 0.036 0.167 0.003 0.002 0.004 0.249 0.003 0.534 63 A 0.060 0.648 0.006 0.001 0.003 0.080 0.005 0.197 64 V 0.019 0.914 0.005 0.002 0.004 0.006 0.002 0.049 65 K 0.013 0.948 0.005 0.002 0.003 0.004 0.002 0.022 66 L 0.032 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 67 I 0.063 0.904 0.007 0.001 0.002 0.001 0.012 0.012 68 R 0.064 0.714 0.024 0.012 0.008 0.011 0.057 0.111 69 G 0.168 0.079 0.069 0.010 0.010 0.030 0.089 0.544 70 S 0.193 0.024 0.404 0.022 0.013 0.035 0.028 0.282 71 D 0.031 0.010 0.612 0.053 0.030 0.065 0.010 0.190 72 V 0.013 0.003 0.847 0.032 0.027 0.019 0.001 0.059 73 A 0.002 0.002 0.927 0.017 0.021 0.013 0.001 0.018 74 I 0.002 0.001 0.871 0.046 0.054 0.011 0.001 0.014 75 E 0.001 0.001 0.906 0.025 0.039 0.012 0.001 0.017 76 F 0.002 0.002 0.776 0.044 0.072 0.036 0.001 0.067 77 H 0.009 0.004 0.509 0.086 0.175 0.073 0.005 0.140 78 T 0.022 0.013 0.435 0.069 0.142 0.102 0.006 0.211 79 N 0.047 0.015 0.107 0.077 0.167 0.098 0.018 0.472 80 A 0.161 0.036 0.066 0.042 0.074 0.133 0.024 0.464 81 A 0.062 0.053 0.034 0.041 0.071 0.253 0.022 0.464 82 A 0.116 0.055 0.016 0.015 0.028 0.285 0.028 0.458 83 N 0.165 0.122 0.048 0.031 0.033 0.118 0.049 0.433 84 K 0.175 0.033 0.030 0.014 0.017 0.061 0.032 0.638 85 T 0.079 0.048 0.042 0.039 0.036 0.330 0.018 0.408 86 A 0.159 0.062 0.054 0.049 0.076 0.131 0.023 0.446 87 T 0.099 0.071 0.103 0.089 0.120 0.153 0.019 0.346 88 G 0.130 0.027 0.120 0.064 0.102 0.163 0.026 0.369 89 I 0.096 0.019 0.295 0.234 0.174 0.060 0.006 0.117 90 E 0.005 0.008 0.129 0.360 0.340 0.036 0.002 0.120 91 A 0.006 0.004 0.121 0.235 0.414 0.015 0.001 0.205 92 L 0.007 0.007 0.225 0.249 0.391 0.025 0.001 0.095 93 S 0.013 0.006 0.152 0.211 0.358 0.038 0.003 0.219 94 T 0.013 0.005 0.146 0.162 0.289 0.093 0.003 0.289 95 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.006 0.001 0.978 96 K 0.013 0.001 0.011 0.008 0.023 0.194 0.004 0.746 97 N 0.133 0.005 0.007 0.004 0.007 0.211 0.011 0.622 98 K 0.179 0.028 0.009 0.005 0.011 0.108 0.011 0.648 99 R 0.044 0.052 0.010 0.005 0.009 0.351 0.005 0.526 100 W 0.061 0.124 0.008 0.004 0.009 0.336 0.006 0.452 101 C 0.069 0.611 0.017 0.004 0.012 0.053 0.005 0.228 102 Q 0.035 0.779 0.015 0.002 0.004 0.017 0.004 0.144 103 V 0.020 0.786 0.003 0.001 0.001 0.038 0.003 0.148 104 L 0.011 0.895 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 0.057 105 G 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.024 106 K 0.005 0.964 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 107 A 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 108 V 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 109 A 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 110 K 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 111 K 0.049 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.014 112 T 0.107 0.765 0.010 0.001 0.001 0.003 0.071 0.042 113 G 0.098 0.453 0.123 0.016 0.009 0.027 0.078 0.196 114 W 0.090 0.094 0.070 0.020 0.010 0.035 0.021 0.659 115 K 0.099 0.139 0.085 0.047 0.033 0.051 0.018 0.528 116 L 0.115 0.099 0.057 0.040 0.042 0.087 0.015 0.546 117 R 0.076 0.060 0.064 0.043 0.061 0.086 0.009 0.600 118 G 0.052 0.034 0.033 0.029 0.051 0.074 0.011 0.715 119 E 0.116 0.026 0.030 0.043 0.040 0.186 0.025 0.536 120 D 0.117 0.011 0.021 0.013 0.014 0.061 0.027 0.735 121 G 0.172 0.009 0.052 0.035 0.050 0.177 0.033 0.472 122 F 0.127 0.007 0.101 0.070 0.089 0.168 0.009 0.428 123 K 0.013 0.002 0.025 0.069 0.093 0.090 0.001 0.707 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 125 D 0.018 0.002 0.024 0.090 0.214 0.190 0.002 0.460 126 N 0.157 0.006 0.010 0.039 0.049 0.140 0.004 0.595 127 A 0.138 0.028 0.016 0.033 0.061 0.209 0.013 0.503 128 G 0.208 0.022 0.020 0.021 0.033 0.225 0.032 0.439 129 Q 0.158 0.029 0.033 0.031 0.037 0.288 0.028 0.398 130 H 0.081 0.059 0.089 0.093 0.131 0.081 0.015 0.452 131 S 0.031 0.049 0.112 0.243 0.276 0.101 0.004 0.184 132 R 0.030 0.051 0.070 0.201 0.298 0.078 0.004 0.268 133 L 0.021 0.085 0.098 0.247 0.446 0.029 0.003 0.071 134 A 0.019 0.112 0.070 0.236 0.359 0.039 0.005 0.158 135 Y 0.047 0.128 0.078 0.117 0.248 0.042 0.011 0.329 136 A 0.067 0.111 0.081 0.083 0.176 0.085 0.020 0.378 137 Q 0.112 0.056 0.045 0.064 0.096 0.101 0.031 0.494 138 A 0.121 0.045 0.108 0.041 0.060 0.076 0.022 0.526 139 G 0.053 0.031 0.130 0.041 0.061 0.071 0.014 0.600 140 G 0.084 0.025 0.274 0.069 0.094 0.079 0.012 0.363 141 I 0.058 0.018 0.526 0.086 0.084 0.039 0.005 0.184 142 V 0.016 0.011 0.615 0.096 0.094 0.030 0.002 0.136 143 F 0.007 0.007 0.595 0.095 0.132 0.032 0.002 0.129 144 E 0.006 0.005 0.451 0.092 0.167 0.077 0.002 0.200 145 P 0.001 0.001 0.015 0.002 0.011 0.004 0.001 0.967 146 F 0.039 0.006 0.174 0.082 0.216 0.147 0.008 0.329 147 F 0.166 0.012 0.193 0.080 0.104 0.065 0.009 0.371 148 I 0.069 0.026 0.204 0.123 0.203 0.044 0.007 0.323 149 S 0.056 0.027 0.103 0.073 0.138 0.142 0.009 0.450 150 N 0.049 0.023 0.037 0.030 0.047 0.265 0.012 0.538 151 D 0.017 0.011 0.010 0.004 0.008 0.126 0.006 0.817 152 T 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.658 0.002 0.326 153 D 0.048 0.031 0.001 0.001 0.001 0.751 0.007 0.160 154 L 0.058 0.779 0.010 0.001 0.003 0.040 0.005 0.105 155 A 0.014 0.788 0.007 0.001 0.003 0.084 0.003 0.101 156 L 0.074 0.855 0.003 0.001 0.002 0.014 0.008 0.043 157 F 0.107 0.855 0.005 0.001 0.003 0.001 0.010 0.017 158 K 0.097 0.783 0.009 0.005 0.005 0.011 0.035 0.056 159 T 0.187 0.465 0.019 0.010 0.008 0.025 0.072 0.214 160 T 0.053 0.101 0.015 0.003 0.003 0.037 0.023 0.765 161 K 0.051 0.082 0.021 0.007 0.005 0.318 0.020 0.496 162 W 0.165 0.137 0.029 0.006 0.005 0.271 0.027 0.361 163 G 0.162 0.378 0.040 0.016 0.010 0.131 0.012 0.250 164 I 0.038 0.395 0.042 0.006 0.010 0.079 0.005 0.426 165 C 0.028 0.537 0.046 0.030 0.052 0.052 0.003 0.251 166 R 0.014 0.761 0.019 0.017 0.033 0.028 0.002 0.127 167 A 0.016 0.870 0.018 0.008 0.014 0.012 0.002 0.059 168 I 0.004 0.942 0.012 0.002 0.005 0.003 0.002 0.029 169 A 0.005 0.951 0.010 0.004 0.008 0.005 0.001 0.016 170 D 0.010 0.922 0.012 0.005 0.009 0.003 0.005 0.034 171 A 0.017 0.933 0.024 0.001 0.003 0.002 0.008 0.013 172 I 0.051 0.807 0.034 0.007 0.010 0.007 0.022 0.063 173 A 0.027 0.805 0.066 0.015 0.020 0.008 0.011 0.048 174 M 0.079 0.440 0.148 0.030 0.041 0.012 0.029 0.221 175 E 0.118 0.346 0.093 0.030 0.029 0.045 0.041 0.298 176 L 0.097 0.184 0.131 0.029 0.035 0.084 0.046 0.395 177 G 0.147 0.054 0.072 0.017 0.026 0.087 0.037 0.562 178 A 0.030 0.011 0.027 0.007 0.009 0.026 0.005 0.885 179 A 0.037 0.018 0.029 0.017 0.027 0.120 0.009 0.743 180 K 0.143 0.015 0.025 0.013 0.023 0.082 0.010 0.689 181 V 0.085 0.024 0.047 0.022 0.038 0.061 0.007 0.717