# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 201.785 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.209 0.101 0.060 0.183 0.049 0.097 0.039 0.050 0.059 0.044 2 S 0.190 0.117 0.063 0.056 0.173 0.057 0.064 0.016 0.021 0.131 0.111 3 K 0.138 0.179 0.006 0.003 0.621 0.008 0.010 0.003 0.003 0.009 0.019 4 I 0.198 0.042 0.001 0.001 0.754 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 5 I 0.189 0.042 0.002 0.001 0.754 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 6 C 0.317 0.034 0.003 0.001 0.615 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 7 L 0.253 0.164 0.034 0.015 0.334 0.032 0.013 0.005 0.004 0.026 0.121 8 T 0.045 0.288 0.408 0.026 0.194 0.005 0.003 0.003 0.002 0.002 0.024 9 A 0.049 0.053 0.016 0.014 0.046 0.034 0.099 0.299 0.288 0.077 0.025 10 G 0.027 0.076 0.092 0.040 0.044 0.052 0.114 0.140 0.161 0.214 0.038 11 H 0.122 0.107 0.059 0.046 0.110 0.039 0.056 0.115 0.106 0.166 0.073 12 S 0.039 0.130 0.117 0.163 0.080 0.094 0.079 0.068 0.057 0.119 0.052 13 N 0.105 0.106 0.083 0.097 0.128 0.028 0.023 0.056 0.050 0.240 0.083 14 T 0.069 0.135 0.097 0.043 0.177 0.061 0.082 0.081 0.079 0.137 0.039 15 D 0.186 0.185 0.186 0.017 0.354 0.005 0.003 0.014 0.009 0.010 0.032 16 P 0.011 0.018 0.006 0.003 0.018 0.007 0.016 0.261 0.612 0.040 0.007 17 G 0.027 0.043 0.023 0.011 0.042 0.026 0.064 0.294 0.221 0.220 0.027 18 A 0.147 0.120 0.036 0.010 0.230 0.009 0.021 0.154 0.068 0.150 0.054 19 V 0.172 0.062 0.053 0.035 0.168 0.054 0.063 0.164 0.059 0.093 0.077 20 N 0.034 0.146 0.119 0.209 0.061 0.116 0.071 0.087 0.051 0.074 0.031 21 G 0.014 0.043 0.074 0.311 0.022 0.096 0.058 0.075 0.046 0.213 0.047 22 S 0.082 0.172 0.154 0.047 0.113 0.013 0.013 0.097 0.055 0.191 0.062 23 D 0.064 0.182 0.041 0.008 0.155 0.015 0.031 0.274 0.123 0.069 0.039 24 R 0.057 0.278 0.090 0.006 0.139 0.007 0.010 0.306 0.053 0.025 0.029 25 E 0.015 0.014 0.004 0.001 0.019 0.002 0.004 0.829 0.093 0.013 0.006 26 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.931 0.053 0.002 0.001 27 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.023 0.003 0.001 28 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.949 0.034 0.005 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.010 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 31 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.006 0.001 0.001 32 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.041 0.005 0.001 33 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 34 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 35 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 0.001 36 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.031 0.004 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 38 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 0.001 39 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.988 0.006 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.074 0.006 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.847 0.130 0.013 0.001 42 N 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 0.004 0.117 0.760 0.077 0.029 0.001 43 D 0.042 0.191 0.121 0.017 0.076 0.032 0.151 0.199 0.078 0.068 0.026 44 Y 0.022 0.467 0.254 0.075 0.044 0.023 0.039 0.012 0.014 0.026 0.023 45 G 0.065 0.007 0.011 0.023 0.013 0.013 0.011 0.005 0.010 0.476 0.368 46 L 0.120 0.353 0.015 0.003 0.470 0.006 0.007 0.003 0.003 0.007 0.014 47 T 0.180 0.115 0.010 0.003 0.638 0.015 0.014 0.004 0.003 0.003 0.015 48 V 0.334 0.053 0.005 0.001 0.585 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 49 K 0.183 0.125 0.011 0.001 0.640 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.028 50 T 0.280 0.110 0.039 0.001 0.442 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.115 51 D 0.135 0.233 0.064 0.069 0.218 0.050 0.038 0.028 0.027 0.074 0.066 52 G 0.053 0.074 0.193 0.376 0.068 0.063 0.033 0.030 0.029 0.050 0.030 53 T 0.028 0.115 0.098 0.143 0.045 0.117 0.142 0.116 0.081 0.093 0.023 54 G 0.020 0.055 0.085 0.319 0.027 0.097 0.057 0.063 0.043 0.177 0.058 55 K 0.050 0.082 0.079 0.125 0.056 0.064 0.045 0.098 0.113 0.231 0.057 56 G 0.053 0.157 0.123 0.052 0.098 0.053 0.080 0.096 0.071 0.165 0.053 57 N 0.193 0.134 0.067 0.016 0.228 0.009 0.018 0.060 0.038 0.136 0.099 58 M 0.050 0.359 0.221 0.022 0.176 0.020 0.025 0.042 0.019 0.031 0.034 59 P 0.074 0.500 0.164 0.003 0.186 0.002 0.002 0.029 0.007 0.009 0.023 60 L 0.014 0.025 0.005 0.001 0.019 0.002 0.004 0.479 0.410 0.033 0.008 61 R 0.003 0.011 0.008 0.002 0.005 0.007 0.012 0.811 0.125 0.014 0.002 62 D 0.004 0.011 0.004 0.001 0.005 0.002 0.010 0.847 0.074 0.040 0.002 63 A 0.005 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.902 0.065 0.012 0.002 64 V 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.864 0.114 0.004 0.001 65 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.888 0.075 0.009 0.001 66 L 0.016 0.003 0.004 0.001 0.010 0.003 0.056 0.768 0.065 0.070 0.003 67 I 0.018 0.032 0.023 0.030 0.025 0.048 0.140 0.515 0.098 0.057 0.013 68 R 0.006 0.304 0.228 0.133 0.021 0.048 0.115 0.089 0.033 0.017 0.007 69 G 0.018 0.003 0.007 0.009 0.004 0.005 0.003 0.011 0.020 0.698 0.224 70 S 0.048 0.553 0.044 0.007 0.244 0.011 0.026 0.022 0.019 0.014 0.012 71 D 0.310 0.060 0.018 0.012 0.265 0.035 0.065 0.046 0.028 0.073 0.087 72 V 0.217 0.136 0.008 0.006 0.555 0.010 0.010 0.011 0.009 0.015 0.025 73 A 0.180 0.066 0.003 0.001 0.731 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 74 I 0.294 0.051 0.008 0.001 0.590 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.046 75 E 0.170 0.136 0.014 0.002 0.624 0.003 0.003 0.006 0.002 0.002 0.038 76 F 0.362 0.100 0.016 0.006 0.346 0.009 0.027 0.038 0.014 0.022 0.059 77 H 0.273 0.138 0.035 0.016 0.325 0.013 0.027 0.043 0.025 0.037 0.068 78 T 0.092 0.146 0.061 0.043 0.185 0.061 0.067 0.129 0.086 0.076 0.055 79 N 0.106 0.140 0.059 0.031 0.197 0.023 0.030 0.140 0.106 0.105 0.062 80 A 0.055 0.080 0.027 0.014 0.110 0.021 0.050 0.243 0.244 0.121 0.035 81 A 0.076 0.132 0.074 0.022 0.132 0.024 0.066 0.237 0.111 0.090 0.035 82 A 0.062 0.088 0.048 0.039 0.078 0.057 0.091 0.200 0.117 0.168 0.052 83 N 0.085 0.195 0.113 0.046 0.195 0.028 0.031 0.099 0.073 0.085 0.050 84 K 0.050 0.069 0.034 0.026 0.074 0.023 0.043 0.221 0.258 0.165 0.037 85 T 0.089 0.089 0.062 0.022 0.142 0.019 0.044 0.155 0.116 0.203 0.059 86 A 0.202 0.105 0.042 0.019 0.227 0.026 0.040 0.112 0.082 0.089 0.058 87 T 0.041 0.125 0.115 0.164 0.070 0.126 0.138 0.077 0.047 0.071 0.027 88 G 0.093 0.068 0.137 0.221 0.083 0.033 0.018 0.030 0.029 0.197 0.091 89 I 0.159 0.206 0.017 0.008 0.488 0.013 0.017 0.029 0.022 0.020 0.021 90 E 0.215 0.140 0.022 0.009 0.506 0.019 0.022 0.019 0.010 0.011 0.027 91 A 0.363 0.056 0.008 0.004 0.502 0.004 0.005 0.008 0.006 0.009 0.036 92 L 0.260 0.110 0.013 0.003 0.553 0.005 0.009 0.008 0.005 0.008 0.028 93 S 0.187 0.204 0.097 0.004 0.362 0.004 0.007 0.007 0.004 0.012 0.111 94 T 0.046 0.512 0.246 0.013 0.124 0.003 0.003 0.007 0.005 0.006 0.033 95 P 0.047 0.249 0.143 0.044 0.085 0.035 0.086 0.157 0.105 0.029 0.020 96 K 0.021 0.072 0.069 0.022 0.032 0.042 0.151 0.262 0.199 0.111 0.019 97 N 0.047 0.104 0.066 0.025 0.065 0.017 0.034 0.173 0.109 0.301 0.059 98 K 0.029 0.109 0.051 0.020 0.070 0.020 0.024 0.389 0.165 0.093 0.030 99 R 0.017 0.079 0.037 0.010 0.032 0.015 0.018 0.605 0.122 0.050 0.015 100 W 0.012 0.027 0.013 0.003 0.011 0.004 0.007 0.688 0.135 0.090 0.010 101 C 0.004 0.014 0.004 0.001 0.009 0.001 0.002 0.902 0.053 0.009 0.002 102 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.029 0.001 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.014 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.032 0.008 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.005 0.001 0.001 108 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.054 0.005 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.876 0.117 0.003 0.001 110 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.867 0.072 0.015 0.001 111 K 0.014 0.020 0.018 0.003 0.013 0.006 0.218 0.583 0.060 0.059 0.006 112 T 0.061 0.423 0.090 0.017 0.132 0.013 0.026 0.088 0.051 0.063 0.035 113 G 0.058 0.039 0.040 0.047 0.041 0.047 0.049 0.227 0.152 0.189 0.111 114 W 0.108 0.104 0.055 0.012 0.157 0.018 0.051 0.207 0.131 0.114 0.044 115 K 0.088 0.226 0.065 0.015 0.186 0.025 0.069 0.155 0.064 0.064 0.043 116 L 0.123 0.161 0.079 0.019 0.207 0.021 0.039 0.132 0.047 0.090 0.082 117 R 0.075 0.246 0.078 0.033 0.216 0.024 0.036 0.151 0.044 0.061 0.036 118 G 0.070 0.097 0.234 0.091 0.075 0.033 0.040 0.179 0.067 0.062 0.053 119 E 0.039 0.067 0.051 0.052 0.054 0.079 0.092 0.354 0.120 0.066 0.027 120 D 0.017 0.485 0.141 0.082 0.058 0.039 0.049 0.039 0.032 0.041 0.016 121 G 0.050 0.040 0.041 0.064 0.046 0.012 0.011 0.026 0.032 0.475 0.205 122 F 0.080 0.346 0.222 0.021 0.188 0.008 0.018 0.026 0.020 0.038 0.033 123 K 0.044 0.394 0.360 0.021 0.116 0.006 0.006 0.014 0.009 0.008 0.022 124 P 0.053 0.234 0.109 0.041 0.103 0.039 0.080 0.172 0.121 0.029 0.019 125 D 0.035 0.080 0.071 0.035 0.061 0.047 0.098 0.254 0.175 0.116 0.028 126 N 0.063 0.087 0.090 0.040 0.080 0.026 0.043 0.154 0.096 0.257 0.063 127 A 0.089 0.089 0.056 0.028 0.098 0.027 0.039 0.162 0.124 0.218 0.069 128 G 0.064 0.178 0.110 0.085 0.116 0.062 0.043 0.138 0.085 0.082 0.039 129 Q 0.118 0.093 0.061 0.042 0.129 0.044 0.067 0.174 0.092 0.124 0.055 130 H 0.207 0.113 0.026 0.010 0.306 0.012 0.019 0.100 0.061 0.088 0.058 131 S 0.127 0.243 0.023 0.005 0.482 0.007 0.014 0.056 0.015 0.010 0.019 132 R 0.299 0.114 0.023 0.004 0.403 0.005 0.012 0.054 0.014 0.017 0.055 133 L 0.215 0.160 0.030 0.012 0.376 0.013 0.018 0.078 0.031 0.022 0.045 134 A 0.126 0.141 0.055 0.027 0.205 0.036 0.075 0.169 0.077 0.045 0.045 135 Y 0.139 0.072 0.036 0.022 0.152 0.026 0.039 0.122 0.119 0.179 0.092 136 A 0.054 0.275 0.072 0.033 0.175 0.030 0.075 0.136 0.082 0.044 0.024 137 Q 0.161 0.040 0.026 0.023 0.099 0.027 0.042 0.083 0.086 0.286 0.128 138 A 0.080 0.378 0.077 0.026 0.265 0.019 0.032 0.045 0.033 0.021 0.024 139 G 0.180 0.059 0.036 0.047 0.157 0.058 0.065 0.095 0.071 0.141 0.091 140 G 0.120 0.203 0.017 0.006 0.571 0.006 0.008 0.021 0.017 0.012 0.020 141 I 0.254 0.081 0.005 0.002 0.608 0.003 0.011 0.013 0.004 0.005 0.015 142 V 0.322 0.085 0.012 0.001 0.517 0.002 0.005 0.006 0.002 0.004 0.043 143 F 0.213 0.166 0.039 0.018 0.387 0.021 0.014 0.021 0.013 0.023 0.086 144 E 0.165 0.206 0.090 0.035 0.321 0.025 0.025 0.038 0.027 0.022 0.047 145 P 0.220 0.089 0.029 0.014 0.257 0.025 0.058 0.084 0.083 0.074 0.066 146 F 0.098 0.257 0.067 0.021 0.319 0.021 0.043 0.061 0.044 0.031 0.038 147 F 0.239 0.082 0.025 0.016 0.294 0.018 0.042 0.080 0.045 0.066 0.093 148 I 0.191 0.162 0.033 0.010 0.311 0.016 0.032 0.068 0.035 0.066 0.076 149 S 0.062 0.163 0.123 0.046 0.137 0.078 0.068 0.071 0.035 0.144 0.072 150 N 0.108 0.370 0.157 0.008 0.299 0.002 0.002 0.015 0.005 0.010 0.026 151 D 0.006 0.016 0.004 0.001 0.010 0.003 0.005 0.448 0.467 0.034 0.005 152 T 0.001 0.017 0.009 0.002 0.002 0.007 0.021 0.752 0.158 0.029 0.002 153 D 0.007 0.016 0.004 0.001 0.007 0.002 0.005 0.820 0.076 0.058 0.005 154 L 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.815 0.149 0.013 0.002 155 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.816 0.153 0.008 0.001 156 L 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.004 0.023 0.737 0.147 0.072 0.002 157 F 0.018 0.014 0.006 0.002 0.024 0.005 0.045 0.669 0.122 0.090 0.006 158 K 0.025 0.077 0.044 0.013 0.045 0.028 0.094 0.328 0.133 0.196 0.019 159 T 0.096 0.229 0.114 0.010 0.252 0.007 0.019 0.163 0.047 0.037 0.026 160 T 0.011 0.016 0.010 0.002 0.014 0.006 0.015 0.570 0.313 0.036 0.007 161 K 0.005 0.011 0.007 0.003 0.006 0.007 0.055 0.717 0.142 0.043 0.005 162 W 0.015 0.036 0.012 0.004 0.019 0.005 0.014 0.764 0.074 0.045 0.012 163 G 0.005 0.015 0.007 0.004 0.009 0.006 0.006 0.861 0.065 0.015 0.007 164 I 0.005 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.917 0.049 0.008 0.002 165 C 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.945 0.029 0.002 0.001 166 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.971 0.015 0.001 0.001 167 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.962 0.019 0.002 0.001 168 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.956 0.028 0.003 0.001 169 A 0.002 0.004 0.002 0.002 0.006 0.002 0.008 0.901 0.069 0.003 0.001 170 D 0.007 0.004 0.001 0.002 0.005 0.002 0.031 0.876 0.056 0.013 0.002 171 A 0.034 0.027 0.006 0.003 0.059 0.002 0.033 0.752 0.063 0.014 0.005 172 I 0.056 0.041 0.010 0.006 0.068 0.007 0.059 0.614 0.099 0.025 0.013 173 A 0.071 0.046 0.016 0.007 0.101 0.008 0.047 0.502 0.110 0.044 0.048 174 M 0.049 0.148 0.042 0.011 0.132 0.014 0.051 0.359 0.107 0.061 0.026 175 E 0.116 0.065 0.032 0.017 0.113 0.026 0.106 0.239 0.107 0.113 0.067 176 L 0.041 0.218 0.118 0.067 0.104 0.050 0.089 0.099 0.072 0.106 0.035 177 G 0.050 0.107 0.182 0.204 0.070 0.032 0.023 0.054 0.046 0.161 0.070 178 A 0.062 0.146 0.085 0.033 0.109 0.027 0.055 0.156 0.178 0.109 0.039 179 A 0.056 0.220 0.091 0.034 0.126 0.035 0.059 0.127 0.102 0.104 0.045 180 K 0.109 0.159 0.069 0.024 0.178 0.021 0.044 0.128 0.088 0.116 0.063 181 V 0.113 0.193 0.072 0.016 0.217 0.020 0.034 0.128 0.083 0.079 0.044