# TARGET T0425 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0425.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 201.785 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.531 0.266 0.158 0.037 0.006 0.001 0.001 2 S 0.247 0.391 0.269 0.072 0.017 0.004 0.001 3 K 0.006 0.048 0.204 0.347 0.310 0.083 0.002 4 I 0.001 0.009 0.044 0.184 0.498 0.245 0.019 5 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.502 0.462 6 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.166 0.824 7 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.134 0.855 8 T 0.001 0.002 0.006 0.035 0.093 0.165 0.697 9 A 0.001 0.001 0.003 0.007 0.035 0.287 0.667 10 G 0.002 0.007 0.017 0.048 0.117 0.402 0.407 11 H 0.009 0.025 0.043 0.113 0.213 0.361 0.235 12 S 0.043 0.087 0.124 0.191 0.233 0.219 0.104 13 N 0.113 0.133 0.142 0.161 0.171 0.181 0.099 14 T 0.168 0.175 0.162 0.184 0.141 0.108 0.062 15 D 0.145 0.143 0.148 0.182 0.186 0.142 0.055 16 P 0.172 0.147 0.149 0.180 0.154 0.146 0.051 17 G 0.173 0.152 0.163 0.179 0.172 0.125 0.036 18 A 0.167 0.146 0.169 0.177 0.165 0.137 0.038 19 V 0.196 0.175 0.184 0.215 0.139 0.077 0.015 20 N 0.315 0.241 0.176 0.127 0.084 0.046 0.011 21 G 0.400 0.281 0.140 0.100 0.048 0.024 0.007 22 S 0.413 0.285 0.154 0.085 0.038 0.019 0.005 23 D 0.106 0.181 0.184 0.240 0.185 0.090 0.013 24 R 0.046 0.104 0.202 0.248 0.236 0.139 0.025 25 E 0.015 0.027 0.061 0.128 0.264 0.375 0.131 26 A 0.018 0.060 0.149 0.224 0.265 0.215 0.070 27 D 0.022 0.100 0.182 0.229 0.219 0.182 0.066 28 L 0.005 0.015 0.039 0.101 0.236 0.401 0.201 29 A 0.004 0.008 0.020 0.055 0.174 0.450 0.289 30 Q 0.018 0.093 0.172 0.250 0.223 0.184 0.060 31 D 0.022 0.133 0.304 0.287 0.159 0.074 0.021 32 M 0.002 0.005 0.010 0.042 0.203 0.554 0.183 33 R 0.005 0.029 0.110 0.257 0.323 0.225 0.051 34 N 0.059 0.317 0.328 0.177 0.076 0.036 0.007 35 I 0.007 0.057 0.241 0.414 0.220 0.055 0.005 36 V 0.002 0.004 0.009 0.042 0.313 0.552 0.078 37 A 0.015 0.105 0.315 0.344 0.175 0.043 0.003 38 S 0.148 0.501 0.256 0.072 0.017 0.005 0.001 39 I 0.019 0.110 0.281 0.392 0.160 0.037 0.001 40 L 0.023 0.035 0.071 0.222 0.485 0.155 0.009 41 R 0.201 0.379 0.264 0.124 0.028 0.004 0.001 42 N 0.627 0.271 0.080 0.017 0.004 0.001 0.001 43 D 0.374 0.398 0.170 0.045 0.010 0.003 0.001 44 Y 0.093 0.207 0.243 0.273 0.154 0.028 0.002 45 G 0.150 0.446 0.216 0.137 0.038 0.012 0.001 46 L 0.009 0.026 0.069 0.208 0.436 0.236 0.014 47 T 0.017 0.088 0.252 0.340 0.207 0.082 0.015 48 V 0.003 0.008 0.020 0.056 0.242 0.537 0.134 49 K 0.016 0.074 0.164 0.250 0.228 0.202 0.066 50 T 0.009 0.027 0.052 0.124 0.244 0.423 0.121 51 D 0.024 0.065 0.147 0.252 0.303 0.176 0.032 52 G 0.053 0.102 0.179 0.287 0.236 0.126 0.017 53 T 0.334 0.304 0.220 0.093 0.036 0.012 0.001 54 G 0.500 0.275 0.139 0.059 0.020 0.007 0.001 55 K 0.552 0.267 0.119 0.043 0.014 0.005 0.001 56 G 0.215 0.237 0.188 0.191 0.125 0.040 0.003 57 N 0.166 0.234 0.222 0.205 0.115 0.054 0.005 58 M 0.092 0.138 0.198 0.246 0.217 0.101 0.008 59 P 0.089 0.246 0.255 0.237 0.117 0.049 0.008 60 L 0.014 0.025 0.055 0.142 0.348 0.367 0.049 61 R 0.063 0.211 0.307 0.259 0.112 0.039 0.009 62 D 0.045 0.213 0.294 0.280 0.114 0.045 0.009 63 A 0.010 0.024 0.057 0.158 0.399 0.319 0.032 64 V 0.006 0.024 0.085 0.268 0.360 0.235 0.023 65 K 0.098 0.372 0.391 0.093 0.032 0.013 0.002 66 L 0.027 0.104 0.211 0.363 0.212 0.076 0.007 67 I 0.022 0.043 0.084 0.231 0.370 0.225 0.025 68 R 0.212 0.307 0.286 0.135 0.044 0.014 0.002 69 G 0.308 0.376 0.233 0.054 0.019 0.008 0.002 70 S 0.010 0.053 0.110 0.222 0.319 0.250 0.037 71 D 0.013 0.092 0.128 0.295 0.282 0.154 0.036 72 V 0.002 0.006 0.015 0.047 0.184 0.506 0.240 73 A 0.001 0.002 0.006 0.017 0.054 0.320 0.601 74 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.261 0.707 75 E 0.001 0.001 0.006 0.024 0.070 0.186 0.712 76 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.165 0.824 77 H 0.001 0.001 0.002 0.010 0.044 0.269 0.674 78 T 0.001 0.002 0.005 0.018 0.072 0.338 0.564 79 N 0.004 0.016 0.039 0.100 0.200 0.387 0.255 80 A 0.013 0.037 0.084 0.169 0.265 0.329 0.103 81 A 0.026 0.049 0.109 0.220 0.312 0.240 0.045 82 A 0.171 0.265 0.252 0.176 0.095 0.036 0.005 83 N 0.387 0.325 0.155 0.088 0.032 0.012 0.001 84 K 0.371 0.288 0.180 0.096 0.049 0.014 0.002 85 T 0.187 0.363 0.217 0.155 0.051 0.023 0.005 86 A 0.013 0.043 0.126 0.243 0.378 0.182 0.016 87 T 0.011 0.066 0.139 0.294 0.305 0.161 0.024 88 G 0.002 0.010 0.035 0.086 0.229 0.391 0.247 89 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.035 0.444 0.513 90 E 0.001 0.005 0.016 0.077 0.159 0.332 0.410 91 A 0.001 0.001 0.003 0.007 0.038 0.285 0.664 92 L 0.001 0.002 0.004 0.015 0.056 0.387 0.535 93 S 0.005 0.020 0.044 0.137 0.262 0.356 0.176 94 T 0.021 0.069 0.139 0.247 0.278 0.204 0.043 95 P 0.163 0.200 0.241 0.205 0.120 0.062 0.009 96 K 0.391 0.329 0.150 0.086 0.029 0.013 0.001 97 N 0.347 0.261 0.189 0.111 0.070 0.021 0.001 98 K 0.379 0.269 0.181 0.124 0.036 0.009 0.001 99 R 0.479 0.332 0.115 0.052 0.016 0.005 0.001 100 W 0.097 0.155 0.206 0.263 0.196 0.076 0.007 101 C 0.050 0.094 0.170 0.255 0.248 0.161 0.021 102 Q 0.108 0.251 0.293 0.206 0.101 0.036 0.006 103 V 0.034 0.141 0.254 0.283 0.212 0.067 0.009 104 L 0.004 0.008 0.020 0.058 0.234 0.533 0.144 105 G 0.006 0.022 0.084 0.183 0.334 0.304 0.067 106 K 0.035 0.264 0.343 0.231 0.084 0.036 0.008 107 A 0.011 0.078 0.222 0.347 0.249 0.083 0.009 108 V 0.004 0.009 0.020 0.070 0.350 0.475 0.071 109 A 0.017 0.082 0.225 0.351 0.248 0.071 0.005 110 K 0.259 0.461 0.197 0.064 0.016 0.004 0.001 111 K 0.130 0.362 0.283 0.157 0.054 0.013 0.001 112 T 0.042 0.061 0.100 0.283 0.372 0.134 0.008 113 G 0.227 0.428 0.201 0.111 0.026 0.006 0.001 114 W 0.281 0.278 0.202 0.150 0.073 0.014 0.001 115 K 0.280 0.287 0.219 0.148 0.051 0.014 0.001 116 L 0.290 0.285 0.206 0.136 0.064 0.017 0.001 117 R 0.323 0.263 0.201 0.139 0.056 0.016 0.001 118 G 0.352 0.265 0.193 0.123 0.052 0.015 0.001 119 E 0.406 0.294 0.169 0.093 0.030 0.008 0.001 120 D 0.409 0.278 0.158 0.104 0.040 0.011 0.001 121 G 0.334 0.298 0.199 0.112 0.044 0.013 0.001 122 F 0.157 0.161 0.183 0.258 0.180 0.058 0.003 123 K 0.322 0.300 0.207 0.119 0.041 0.010 0.001 124 P 0.345 0.266 0.173 0.139 0.063 0.013 0.001 125 D 0.544 0.244 0.123 0.066 0.019 0.005 0.001 126 N 0.634 0.229 0.097 0.027 0.009 0.003 0.001 127 A 0.200 0.242 0.249 0.173 0.094 0.036 0.005 128 G 0.073 0.182 0.202 0.253 0.191 0.089 0.010 129 Q 0.038 0.107 0.155 0.242 0.249 0.165 0.044 130 H 0.007 0.011 0.033 0.062 0.180 0.472 0.234 131 S 0.009 0.024 0.051 0.114 0.209 0.352 0.240 132 R 0.009 0.020 0.049 0.108 0.202 0.330 0.282 133 L 0.004 0.004 0.009 0.024 0.111 0.402 0.447 134 A 0.017 0.061 0.112 0.198 0.228 0.240 0.145 135 Y 0.031 0.101 0.145 0.207 0.199 0.204 0.111 136 A 0.023 0.057 0.093 0.183 0.265 0.273 0.106 137 Q 0.080 0.192 0.173 0.206 0.140 0.134 0.074 138 A 0.026 0.057 0.084 0.159 0.277 0.273 0.124 139 G 0.022 0.044 0.071 0.133 0.210 0.311 0.210 140 G 0.008 0.017 0.033 0.070 0.146 0.351 0.375 141 I 0.004 0.007 0.012 0.028 0.075 0.292 0.583 142 V 0.001 0.002 0.004 0.011 0.036 0.208 0.737 143 F 0.001 0.002 0.003 0.010 0.038 0.205 0.741 144 E 0.001 0.002 0.005 0.017 0.050 0.219 0.706 145 P 0.001 0.002 0.005 0.015 0.054 0.247 0.675 146 F 0.003 0.008 0.015 0.039 0.105 0.366 0.464 147 F 0.012 0.027 0.053 0.110 0.221 0.352 0.225 148 I 0.016 0.025 0.051 0.128 0.240 0.398 0.142 149 S 0.057 0.122 0.205 0.227 0.219 0.140 0.030 150 N 0.099 0.175 0.212 0.246 0.162 0.096 0.010 151 D 0.433 0.283 0.180 0.071 0.026 0.007 0.001 152 T 0.395 0.384 0.128 0.068 0.018 0.007 0.001 153 D 0.122 0.149 0.186 0.210 0.244 0.085 0.004 154 L 0.065 0.123 0.253 0.369 0.148 0.039 0.002 155 A 0.283 0.419 0.228 0.054 0.013 0.004 0.001 156 L 0.035 0.161 0.322 0.323 0.137 0.021 0.001 157 F 0.016 0.019 0.049 0.193 0.511 0.204 0.007 158 K 0.150 0.317 0.335 0.152 0.040 0.005 0.001 159 T 0.510 0.340 0.111 0.031 0.007 0.001 0.001 160 T 0.440 0.342 0.161 0.042 0.012 0.002 0.001 161 K 0.222 0.377 0.219 0.133 0.034 0.013 0.001 162 W 0.020 0.083 0.171 0.315 0.331 0.077 0.002 163 G 0.023 0.117 0.248 0.317 0.226 0.064 0.005 164 I 0.002 0.007 0.017 0.039 0.129 0.545 0.261 165 C 0.001 0.007 0.024 0.083 0.212 0.481 0.191 166 R 0.005 0.048 0.159 0.311 0.245 0.155 0.077 167 A 0.001 0.008 0.031 0.091 0.232 0.376 0.260 168 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.044 0.377 0.567 169 A 0.001 0.009 0.029 0.105 0.247 0.393 0.215 170 D 0.011 0.085 0.172 0.279 0.233 0.144 0.076 171 A 0.006 0.023 0.059 0.122 0.232 0.409 0.148 172 I 0.007 0.016 0.031 0.081 0.220 0.473 0.172 173 A 0.039 0.107 0.166 0.270 0.260 0.134 0.023 174 M 0.118 0.204 0.221 0.236 0.152 0.062 0.007 175 E 0.264 0.316 0.249 0.109 0.043 0.018 0.002 176 L 0.246 0.226 0.201 0.210 0.093 0.023 0.001 177 G 0.542 0.342 0.083 0.025 0.006 0.001 0.001 178 A 0.313 0.225 0.220 0.170 0.065 0.007 0.001 179 A 0.712 0.226 0.048 0.012 0.002 0.001 0.001 180 K 0.730 0.222 0.035 0.011 0.002 0.001 0.001 181 V 0.559 0.288 0.090 0.048 0.013 0.001 0.001