This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA S A 3 3 NATAA K A 4 4 NATAA I A 5 5 NATAA I A 6 6 NATRO C A 7 7 NATAA L A 8 8 NATAA T A 9 9 NATAA A A 10 10 NATAA G A 11 11 NATAA H A 12 12 NATAA S A 13 13 NATAA N A 14 14 NATAA T A 15 15 NATAA D A 16 16 NATRO P A 17 17 NATAA G A 18 18 NATAA A A 19 19 NATAA V A 20 20 NATAA N A 21 21 NATAA G A 22 22 NATAA S A 23 23 NATAA D A 24 24 NATAA R A 25 25 NATAA E A 26 26 NATAA A A 27 27 NATAA D A 28 28 NATAA L A 29 29 NATAA A A 30 30 NATAA Q A 31 31 NATAA D A 32 32 NATAA M A 33 33 NATAA R A 34 34 NATAA N A 35 35 NATAA I A 36 36 NATAA V A 37 37 NATAA A A 38 38 NATAA S A 39 39 NATAA I A 40 40 NATAA L A 41 41 NATAA R A 42 42 NATAA N A 43 43 NATAA D A 44 44 NATAA Y A 45 45 NATAA G A 46 46 NATAA L A 47 47 NATAA T A 48 48 NATAA V A 49 49 NATAA K A 50 50 NATAA T A 51 51 NATAA D A 52 52 NATAA G A 53 53 NATAA T A 54 54 NATAA G A 55 55 NATAA K A 56 56 NATAA G A 57 57 NATAA N A 58 58 NATAA M A 59 59 NATRO P A 60 60 NATAA L A 61 61 NATAA R A 62 62 NATAA D A 63 63 NATAA A A 64 64 NATAA V A 65 65 NATAA K A 66 66 NATAA L A 67 67 NATAA I A 68 68 NATAA R A 69 69 NATAA G A 70 70 NATAA S A 71 71 NATAA D A 72 72 NATAA V A 73 73 NATAA A A 74 74 NATAA I A 75 75 NATAA E A 76 76 NATAA F A 77 77 NATAA H A 78 78 NATAA T A 79 79 NATAA N A 80 80 NATAA A A 81 81 NATAA A A 82 82 NATAA A A 83 83 NATAA N A 84 84 NATAA K A 85 85 NATAA T A 86 86 NATAA A A 87 87 NATAA T A 88 88 NATAA G A 89 89 NATAA I A 90 90 NATAA E A 91 91 NATAA A A 92 92 NATAA L A 93 93 NATAA S A 94 94 NATAA T A 95 95 NATRO P A 96 96 NATAA K A 97 97 NATAA N A 98 98 NATAA K A 99 99 NATAA R A 100 100 NATAA W A 101 101 NATRO C A 102 102 NATAA Q A 103 103 NATAA V A 104 104 NATAA L A 105 105 NATAA G A 106 106 NATAA K A 107 107 NATAA A A 108 108 NATAA V A 109 109 NATAA A A 110 110 NATAA K A 111 111 NATAA K A 112 112 NATAA T A 113 113 NATAA G A 114 114 NATAA W A 115 115 NATAA K A 116 116 NATAA L A 117 117 NATAA R A 118 118 NATAA G A 119 119 NATAA E A 120 120 NATAA D A 121 121 NATAA G A 122 122 NATAA F A 123 123 NATAA K A 124 124 NATRO P A 125 125 NATAA D A 126 126 NATAA N A 127 127 NATAA A A 128 128 NATAA G A 129 129 NATAA Q A 130 130 NATAA H A 131 131 NATAA S A 132 132 NATAA R A 133 133 NATAA L A 134 134 NATAA A A 135 135 NATAA Y A 136 136 NATAA A A 137 137 NATAA Q A 138 138 NATAA A A 139 139 NATAA G A 140 140 NATAA G A 141 141 NATAA I A 142 142 NATAA V A 143 143 NATAA F A 144 144 NATAA E A 145 145 NATRO P A 146 146 NATAA F A 147 147 NATAA F A 148 148 NATAA I A 149 149 NATAA S A 150 150 NATAA N A 151 151 NATAA D A 152 152 NATAA T A 153 153 NATAA D A 154 154 NATAA L A 155 155 NATAA A A 156 156 NATAA L A 157 157 NATAA F A 158 158 NATAA K A 159 159 NATAA T A 160 160 NATAA T A 161 161 NATAA K A 162 162 NATAA W A 163 163 NATAA G A 164 164 NATAA I A 165 165 NATRO C A 166 166 NATAA R A 167 167 NATAA A A 168 168 NATAA I A 169 169 NATAA A A 170 170 NATAA D A 171 171 NATAA A A 172 172 NATAA I A 173 173 NATAA A A 174 174 NATAA M A 175 175 NATAA E A 176 176 NATAA L A 177 177 NATAA G A 178 178 NATAA A A 179 179 NATAA A A 180 180 NATAA K A 181 181 NATAA V