This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA S A 3 3 NATAA D A 4 4 NATAA V A 5 5 NATAA I A 6 6 NATAA E A 7 7 NATAA G A 8 8 NATAA R A 9 9 NATAA L A 10 10 NATAA K A 11 11 NATAA E A 12 12 NATAA L A 13 13 NATAA G A 14 14 NATAA F A 15 15 NATAA T A 16 16 NATAA L A 17 17 NATRO P A 18 18 NATAA V A 19 19 NATAA A A 20 20 NATAA A A 21 21 NATAA A A 22 22 NATRO P A 23 23 NATAA A A 24 24 NATAA A A 25 25 NATAA N A 26 26 NATAA Y A 27 27 NATAA V A 28 28 NATRO P A 29 29 NATAA F A 30 30 NATAA T A 31 31 NATAA I A 32 32 NATAA S A 33 33 NATAA G A 34 34 NATAA N A 35 35 NATAA L A 36 36 NATAA L A 37 37 NATAA Y A 38 38 NATAA V A 39 39 NATAA S A 40 40 NATAA G A 41 41 NATAA Q A 42 42 NATAA L A 43 43 NATRO P A 44 44 NATAA M A 45 45 NATAA E A 46 46 NATAA S A 47 47 NATAA G A 48 48 NATAA K A 49 49 NATAA I A 50 50 NATAA A A 51 51 NATAA V A 52 52 NATAA T A 53 53 NATAA G A 54 54 NATAA L A 55 55 NATAA V A 56 56 NATAA G A 57 57 NATAA R A 58 58 NATAA D A 59 59 NATAA V A 60 60 NATAA D A 61 61 NATAA V A 62 62 NATAA A A 63 63 NATAA S A 64 64 NATAA A A 65 65 NATAA Q A 66 66 NATAA R A 67 67 NATAA A A 68 68 NATAA A A 69 69 NATAA E A 70 70 NATAA L A 71 71 NATRO C A 72 72 NATAA A A 73 73 NATAA V A 74 74 NATAA N A 75 75 NATAA I A 76 76 NATAA L A 77 77 NATAA A A 78 78 NATAA Q A 79 79 NATAA V A 80 80 NATAA K A 81 81 NATAA A A 82 82 NATAA A A 83 83 NATAA L A 84 84 NATAA N A 85 85 NATAA G A 86 86 NATAA D A 87 87 NATAA L A 88 88 NATAA S A 89 89 NATAA K A 90 90 NATAA I A 91 91 NATAA R A 92 92 NATAA R A 93 93 NATAA V A 94 94 NATAA I A 95 95 NATAA K A 96 96 NATAA L A 97 97 NATAA N A 98 98 NATAA G A 99 99 NATAA F A 100 100 NATAA V A 101 101 NATAA A A 102 102 NATAA S A 103 103 NATAA V A 104 104 NATRO P A 105 105 NATAA E A 106 106 NATAA F A 107 107 NATAA V A 108 108 NATAA E A 109 109 NATAA Q A 110 110 NATAA H A 111 111 NATAA L A 112 112 NATAA V A 113 113 NATAA I A 114 114 NATAA N A 115 115 NATAA G A 116 116 NATAA A A 117 117 NATAA S A 118 118 NATAA N A 119 119 NATAA L A 120 120 NATAA I A 121 121 NATAA A A 122 122 NATAA T A 123 123 NATAA V A 124 124 NATAA L A 125 125 NATAA G A 126 126 NATAA E A 127 127 NATRO P A 128 128 NATAA G A 129 129 NATAA R A 130 130 NATAA H A 131 131 NATAA A A 132 132 NATAA R A 133 133 NATAA A A 134 134 NATAA A A 135 135 NATAA V A 136 136 NATAA G A 137 137 NATAA M A 138 138 NATAA A A 139 139 NATAA S A 140 140 NATAA L A 141 141 NATRO P A 142 142 NATAA F A 143 143 NATAA N A 144 144 NATAA A A 145 145 NATAA S A 146 146 NATAA V A 147 147 NATAA E A 148 148 NATAA I A 149 149 NATAA D A 150 150 NATAA A A 151 151 NATAA I A 152 152 NATAA V A 153 153 NATAA E A 154 154 NATAA I A 155 155 NATAA D A 156 156 NATAA V A 157 157 NATAA M A 158 158 NATAA S A 159 159 NATAA D A 160 160 NATAA V A 161 161 NATAA I A 162 162 NATAA E A 163 163 NATAA G A 164 164 NATAA R A 165 165 NATAA L A 166 166 NATAA K A 167 167 NATAA E A 168 168 NATAA L A 169 169 NATAA G A 170 170 NATAA F A 171 171 NATAA T A 172 172 NATAA L A 173 173 NATRO P A 174 174 NATAA V A 175 175 NATAA A A 176 176 NATAA A A 177 177 NATAA A A 178 178 NATRO P A 179 179 NATAA A A 180 180 NATAA A A 181 181 NATAA N A 182 182 NATAA Y A 183 183 NATAA V A 184 184 NATRO P A 185 185 NATAA F A 186 186 NATAA T A 187 187 NATAA I A 188 188 NATAA S A 189 189 NATAA G A 190 190 NATAA N A 191 191 NATAA L A 192 192 NATAA L A 193 193 NATAA Y A 194 194 NATAA V A 195 195 NATAA S A 196 196 NATAA G A 197 197 NATAA Q A 198 198 NATAA L A 199 199 NATRO P A 200 200 NATAA M A 201 201 NATAA E A 202 202 NATAA S A 203 203 NATAA G A 204 204 NATAA K A 205 205 NATAA I A 206 206 NATAA A A 207 207 NATAA V A 208 208 NATAA T A 209 209 NATAA G A 210 210 NATAA L A 211 211 NATAA V A 212 212 NATAA G A 213 213 NATAA R A 214 214 NATAA D A 215 215 NATAA V A 216 216 NATAA D A 217 217 NATAA V A 218 218 NATAA A A 219 219 NATAA S A 220 220 NATAA A A 221 221 NATAA Q A 222 222 NATAA R A 223 223 NATAA A A 224 224 NATAA A A 225 225 NATAA E A 226 226 NATAA L A 227 227 NATRO C A 228 228 NATAA A A 229 229 NATAA V A 230 230 NATAA N A 231 231 NATAA I A 232 232 NATAA L A 233 233 NATAA A A 234 234 NATAA Q A 235 235 NATAA V A 236 236 NATAA K A 237 237 NATAA A A 238 238 NATAA A A 239 239 NATAA L A 240 240 NATAA N A 241 241 NATAA G A 242 242 NATAA D A 243 243 NATAA L A 244 244 NATAA S A 245 245 NATAA K A 246 246 NATAA I A 247 247 NATAA R A 248 248 NATAA R A 249 249 NATAA V A 250 250 NATAA I A 251 251 NATAA K A 252 252 NATAA L A 253 253 NATAA N A 254 254 NATAA G A 255 255 NATAA F A 256 256 NATAA V A 257 257 NATAA A A 258 258 NATAA S A 259 259 NATAA V A 260 260 NATRO P A 261 261 NATAA E A 262 262 NATAA F A 263 263 NATAA V A 264 264 NATAA E A 265 265 NATAA Q A 266 266 NATAA H A 267 267 NATAA L A 268 268 NATAA V A 269 269 NATAA I A 270 270 NATAA N A 271 271 NATAA G A 272 272 NATAA A A 273 273 NATAA S A 274 274 NATAA N A 275 275 NATAA L A 276 276 NATAA I A 277 277 NATAA A A 278 278 NATAA T A 279 279 NATAA V A 280 280 NATAA L A 281 281 NATAA G A 282 282 NATAA E A 283 283 NATRO P A 284 284 NATAA G A 285 285 NATAA R A 286 286 NATAA H A 287 287 NATAA A A 288 288 NATAA R A 289 289 NATAA A A 290 290 NATAA A A 291 291 NATAA V A 292 292 NATAA G A 293 293 NATAA M A 294 294 NATAA A A 295 295 NATAA S A 296 296 NATAA L A 297 297 NATRO P A 298 298 NATAA F A 299 299 NATAA N A 300 300 NATAA A A 301 301 NATAA S A 302 302 NATAA V A 303 303 NATAA E A 304 304 NATAA I A 305 305 NATAA D A 306 306 NATAA A A 307 307 NATAA I A 308 308 NATAA V A 309 309 NATAA E A 310 310 NATAA I A 311 311 NATAA D A 312 312 NATAA V A 313 313 NATAA M A 314 314 NATAA S A 315 315 NATAA D A 316 316 NATAA V A 317 317 NATAA I A 318 318 NATAA E A 319 319 NATAA G A 320 320 NATAA R A 321 321 NATAA L A 322 322 NATAA K A 323 323 NATAA E A 324 324 NATAA L A 325 325 NATAA G A 326 326 NATAA F A 327 327 NATAA T A 328 328 NATAA L A 329 329 NATRO P A 330 330 NATAA V A 331 331 NATAA A A 332 332 NATAA A A 333 333 NATAA A A 334 334 NATRO P A 335 335 NATAA A A 336 336 NATAA A A 337 337 NATAA N A 338 338 NATAA Y A 339 339 NATAA V A 340 340 NATRO P A 341 341 NATAA F A 342 342 NATAA T A 343 343 NATAA I A 344 344 NATAA S A 345 345 NATAA G A 346 346 NATAA N A 347 347 NATAA L A 348 348 NATAA L A 349 349 NATAA Y A 350 350 NATAA V A 351 351 NATAA S A 352 352 NATAA G A 353 353 NATAA Q A 354 354 NATAA L A 355 355 NATRO P A 356 356 NATAA M A 357 357 NATAA E A 358 358 NATAA S A 359 359 NATAA G A 360 360 NATAA K A 361 361 NATAA I A 362 362 NATAA A A 363 363 NATAA V A 364 364 NATAA T A 365 365 NATAA G A 366 366 NATAA L A 367 367 NATAA V A 368 368 NATAA G A 369 369 NATAA R A 370 370 NATAA D A 371 371 NATAA V A 372 372 NATAA D A 373 373 NATAA V A 374 374 NATAA A A 375 375 NATAA S A 376 376 NATAA A A 377 377 NATAA Q A 378 378 NATAA R A 379 379 NATAA A A 380 380 NATAA A A 381 381 NATAA E A 382 382 NATAA L A 383 383 NATRO C A 384 384 NATAA A A 385 385 NATAA V A 386 386 NATAA N A 387 387 NATAA I A 388 388 NATAA L A 389 389 NATAA A A 390 390 NATAA Q A 391 391 NATAA V A 392 392 NATAA K A 393 393 NATAA A A 394 394 NATAA A A 395 395 NATAA L A 396 396 NATAA N A 397 397 NATAA G A 398 398 NATAA D A 399 399 NATAA L A 400 400 NATAA S A 401 401 NATAA K A 402 402 NATAA I A 403 403 NATAA R A 404 404 NATAA R A 405 405 NATAA V A 406 406 NATAA I A 407 407 NATAA K A 408 408 NATAA L A 409 409 NATAA N A 410 410 NATAA G A 411 411 NATAA F A 412 412 NATAA V A 413 413 NATAA A A 414 414 NATAA S A 415 415 NATAA V A 416 416 NATRO P A 417 417 NATAA E A 418 418 NATAA F A 419 419 NATAA V A 420 420 NATAA E A 421 421 NATAA Q A 422 422 NATAA H A 423 423 NATAA L A 424 424 NATAA V A 425 425 NATAA I A 426 426 NATAA N A 427 427 NATAA G A 428 428 NATAA A A 429 429 NATAA S A 430 430 NATAA N A 431 431 NATAA L A 432 432 NATAA I A 433 433 NATAA A A 434 434 NATAA T A 435 435 NATAA V A 436 436 NATAA L A 437 437 NATAA G A 438 438 NATAA E A 439 439 NATRO P A 440 440 NATAA G A 441 441 NATAA R A 442 442 NATAA H A 443 443 NATAA A A 444 444 NATAA R A 445 445 NATAA A A 446 446 NATAA A A 447 447 NATAA V A 448 448 NATAA G A 449 449 NATAA M A 450 450 NATAA A A 451 451 NATAA S A 452 452 NATAA L A 453 453 NATRO P A 454 454 NATAA F A 455 455 NATAA N A 456 456 NATAA A A 457 457 NATAA S A 458 458 NATAA V A 459 459 NATAA E A 460 460 NATAA I A 461 461 NATAA D A 462 462 NATAA A A 463 463 NATAA I A 464 464 NATAA V A 465 465 NATAA E A 466 466 NATAA I A 467 467 NATAA D A 468 468 NATAA V