# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.0829 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.010 0.641 0.003 0.027 0.077 0.001 0.001 0.013 0.111 0.077 0.020 0.017 2 S 0.001 0.008 0.492 0.002 0.037 0.192 0.001 0.001 0.011 0.101 0.135 0.005 0.014 3 D 0.001 0.014 0.210 0.002 0.052 0.434 0.001 0.001 0.005 0.161 0.094 0.011 0.016 4 V 0.001 0.011 0.237 0.001 0.047 0.586 0.001 0.001 0.003 0.060 0.030 0.014 0.012 5 I 0.001 0.001 0.050 0.001 0.046 0.874 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.004 6 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 7 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 10 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.928 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 11 E 0.004 0.001 0.013 0.002 0.048 0.875 0.001 0.001 0.002 0.005 0.041 0.002 0.006 12 L 0.008 0.002 0.047 0.009 0.032 0.440 0.002 0.001 0.009 0.043 0.393 0.012 0.004 13 G 0.010 0.003 0.092 0.013 0.005 0.038 0.005 0.003 0.008 0.108 0.692 0.009 0.015 14 F 0.026 0.021 0.603 0.002 0.011 0.035 0.014 0.013 0.049 0.058 0.045 0.070 0.054 15 T 0.027 0.153 0.321 0.016 0.012 0.016 0.019 0.018 0.132 0.061 0.039 0.033 0.151 16 L 0.003 0.017 0.627 0.007 0.010 0.007 0.004 0.006 0.067 0.103 0.012 0.093 0.044 17 P 0.001 0.011 0.437 0.011 0.091 0.022 0.002 0.004 0.040 0.167 0.166 0.007 0.041 18 V 0.001 0.009 0.307 0.012 0.141 0.019 0.001 0.002 0.021 0.290 0.187 0.007 0.004 19 A 0.001 0.020 0.336 0.002 0.220 0.037 0.001 0.001 0.011 0.252 0.088 0.017 0.014 20 A 0.002 0.049 0.382 0.003 0.116 0.056 0.001 0.002 0.014 0.201 0.131 0.005 0.037 21 A 0.001 0.036 0.497 0.006 0.066 0.048 0.001 0.002 0.013 0.218 0.065 0.039 0.007 22 P 0.001 0.012 0.311 0.003 0.125 0.084 0.001 0.001 0.014 0.080 0.340 0.004 0.023 23 A 0.002 0.020 0.169 0.010 0.077 0.072 0.001 0.002 0.008 0.201 0.418 0.011 0.010 24 A 0.003 0.015 0.392 0.007 0.077 0.057 0.001 0.001 0.008 0.291 0.094 0.034 0.021 25 N 0.009 0.021 0.286 0.012 0.087 0.056 0.004 0.001 0.016 0.160 0.261 0.027 0.060 26 Y 0.023 0.032 0.278 0.032 0.065 0.038 0.006 0.003 0.038 0.171 0.178 0.039 0.096 27 V 0.035 0.014 0.379 0.060 0.021 0.016 0.005 0.002 0.023 0.143 0.027 0.202 0.074 28 P 0.077 0.018 0.230 0.024 0.038 0.021 0.013 0.004 0.038 0.052 0.024 0.126 0.335 29 F 0.182 0.016 0.106 0.025 0.034 0.037 0.032 0.014 0.059 0.021 0.024 0.164 0.287 30 T 0.315 0.027 0.049 0.031 0.023 0.021 0.027 0.014 0.035 0.015 0.016 0.217 0.211 31 I 0.187 0.017 0.112 0.017 0.026 0.020 0.029 0.012 0.032 0.029 0.036 0.140 0.343 32 S 0.037 0.008 0.172 0.086 0.019 0.015 0.010 0.007 0.041 0.111 0.240 0.121 0.135 33 G 0.008 0.002 0.070 0.114 0.007 0.003 0.002 0.001 0.011 0.172 0.565 0.019 0.026 34 N 0.029 0.004 0.191 0.041 0.007 0.003 0.006 0.002 0.025 0.298 0.247 0.111 0.035 35 L 0.249 0.014 0.112 0.009 0.005 0.001 0.055 0.020 0.062 0.027 0.005 0.052 0.389 36 L 0.477 0.009 0.008 0.028 0.001 0.001 0.133 0.082 0.038 0.004 0.001 0.172 0.047 37 Y 0.494 0.003 0.004 0.027 0.001 0.001 0.186 0.101 0.024 0.001 0.001 0.045 0.113 38 V 0.488 0.003 0.023 0.035 0.002 0.002 0.119 0.064 0.035 0.003 0.004 0.101 0.121 39 S 0.289 0.004 0.094 0.091 0.014 0.005 0.031 0.013 0.068 0.029 0.023 0.090 0.248 40 G 0.116 0.006 0.114 0.046 0.034 0.008 0.009 0.001 0.024 0.132 0.118 0.264 0.128 41 Q 0.045 0.020 0.184 0.023 0.031 0.004 0.004 0.001 0.010 0.265 0.119 0.054 0.241 42 L 0.010 0.022 0.346 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.260 0.016 0.278 0.045 43 P 0.007 0.046 0.523 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.010 0.103 0.037 0.022 0.231 44 M 0.004 0.069 0.570 0.005 0.020 0.005 0.001 0.001 0.006 0.170 0.046 0.048 0.056 45 E 0.001 0.015 0.672 0.003 0.038 0.005 0.001 0.001 0.005 0.130 0.070 0.021 0.038 46 S 0.001 0.004 0.097 0.022 0.064 0.011 0.001 0.001 0.003 0.114 0.656 0.006 0.022 47 G 0.001 0.003 0.057 0.015 0.023 0.007 0.001 0.001 0.003 0.094 0.779 0.013 0.005 48 K 0.026 0.020 0.404 0.010 0.034 0.011 0.005 0.001 0.021 0.149 0.099 0.071 0.149 49 I 0.089 0.064 0.246 0.012 0.007 0.007 0.014 0.003 0.041 0.048 0.014 0.199 0.255 50 A 0.237 0.035 0.074 0.028 0.004 0.005 0.027 0.006 0.024 0.013 0.005 0.227 0.315 51 V 0.246 0.010 0.070 0.035 0.006 0.008 0.033 0.006 0.019 0.009 0.006 0.297 0.254 52 T 0.229 0.008 0.096 0.059 0.013 0.019 0.023 0.007 0.029 0.022 0.036 0.109 0.350 53 G 0.159 0.013 0.146 0.050 0.021 0.031 0.010 0.003 0.019 0.075 0.077 0.247 0.148 54 L 0.076 0.018 0.248 0.012 0.045 0.041 0.009 0.002 0.020 0.083 0.089 0.092 0.264 55 V 0.034 0.031 0.185 0.030 0.057 0.034 0.004 0.001 0.013 0.134 0.270 0.097 0.109 56 G 0.010 0.013 0.390 0.021 0.039 0.035 0.002 0.001 0.008 0.172 0.224 0.033 0.051 57 R 0.006 0.009 0.312 0.010 0.044 0.052 0.002 0.001 0.010 0.268 0.198 0.045 0.046 58 D 0.011 0.036 0.441 0.003 0.033 0.046 0.003 0.001 0.021 0.152 0.128 0.039 0.086 59 V 0.005 0.064 0.509 0.002 0.007 0.041 0.002 0.001 0.010 0.206 0.019 0.078 0.057 60 D 0.001 0.013 0.848 0.002 0.005 0.034 0.001 0.001 0.007 0.042 0.006 0.016 0.026 61 V 0.001 0.002 0.022 0.001 0.180 0.764 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.010 62 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.130 0.838 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 63 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.064 0.899 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 84 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.895 0.001 0.001 0.001 0.003 0.091 0.001 0.001 85 G 0.001 0.001 0.022 0.001 0.009 0.722 0.001 0.001 0.001 0.021 0.225 0.001 0.001 86 D 0.001 0.001 0.105 0.001 0.020 0.550 0.001 0.001 0.001 0.044 0.277 0.001 0.001 87 L 0.001 0.002 0.104 0.001 0.034 0.665 0.001 0.001 0.001 0.036 0.156 0.001 0.001 88 S 0.001 0.003 0.053 0.001 0.057 0.704 0.001 0.001 0.001 0.051 0.125 0.001 0.003 89 K 0.003 0.009 0.070 0.004 0.104 0.609 0.001 0.001 0.003 0.051 0.121 0.013 0.013 90 I 0.003 0.003 0.064 0.003 0.065 0.737 0.001 0.001 0.010 0.016 0.062 0.006 0.029 91 R 0.016 0.005 0.082 0.022 0.055 0.620 0.001 0.002 0.012 0.046 0.094 0.017 0.028 92 R 0.068 0.004 0.050 0.029 0.047 0.464 0.006 0.003 0.010 0.064 0.121 0.087 0.047 93 V 0.175 0.003 0.060 0.010 0.030 0.310 0.021 0.012 0.030 0.015 0.052 0.028 0.254 94 I 0.380 0.008 0.051 0.060 0.010 0.080 0.026 0.024 0.044 0.021 0.028 0.210 0.058 95 K 0.258 0.003 0.088 0.032 0.007 0.043 0.038 0.035 0.088 0.027 0.035 0.106 0.239 96 L 0.222 0.002 0.125 0.025 0.005 0.029 0.066 0.067 0.175 0.023 0.025 0.044 0.192 97 N 0.186 0.003 0.067 0.124 0.003 0.013 0.069 0.092 0.253 0.033 0.022 0.100 0.034 98 G 0.184 0.002 0.035 0.017 0.004 0.014 0.209 0.208 0.133 0.021 0.021 0.049 0.103 99 F 0.175 0.006 0.036 0.015 0.004 0.008 0.170 0.325 0.162 0.006 0.011 0.035 0.045 100 V 0.129 0.015 0.072 0.036 0.010 0.013 0.127 0.228 0.234 0.016 0.023 0.039 0.058 101 A 0.039 0.019 0.269 0.017 0.022 0.028 0.039 0.085 0.191 0.087 0.088 0.055 0.059 102 S 0.006 0.022 0.498 0.006 0.021 0.021 0.005 0.008 0.047 0.203 0.121 0.009 0.033 103 V 0.001 0.007 0.503 0.004 0.033 0.035 0.001 0.001 0.008 0.343 0.049 0.009 0.006 104 P 0.001 0.008 0.161 0.003 0.163 0.240 0.001 0.001 0.002 0.165 0.251 0.002 0.005 105 E 0.001 0.009 0.081 0.001 0.168 0.355 0.001 0.001 0.002 0.121 0.257 0.002 0.003 106 F 0.001 0.005 0.088 0.001 0.086 0.674 0.001 0.001 0.003 0.075 0.061 0.004 0.003 107 V 0.001 0.005 0.067 0.001 0.061 0.762 0.001 0.001 0.004 0.040 0.049 0.003 0.007 108 E 0.002 0.004 0.042 0.002 0.041 0.815 0.001 0.001 0.004 0.027 0.053 0.004 0.006 109 Q 0.001 0.001 0.019 0.001 0.024 0.917 0.001 0.001 0.002 0.010 0.018 0.003 0.004 110 H 0.001 0.001 0.012 0.001 0.020 0.935 0.001 0.001 0.004 0.005 0.016 0.002 0.004 111 L 0.002 0.002 0.010 0.001 0.020 0.922 0.001 0.002 0.008 0.003 0.022 0.004 0.004 112 V 0.002 0.002 0.009 0.001 0.020 0.901 0.001 0.003 0.011 0.002 0.041 0.001 0.006 113 I 0.002 0.002 0.027 0.002 0.022 0.857 0.001 0.004 0.007 0.007 0.063 0.004 0.002 114 N 0.001 0.002 0.019 0.002 0.029 0.569 0.001 0.001 0.002 0.020 0.354 0.001 0.002 115 G 0.001 0.002 0.044 0.001 0.010 0.290 0.001 0.001 0.001 0.044 0.608 0.001 0.001 116 A 0.001 0.002 0.122 0.001 0.017 0.665 0.001 0.001 0.001 0.121 0.071 0.001 0.001 117 S 0.001 0.001 0.064 0.001 0.018 0.831 0.001 0.001 0.001 0.054 0.031 0.001 0.001 118 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 120 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 122 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 123 V 0.002 0.001 0.009 0.001 0.015 0.904 0.001 0.001 0.003 0.003 0.056 0.002 0.004 124 L 0.005 0.005 0.070 0.002 0.018 0.581 0.001 0.001 0.007 0.030 0.261 0.014 0.007 125 G 0.001 0.009 0.235 0.001 0.021 0.144 0.001 0.001 0.002 0.100 0.474 0.003 0.008 126 E 0.001 0.005 0.491 0.001 0.021 0.048 0.001 0.001 0.001 0.203 0.223 0.003 0.003 127 P 0.001 0.003 0.119 0.002 0.038 0.035 0.001 0.001 0.001 0.130 0.669 0.002 0.002 128 G 0.001 0.006 0.170 0.001 0.031 0.029 0.001 0.001 0.002 0.205 0.550 0.002 0.003 129 R 0.001 0.015 0.570 0.002 0.019 0.028 0.001 0.001 0.006 0.291 0.046 0.013 0.008 130 H 0.003 0.032 0.524 0.005 0.050 0.088 0.002 0.002 0.033 0.103 0.071 0.017 0.070 131 A 0.009 0.019 0.282 0.025 0.062 0.264 0.004 0.003 0.054 0.075 0.094 0.040 0.068 132 R 0.023 0.010 0.149 0.046 0.068 0.339 0.008 0.009 0.051 0.091 0.063 0.054 0.089 133 A 0.055 0.007 0.092 0.015 0.069 0.388 0.018 0.026 0.093 0.024 0.033 0.088 0.092 134 A 0.095 0.005 0.046 0.010 0.028 0.377 0.032 0.043 0.132 0.011 0.039 0.060 0.122 135 V 0.338 0.012 0.032 0.055 0.018 0.188 0.057 0.042 0.046 0.016 0.047 0.068 0.081 136 G 0.187 0.012 0.130 0.038 0.022 0.199 0.027 0.023 0.044 0.036 0.068 0.138 0.077 137 M 0.058 0.005 0.172 0.012 0.074 0.265 0.009 0.009 0.025 0.040 0.112 0.027 0.192 138 A 0.061 0.012 0.138 0.050 0.091 0.167 0.003 0.002 0.013 0.063 0.252 0.120 0.027 139 S 0.054 0.027 0.151 0.006 0.075 0.085 0.004 0.002 0.009 0.116 0.257 0.026 0.187 140 L 0.016 0.027 0.407 0.010 0.041 0.051 0.001 0.002 0.005 0.253 0.075 0.075 0.035 141 P 0.008 0.017 0.457 0.004 0.121 0.063 0.001 0.001 0.005 0.137 0.116 0.014 0.057 142 F 0.001 0.003 0.064 0.018 0.056 0.037 0.001 0.001 0.002 0.154 0.652 0.007 0.006 143 N 0.002 0.003 0.118 0.008 0.030 0.011 0.001 0.001 0.004 0.181 0.628 0.005 0.010 144 A 0.006 0.009 0.647 0.010 0.019 0.006 0.003 0.002 0.039 0.148 0.040 0.042 0.031 145 S 0.018 0.018 0.237 0.018 0.008 0.004 0.010 0.009 0.294 0.132 0.058 0.032 0.161 146 V 0.121 0.006 0.153 0.057 0.002 0.001 0.060 0.055 0.257 0.052 0.009 0.120 0.106 147 E 0.269 0.002 0.019 0.039 0.001 0.001 0.142 0.087 0.159 0.007 0.001 0.156 0.119 148 I 0.410 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.176 0.157 0.093 0.001 0.001 0.020 0.128 149 D 0.606 0.001 0.002 0.065 0.001 0.001 0.091 0.073 0.048 0.001 0.001 0.097 0.017 150 A 0.617 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.151 0.055 0.059 0.001 0.001 0.031 0.077 151 I 0.654 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.139 0.071 0.058 0.001 0.001 0.034 0.033 152 V 0.766 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.093 0.024 0.010 0.001 0.001 0.070 0.025 153 E 0.761 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.071 0.010 0.014 0.001 0.001 0.057 0.079 154 I 0.417 0.006 0.043 0.009 0.001 0.001 0.081 0.018 0.047 0.009 0.005 0.148 0.217 155 D 0.079 0.015 0.349 0.021 0.001 0.001 0.012 0.002 0.052 0.087 0.015 0.161 0.205 156 V 0.005 0.008 0.570 0.007 0.018 0.006 0.002 0.001 0.015 0.175 0.063 0.045 0.085