# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.0829 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.213 0.002 0.012 0.014 0.020 0.079 0.012 0.001 0.044 0.477 2 S 0.026 0.387 0.002 0.007 0.012 0.019 0.062 0.004 0.001 0.038 0.444 3 D 0.028 0.548 0.004 0.012 0.010 0.023 0.040 0.006 0.001 0.061 0.268 4 V 0.057 0.639 0.003 0.011 0.008 0.010 0.032 0.010 0.001 0.067 0.162 5 I 0.031 0.897 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.001 0.007 0.043 6 E 0.025 0.812 0.003 0.001 0.002 0.005 0.009 0.004 0.001 0.063 0.074 7 G 0.023 0.873 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.017 0.066 8 R 0.043 0.804 0.009 0.002 0.003 0.006 0.015 0.010 0.003 0.039 0.067 9 L 0.143 0.183 0.151 0.004 0.007 0.015 0.029 0.095 0.113 0.133 0.127 10 K 0.646 0.058 0.011 0.004 0.010 0.011 0.027 0.007 0.007 0.031 0.189 11 E 0.055 0.015 0.007 0.006 0.005 0.007 0.040 0.004 0.003 0.027 0.833 12 L 0.021 0.015 0.003 0.026 0.015 0.021 0.128 0.003 0.001 0.033 0.734 13 G 0.048 0.008 0.003 0.025 0.007 0.012 0.117 0.003 0.002 0.047 0.728 14 F 0.001 0.001 0.001 0.014 0.033 0.025 0.162 0.001 0.001 0.012 0.752 15 T 0.024 0.046 0.001 0.121 0.011 0.023 0.070 0.003 0.001 0.032 0.667 16 L 0.225 0.049 0.003 0.029 0.006 0.006 0.090 0.015 0.002 0.062 0.514 17 P 0.101 0.044 0.003 0.114 0.005 0.011 0.120 0.010 0.002 0.063 0.528 18 V 0.141 0.020 0.003 0.040 0.003 0.008 0.064 0.003 0.001 0.052 0.665 19 A 0.030 0.019 0.003 0.069 0.010 0.015 0.155 0.002 0.001 0.038 0.659 20 A 0.079 0.049 0.003 0.010 0.003 0.007 0.093 0.009 0.002 0.022 0.724 21 A 0.523 0.021 0.005 0.008 0.006 0.007 0.067 0.010 0.003 0.056 0.293 22 P 0.067 0.031 0.007 0.013 0.006 0.012 0.113 0.005 0.002 0.044 0.699 23 A 0.148 0.025 0.002 0.021 0.010 0.025 0.105 0.005 0.001 0.038 0.620 24 A 0.064 0.010 0.001 0.023 0.016 0.031 0.152 0.002 0.001 0.044 0.655 25 N 0.005 0.015 0.001 0.047 0.030 0.067 0.144 0.001 0.001 0.033 0.656 26 Y 0.022 0.024 0.001 0.031 0.041 0.071 0.116 0.002 0.001 0.153 0.539 27 V 0.036 0.040 0.001 0.066 0.157 0.141 0.117 0.002 0.001 0.120 0.319 28 P 0.021 0.025 0.003 0.058 0.065 0.168 0.096 0.003 0.001 0.150 0.409 29 F 0.015 0.003 0.005 0.069 0.106 0.285 0.111 0.002 0.002 0.124 0.276 30 T 0.113 0.005 0.008 0.079 0.061 0.140 0.083 0.002 0.001 0.119 0.390 31 I 0.120 0.004 0.002 0.040 0.043 0.068 0.100 0.003 0.001 0.082 0.537 32 S 0.055 0.004 0.002 0.032 0.020 0.040 0.173 0.002 0.001 0.072 0.600 33 G 0.004 0.002 0.001 0.053 0.057 0.079 0.178 0.001 0.001 0.040 0.584 34 N 0.004 0.002 0.001 0.128 0.172 0.252 0.091 0.001 0.001 0.066 0.284 35 L 0.001 0.001 0.001 0.101 0.287 0.355 0.053 0.001 0.001 0.059 0.142 36 L 0.001 0.001 0.001 0.223 0.291 0.272 0.025 0.001 0.001 0.071 0.115 37 Y 0.004 0.001 0.002 0.141 0.296 0.340 0.023 0.001 0.001 0.064 0.128 38 V 0.034 0.004 0.001 0.235 0.224 0.261 0.040 0.003 0.001 0.041 0.157 39 S 0.028 0.002 0.002 0.079 0.150 0.236 0.083 0.002 0.001 0.067 0.351 40 G 0.002 0.001 0.001 0.069 0.147 0.295 0.126 0.001 0.001 0.021 0.339 41 Q 0.016 0.004 0.001 0.051 0.109 0.207 0.084 0.001 0.001 0.037 0.488 42 L 0.030 0.002 0.001 0.029 0.194 0.157 0.121 0.002 0.001 0.065 0.400 43 P 0.017 0.002 0.004 0.032 0.082 0.135 0.111 0.001 0.001 0.062 0.552 44 M 0.079 0.002 0.002 0.017 0.066 0.096 0.077 0.002 0.001 0.040 0.618 45 E 0.613 0.004 0.001 0.008 0.011 0.016 0.042 0.004 0.001 0.031 0.269 46 S 0.039 0.004 0.001 0.006 0.013 0.017 0.101 0.001 0.001 0.023 0.795 47 G 0.011 0.005 0.001 0.015 0.033 0.053 0.084 0.001 0.001 0.025 0.773 48 K 0.009 0.002 0.001 0.027 0.209 0.217 0.092 0.001 0.001 0.099 0.342 49 I 0.003 0.002 0.001 0.055 0.304 0.308 0.055 0.001 0.001 0.063 0.209 50 A 0.011 0.006 0.001 0.036 0.251 0.355 0.033 0.001 0.001 0.041 0.264 51 V 0.026 0.006 0.001 0.061 0.234 0.304 0.047 0.001 0.001 0.036 0.284 52 T 0.008 0.003 0.002 0.055 0.184 0.339 0.052 0.001 0.001 0.037 0.319 53 G 0.024 0.004 0.001 0.094 0.207 0.202 0.070 0.001 0.001 0.027 0.370 54 L 0.108 0.003 0.003 0.070 0.169 0.151 0.076 0.002 0.001 0.050 0.366 55 V 0.022 0.003 0.001 0.073 0.096 0.081 0.105 0.002 0.001 0.023 0.594 56 G 0.142 0.006 0.003 0.037 0.033 0.041 0.076 0.003 0.001 0.043 0.615 57 R 0.010 0.003 0.001 0.028 0.064 0.100 0.172 0.001 0.001 0.014 0.609 58 D 0.018 0.013 0.001 0.026 0.009 0.024 0.084 0.001 0.001 0.028 0.797 59 V 0.003 0.007 0.001 0.025 0.074 0.066 0.200 0.001 0.001 0.059 0.566 60 D 0.047 0.405 0.002 0.041 0.009 0.015 0.054 0.009 0.001 0.118 0.299 61 V 0.153 0.699 0.001 0.004 0.003 0.002 0.014 0.012 0.001 0.035 0.078 62 A 0.042 0.774 0.002 0.004 0.001 0.003 0.018 0.008 0.001 0.062 0.084 63 S 0.014 0.878 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.032 0.056 64 A 0.010 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.023 0.023 65 Q 0.010 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.011 66 R 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 67 A 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 68 A 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 69 E 0.002 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.006 70 L 0.004 0.670 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.308 0.009 71 C 0.004 0.829 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.155 0.005 72 A 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 73 V 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 74 N 0.003 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.070 0.006 75 I 0.005 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.004 76 L 0.004 0.939 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 0.006 77 A 0.006 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.073 0.013 78 Q 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.023 0.012 79 V 0.006 0.964 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.008 80 K 0.052 0.467 0.023 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.010 0.346 0.074 81 A 0.185 0.331 0.023 0.005 0.001 0.002 0.041 0.013 0.015 0.161 0.224 82 A 0.107 0.243 0.030 0.012 0.004 0.004 0.060 0.015 0.008 0.166 0.352 83 L 0.082 0.163 0.022 0.013 0.002 0.003 0.084 0.014 0.004 0.076 0.536 84 N 0.089 0.082 0.006 0.007 0.002 0.003 0.103 0.003 0.002 0.106 0.598 85 G 0.033 0.103 0.005 0.018 0.003 0.003 0.102 0.005 0.002 0.039 0.688 86 D 0.124 0.298 0.005 0.008 0.005 0.008 0.098 0.014 0.002 0.044 0.395 87 L 0.138 0.232 0.004 0.007 0.003 0.007 0.081 0.008 0.002 0.059 0.457 88 S 0.040 0.254 0.005 0.020 0.008 0.017 0.078 0.003 0.001 0.071 0.503 89 K 0.050 0.357 0.005 0.034 0.016 0.054 0.065 0.007 0.001 0.094 0.317 90 I 0.093 0.285 0.006 0.032 0.025 0.058 0.092 0.007 0.002 0.086 0.314 91 R 0.030 0.083 0.004 0.039 0.084 0.151 0.078 0.002 0.001 0.150 0.379 92 R 0.018 0.057 0.004 0.150 0.092 0.277 0.064 0.002 0.001 0.121 0.213 93 V 0.025 0.019 0.006 0.082 0.088 0.173 0.099 0.003 0.002 0.238 0.266 94 I 0.009 0.012 0.002 0.209 0.253 0.228 0.071 0.001 0.001 0.055 0.160 95 K 0.008 0.030 0.001 0.131 0.098 0.324 0.058 0.001 0.001 0.071 0.277 96 L 0.011 0.027 0.001 0.210 0.136 0.189 0.090 0.002 0.001 0.060 0.273 97 N 0.009 0.030 0.002 0.228 0.201 0.254 0.045 0.002 0.001 0.096 0.133 98 G 0.007 0.014 0.003 0.359 0.175 0.184 0.039 0.002 0.001 0.070 0.148 99 F 0.034 0.016 0.002 0.351 0.124 0.165 0.045 0.008 0.001 0.071 0.184 100 V 0.155 0.007 0.002 0.235 0.057 0.056 0.077 0.004 0.001 0.127 0.280 101 A 0.002 0.006 0.002 0.117 0.050 0.071 0.139 0.001 0.001 0.035 0.577 102 S 0.052 0.089 0.002 0.024 0.012 0.025 0.114 0.009 0.001 0.043 0.629 103 V 0.511 0.134 0.003 0.006 0.008 0.006 0.058 0.025 0.002 0.065 0.180 104 P 0.083 0.353 0.006 0.005 0.004 0.007 0.091 0.013 0.003 0.057 0.378 105 E 0.118 0.335 0.008 0.013 0.004 0.016 0.066 0.021 0.004 0.067 0.346 106 F 0.248 0.200 0.015 0.014 0.005 0.011 0.081 0.021 0.006 0.120 0.279 107 V 0.070 0.294 0.007 0.011 0.012 0.022 0.079 0.009 0.002 0.080 0.413 108 E 0.033 0.500 0.002 0.006 0.006 0.014 0.049 0.004 0.001 0.083 0.302 109 Q 0.019 0.662 0.002 0.007 0.006 0.015 0.052 0.005 0.001 0.062 0.170 110 H 0.021 0.347 0.005 0.025 0.016 0.025 0.048 0.004 0.001 0.377 0.130 111 L 0.021 0.337 0.013 0.132 0.028 0.039 0.034 0.007 0.003 0.288 0.098 112 V 0.078 0.637 0.003 0.017 0.010 0.013 0.029 0.017 0.001 0.059 0.137 113 I 0.155 0.234 0.010 0.020 0.012 0.011 0.036 0.011 0.002 0.386 0.125 114 N 0.016 0.204 0.014 0.021 0.007 0.016 0.090 0.002 0.002 0.325 0.302 115 G 0.034 0.612 0.004 0.010 0.003 0.005 0.058 0.007 0.001 0.065 0.202 116 A 0.063 0.761 0.004 0.003 0.001 0.002 0.025 0.030 0.002 0.026 0.083 117 S 0.064 0.773 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 0.006 0.001 0.027 0.105 118 N 0.024 0.419 0.008 0.003 0.002 0.008 0.037 0.004 0.002 0.274 0.217 119 L 0.042 0.553 0.020 0.010 0.007 0.013 0.055 0.010 0.004 0.156 0.130 120 I 0.173 0.537 0.013 0.013 0.010 0.015 0.032 0.027 0.005 0.067 0.109 121 A 0.099 0.147 0.027 0.019 0.014 0.037 0.065 0.020 0.013 0.091 0.470 122 T 0.118 0.040 0.008 0.033 0.027 0.076 0.086 0.005 0.003 0.072 0.533 123 V 0.076 0.010 0.005 0.039 0.038 0.042 0.115 0.002 0.002 0.080 0.590 124 L 0.009 0.003 0.006 0.026 0.053 0.054 0.187 0.001 0.002 0.062 0.597 125 G 0.070 0.005 0.001 0.015 0.016 0.022 0.104 0.002 0.001 0.022 0.741 126 E 0.414 0.003 0.001 0.010 0.007 0.006 0.065 0.003 0.001 0.033 0.457 127 P 0.008 0.005 0.001 0.017 0.005 0.009 0.129 0.001 0.001 0.014 0.811 128 G 0.024 0.022 0.001 0.009 0.006 0.010 0.068 0.001 0.001 0.022 0.838 129 R 0.043 0.058 0.002 0.044 0.095 0.072 0.125 0.002 0.001 0.093 0.467 130 H 0.019 0.282 0.002 0.032 0.019 0.059 0.074 0.004 0.001 0.080 0.430 131 A 0.058 0.267 0.002 0.045 0.052 0.131 0.072 0.007 0.001 0.084 0.282 132 R 0.032 0.271 0.005 0.097 0.060 0.169 0.044 0.004 0.001 0.091 0.226 133 A 0.035 0.230 0.002 0.055 0.102 0.253 0.043 0.004 0.001 0.051 0.226 134 A 0.061 0.148 0.006 0.067 0.133 0.196 0.050 0.004 0.001 0.109 0.225 135 V 0.038 0.058 0.014 0.118 0.171 0.198 0.068 0.005 0.003 0.090 0.237 136 G 0.083 0.035 0.009 0.087 0.146 0.255 0.059 0.010 0.003 0.070 0.244 137 M 0.374 0.008 0.002 0.023 0.038 0.047 0.073 0.005 0.002 0.040 0.388 138 A 0.010 0.003 0.002 0.025 0.143 0.131 0.123 0.001 0.001 0.026 0.536 139 S 0.008 0.003 0.003 0.012 0.018 0.057 0.094 0.001 0.001 0.029 0.775 140 L 0.151 0.004 0.003 0.019 0.082 0.056 0.152 0.003 0.001 0.052 0.477 141 P 0.251 0.004 0.002 0.009 0.013 0.018 0.100 0.004 0.001 0.062 0.536 142 F 0.014 0.002 0.001 0.028 0.026 0.066 0.158 0.001 0.001 0.037 0.668 143 N 0.008 0.004 0.001 0.034 0.012 0.036 0.110 0.001 0.001 0.031 0.763 144 A 0.003 0.005 0.001 0.116 0.236 0.249 0.098 0.001 0.001 0.024 0.268 145 S 0.003 0.021 0.001 0.183 0.111 0.281 0.053 0.001 0.001 0.067 0.280 146 V 0.001 0.023 0.001 0.156 0.333 0.323 0.030 0.001 0.001 0.018 0.114 147 E 0.005 0.133 0.001 0.183 0.195 0.383 0.011 0.001 0.001 0.024 0.065 148 I 0.016 0.172 0.001 0.103 0.259 0.303 0.018 0.002 0.001 0.041 0.085 149 D 0.007 0.083 0.002 0.075 0.241 0.493 0.015 0.001 0.001 0.037 0.045 150 A 0.011 0.045 0.002 0.081 0.189 0.573 0.016 0.002 0.001 0.028 0.051 151 I 0.035 0.016 0.004 0.067 0.244 0.505 0.019 0.004 0.002 0.038 0.067 152 V 0.009 0.005 0.002 0.048 0.459 0.367 0.014 0.001 0.001 0.014 0.081 153 E 0.020 0.003 0.004 0.024 0.299 0.438 0.018 0.001 0.001 0.029 0.162 154 I 0.078 0.003 0.002 0.053 0.286 0.180 0.066 0.002 0.001 0.030 0.300 155 D 0.042 0.004 0.002 0.017 0.103 0.078 0.066 0.002 0.001 0.020 0.666 156 V 0.028 0.003 0.001 0.013 0.071 0.068 0.099 0.001 0.001 0.018 0.698