# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.0829 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.140 0.009 0.010 0.016 0.085 0.058 0.596 2 S 0.033 0.292 0.009 0.010 0.013 0.085 0.038 0.520 3 D 0.023 0.577 0.009 0.010 0.016 0.044 0.046 0.275 4 V 0.022 0.741 0.008 0.005 0.007 0.021 0.080 0.116 5 I 0.017 0.931 0.002 0.001 0.002 0.006 0.010 0.031 6 E 0.025 0.921 0.003 0.001 0.001 0.005 0.012 0.032 7 G 0.010 0.945 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 0.025 8 R 0.040 0.821 0.013 0.003 0.005 0.015 0.045 0.058 9 L 0.203 0.198 0.107 0.007 0.008 0.031 0.338 0.108 10 K 0.705 0.035 0.010 0.005 0.007 0.035 0.036 0.166 11 E 0.054 0.005 0.010 0.002 0.004 0.077 0.047 0.801 12 L 0.010 0.008 0.025 0.004 0.008 0.201 0.026 0.718 13 G 0.024 0.008 0.042 0.011 0.021 0.149 0.038 0.708 14 F 0.011 0.008 0.084 0.064 0.041 0.123 0.032 0.637 15 T 0.031 0.017 0.201 0.016 0.045 0.078 0.058 0.553 16 L 0.129 0.022 0.118 0.021 0.023 0.111 0.091 0.486 17 P 0.135 0.020 0.173 0.008 0.015 0.096 0.042 0.511 18 V 0.125 0.012 0.036 0.007 0.010 0.089 0.046 0.674 19 A 0.029 0.008 0.039 0.006 0.011 0.148 0.037 0.723 20 A 0.051 0.011 0.019 0.006 0.010 0.129 0.037 0.737 21 A 0.094 0.017 0.025 0.021 0.022 0.126 0.062 0.633 22 P 0.079 0.020 0.044 0.015 0.022 0.130 0.057 0.634 23 A 0.086 0.013 0.043 0.015 0.026 0.126 0.060 0.631 24 A 0.051 0.022 0.072 0.030 0.042 0.154 0.054 0.575 25 N 0.024 0.040 0.062 0.032 0.063 0.149 0.051 0.580 26 Y 0.033 0.054 0.062 0.050 0.076 0.115 0.134 0.477 27 V 0.065 0.138 0.045 0.074 0.109 0.119 0.133 0.316 28 P 0.050 0.063 0.071 0.071 0.136 0.086 0.203 0.319 29 F 0.027 0.010 0.114 0.089 0.125 0.082 0.237 0.316 30 T 0.095 0.004 0.090 0.117 0.185 0.105 0.073 0.331 31 I 0.154 0.003 0.050 0.044 0.071 0.093 0.049 0.536 32 S 0.126 0.009 0.021 0.016 0.030 0.153 0.087 0.557 33 G 0.014 0.004 0.036 0.015 0.049 0.191 0.022 0.668 34 N 0.003 0.005 0.090 0.173 0.262 0.088 0.037 0.342 35 L 0.002 0.003 0.230 0.174 0.318 0.036 0.093 0.143 36 L 0.004 0.003 0.242 0.244 0.272 0.026 0.090 0.120 37 Y 0.008 0.002 0.215 0.337 0.306 0.015 0.043 0.073 38 V 0.022 0.002 0.162 0.258 0.307 0.031 0.054 0.164 39 S 0.026 0.002 0.086 0.214 0.311 0.068 0.037 0.258 40 G 0.007 0.001 0.040 0.216 0.435 0.068 0.014 0.218 41 Q 0.010 0.001 0.016 0.209 0.264 0.082 0.021 0.397 42 L 0.021 0.002 0.023 0.222 0.208 0.102 0.037 0.385 43 P 0.013 0.001 0.021 0.110 0.242 0.092 0.046 0.474 44 M 0.031 0.001 0.008 0.046 0.072 0.072 0.028 0.742 45 E 0.472 0.005 0.004 0.023 0.013 0.037 0.107 0.340 46 S 0.055 0.003 0.002 0.004 0.008 0.079 0.016 0.831 47 G 0.029 0.003 0.010 0.038 0.063 0.085 0.019 0.753 48 K 0.005 0.002 0.022 0.150 0.366 0.049 0.039 0.367 49 I 0.007 0.002 0.034 0.299 0.173 0.053 0.059 0.373 50 A 0.008 0.003 0.041 0.345 0.373 0.027 0.017 0.187 51 V 0.045 0.005 0.050 0.188 0.218 0.052 0.059 0.382 52 T 0.008 0.001 0.046 0.250 0.422 0.031 0.028 0.213 53 G 0.013 0.003 0.058 0.134 0.245 0.059 0.023 0.466 54 L 0.030 0.002 0.071 0.324 0.144 0.072 0.043 0.314 55 V 0.031 0.004 0.059 0.036 0.064 0.099 0.031 0.675 56 G 0.182 0.006 0.020 0.026 0.063 0.104 0.077 0.522 57 R 0.016 0.008 0.035 0.070 0.084 0.095 0.018 0.675 58 D 0.022 0.026 0.019 0.029 0.042 0.122 0.025 0.717 59 V 0.006 0.030 0.036 0.063 0.044 0.151 0.088 0.582 60 D 0.043 0.746 0.006 0.003 0.005 0.028 0.083 0.086 61 V 0.088 0.782 0.003 0.002 0.002 0.011 0.072 0.039 62 A 0.022 0.828 0.007 0.003 0.003 0.014 0.051 0.073 63 S 0.011 0.904 0.002 0.001 0.002 0.008 0.031 0.042 64 A 0.008 0.921 0.004 0.001 0.001 0.004 0.043 0.019 65 Q 0.006 0.947 0.002 0.001 0.001 0.003 0.025 0.016 66 R 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 67 A 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 68 A 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 69 E 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 70 L 0.001 0.289 0.002 0.001 0.001 0.001 0.704 0.004 71 C 0.001 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.003 72 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 73 V 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 74 N 0.001 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.005 75 I 0.002 0.845 0.003 0.001 0.001 0.001 0.147 0.002 76 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 77 A 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 78 Q 0.002 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 79 V 0.010 0.939 0.003 0.001 0.001 0.003 0.034 0.011 80 K 0.035 0.575 0.015 0.001 0.001 0.013 0.298 0.063 81 A 0.051 0.670 0.019 0.002 0.002 0.026 0.101 0.129 82 A 0.046 0.396 0.089 0.005 0.006 0.042 0.200 0.216 83 L 0.104 0.333 0.064 0.006 0.008 0.078 0.111 0.298 84 N 0.161 0.214 0.015 0.004 0.005 0.061 0.143 0.398 85 G 0.038 0.167 0.020 0.004 0.005 0.108 0.103 0.555 86 D 0.053 0.503 0.016 0.005 0.007 0.070 0.064 0.282 87 L 0.118 0.497 0.007 0.004 0.005 0.038 0.073 0.258 88 S 0.061 0.444 0.014 0.009 0.014 0.058 0.054 0.346 89 K 0.059 0.405 0.010 0.009 0.024 0.062 0.077 0.353 90 I 0.104 0.192 0.029 0.014 0.029 0.088 0.186 0.358 91 R 0.024 0.168 0.038 0.025 0.058 0.092 0.059 0.537 92 R 0.009 0.099 0.123 0.058 0.145 0.062 0.071 0.434 93 V 0.006 0.021 0.245 0.064 0.078 0.066 0.152 0.367 94 I 0.006 0.011 0.382 0.193 0.117 0.047 0.087 0.158 95 K 0.005 0.009 0.492 0.058 0.108 0.034 0.082 0.212 96 L 0.003 0.009 0.496 0.121 0.125 0.034 0.048 0.165 97 N 0.005 0.008 0.575 0.061 0.120 0.032 0.045 0.153 98 G 0.005 0.004 0.538 0.141 0.121 0.033 0.045 0.114 99 F 0.010 0.005 0.507 0.063 0.103 0.042 0.077 0.193 100 V 0.054 0.006 0.179 0.059 0.063 0.119 0.067 0.454 101 A 0.006 0.005 0.180 0.054 0.144 0.111 0.018 0.482 102 S 0.070 0.077 0.028 0.015 0.024 0.081 0.088 0.616 103 V 0.373 0.175 0.011 0.006 0.005 0.056 0.137 0.239 104 P 0.048 0.232 0.012 0.007 0.008 0.098 0.068 0.527 105 E 0.061 0.312 0.014 0.007 0.016 0.074 0.082 0.433 106 F 0.210 0.332 0.015 0.010 0.012 0.056 0.109 0.256 107 V 0.069 0.412 0.014 0.018 0.019 0.070 0.048 0.351 108 E 0.025 0.538 0.007 0.005 0.011 0.044 0.037 0.335 109 Q 0.029 0.746 0.007 0.005 0.009 0.023 0.066 0.115 110 H 0.055 0.461 0.021 0.012 0.014 0.046 0.283 0.109 111 L 0.042 0.265 0.068 0.016 0.023 0.043 0.389 0.154 112 V 0.089 0.377 0.049 0.011 0.019 0.043 0.140 0.272 113 I 0.146 0.144 0.089 0.012 0.017 0.064 0.261 0.267 114 N 0.028 0.122 0.022 0.005 0.008 0.106 0.164 0.545 115 G 0.035 0.576 0.009 0.004 0.005 0.050 0.076 0.245 116 A 0.022 0.832 0.006 0.004 0.004 0.020 0.037 0.075 117 S 0.041 0.766 0.004 0.004 0.006 0.021 0.079 0.080 118 N 0.026 0.120 0.015 0.006 0.013 0.027 0.731 0.062 119 L 0.027 0.448 0.063 0.020 0.041 0.042 0.274 0.086 120 I 0.063 0.436 0.057 0.047 0.077 0.048 0.099 0.174 121 A 0.077 0.101 0.110 0.085 0.118 0.059 0.150 0.301 122 T 0.098 0.058 0.052 0.120 0.257 0.069 0.067 0.280 123 V 0.077 0.013 0.047 0.099 0.112 0.117 0.078 0.458 124 L 0.014 0.003 0.046 0.046 0.070 0.157 0.029 0.635 125 G 0.111 0.005 0.019 0.012 0.021 0.079 0.035 0.718 126 E 0.463 0.010 0.006 0.007 0.006 0.061 0.090 0.357 127 P 0.015 0.007 0.008 0.004 0.008 0.141 0.010 0.808 128 G 0.050 0.038 0.013 0.009 0.017 0.109 0.044 0.720 129 R 0.037 0.063 0.039 0.048 0.058 0.173 0.082 0.500 130 H 0.042 0.130 0.055 0.064 0.092 0.096 0.114 0.408 131 A 0.047 0.141 0.050 0.086 0.171 0.086 0.095 0.324 132 R 0.039 0.059 0.161 0.072 0.137 0.072 0.188 0.272 133 A 0.019 0.105 0.102 0.166 0.303 0.049 0.058 0.198 134 A 0.037 0.086 0.102 0.113 0.207 0.066 0.073 0.316 135 V 0.022 0.023 0.141 0.274 0.135 0.071 0.117 0.217 136 G 0.081 0.040 0.070 0.075 0.240 0.080 0.112 0.302 137 M 0.172 0.016 0.025 0.094 0.099 0.084 0.084 0.425 138 A 0.016 0.004 0.045 0.108 0.170 0.101 0.029 0.527 139 S 0.010 0.002 0.016 0.049 0.079 0.078 0.041 0.725 140 L 0.058 0.002 0.022 0.064 0.071 0.114 0.045 0.624 141 P 0.284 0.002 0.005 0.009 0.008 0.065 0.091 0.535 142 F 0.021 0.002 0.011 0.015 0.030 0.107 0.029 0.785 143 N 0.021 0.002 0.018 0.008 0.023 0.082 0.026 0.820 144 A 0.006 0.002 0.072 0.239 0.170 0.074 0.031 0.407 145 S 0.002 0.003 0.131 0.079 0.153 0.053 0.078 0.501 146 V 0.006 0.003 0.092 0.369 0.158 0.056 0.035 0.280 147 E 0.001 0.004 0.205 0.184 0.442 0.020 0.014 0.128 148 I 0.002 0.001 0.136 0.308 0.343 0.025 0.048 0.136 149 D 0.003 0.003 0.221 0.284 0.305 0.027 0.038 0.120 150 A 0.001 0.001 0.128 0.195 0.581 0.013 0.014 0.066 151 I 0.007 0.002 0.129 0.314 0.238 0.030 0.085 0.195 152 V 0.004 0.001 0.084 0.332 0.495 0.012 0.010 0.064 153 E 0.015 0.001 0.070 0.156 0.241 0.057 0.045 0.416 154 I 0.044 0.001 0.044 0.232 0.229 0.081 0.026 0.344 155 D 0.035 0.002 0.032 0.047 0.106 0.095 0.047 0.636 156 V 0.026 0.002 0.023 0.039 0.061 0.114 0.034 0.701