# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.0829 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.212 0.192 0.055 0.113 0.096 0.073 0.105 0.071 0.043 0.027 0.014 2 S 0.237 0.124 0.053 0.115 0.102 0.093 0.121 0.066 0.047 0.027 0.014 3 D 0.569 0.161 0.085 0.097 0.042 0.019 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 4 V 0.116 0.114 0.058 0.163 0.152 0.113 0.127 0.076 0.044 0.023 0.013 5 I 0.018 0.057 0.028 0.054 0.072 0.085 0.173 0.161 0.159 0.124 0.068 6 E 0.066 0.061 0.104 0.202 0.205 0.159 0.123 0.047 0.021 0.009 0.003 7 G 0.229 0.088 0.427 0.157 0.053 0.021 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 8 R 0.009 0.021 0.047 0.130 0.141 0.200 0.253 0.105 0.059 0.027 0.008 9 L 0.001 0.002 0.004 0.005 0.009 0.018 0.072 0.118 0.236 0.320 0.215 10 K 0.005 0.033 0.394 0.243 0.170 0.082 0.044 0.018 0.007 0.004 0.001 11 E 0.014 0.049 0.605 0.174 0.081 0.038 0.021 0.011 0.003 0.002 0.001 12 L 0.006 0.007 0.013 0.018 0.031 0.134 0.243 0.176 0.180 0.137 0.056 13 G 0.140 0.120 0.057 0.126 0.103 0.087 0.135 0.097 0.069 0.042 0.023 14 F 0.036 0.014 0.050 0.043 0.060 0.092 0.154 0.138 0.162 0.147 0.105 15 T 0.104 0.215 0.169 0.205 0.130 0.069 0.061 0.023 0.013 0.007 0.003 16 L 0.011 0.014 0.010 0.024 0.038 0.060 0.140 0.160 0.198 0.171 0.174 17 P 0.383 0.210 0.062 0.138 0.090 0.042 0.032 0.021 0.011 0.007 0.004 18 V 0.278 0.178 0.062 0.177 0.095 0.069 0.064 0.035 0.022 0.012 0.007 19 A 0.105 0.067 0.027 0.086 0.086 0.086 0.115 0.113 0.119 0.103 0.095 20 A 0.149 0.124 0.037 0.119 0.104 0.095 0.125 0.091 0.074 0.052 0.031 21 A 0.111 0.122 0.081 0.189 0.139 0.114 0.087 0.060 0.046 0.031 0.020 22 P 0.087 0.055 0.033 0.084 0.089 0.098 0.149 0.132 0.120 0.091 0.063 23 A 0.069 0.063 0.031 0.120 0.111 0.106 0.148 0.120 0.108 0.075 0.050 24 A 0.054 0.042 0.032 0.082 0.087 0.095 0.133 0.128 0.140 0.115 0.091 25 N 0.070 0.071 0.050 0.130 0.126 0.115 0.136 0.098 0.097 0.065 0.043 26 Y 0.017 0.019 0.018 0.049 0.064 0.072 0.131 0.144 0.183 0.160 0.143 27 V 0.029 0.033 0.026 0.077 0.089 0.091 0.133 0.144 0.154 0.131 0.094 28 P 0.078 0.082 0.050 0.141 0.124 0.109 0.139 0.095 0.089 0.058 0.035 29 F 0.015 0.012 0.013 0.037 0.054 0.056 0.110 0.154 0.186 0.182 0.181 30 T 0.040 0.040 0.039 0.096 0.107 0.100 0.135 0.122 0.130 0.115 0.076 31 I 0.027 0.045 0.041 0.095 0.102 0.134 0.180 0.111 0.120 0.090 0.054 32 S 0.026 0.036 0.032 0.075 0.088 0.103 0.155 0.125 0.145 0.116 0.099 33 G 0.141 0.093 0.061 0.139 0.108 0.100 0.137 0.077 0.071 0.048 0.025 34 N 0.077 0.087 0.072 0.162 0.119 0.110 0.144 0.082 0.074 0.045 0.028 35 L 0.008 0.015 0.017 0.038 0.049 0.070 0.121 0.128 0.202 0.188 0.162 36 L 0.004 0.008 0.011 0.026 0.036 0.060 0.103 0.124 0.188 0.196 0.244 37 Y 0.004 0.008 0.019 0.037 0.071 0.091 0.158 0.173 0.175 0.145 0.119 38 V 0.001 0.002 0.009 0.010 0.017 0.021 0.058 0.106 0.235 0.270 0.271 39 S 0.003 0.007 0.016 0.038 0.064 0.049 0.100 0.166 0.209 0.185 0.163 40 G 0.018 0.023 0.023 0.051 0.048 0.082 0.143 0.120 0.211 0.178 0.104 41 Q 0.016 0.021 0.021 0.068 0.109 0.098 0.178 0.199 0.127 0.088 0.076 42 L 0.016 0.014 0.018 0.032 0.051 0.045 0.092 0.204 0.182 0.201 0.146 43 P 0.049 0.045 0.051 0.105 0.115 0.081 0.143 0.125 0.123 0.092 0.070 44 M 0.046 0.044 0.038 0.078 0.099 0.112 0.194 0.125 0.122 0.083 0.060 45 E 0.155 0.265 0.092 0.177 0.102 0.070 0.067 0.029 0.023 0.013 0.007 46 S 0.492 0.192 0.039 0.105 0.058 0.034 0.035 0.019 0.013 0.009 0.005 47 G 0.481 0.170 0.033 0.094 0.058 0.042 0.048 0.032 0.021 0.015 0.008 48 K 0.146 0.187 0.061 0.213 0.144 0.094 0.069 0.039 0.024 0.015 0.008 49 I 0.026 0.020 0.019 0.039 0.055 0.118 0.152 0.136 0.169 0.155 0.110 50 A 0.038 0.075 0.063 0.187 0.169 0.160 0.134 0.076 0.052 0.032 0.016 51 V 0.006 0.008 0.010 0.017 0.022 0.054 0.101 0.107 0.231 0.253 0.192 52 T 0.043 0.066 0.043 0.174 0.189 0.126 0.130 0.092 0.066 0.042 0.029 53 G 0.248 0.097 0.076 0.146 0.101 0.074 0.095 0.070 0.046 0.032 0.016 54 L 0.094 0.096 0.051 0.156 0.133 0.145 0.128 0.077 0.057 0.038 0.025 55 V 0.039 0.037 0.016 0.057 0.070 0.078 0.143 0.162 0.157 0.121 0.119 56 G 0.195 0.133 0.047 0.125 0.126 0.089 0.101 0.076 0.049 0.037 0.023 57 R 0.199 0.139 0.075 0.164 0.118 0.088 0.093 0.054 0.037 0.021 0.012 58 D 0.395 0.167 0.049 0.143 0.086 0.049 0.051 0.029 0.016 0.009 0.005 59 V 0.085 0.039 0.018 0.060 0.076 0.089 0.136 0.131 0.145 0.110 0.111 60 D 0.104 0.372 0.084 0.162 0.112 0.056 0.049 0.030 0.016 0.010 0.005 61 V 0.034 0.027 0.024 0.081 0.128 0.162 0.209 0.136 0.102 0.060 0.037 62 A 0.771 0.084 0.050 0.050 0.021 0.009 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 63 S 0.054 0.115 0.081 0.288 0.187 0.107 0.095 0.040 0.019 0.008 0.004 64 A 0.004 0.008 0.009 0.015 0.029 0.035 0.087 0.135 0.204 0.232 0.241 65 Q 0.035 0.037 0.108 0.182 0.229 0.170 0.142 0.058 0.024 0.012 0.004 66 R 0.022 0.050 0.581 0.207 0.076 0.033 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 67 A 0.004 0.009 0.025 0.059 0.097 0.147 0.241 0.156 0.123 0.088 0.052 68 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.020 0.082 0.114 0.257 0.299 0.214 69 E 0.006 0.021 0.326 0.227 0.211 0.111 0.061 0.021 0.009 0.004 0.002 70 L 0.009 0.012 0.300 0.130 0.125 0.130 0.166 0.071 0.029 0.021 0.009 71 C 0.001 0.002 0.005 0.008 0.017 0.077 0.172 0.114 0.249 0.218 0.137 72 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.046 0.078 0.224 0.292 0.340 73 V 0.005 0.009 0.202 0.165 0.209 0.172 0.128 0.055 0.030 0.017 0.008 74 N 0.010 0.031 0.219 0.173 0.167 0.137 0.171 0.057 0.020 0.010 0.005 75 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.013 0.047 0.088 0.211 0.281 0.349 76 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.073 0.165 0.138 0.209 0.220 0.164 77 A 0.008 0.022 0.577 0.204 0.095 0.041 0.030 0.013 0.006 0.004 0.001 78 Q 0.001 0.003 0.020 0.038 0.081 0.241 0.370 0.122 0.069 0.039 0.016 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.108 0.252 0.624 80 K 0.004 0.009 0.043 0.115 0.293 0.212 0.191 0.078 0.031 0.016 0.009 81 A 0.009 0.017 0.417 0.137 0.114 0.095 0.091 0.058 0.028 0.024 0.010 82 A 0.001 0.003 0.007 0.015 0.026 0.147 0.243 0.119 0.195 0.162 0.082 83 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.049 0.069 0.220 0.273 0.370 84 N 0.039 0.136 0.269 0.303 0.170 0.045 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 85 G 0.248 0.109 0.130 0.136 0.120 0.089 0.091 0.042 0.017 0.010 0.007 86 D 0.280 0.208 0.037 0.109 0.082 0.071 0.092 0.061 0.030 0.018 0.012 87 L 0.093 0.051 0.018 0.064 0.085 0.111 0.169 0.141 0.114 0.090 0.062 88 S 0.249 0.150 0.122 0.173 0.114 0.074 0.055 0.031 0.015 0.010 0.005 89 K 0.073 0.230 0.112 0.252 0.147 0.076 0.064 0.027 0.012 0.006 0.003 90 I 0.007 0.005 0.005 0.011 0.023 0.039 0.092 0.120 0.199 0.230 0.270 91 R 0.069 0.098 0.160 0.284 0.186 0.090 0.059 0.031 0.013 0.007 0.003 92 R 0.011 0.045 0.146 0.217 0.158 0.176 0.151 0.052 0.027 0.013 0.005 93 V 0.001 0.002 0.006 0.006 0.010 0.018 0.043 0.055 0.184 0.236 0.439 94 I 0.005 0.011 0.024 0.048 0.076 0.106 0.208 0.154 0.163 0.134 0.071 95 K 0.003 0.021 0.126 0.143 0.138 0.160 0.140 0.084 0.087 0.068 0.030 96 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.023 0.081 0.150 0.221 0.253 0.252 97 N 0.007 0.018 0.027 0.083 0.111 0.105 0.165 0.184 0.138 0.100 0.062 98 G 0.003 0.003 0.009 0.010 0.017 0.019 0.055 0.118 0.206 0.250 0.311 99 F 0.004 0.007 0.016 0.048 0.104 0.096 0.180 0.198 0.149 0.120 0.078 100 V 0.002 0.003 0.008 0.010 0.016 0.026 0.065 0.101 0.228 0.271 0.270 101 A 0.045 0.039 0.068 0.136 0.190 0.134 0.160 0.098 0.064 0.037 0.028 102 S 0.025 0.074 0.071 0.106 0.114 0.120 0.193 0.118 0.090 0.058 0.031 103 V 0.018 0.030 0.022 0.062 0.080 0.115 0.188 0.130 0.148 0.114 0.093 104 P 0.652 0.135 0.054 0.071 0.034 0.018 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 105 E 0.217 0.194 0.105 0.229 0.112 0.064 0.046 0.017 0.009 0.004 0.003 106 F 0.015 0.020 0.015 0.026 0.036 0.050 0.100 0.115 0.185 0.205 0.234 107 V 0.062 0.075 0.059 0.156 0.176 0.153 0.149 0.084 0.046 0.027 0.013 108 E 0.101 0.194 0.308 0.220 0.087 0.040 0.024 0.013 0.007 0.004 0.002 109 Q 0.022 0.016 0.025 0.058 0.079 0.108 0.194 0.170 0.147 0.111 0.070 110 H 0.089 0.069 0.053 0.120 0.100 0.107 0.153 0.120 0.094 0.065 0.030 111 L 0.050 0.077 0.124 0.197 0.159 0.135 0.113 0.068 0.041 0.023 0.014 112 V 0.021 0.016 0.034 0.042 0.070 0.065 0.134 0.177 0.167 0.137 0.136 113 I 0.025 0.035 0.033 0.070 0.090 0.091 0.193 0.160 0.137 0.106 0.060 114 N 0.126 0.134 0.165 0.211 0.136 0.080 0.067 0.036 0.024 0.013 0.008 115 G 0.406 0.150 0.068 0.143 0.095 0.047 0.046 0.024 0.011 0.005 0.003 116 A 0.046 0.071 0.029 0.061 0.065 0.052 0.110 0.135 0.161 0.143 0.127 117 S 0.043 0.052 0.028 0.102 0.149 0.147 0.190 0.129 0.083 0.050 0.029 118 N 0.373 0.155 0.175 0.174 0.063 0.028 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 119 L 0.008 0.008 0.015 0.037 0.064 0.101 0.201 0.183 0.168 0.119 0.095 120 I 0.002 0.005 0.007 0.018 0.026 0.025 0.053 0.100 0.229 0.256 0.278 121 A 0.006 0.009 0.027 0.065 0.116 0.148 0.242 0.153 0.117 0.079 0.038 122 T 0.018 0.050 0.282 0.244 0.152 0.106 0.071 0.035 0.022 0.014 0.006 123 V 0.007 0.007 0.012 0.022 0.033 0.093 0.180 0.145 0.195 0.194 0.111 124 L 0.016 0.022 0.013 0.039 0.046 0.080 0.142 0.131 0.207 0.170 0.133 125 G 0.096 0.086 0.051 0.090 0.101 0.103 0.170 0.101 0.093 0.063 0.046 126 E 0.308 0.253 0.101 0.159 0.082 0.038 0.028 0.014 0.008 0.005 0.004 127 P 0.489 0.197 0.030 0.089 0.056 0.041 0.045 0.026 0.014 0.009 0.005 128 G 0.310 0.136 0.025 0.092 0.075 0.076 0.085 0.069 0.057 0.044 0.032 129 R 0.099 0.133 0.050 0.169 0.143 0.137 0.115 0.072 0.043 0.025 0.014 130 H 0.047 0.061 0.047 0.106 0.109 0.129 0.158 0.111 0.111 0.071 0.051 131 A 0.009 0.012 0.016 0.032 0.046 0.052 0.116 0.144 0.202 0.178 0.193 132 R 0.015 0.026 0.041 0.114 0.140 0.134 0.157 0.135 0.112 0.078 0.047 133 A 0.018 0.027 0.045 0.085 0.100 0.092 0.156 0.155 0.145 0.103 0.074 134 A 0.004 0.006 0.011 0.023 0.040 0.036 0.082 0.140 0.193 0.195 0.271 135 V 0.007 0.006 0.011 0.023 0.044 0.045 0.098 0.157 0.203 0.217 0.189 136 G 0.031 0.068 0.107 0.195 0.171 0.111 0.122 0.075 0.064 0.037 0.020 137 M 0.006 0.007 0.016 0.028 0.053 0.057 0.126 0.174 0.193 0.171 0.169 138 A 0.063 0.056 0.059 0.127 0.111 0.112 0.157 0.111 0.101 0.069 0.034 139 S 0.082 0.124 0.116 0.206 0.136 0.108 0.115 0.048 0.034 0.019 0.012 140 L 0.009 0.008 0.012 0.019 0.034 0.048 0.095 0.128 0.192 0.193 0.261 141 P 0.121 0.154 0.085 0.153 0.124 0.079 0.098 0.061 0.054 0.042 0.028 142 F 0.075 0.068 0.071 0.139 0.131 0.135 0.167 0.089 0.064 0.036 0.024 143 N 0.290 0.194 0.095 0.166 0.093 0.056 0.050 0.025 0.016 0.009 0.006 144 A 0.018 0.018 0.018 0.041 0.047 0.069 0.166 0.157 0.189 0.150 0.127 145 S 0.062 0.106 0.098 0.203 0.168 0.128 0.104 0.055 0.039 0.021 0.017 146 V 0.007 0.010 0.031 0.030 0.043 0.055 0.139 0.146 0.214 0.168 0.158 147 E 0.004 0.013 0.037 0.073 0.121 0.084 0.161 0.173 0.141 0.102 0.090 148 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.014 0.046 0.094 0.241 0.321 0.262 149 D 0.005 0.014 0.042 0.096 0.158 0.119 0.170 0.156 0.115 0.070 0.055 150 A 0.002 0.002 0.012 0.011 0.024 0.015 0.063 0.226 0.199 0.234 0.212 151 I 0.002 0.004 0.015 0.027 0.046 0.049 0.096 0.136 0.218 0.221 0.186 152 V 0.005 0.004 0.016 0.018 0.039 0.036 0.121 0.180 0.219 0.186 0.175 153 E 0.011 0.038 0.136 0.166 0.166 0.127 0.138 0.082 0.071 0.043 0.022 154 I 0.015 0.020 0.047 0.049 0.077 0.093 0.246 0.165 0.137 0.087 0.063 155 D 0.244 0.264 0.154 0.163 0.070 0.039 0.035 0.014 0.010 0.005 0.003 156 V 0.274 0.150 0.090 0.135 0.103 0.069 0.092 0.042 0.024 0.012 0.009