# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.0829 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.015 0.003 0.029 0.013 0.035 0.029 0.001 0.001 0.002 0.842 2 S 0.028 0.019 0.003 0.029 0.028 0.064 0.074 0.001 0.001 0.003 0.751 3 D 0.048 0.017 0.003 0.016 0.013 0.023 0.072 0.001 0.001 0.006 0.801 4 V 0.081 0.049 0.008 0.019 0.012 0.016 0.145 0.001 0.001 0.004 0.665 5 I 0.027 0.091 0.004 0.020 0.011 0.030 0.228 0.001 0.001 0.003 0.586 6 E 0.044 0.325 0.003 0.026 0.016 0.036 0.122 0.001 0.001 0.004 0.422 7 G 0.043 0.610 0.002 0.007 0.012 0.013 0.052 0.001 0.001 0.002 0.257 8 R 0.065 0.754 0.004 0.003 0.005 0.006 0.043 0.002 0.001 0.002 0.115 9 L 0.010 0.953 0.002 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 10 K 0.013 0.905 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.062 11 E 0.062 0.836 0.002 0.001 0.001 0.002 0.025 0.025 0.001 0.001 0.045 12 L 0.229 0.710 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.019 13 G 0.350 0.430 0.026 0.008 0.005 0.007 0.004 0.111 0.001 0.002 0.058 14 F 0.020 0.067 0.852 0.012 0.005 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.030 15 T 0.050 0.086 0.078 0.176 0.061 0.082 0.056 0.023 0.001 0.006 0.382 16 L 0.059 0.039 0.044 0.088 0.030 0.046 0.080 0.007 0.001 0.007 0.600 17 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 18 V 0.019 0.004 0.001 0.046 0.013 0.033 0.137 0.001 0.001 0.007 0.739 19 A 0.272 0.023 0.002 0.081 0.006 0.016 0.049 0.001 0.001 0.005 0.545 20 A 0.136 0.020 0.004 0.036 0.006 0.014 0.081 0.003 0.001 0.003 0.697 21 A 0.231 0.038 0.007 0.080 0.018 0.033 0.059 0.002 0.001 0.007 0.524 22 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 23 A 0.048 0.020 0.007 0.080 0.040 0.094 0.126 0.002 0.001 0.007 0.576 24 A 0.176 0.038 0.007 0.137 0.054 0.079 0.073 0.002 0.001 0.008 0.426 25 N 0.079 0.030 0.004 0.079 0.043 0.066 0.108 0.002 0.001 0.004 0.585 26 Y 0.108 0.031 0.011 0.121 0.035 0.092 0.113 0.004 0.001 0.013 0.473 27 V 0.070 0.041 0.010 0.159 0.141 0.129 0.108 0.001 0.001 0.005 0.335 28 P 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.985 29 F 0.032 0.008 0.001 0.098 0.128 0.309 0.045 0.001 0.001 0.002 0.378 30 T 0.056 0.042 0.001 0.138 0.206 0.266 0.037 0.001 0.001 0.006 0.247 31 I 0.038 0.084 0.002 0.068 0.244 0.227 0.058 0.001 0.001 0.003 0.274 32 S 0.051 0.099 0.002 0.102 0.114 0.274 0.078 0.003 0.001 0.005 0.273 33 G 0.090 0.049 0.004 0.073 0.122 0.151 0.053 0.008 0.001 0.017 0.433 34 N 0.227 0.009 0.015 0.065 0.087 0.078 0.121 0.004 0.001 0.028 0.367 35 L 0.120 0.008 0.048 0.091 0.059 0.107 0.208 0.003 0.001 0.019 0.336 36 L 0.006 0.003 0.004 0.161 0.379 0.382 0.024 0.001 0.001 0.005 0.036 37 Y 0.002 0.003 0.001 0.086 0.317 0.420 0.027 0.001 0.001 0.002 0.142 38 V 0.006 0.002 0.001 0.153 0.248 0.504 0.010 0.001 0.001 0.001 0.078 39 S 0.002 0.002 0.001 0.104 0.292 0.397 0.021 0.001 0.001 0.001 0.180 40 G 0.007 0.001 0.001 0.090 0.269 0.340 0.028 0.001 0.001 0.004 0.259 41 Q 0.037 0.002 0.003 0.092 0.101 0.238 0.103 0.001 0.001 0.009 0.414 42 L 0.016 0.001 0.002 0.051 0.215 0.331 0.087 0.001 0.001 0.004 0.293 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 44 M 0.011 0.001 0.001 0.021 0.142 0.368 0.042 0.001 0.001 0.002 0.414 45 E 0.055 0.005 0.001 0.022 0.095 0.114 0.122 0.001 0.001 0.006 0.579 46 S 0.039 0.007 0.001 0.011 0.029 0.040 0.048 0.001 0.001 0.005 0.819 47 G 0.105 0.007 0.003 0.023 0.039 0.039 0.212 0.001 0.001 0.030 0.541 48 K 0.502 0.002 0.012 0.011 0.014 0.017 0.188 0.001 0.001 0.041 0.211 49 I 0.041 0.009 0.011 0.075 0.110 0.136 0.150 0.001 0.001 0.013 0.454 50 A 0.004 0.003 0.002 0.049 0.324 0.434 0.039 0.001 0.001 0.005 0.139 51 V 0.010 0.007 0.001 0.087 0.251 0.403 0.049 0.001 0.001 0.002 0.189 52 T 0.009 0.006 0.001 0.047 0.249 0.453 0.022 0.001 0.001 0.001 0.212 53 G 0.009 0.005 0.001 0.055 0.286 0.374 0.025 0.001 0.001 0.004 0.241 54 L 0.079 0.011 0.006 0.068 0.206 0.206 0.114 0.001 0.001 0.011 0.298 55 V 0.020 0.017 0.004 0.094 0.133 0.263 0.116 0.001 0.001 0.005 0.346 56 G 0.026 0.009 0.002 0.056 0.122 0.416 0.075 0.002 0.001 0.028 0.263 57 R 0.171 0.014 0.019 0.048 0.044 0.063 0.110 0.002 0.001 0.010 0.519 58 D 0.034 0.011 0.001 0.022 0.011 0.026 0.056 0.002 0.001 0.004 0.834 59 V 0.185 0.017 0.036 0.070 0.058 0.108 0.135 0.002 0.001 0.018 0.371 60 D 0.020 0.021 0.003 0.011 0.021 0.029 0.340 0.002 0.001 0.003 0.550 61 V 0.023 0.035 0.019 0.023 0.017 0.050 0.059 0.001 0.001 0.003 0.769 62 A 0.001 0.051 0.001 0.002 0.002 0.004 0.565 0.001 0.001 0.001 0.373 63 S 0.055 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.824 0.001 0.001 0.004 0.084 64 A 0.044 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 65 Q 0.004 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 66 R 0.012 0.925 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.051 67 A 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 68 A 0.013 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.026 69 E 0.006 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.026 70 L 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 71 C 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 72 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 N 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 75 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 76 L 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 A 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.009 78 Q 0.024 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.046 79 V 0.067 0.860 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.001 0.001 0.032 80 K 0.012 0.913 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.052 81 A 0.010 0.920 0.011 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.044 82 A 0.033 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 83 L 0.015 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 84 N 0.046 0.855 0.013 0.002 0.002 0.003 0.004 0.017 0.001 0.001 0.058 85 G 0.094 0.655 0.047 0.007 0.003 0.004 0.016 0.040 0.001 0.002 0.132 86 D 0.194 0.334 0.015 0.006 0.003 0.003 0.050 0.075 0.001 0.003 0.316 87 L 0.121 0.197 0.067 0.010 0.004 0.007 0.055 0.021 0.001 0.005 0.514 88 S 0.078 0.118 0.028 0.015 0.013 0.012 0.269 0.008 0.001 0.006 0.453 89 K 0.155 0.083 0.014 0.015 0.006 0.014 0.215 0.005 0.001 0.012 0.482 90 I 0.141 0.294 0.012 0.037 0.025 0.041 0.070 0.004 0.001 0.005 0.371 91 R 0.054 0.298 0.009 0.037 0.096 0.085 0.084 0.005 0.001 0.006 0.326 92 R 0.087 0.281 0.007 0.049 0.051 0.075 0.085 0.008 0.001 0.005 0.352 93 V 0.224 0.205 0.002 0.048 0.085 0.137 0.017 0.003 0.001 0.002 0.278 94 I 0.019 0.162 0.008 0.071 0.387 0.271 0.010 0.003 0.001 0.005 0.064 95 K 0.014 0.073 0.010 0.103 0.249 0.325 0.021 0.005 0.001 0.002 0.198 96 L 0.020 0.020 0.004 0.178 0.229 0.406 0.012 0.001 0.001 0.001 0.130 97 N 0.004 0.015 0.001 0.263 0.301 0.273 0.021 0.001 0.001 0.005 0.114 98 G 0.013 0.012 0.007 0.268 0.206 0.186 0.047 0.001 0.001 0.002 0.257 99 F 0.008 0.008 0.001 0.587 0.074 0.157 0.061 0.001 0.001 0.001 0.102 100 V 0.016 0.017 0.002 0.422 0.099 0.222 0.049 0.001 0.001 0.010 0.163 101 A 0.017 0.033 0.003 0.331 0.060 0.114 0.078 0.002 0.001 0.005 0.357 102 S 0.040 0.019 0.007 0.098 0.018 0.051 0.314 0.009 0.001 0.011 0.434 103 V 0.145 0.036 0.008 0.065 0.014 0.037 0.113 0.005 0.001 0.010 0.567 104 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.976 105 E 0.054 0.011 0.003 0.008 0.003 0.007 0.433 0.002 0.001 0.010 0.469 106 F 0.519 0.136 0.005 0.013 0.004 0.011 0.063 0.004 0.001 0.006 0.240 107 V 0.099 0.314 0.006 0.013 0.009 0.013 0.119 0.004 0.001 0.002 0.423 108 E 0.080 0.268 0.013 0.014 0.004 0.007 0.137 0.005 0.001 0.004 0.468 109 Q 0.171 0.504 0.005 0.013 0.006 0.011 0.046 0.008 0.001 0.002 0.235 110 H 0.032 0.658 0.003 0.009 0.007 0.006 0.027 0.004 0.001 0.002 0.251 111 L 0.055 0.601 0.025 0.023 0.010 0.011 0.069 0.004 0.001 0.002 0.198 112 V 0.048 0.803 0.012 0.012 0.010 0.013 0.025 0.002 0.001 0.002 0.073 113 I 0.037 0.872 0.003 0.008 0.006 0.012 0.012 0.003 0.001 0.001 0.045 114 N 0.023 0.855 0.004 0.004 0.004 0.006 0.013 0.004 0.001 0.001 0.086 115 G 0.063 0.661 0.006 0.004 0.002 0.004 0.027 0.016 0.001 0.002 0.215 116 A 0.120 0.610 0.012 0.004 0.002 0.004 0.076 0.021 0.001 0.002 0.149 117 S 0.036 0.671 0.008 0.003 0.004 0.008 0.079 0.008 0.001 0.001 0.182 118 N 0.031 0.649 0.005 0.002 0.002 0.003 0.050 0.004 0.001 0.002 0.254 119 L 0.049 0.796 0.003 0.001 0.001 0.001 0.041 0.005 0.001 0.001 0.101 120 I 0.038 0.890 0.004 0.002 0.002 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.047 121 A 0.010 0.943 0.006 0.003 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 122 T 0.016 0.920 0.004 0.003 0.007 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.036 123 V 0.041 0.913 0.002 0.002 0.006 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.025 124 L 0.041 0.870 0.008 0.005 0.013 0.011 0.002 0.013 0.001 0.001 0.036 125 G 0.109 0.408 0.079 0.020 0.028 0.050 0.026 0.072 0.001 0.004 0.203 126 E 0.106 0.105 0.094 0.025 0.017 0.023 0.048 0.013 0.001 0.003 0.567 127 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 128 G 0.044 0.008 0.005 0.014 0.016 0.040 0.097 0.003 0.001 0.021 0.751 129 R 0.518 0.013 0.019 0.014 0.009 0.010 0.056 0.001 0.001 0.006 0.354 130 H 0.024 0.014 0.002 0.012 0.008 0.016 0.059 0.001 0.001 0.001 0.864 131 A 0.051 0.027 0.004 0.058 0.072 0.155 0.102 0.001 0.001 0.007 0.523 132 R 0.043 0.122 0.002 0.043 0.149 0.136 0.097 0.001 0.001 0.004 0.404 133 A 0.044 0.212 0.002 0.059 0.134 0.150 0.069 0.002 0.001 0.002 0.327 134 A 0.104 0.239 0.001 0.065 0.113 0.184 0.024 0.001 0.001 0.002 0.266 135 V 0.016 0.453 0.009 0.064 0.216 0.130 0.016 0.001 0.001 0.004 0.091 136 G 0.028 0.263 0.008 0.067 0.113 0.202 0.033 0.006 0.001 0.002 0.276 137 M 0.046 0.237 0.011 0.077 0.134 0.264 0.025 0.004 0.001 0.002 0.200 138 A 0.038 0.250 0.005 0.052 0.097 0.130 0.046 0.008 0.001 0.005 0.368 139 S 0.138 0.105 0.015 0.030 0.028 0.067 0.129 0.040 0.001 0.012 0.437 140 L 0.431 0.120 0.010 0.049 0.029 0.057 0.039 0.016 0.001 0.003 0.245 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 142 F 0.006 0.004 0.006 0.023 0.014 0.039 0.030 0.001 0.001 0.002 0.875 143 N 0.164 0.004 0.002 0.045 0.031 0.045 0.055 0.004 0.001 0.011 0.640 144 A 0.463 0.007 0.041 0.049 0.038 0.047 0.060 0.001 0.001 0.008 0.286 145 S 0.016 0.003 0.002 0.176 0.123 0.087 0.202 0.001 0.001 0.004 0.387 146 V 0.020 0.001 0.002 0.135 0.278 0.323 0.042 0.001 0.001 0.005 0.194 147 E 0.003 0.002 0.001 0.450 0.154 0.273 0.027 0.001 0.001 0.001 0.089 148 I 0.003 0.001 0.001 0.137 0.377 0.368 0.010 0.001 0.001 0.001 0.104 149 D 0.001 0.001 0.001 0.223 0.272 0.467 0.007 0.001 0.001 0.001 0.028 150 A 0.002 0.001 0.001 0.057 0.385 0.496 0.006 0.001 0.001 0.001 0.054 151 I 0.001 0.001 0.001 0.080 0.291 0.580 0.006 0.001 0.001 0.001 0.039 152 V 0.001 0.001 0.001 0.037 0.462 0.470 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 153 E 0.005 0.002 0.001 0.040 0.254 0.569 0.009 0.001 0.001 0.001 0.119 154 I 0.012 0.003 0.001 0.042 0.288 0.551 0.009 0.001 0.001 0.001 0.094 155 D 0.007 0.008 0.001 0.021 0.237 0.339 0.047 0.001 0.001 0.005 0.335 156 V 0.028 0.006 0.004 0.022 0.058 0.143 0.041 0.001 0.001 0.004 0.692