# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.0829 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.028 0.027 0.015 0.032 0.077 0.007 0.756 2 S 0.034 0.032 0.019 0.011 0.026 0.140 0.007 0.731 3 D 0.088 0.041 0.017 0.009 0.017 0.118 0.012 0.697 4 V 0.095 0.153 0.018 0.006 0.013 0.169 0.007 0.539 5 I 0.048 0.256 0.016 0.006 0.014 0.232 0.005 0.422 6 E 0.028 0.495 0.013 0.005 0.023 0.075 0.004 0.357 7 G 0.018 0.719 0.005 0.002 0.008 0.044 0.004 0.201 8 R 0.026 0.827 0.002 0.001 0.003 0.023 0.005 0.113 9 L 0.012 0.954 0.002 0.001 0.002 0.008 0.002 0.020 10 K 0.017 0.940 0.003 0.002 0.002 0.005 0.004 0.027 11 E 0.042 0.896 0.005 0.002 0.004 0.004 0.018 0.031 12 L 0.119 0.793 0.008 0.003 0.003 0.003 0.040 0.032 13 G 0.367 0.338 0.054 0.017 0.011 0.011 0.101 0.102 14 F 0.065 0.088 0.488 0.097 0.036 0.040 0.022 0.164 15 T 0.030 0.039 0.309 0.071 0.085 0.070 0.017 0.380 16 L 0.068 0.037 0.119 0.052 0.103 0.075 0.009 0.536 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 18 V 0.009 0.003 0.033 0.010 0.022 0.093 0.002 0.828 19 A 0.257 0.021 0.027 0.013 0.023 0.074 0.010 0.575 20 A 0.155 0.036 0.016 0.010 0.021 0.077 0.011 0.673 21 A 0.227 0.042 0.032 0.019 0.029 0.079 0.007 0.565 22 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 23 A 0.101 0.037 0.026 0.025 0.073 0.094 0.011 0.633 24 A 0.409 0.060 0.033 0.021 0.025 0.057 0.015 0.381 25 N 0.181 0.066 0.039 0.038 0.044 0.069 0.013 0.550 26 Y 0.195 0.048 0.082 0.032 0.062 0.072 0.017 0.492 27 V 0.123 0.043 0.054 0.091 0.088 0.112 0.007 0.482 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 29 F 0.027 0.018 0.071 0.115 0.207 0.089 0.004 0.469 30 T 0.107 0.086 0.122 0.144 0.201 0.045 0.006 0.289 31 I 0.040 0.149 0.084 0.190 0.233 0.033 0.006 0.265 32 S 0.040 0.101 0.155 0.125 0.292 0.050 0.012 0.225 33 G 0.136 0.039 0.102 0.143 0.146 0.099 0.046 0.288 34 N 0.142 0.022 0.078 0.090 0.096 0.125 0.054 0.393 35 L 0.073 0.013 0.205 0.108 0.133 0.119 0.014 0.336 36 L 0.018 0.006 0.253 0.284 0.240 0.069 0.003 0.127 37 Y 0.003 0.002 0.309 0.202 0.340 0.034 0.001 0.108 38 V 0.006 0.005 0.223 0.206 0.400 0.027 0.002 0.132 39 S 0.008 0.008 0.254 0.141 0.282 0.061 0.004 0.240 40 G 0.028 0.004 0.102 0.141 0.234 0.133 0.023 0.334 41 Q 0.106 0.007 0.095 0.103 0.150 0.123 0.041 0.374 42 L 0.059 0.009 0.073 0.157 0.185 0.132 0.005 0.380 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 44 M 0.013 0.001 0.028 0.077 0.319 0.075 0.002 0.485 45 E 0.097 0.009 0.012 0.139 0.102 0.128 0.006 0.507 46 S 0.027 0.007 0.005 0.016 0.033 0.025 0.003 0.883 47 G 0.056 0.007 0.014 0.024 0.047 0.234 0.019 0.598 48 K 0.716 0.001 0.012 0.012 0.011 0.091 0.043 0.113 49 I 0.087 0.009 0.061 0.104 0.103 0.128 0.010 0.498 50 A 0.005 0.001 0.084 0.374 0.341 0.063 0.002 0.131 51 V 0.007 0.003 0.064 0.158 0.299 0.085 0.002 0.382 52 T 0.006 0.004 0.087 0.191 0.492 0.032 0.002 0.187 53 G 0.011 0.005 0.065 0.165 0.328 0.048 0.005 0.374 54 L 0.042 0.007 0.110 0.186 0.217 0.100 0.011 0.328 55 V 0.023 0.009 0.091 0.129 0.211 0.083 0.007 0.447 56 G 0.029 0.014 0.066 0.110 0.268 0.088 0.008 0.417 57 R 0.058 0.012 0.050 0.062 0.082 0.115 0.010 0.611 58 D 0.039 0.011 0.034 0.031 0.066 0.059 0.009 0.752 59 V 0.111 0.014 0.088 0.049 0.087 0.112 0.009 0.531 60 D 0.010 0.010 0.014 0.011 0.021 0.600 0.003 0.330 61 V 0.022 0.027 0.046 0.007 0.057 0.088 0.003 0.750 62 A 0.002 0.020 0.002 0.001 0.001 0.261 0.001 0.713 63 S 0.027 0.016 0.001 0.001 0.001 0.881 0.005 0.069 64 A 0.040 0.906 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.038 65 Q 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 66 R 0.007 0.932 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.047 67 A 0.013 0.937 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.034 68 A 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 69 E 0.003 0.965 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.016 70 L 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 71 C 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 72 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 73 V 0.004 0.983 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 74 N 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 75 I 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 76 L 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 77 A 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.011 78 Q 0.014 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.017 79 V 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 80 K 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 81 A 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.009 82 A 0.013 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 83 L 0.015 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 84 N 0.037 0.912 0.016 0.001 0.001 0.001 0.016 0.015 85 G 0.129 0.597 0.057 0.003 0.002 0.009 0.093 0.110 86 D 0.183 0.298 0.071 0.006 0.005 0.056 0.088 0.294 87 L 0.111 0.155 0.193 0.009 0.009 0.099 0.028 0.396 88 S 0.041 0.114 0.103 0.011 0.007 0.366 0.010 0.349 89 K 0.195 0.084 0.023 0.012 0.012 0.230 0.023 0.420 90 I 0.148 0.421 0.035 0.021 0.031 0.066 0.007 0.271 91 R 0.036 0.400 0.044 0.047 0.062 0.078 0.008 0.326 92 R 0.126 0.263 0.049 0.066 0.082 0.086 0.032 0.296 93 V 0.109 0.240 0.132 0.064 0.095 0.035 0.016 0.307 94 I 0.012 0.043 0.290 0.324 0.242 0.013 0.005 0.070 95 K 0.010 0.015 0.371 0.162 0.145 0.059 0.006 0.232 96 L 0.006 0.004 0.436 0.174 0.208 0.015 0.003 0.154 97 N 0.001 0.001 0.484 0.169 0.281 0.015 0.001 0.047 98 G 0.007 0.002 0.501 0.124 0.103 0.049 0.003 0.211 99 F 0.002 0.001 0.699 0.077 0.142 0.018 0.001 0.061 100 V 0.004 0.002 0.314 0.165 0.299 0.033 0.002 0.181 101 A 0.007 0.004 0.306 0.133 0.220 0.086 0.003 0.241 102 S 0.015 0.007 0.071 0.042 0.085 0.251 0.008 0.520 103 V 0.078 0.015 0.082 0.036 0.144 0.110 0.008 0.528 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.995 105 E 0.027 0.006 0.003 0.003 0.006 0.464 0.006 0.483 106 F 0.582 0.105 0.005 0.003 0.008 0.060 0.007 0.229 107 V 0.129 0.414 0.011 0.009 0.015 0.110 0.005 0.306 108 E 0.123 0.360 0.012 0.006 0.014 0.118 0.014 0.354 109 Q 0.190 0.557 0.007 0.004 0.009 0.033 0.015 0.184 110 H 0.068 0.682 0.008 0.004 0.009 0.021 0.010 0.197 111 L 0.045 0.593 0.040 0.005 0.007 0.040 0.008 0.262 112 V 0.053 0.687 0.022 0.003 0.005 0.045 0.009 0.176 113 I 0.048 0.857 0.013 0.002 0.007 0.008 0.004 0.061 114 N 0.031 0.816 0.012 0.002 0.003 0.010 0.005 0.120 115 G 0.111 0.525 0.023 0.002 0.003 0.019 0.020 0.297 116 A 0.162 0.539 0.044 0.004 0.008 0.036 0.023 0.185 117 S 0.036 0.566 0.021 0.003 0.007 0.056 0.009 0.303 118 N 0.022 0.561 0.012 0.001 0.005 0.035 0.005 0.359 119 L 0.054 0.640 0.010 0.002 0.002 0.108 0.006 0.179 120 I 0.043 0.789 0.007 0.004 0.004 0.080 0.006 0.068 121 A 0.018 0.943 0.003 0.002 0.003 0.004 0.003 0.024 122 T 0.035 0.909 0.004 0.002 0.004 0.003 0.008 0.034 123 V 0.068 0.859 0.007 0.005 0.005 0.002 0.020 0.034 124 L 0.057 0.740 0.038 0.030 0.019 0.007 0.025 0.083 125 G 0.071 0.312 0.177 0.055 0.052 0.045 0.041 0.246 126 E 0.119 0.122 0.101 0.038 0.038 0.065 0.024 0.492 127 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 128 G 0.027 0.006 0.036 0.008 0.015 0.086 0.010 0.811 129 R 0.491 0.009 0.055 0.013 0.013 0.056 0.012 0.351 130 H 0.018 0.005 0.010 0.004 0.005 0.041 0.001 0.916 131 A 0.050 0.015 0.086 0.056 0.110 0.123 0.003 0.557 132 R 0.050 0.052 0.147 0.091 0.149 0.125 0.004 0.382 133 A 0.061 0.138 0.118 0.079 0.108 0.118 0.008 0.371 134 A 0.062 0.233 0.217 0.072 0.159 0.039 0.006 0.211 135 V 0.024 0.285 0.197 0.125 0.193 0.029 0.005 0.142 136 G 0.021 0.231 0.130 0.111 0.167 0.081 0.011 0.249 137 M 0.050 0.291 0.130 0.088 0.193 0.039 0.012 0.196 138 A 0.049 0.336 0.065 0.085 0.125 0.088 0.023 0.229 139 S 0.259 0.129 0.046 0.033 0.056 0.081 0.105 0.291 140 L 0.360 0.092 0.076 0.038 0.043 0.056 0.025 0.310 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 142 F 0.013 0.004 0.028 0.025 0.049 0.135 0.004 0.741 143 N 0.220 0.015 0.049 0.025 0.044 0.068 0.010 0.568 144 A 0.318 0.019 0.044 0.054 0.070 0.058 0.011 0.426 145 S 0.058 0.017 0.173 0.146 0.146 0.118 0.005 0.338 146 V 0.016 0.009 0.181 0.274 0.315 0.061 0.003 0.141 147 E 0.010 0.009 0.192 0.274 0.369 0.042 0.002 0.102 148 I 0.002 0.005 0.219 0.321 0.379 0.010 0.001 0.062 149 D 0.001 0.004 0.122 0.362 0.472 0.007 0.001 0.031 150 A 0.004 0.006 0.126 0.328 0.447 0.013 0.002 0.073 151 I 0.002 0.005 0.107 0.422 0.428 0.006 0.001 0.029 152 V 0.001 0.003 0.095 0.377 0.494 0.004 0.001 0.025 153 E 0.002 0.002 0.104 0.262 0.577 0.005 0.001 0.046 154 I 0.006 0.005 0.100 0.272 0.490 0.020 0.003 0.105 155 D 0.006 0.005 0.048 0.172 0.412 0.081 0.004 0.271 156 V 0.011 0.005 0.046 0.050 0.167 0.067 0.005 0.647